Métabolomique Flashcards
c’est quoi le métabolome
ensemble des métabolites présents dans une cellule/organe/organisme spécifique
3 types d’échantillons pour les analyses métabolomiques
1) biopsie du tissu pathlogique
2) culture cellulaire
3) biofluide
4 exemples de biofluides
plasma, salive, urine, sérum
c’est quoi les 8 techniques utilisées pour le métabolomique
1) RMN
2) LC
3) RPLC
4) HILIC (chromatographie à interaction hydrophile)
5) GC
6) MS
7)LC-MS
8)GC-MS
c’est quoi l’analyse par RMN
analyse non destructive sensible qui utilise le champ magnétique pour exciter les noyaux des molécules
comment interpreter les résultats de la RMN
en comparant avec une base de données
c’est quoi la GC
technique qui sépare et analyse les métabolites volatiles
utilité du GC-MS
permet d’analyser les échantillons volatiles et séparer des mélanges complexes en composantes uniques
avantages de LC-MS
bonne sensibilité et séparation
limites de LC-MS
phase mobile doit être configuré d’avance et certaines phases mobiles peuvent être nocives
avantages de GC-MS
bonne sensibilité, séparation et répétabilité. Peut detecter les substances volatiles apolaires
limites du GC-MS
peut seulement détecter les substances volatiles et apolaires, besoin d’un pré-traitement de dérivatisation
avantages de la RMN
-non destructive
-préparation simple pour les échantillons
-peut analyser le même échantillon plusieurs fois
-permet analyse in vivo
limites de la RMN
mauvaise sensibilité
2 techniques pour générer des ions à partir des molécules
ESI (electrospray ionization) et MALDI (matrix laser assisted desorption ionization)
c’est quoi l’ESI (electrospray ionization)
technique pour generer des ions par une haute tension électrique qui crée des gouttelettes chargées qui vont ensuite faire passage à un MS
utilisé en LC-MS
c’est quoi la technique MALDI
technique pour generer des ions avec un laser. Elle utilise la matrice organique pour absorber l’énergie du laser. Les ions sont utilisés pour la MS
ESI vs MALDI, c’est quoi la différence majeure
MALDI n’a pas besoin d’être couplé à une chromatographie
2 types d’analyseurs pour MS
quadrupole et TOF (time of flight)
c’est quoi l’analyseur TOF
analyseur pour les ions. les ions sont déviés en fonction de la longueur et du voltage oscillant appliqué. Permet le passage aux ions qui possèdent une ratio m/z spécifique
3 sites web pour l’analyse et identification des métabolites
-metaboanalyst
-human metabolome database
-BiKEGG
3 différents types d’analyse en métabolomique
1) ciblé
2) non-ciblé
3) flux métabolique
c’est quoi l’analyse métabolomique non-ciblée
analyse semi-quantitative qui identifie les voies métaboliques affectées pour determiner une hypothèse. utilise la chromatographie et MS
c’est quoi le fingerprinting vs footprinting
les deux sont relié à l’analyse non ciblée
Fingerprinting=utilisé pour les métabolites intracellulaires (sang, sérum, plasma)
Foot printing=analyse globale du métabolome extracellulaire (urine, salive, sueur)
c’est quoi l’analyse m.tabolomique ciblée
analyse quantitative des métabolites qui ont été identifiés par l’analyse NON-CIBLÉE. valide les hypothèses et détecte les biomarqueurs. utilise RMN, MS et chromatographie
pourquoi le couplage de l’analyse non ciblée et ciblée est nécessaire
pour assurer une bonne identification ET quantification des métabolites
est que l’analyse ciblée a besoin d’un standard?
oui
c’est quoi les analyses du flux métabolique (MFA)
analyse en temps réel pour des métabolites spécifiques en utilisant des traceurs stables d’isotopes pour mesurer le niveau des métabolites
2 types d’analyses dy flux métabolique (MFA)
1) steady-state MFA
2) pseudo-steady state MFA
c’est quoi la lipidomique
branche de métabolomique qui étudie les lipides exclusivement
techniques utilisées lipidomique vs métabolomique
lipidomique=RPLC-MS/MS
métabolomique=HILIC-MS/MS, GC-MS
