Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Biomol avancée > Protéomique > Flashcards

Protéomique Flashcards

1
Q

c’est quoi le protéome

A

ensemble de toutes les protéines exprimées dans le génome

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

c’est quoi le protéomique

A

l’étude de l’interaction, fonction, composition et structure des protéines et leurs activités

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

5 utilités pour le protéomique

A

1) comprendre les processus biologiques
2) identifier les biomarqueurs
3) étudier les modifications post-traductionnelles
4) développer des drogues
5) étudier les protéines impliquées dans certaines maladies

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

3 types de protéomique

A

protéomique d’expression, de fonction et de structure

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

c’est quoi le protéomique d’expression

A

c’est la comparaison et quantification de l’expression protéique dans des échantillons

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

3 utilités du protéomique d’expression

A

1) permet le profilage de l’expression
2) peut être utilisé pour développer des biomarqueurs
3) on peut voir les changements dans l’expression (après médicament par exemples)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

c’est quoi le protéomique de fonction

A

protéomique pour comprendre les rôles spécifiques des protéines et leur implication

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

2 utilités pour le protéomique de fonction

A

1) permet de decouvrir les mécanismes de la protéine (adapatation, mutation)
2) permet caractérisation de la fonction (signalisation, interaction, activité enzymatique)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

c’est quoi le protéomique de structure

A

protéomique qui permet d’identifier la forme des protéines dans un complexe protéique

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

3 utilités du protéomique de structure

A

1) permet de trouver la forme 3D de la protéine
2) détermine l’emplacement des protéines et interaction protéine-protéine
3) permet de concevoir les médicaments cibles

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

4 défis de la protéomique

A

1) structure second. et terti. peut être détruite pendant les analyses (difficile d’étudier la structure)
2) peut pas amplifier les protéines dans un cas d’une faible concentration
3) protéines peuvent être dénaturées par plusieurs facteurs
4) certaines protéines sont peu solubles, donc difficile à analyser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

2 types générals d’analyse du protéome (flux généralisé)

A

top-down et bottom-up

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

c’est quoi l’analyse top-down

A

utilise des protéines intacts et garde info sur les isoformes, interactions protéine-protéine et modifications post-traductionnelles

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

désavantage de l’analyse top-down

A

analyse est difficile pour les échantillons complexes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

c’est quoi l’analyse bottom-up

A

analyse qui utilise les protéines fragmentées qui est utile pour les protéines complexes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

désavantage de l’Analyse bottom-up

A

fragmentation des protéines risque de perdre info sur les isoformes et MPTs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

5 étapes de préparation des échantillons pour le protéomique

A

1) homogénisation
2) lyse cellulaire
3) centrifugation
4) purification
5) solubilisation des protéines

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

3 facons d’effectuer la lyse cellulaire pour préparer les échantillons pour une analyse protéomique

A

1) chaleur
2) détéregents
3) sonification

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

3 facons d’effectuer la purification pour préparer les échantillons pour une analyse protéomique

A

1) précipitation (ammonium de sulfate par exemple)
2) chromatographie
3) dialyse

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

c’est quoi l’enrichement des protéines et 4 facons pour le faire

A

c’est l’augmentation de la concentration et pureté d’une protéine d’interet dans un échantillon
1) chromatographie d’Affinité
2) chromatographie à intercation hydrophobique
3) immunoprécipitation
4) étiquettes isotopiques

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

3 méthodes utilisées pour protéomique top-down

A

1) électrophorèse 2D
2) LC-MS
3) MS

22
Q

2 méthodes utilisées pour protéomique bottom-up

A

1) étiquettes
2) MS

23
Q

3 types d’étiquettes

A

SILAC, iCAT, iTRAQ

24
Q

l’électrophorèse 2D sépare les protéines d’après quoi?

A

point isoélectrique en premier et après d’après PM

25
Q

quoi faire avec les protéines après l’électrophorèse 2D

A

choisir la protéine voulue, decouper et faire l’analyse MS

26
Q

avantages de l’électrophorèse 2D (3)

A

1) permet visualisation de beaucoup de protéines en même temps
2) permet différentiation des protéines
3) permet voir les modifications post-traductionnelles

27
Q

5 limites pour l’électrophorèse 2D

A

1) un échantillon par gel (prend du temps)
2) difficile à effectuer avec protéines hydrophobes, membranaires, eucaryote
3) plage de pH très grande (pH 3-10)
4) semi-quantitative (peut pas detecter [])
5) variabilité entre les gels (pas reproductible)

28
Q

c’est quoi le spectromètre de masse et son utilité

A

technique qualitative et quantitative qui mesure le PM des protéines et sert comme méthode de caractérisation

29
Q

5 applications du spectromètre de masse

A

-détermine fonction, structure et les interactions
-identifie protéine par sa masse
-identifie les MPT dans un mélange complexe
-permet de lier les protéines à des réaction enzymatiques, modifications chimiques et digestion
-permet identification des protéines impliquées dans processus biologiques+pathologiques

30
Q

3 composantes du spectromètre de masse

A

analyseur, source d’ions et détecteur

31
Q

3 étapes de l’analyse par spectromètre de masse (MS)

A

1) transformer les molécules peptidiques en ions chargés
2) séparation des ions selon le ratio masse/charge (m/z) avec un champs magnétique et électrique
3) mesure les protéines selon leut ration m/z

32
Q

c’est quoi l’analyse MS/MS

A

deux analyseurs MS connectés par une cellule de collision pour identifier une protéine spécifique à partir du 1er MS. Elle sera fragmenté et analysée à nouveau par le 2eme MS

33
Q

c’est quoi l’analyse LC-MS

A

analyse de MS qui utilise aussi la chromatographie liquide avec un colonne non-polaire (phase stationnaire) et une phase mobile polaire

34
Q

3 utilités du LC-MS

A

-permet analyse des molécules thermiquement instables et non-volatiles
-sépare sélon la polarité
-détermine peptides dans un mélange

35
Q

quelles molécules seront éluées plus rapidement dans l’analyse LC-MS

A

polaires (hydrophiles) seront élués plus rapidement que les molécules hydrophobes

36
Q

2 avantages du LC-MS

A

-sépare molécules avec le même PM d’après leur polarité
-identifie et mesure grande variété de composés

37
Q

limitation de LC-MS

A

cher

38
Q

avantages du MS

A

-séquence rapidement les protéines
-identifie et quantifie
-applicable dans plusieurs domaines

39
Q

limite pour le MS

A

contaminants peuvent biaiser les résultats

40
Q

c’est quoi le iCAT

A

marquage isotopique chimique pour les groupes thiols qui sont présents sur la cytosine. Les proétines seront marquées et isolées par chromatogrpahie d’affinité et analysées par MS après

41
Q

avantages pour le iCAT

A

1) quantifie le changement dans l’aondance de protéines dans mélanges complexes
2) peut comparer protéines dans 2 diff. conditions
3) facilite la séparation par chromatographie

42
Q

limites du iCAT

A

1) peut seulement être utilisé si la cystéine est présente
2) peut seulement comparer 2 échantillons à la fois (only heavy and light isotopes available)
3) MPT sont souvent perdus dans cette technique

43
Q

c’est quoi le SILAC

A

marquage isotypique stable avec des acides aminés light et heavy qui seront inserés dans les chaines polypeptidiques des cellules cultivées

44
Q

avantages de SILAC

A

-pas besoin de réactions chimiques pour modifier les protéines
-marque l’ensemble du protéome cellulaire
-permet de preserver la physiologie cellulaire pour obtenir des info sur les processus biologiques

45
Q

limites pour SILAC

A

-besoin de culture cellulaire
-peut avoir des perturbations métaboliques

46
Q

c’est quoi le iTRAQ

A

marquage chimique des lysines (en N-terminal) qui est utilisé pour des protéines avec structures physiques et chimiques similaires (masse constante ex)

47
Q

3 élements du iTRAQ

A

groupe réactif, groupe d’équilibre
et groupe rapporteur

48
Q

utilité de iTRAQ

A

identification de protéines de différents échantillons dans une expérienceq

49
Q

que se passe avec les protéines qui sont marqués avec iTRAQ

A

elle seront séparées par HPLC et ensuite analysées en tandem par MS/MS

50
Q

avantages de iTRAQ

A

-bonne précision
-capacité de multiplexage

51
Q

limites du iTRAQ

A

-peptides de masse similaire peuvent mener à une fausse intensité de l’ion rapporteur
-cher
-étapes additionneles pour le marquage
-besoin de MS de haute résolution

Biomol avancée (11 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions