Proyecto ENCODE Flashcards
Que buscaba el proyecto ENCODE?
●Cataloga los elementos funcionales del genoma humano
● Investiga la regulación de la expresión génica y la salud
● El proyecto del genoma humono genero un sin fin de información por interpretar para enteder la biologia del prpceso salud, enfermedad en el ser humano
¿Que se pretendia identificar en el proyecto ENCODE?
○ Genes codificantes para proteínas
○ Genes que no codifican para proteínas
○ Elementos reguladores de la transcripción
○ Secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica
Fase de desarollo tenológico - identificar o crear nuevas estrategiascomputacionales y de laboratorio que permitan caracteriza secuencias previamente
identificadas, así como descubrir nuevas regiones
Fase piloto
A quienes se analizaron?
● Analizaron 10 organismos vertebrados, seleccionados por la posición filogenética
ENCODE 2
Motivos de los factores de transcripción
● Se mapearon 119 regiones en donde se observa unión de proteínas a
● Componentes de RNA polimerasa en 72 tipos de células (ChIP-Seq)
● 87 fueron secuencia específica de factores de transcripción
● 8.1% del genoma tiene regiones de DNA con unión a proteínas
● FACTORBOOK: catálogo de sitios de unión a factores de transcripción
ENCODE 2
Estudio en los patrones de sitios de unión de factores de transcripción
Los sitios de unión a factores de transcripción ayudan a explorar las propiedades de la
cromatina.
● Evalúan la unión de H3K27 me3 -> modificación epigenética en la histona H3,
trimetilación de la lisina 27
ENCODE 2
RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras
Realizaron modelos de predicción que exploran la interacción entre las modificaciones
de las histonas y los promotores
ENCODE 2
Regulación epigenética del procesamiento del RNA
● Se encontraron dos tipos de promotores
○ Islas C-G, en menor cantidad caja TATA
○ Caja TATA
ENCODE 2
6- Caracterización de RNAs no codificantes
● Se utilizó la técnica de CAGE-seq para identificar sitios de sitios de inicio de la
transcripción (TSSs)
● RNAs de menos de 200 nucleótidos han sido asociados
¿Que nos permite identificar la tecnica de Cage?
permite identificar la 5 prima cap
metodología utilizada para ENCODE
Hibridación CHIP-chip
¿que permite identificar esta tecnica Chip-Chip?
○ Factores de transcripción
○ Histonas
○ Reguladores de la cromatina
