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génome humain > régulation de l'expression des gènes_généralités > Flashcards

régulation de l'expression des gènes_généralités Flashcards

1
Q

sur quoi repose la régulation de la transcription ?

A

sur effet collecfit d’une combinaison de prot présnetes à un moment ds une cell donnée =>facteur trans ET de sites de fixation de ces pro dur ADN =>facteur cis

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Q

c’est quoi les facteurs trasn ?

A

sont des prot qui doivent reconnaitre des séquences sépcifiques de ADN + facteur cys et s’y fixer

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3
Q

c’est quoi les facteurs cis ?

A

des séquences sur ADN

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4
Q

que ce passe-t-il pour les factuers cis et trans si la chromatine est ouverte ?

A

facteur trans va venir reconnaitre le facteur cis, s’y fixer et créer des liaisons hydrogène. Il va interagir avec la machinerie transcriptionnelle pour
moduler la transcription

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5
Q

que ce passe-t-il si on. a mutation au niveau du promoteur ?

A

pas de régulation

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6
Q

que ce passe-t-il si le facteur cis est muté ?

A

le facteur trans ne peut plus reconnaitre la séquence pour la réguler

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7
Q

que nécessite la transcription de base ?

A
  • Le promoteur proximal (éléments cis) : TATA box, CAAT box, etc.
  • La machinerie transcriptionnelle : facteurs généraux de transcription (TBP, TFII, etc.) et
    facteurs trans.
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8
Q

par quoi est modulée la transcription de base ?

A
  • Des séquences enhancers (éléments cis), qui la stimulent
  • Des séquences silencers (éléments cis), qui l’inhibent
  • Des éléments de réponse aux hormones (enhancers ou silencers)
  • Des protéines se fixant sur des séquences (facteurs trans activateurs ou répresseurs,
    récepteurs hormonaux).
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9
Q

que font les séquences enhancers ?

A

↗︎ expression des gènes

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10
Q

que font les séquences silencers ?

A

↘︎ expression des gènes

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11
Q

comment on peut déterminer quelle séquence est présente ?

enhancers et silencers

A

on mute la séquence et on observe l’effet inverse qui se produit

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12
Q

que signifie une ↗︎ de la transcription suite à mutation ?

A

il s’agit d’une séquence silencer

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13
Q

que signifie une ↘︎ de la transcritption après mutation ?

A

c’est une séquence enhancer

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14
Q

de quoi ont besoin l’intéraction des facteurs trans de la régions régulatrice avec la machone transcriptionnelle ?

A

la courbure de ‘lADN => elle rend possible le lien physique

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15
Q

Où sont le + souvent placé les éléments cis ?

A

dans le promoteur distal en 5’ du site d’initiation de la transcription et aussi en 3’ de gène ou dans introns

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16
Q

comment peuvent être les éléments cis ?

enhancers ou silencers ?

A
  • Activateurs (enhancers) : La liaison du facteur trans sur ces éléments cis ↗︎ activité transcriptionnelle de la pol II
  • Inhibiteurs (silencers) : La liaison du facteur trans sur ces éléments cis ↘︎ activité transcriptionnelle de la pol II.
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17
Q

comment sont souvent els séquences consensus ?

A

souvent palindromiques => facteurs trans souvent des dimères

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18
Q

que donne la séquence et l’espacement entre les 2 demi sites ?

A

spécificité parfois à 1 nucléotide près

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19
Q

c’est quoi els facteurs trans ?

A

prot qui selient sur élément cis

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20
Q

Avec quoi peuvent intéragir les facteur trans ?

A

avec la machine transcriptionnelle directement ou par intermédiare de coactivateurs ou de corépresseurs

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21
Q

que possèdent les facteurs trans ?

A
  • Un domaine de liaison à l’ADN
  • Un domaine de transactivation
  • Un domaine de liaison à une hormone (si ce
    sont des récepteurs nucléaires)
22
Q

comment sont les interactions au niveau du domaine de laiison a ADN ?

A

faible =>liaison H , ioniques, hydrophone

23
Q

comment est la liaison entre ADN et les AA de la prot ?

A

liaison forte et spécifique

24
Q

quels sont les types de structure possibles d’un promoteur ?

A

Quatre types de structures sont possibles :
* Hélice-tour-hélice, ou hélice-coude-hélice
* Doigt de zinc (zinc finger)
* Fermeture éclair de leucine (leucine zipper)
* Hélice-boucle-hélice ou helix-loop-helix (HLH).

25
Q

comment est le motif hélice-t-our-hélice ou HTH ?

A

domaine de liaison à l’ADN est constitué de liaisons H et de bases de la séquence consensus dans le grand sillon

26
Q

comment est généré le motif doigt de zinc ?

A

de 2 doigts de zinc générés par des atomes de zinc interagissant chacun avec 4
cystéines, ce qui crée un repliement

AA interagissent avec les bases de la
séquence consensus de l’ADN.

27
Q

sur quoi repose le motif fermeture éclair de leucine ?

A

sur des prot dimériques qui exposent leur leucines

28
Q

Motif fermeture éclair de leucine

comment intéragissent entre elles les leucines d’hélices alpha ?

côté COOH

A

par des liaisons hydrophobe à l’origine de al fermeture éclair

29
Q

Motif fermeture éclair de leucine

comment intéragissen les leucines d’hélices alpha ?

côté NH₂

A

avec des bases de la séquence consensus dans le grand sillon par des liaison ioniques

30
Q

comment est le motif hélice-boucle-hélice ou HLH ?

A

deux hélices α sont séparées par une boucle
non-hélicoïdale. Ces hélices sont dimérisées par les liaisons hydrophobes de leurs AA hydrophobes.

31
Q

comment l’HLH se lit avec ADN ?

A

domaine basique permet la liaison

32
Q

que permettent les motifs HLH ?

A

transcription de gènes tels
que MyoD1 (facteur de transcription myogénique)

33
Q

facteurs de remodelage de la chromatine

de quoi dépend l’activité transcriptionnelle d’une gène ?

A
  • présence facteurs trans
  • accessibilité des élément cis
34
Q

facteurs de remodelage de la chromatine

que peut affecter l’état de méthylation de l’ADN ?

A
  • mécanisme de régulation de accessibilité de ADN
  • modif post-traductionnelles des histone
  • =>affecte accessibilité de la chromatine
35
Q

que peuvent faire les ADN méthyltransférases ?

A

peuvent méthyler les cytosines de certaines séquences (GC) en 5-méthylcytosines.

ne faut pas confondre laméthylation de l’ADN avec celle des histone

36
Q

Méthylation de l’ADN

que font les séquences GC hyperméthylées dans promoteurs des gènes ou dans séquences régulatrices ?

A

inhibent expression des gènes

37
Q

Méthylation de l’ADN

comment est al relation entre méthylation d’un gène et son expression ?

A

inversement proportionnelle

38
Q

Méthylation de l’ADN

c’est quoi des agents chimiques hypométhylants ?

A

agnets dédifférenciaterus qui peuvent être cancérogène

39
Q

Méthylation de l’ADN

que vont faire les agents dédifférenciateurs ?

A

empechent méthylation et favorisent l’expression anarchique d’une multitude de gène => cell perdent leur différenciation et de nbrx problèmes apparaissent

40
Q

quand est-ce qu’on a des modifications épigénétiques ?

A

qd séquence d’ADN reste identique

41
Q

c’est quoi comme modification la méthyaltion ?

A

modification épigénétique

42
Q

comment peut être modifié la modif épigénétique ?

A

par l’environnement
nutrition, stress, etc.

43
Q

la modification épigénétique est-elle réversible ?

A

oui contrairement aux autres mutations

44
Q

Quand est maintenu état de méthylation des gènes ?

A
  • Au cours de la division cellulaire (une cellule fille reproduit l’état de méthylation de la
    cellule-mère)
  • Potentiellement chez les gamètes, faisant alors apparaître la notion de méthylation
    trans-générationnelle (notion controversée)
45
Q

que peuvent faire ctne enzyme s?

A

modifier les histones au niveau de l’extrémité N-terminale de manière réversible.

46
Q

quelles sont les ≠ réactions possibles lors de la modif des histones ?

A
  • Phosphorylation → hausse de l’expression
  • Méthylation (≠ méthylation des bases ; plus on est méthylé, moins on
    s’exprime) → baisse de l’expression
  • Acétylation → hausse de l’expression
47
Q

que font les changement de modif des histones ?

A

changent la conformation de la chromatine donc de accessibilité de ADN aux facteurs trans

48
Q

c’est quoi les régulation post-transcriptionnelles de expression des gènes ?

A

T1/2 (ou demi-vie) de l ’ARNm
influe sur la quantité de protéines
traduites

49
Q

de quoi dépend la quantité d’ARnm ?

A

dépend de l’importance de la transcription et
de celle de sa dégradation !

50
Q

Comment sont le plus souvent les séquences consensus ?

A

Palindromique

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