Secuenciacion Masiva De Genomas Flashcards
Metodologia basada en metodos bioquimicos para la determination del orden de las bases nitrogenadas en la cadena de ADN
Secuencia masiva de genomas
Metodología de sanhell característica principal
utiliza terminadores ddNTPPs
los ddNTPs que no tienen
OH en la ribosa 3’
después de la secuenciacion de sanhell que se implementó
- fluoroforo
- geles de capilares
¿cuando fue la PCR?
1985
Next generation Sequence tipos
pirosecuenciacion
solera
Ion Torrent
tercera generación que estudio es?
SMRT
¿Qué libera la pirosecuenciación?
fosfatos con fluoroforo
enzima encargada de la reacción luminosa en pirosecuenciación?
luciferasa
junta con su base complementaria
hibridación
proceso de pirosecuenciación
- aislado
- fragmento
- liga adaptadores especificos
- hebra sencilla
¿Como se liga los adaptadores?
mediante microesferas, y adaptadores
¿Qué es emulsion?
Hibridación por las esferas
Amplificación en puente o cluster PCR
Solexa
se encuentra en fragmentos de DNA adheridos en una celula de flujo
es una estructura como en plano con muchos adaptadores
solera
característica principal se solexa
SECUENCIACIÓN POR HIBRIDACIÓN Y AMPLIFICACIÓN
tiene las microesfereas, hay liberación de hidrogenos, y tienen un cambio de ph,
Ion torrent
Se refiere al promedio de número de lecturas que se alinean una secuencia de referencia; Que tanto de mi genoma de referencia he llenado
cobertura
Se refiere al número de veces que ha sido secuenciado una base del genoma.
Profundidad
Segmentos del DNA son modificados (ligación) se adicionan insertos para que cada muestra pueda ser identificada (códigos de barra/sample barcode)
Librerias
parámetro que refleja el porcentaje de muestras positivas
Sensibilidad analitica
Refleja la menor frecuencia de una variante
limite de detección
detección de los controles negativos como negativos
especificidad analitica
refleja la concordancia de las mutaciones detectadas y las
esperadas
exactitud
Parámetro que refleja la reproducibilidad de los datos
precisión
solo se identifican los exones
exoma completo