régulation de l'expression des gènes_généralités Flashcards
sur quoi repose la régulation de la transcription ?
sur effet collecfit d’une combinaison de prot présnetes à un moment ds une cell donnée =>facteur trans ET de sites de fixation de ces pro dur ADN =>facteur cis
c’est quoi les facteurs trasn ?
sont des prot qui doivent reconnaitre des séquences sépcifiques de ADN + facteur cys et s’y fixer
c’est quoi les facteurs cis ?
des séquences sur ADN
que ce passe-t-il pour les factuers cis et trans si la chromatine est ouverte ?
facteur trans va venir reconnaitre le facteur cis, s’y fixer et créer des liaisons hydrogène. Il va interagir avec la machinerie transcriptionnelle pour
moduler la transcription
que ce passe-t-il si on. a mutation au niveau du promoteur ?
pas de régulation
que ce passe-t-il si le facteur cis est muté ?
le facteur trans ne peut plus reconnaitre la séquence pour la réguler
que nécessite la transcription de base ?
- Le promoteur proximal (éléments cis) : TATA box, CAAT box, etc.
- La machinerie transcriptionnelle : facteurs généraux de transcription (TBP, TFII, etc.) et
facteurs trans.
par quoi est modulée la transcription de base ?
- Des séquences enhancers (éléments cis), qui la stimulent
- Des séquences silencers (éléments cis), qui l’inhibent
- Des éléments de réponse aux hormones (enhancers ou silencers)
- Des protéines se fixant sur des séquences (facteurs trans activateurs ou répresseurs,
récepteurs hormonaux).
que font les séquences enhancers ?
↗︎ expression des gènes
que font les séquences silencers ?
↘︎ expression des gènes
comment on peut déterminer quelle séquence est présente ?
enhancers et silencers
on mute la séquence et on observe l’effet inverse qui se produit
que signifie une ↗︎ de la transcription suite à mutation ?
il s’agit d’une séquence silencer
que signifie une ↘︎ de la transcritption après mutation ?
c’est une séquence enhancer
de quoi ont besoin l’intéraction des facteurs trans de la régions régulatrice avec la machone transcriptionnelle ?
la courbure de ‘lADN => elle rend possible le lien physique
Où sont le + souvent placé les éléments cis ?
dans le promoteur distal en 5’ du site d’initiation de la transcription et aussi en 3’ de gène ou dans introns
comment peuvent être les éléments cis ?
enhancers ou silencers ?
- Activateurs (enhancers) : La liaison du facteur trans sur ces éléments cis ↗︎ activité transcriptionnelle de la pol II
- Inhibiteurs (silencers) : La liaison du facteur trans sur ces éléments cis ↘︎ activité transcriptionnelle de la pol II.
comment sont souvent els séquences consensus ?
souvent palindromiques => facteurs trans souvent des dimères
que donne la séquence et l’espacement entre les 2 demi sites ?
spécificité parfois à 1 nucléotide près
c’est quoi els facteurs trans ?
prot qui selient sur élément cis
Avec quoi peuvent intéragir les facteur trans ?
avec la machine transcriptionnelle directement ou par intermédiare de coactivateurs ou de corépresseurs
que possèdent les facteurs trans ?
- Un domaine de liaison à l’ADN
- Un domaine de transactivation
- Un domaine de liaison à une hormone (si ce
sont des récepteurs nucléaires)
comment sont les interactions au niveau du domaine de laiison a ADN ?
faible =>liaison H , ioniques, hydrophone
comment est la liaison entre ADN et les AA de la prot ?
liaison forte et spécifique
quels sont les types de structure possibles d’un promoteur ?
Quatre types de structures sont possibles :
* Hélice-tour-hélice, ou hélice-coude-hélice
* Doigt de zinc (zinc finger)
* Fermeture éclair de leucine (leucine zipper)
* Hélice-boucle-hélice ou helix-loop-helix (HLH).
comment est le motif hélice-t-our-hélice ou HTH ?
domaine de liaison à l’ADN est constitué de liaisons H et de bases de la séquence consensus dans le grand sillon
comment est généré le motif doigt de zinc ?
de 2 doigts de zinc générés par des atomes de zinc interagissant chacun avec 4
cystéines, ce qui crée un repliement
AA interagissent avec les bases de la
séquence consensus de l’ADN.
sur quoi repose le motif fermeture éclair de leucine ?
sur des prot dimériques qui exposent leur leucines
Motif fermeture éclair de leucine
comment intéragissent entre elles les leucines d’hélices alpha ?
côté COOH
par des liaisons hydrophobe à l’origine de al fermeture éclair
Motif fermeture éclair de leucine
comment intéragissen les leucines d’hélices alpha ?
côté NH₂
avec des bases de la séquence consensus dans le grand sillon par des liaison ioniques
comment est le motif hélice-boucle-hélice ou HLH ?
deux hélices α sont séparées par une boucle
non-hélicoïdale. Ces hélices sont dimérisées par les liaisons hydrophobes de leurs AA hydrophobes.
comment l’HLH se lit avec ADN ?
domaine basique permet la liaison
que permettent les motifs HLH ?
transcription de gènes tels
que MyoD1 (facteur de transcription myogénique)
facteurs de remodelage de la chromatine
de quoi dépend l’activité transcriptionnelle d’une gène ?
- présence facteurs trans
- accessibilité des élément cis
facteurs de remodelage de la chromatine
que peut affecter l’état de méthylation de l’ADN ?
- mécanisme de régulation de accessibilité de ADN
- modif post-traductionnelles des histone
- =>affecte accessibilité de la chromatine
que peuvent faire les ADN méthyltransférases ?
peuvent méthyler les cytosines de certaines séquences (GC) en 5-méthylcytosines.
ne faut pas confondre laméthylation de l’ADN avec celle des histone
Méthylation de l’ADN
que font les séquences GC hyperméthylées dans promoteurs des gènes ou dans séquences régulatrices ?
inhibent expression des gènes
Méthylation de l’ADN
comment est al relation entre méthylation d’un gène et son expression ?
inversement proportionnelle
Méthylation de l’ADN
c’est quoi des agents chimiques hypométhylants ?
agnets dédifférenciaterus qui peuvent être cancérogène
Méthylation de l’ADN
que vont faire les agents dédifférenciateurs ?
empechent méthylation et favorisent l’expression anarchique d’une multitude de gène => cell perdent leur différenciation et de nbrx problèmes apparaissent
quand est-ce qu’on a des modifications épigénétiques ?
qd séquence d’ADN reste identique
c’est quoi comme modification la méthyaltion ?
modification épigénétique
comment peut être modifié la modif épigénétique ?
par l’environnement
nutrition, stress, etc.
la modification épigénétique est-elle réversible ?
oui contrairement aux autres mutations
Quand est maintenu état de méthylation des gènes ?
- Au cours de la division cellulaire (une cellule fille reproduit l’état de méthylation de la
cellule-mère) - Potentiellement chez les gamètes, faisant alors apparaître la notion de méthylation
trans-générationnelle (notion controversée)
que peuvent faire ctne enzyme s?
modifier les histones au niveau de l’extrémité N-terminale de manière réversible.
quelles sont les ≠ réactions possibles lors de la modif des histones ?
- Phosphorylation → hausse de l’expression
- Méthylation (≠ méthylation des bases ; plus on est méthylé, moins on
s’exprime) → baisse de l’expression - Acétylation → hausse de l’expression
que font les changement de modif des histones ?
changent la conformation de la chromatine donc de accessibilité de ADN aux facteurs trans
c’est quoi les régulation post-transcriptionnelles de expression des gènes ?
T1/2 (ou demi-vie) de l ’ARNm
influe sur la quantité de protéines
traduites
de quoi dépend la quantité d’ARnm ?
dépend de l’importance de la transcription et
de celle de sa dégradation !
Comment sont le plus souvent les séquences consensus ?
Palindromique
