Autophagie (1 et 2)

Question 1

c’est quoi l’Autophagie

Answer 1

c’est un processus d’homéostasie cellulaire qui termine par la dégradation de matériel/maccromolécules par les lysosomes

Question 2

c’est quoi les 2 catégories d’Autophagie qui existent

Answer 2

1) non sélective (dégradation en vrac)
2) séléctive (incorporation de matériel à dégrader)

Question 3

3 types majeur d’autophagie

Answer 3

1) macroautophagie
2) microautophagie
3) chaperone-mediated autophagie (CMA)

Question 4

c’est quoi l’autophagie CMA

Answer 4

type d’autophagie qui permet la dégradation des protéines cytosoliques qui contiennt la séquence KFERQ)

Question 5

4 étapes de l’Autophagie CMA

Answer 5

1) chaperone HSC70 reconnait la séquence KFERQ
2) complexe HSC70-KFERQ lie avec une protéine réceptrice associée aux lysosomes LAMP-2A
3) Protéine ciblée entre dans le lysosome de facon ATP-dépendante en présence de Lys-hsc70
4) protéine dégradée en 5-10 min par les protéases lysosomales

Question 6

4 facteurs qui influencent l’autophagie CMA

Answer 6

1) âge
2) liaison entre LAMP-2A et complexe KFERQ-hsc70
3) présence de HSC-70 dans les lysosomes
4) localisation des lysosomes

Question 7

comment l’Activation de l’autophagie CMA diffère des autres types d’autophagie

Answer 7

elle est activée plus tard que les autres (environ 10h après deprivation de nutriments) et peut demeurer activer pour 3 jours

Question 8

est-ce que l’autophagie CMA est sélective ou non-sélective

Answer 8

sélective

Question 9

c’est quoi la microautophagie

Answer 9

quand le matériel déstiné à être dégradé est directement effectué par les invaginations de la membrane lysosomale

Question 10

est-ce que la microautophagie est sélective ou non

Answer 10

elle est à la fois sélective et non-sélective

Question 11

4 étapes de la macroautophagie

Answer 11

1) formation du phagophore
2) expension et fermeture du phagophore forme l’autophagosome
3) autophagosome fusionne avec un endosome OU un lysosome pour former un amphisome OU un autolysosome
4) hydrolases lysosomales et le pH acide vont dégrader le matériel ingéré

Question 12

4 réponses de stresse qui peuvent induire la macroautophagie

Answer 12

1) privation de nutriments
2) hypoxie (HIF)
3) radiations
4) drogues (comme rapamycine qui cible mTOR)

Question 13

quelles sont les protéines impliquées dans la formation de l’autophagosome lors des 3 étapes

Answer 13

1) initiation: complexe ULK
2) nucléation: complexe PI3KC3
3) élongation: complexe ATG2-WIPI, trafic ATG9 et ATG16L1 ET systèmes de conjugaison “ubiquitin-like”

Question 14

pourquoi l’ATG2 est important dans le complexe ATG2-WIPI lors de l’élongation de l’autophagosome

Answer 14

car l’ATG2 va recruter l’ATG9

Question 15

rôle de l’ATG9 dans la formation du phagophore

Answer 15

le seul ATG transmembranaire qui va fusionner avec les endosomes précoces qui contiennent l’ATG16L1. l’ATG9 transporte les membranes pour l’autophagosome en expansion

Question 16

c’est quoi le complexe ULK et comment il initie la formation de l’autophagosome

Answer 16

1) ULK1 et ULK2 forment un complexe par leur liaison avec ATG17 et ATG13
2) le complexe est activé par l’inhibition de mTOR

Question 17

c’est quoi le rôle de mTOR

Answer 17

kinase de suppression de la macroautophagie qui est activée par les lysosomes

Question 18

c’est quoi les 3 formes du complexe PI3KC3

Answer 18

1) Ambra-1, Beclin-1, VPS34, VPS15 et ATG14L
2) Ambra-1, Beclin-1, VPS34, VPS15 et UVRAG
3) complexe inactif: Ambra-1, Beclin-1, VPS34, VPS15, inhibé par la présence de RUBICON

Question 19

c’est quoi le core complexe du complexe PI3KC3

Answer 19

Ambra-1, Beclin-1, VPS34 et VPS15

Question 20

comment Bcl-2 est impliqué dans la nucléation de l’autophagosome

Answer 20

Bcl-2 est associée avec Beclin-1 et lorsque l’autophagie est induite, la kinase JNK1 phosphoryle Bcl-2 pour le dissocier de beclin-1 et induire l’autophagie

Question 21

c’est quoi le rôle général des complexes de conjugaison dans l’élongation de l’autophagosome

Answer 21

assurer la lipidation de LC3 et son insertion dans la membrane de l’autophagosome

Question 22

quels sont les 2 complexes de conjugaison pour l’élongation de l’autophagosome

Answer 22

1) complexe 1=ATG5 lie avec ATG12. Lie ensuite à l’ATG16L1 et permet le recrutement de LC3 à la membrane

2) complexe 2=LC3 subit une lipidation par un résidu phosphatidylethanolamine pour devenir LC3II

Question 23

quels 2 mécanismes peuvent promouvoir une accumulation d’autophagosomes

Answer 23

1) augmentation du flux autophagique
2) diminution/blocage de la dégradation efficace du contenu des autophagosomes

Question 24

comment étudier l’autophagie

Answer 24

1) évaluer l’expression des protéines impliquées par WB
2) IF pour voir présence de LAMP-1 et LC3II
3) utilisation des inhibiteurs pharmacologiques

Question 25

comme l’autophagosome devient mature

Answer 25

les ATG sont relachés et le lysosome/endosome est recruté pour la fusion. La membrane interne de l’AP fusionne avec la membrane simple du lysosome/endosome

Question 26

à quel moment la fusion du lysosome avec l’autophagosome est considérée complète

Answer 26

après que les enzymes lysosomales digèrent la membrane interne de l’AP

Question 27

comment le positionnement des lysosomes affecte la fusion lysosome-AP

Answer 27

les lysosomes doivent être à proximité de l’AP pour être fusionnés ensemble

Question 28

comment la translocation des lysosomes peut être provoquée

Answer 28

par la carence en nutriments

Question 29

comment les autophagosomes sont déplacés dans la cellule

Answer 29

elle est déplacée par les microtubules par les kinésines (vers l’extrémité +) ou par les dynéine (vers extrémité -)

Question 30

autre que les microtubules, quelles autre protéines peuvent déplacer les autophagosomes

Answer 30

les protéines liées à l’Actine comme le MYO6 et MYO1

Question 31

4 composantes importantes pour la maturation de l’AP

Answer 31

protéines de cytosquelette (dynéine+kinésine), facteurs d’arrimage, phospholipides et complexes SNARE

Question 32

quels sont les 3 facteurs d’arrimage qui sont nécessaires à la maturation de l’AP

Answer 32

1) complexe HOPS
2) Protéine Rab7
3) protéines adaptatrices

Question 33

rôle du complexe HOPS

Answer 33

formé de protéines vacuolaires et interagit avec Q-SNARE sur l’AP pour faciliter l’assemblage du complexe trans-SNARE

Question 34

rôle de la protéine Rab7

Answer 34

lie le complexe HOPS et les membranes de l’AP et du lysosome.

Question 35

rôle des protéines adaptatrices dans la fusion lysosome-AP

Answer 35

lier les composantes de l’AP (ATG5-ATG12, LC3) et interagir avec complexe HOPS et Rab7

Question 36

c’est quoi les protéines SNARE et les 2 types

Answer 36

des éléments clés pour la fusion entre AP et lysosome
Q-SNARE=STX17, recrutée du RE et mitochondrie vers l’AP
R-SNARE= VAMP8, présente chez lysosomes et endosomes

Question 37

comment le complexe trans-SNARE est formé et c’est quoi son rôle

Answer 37

STX17 interagit avec VAMP8 et SNAP29 pour former le complexe pour qu’il médie la fusion de l’AP avec le lysosome

Question 38

comment le pH acide des lysosomes est maintenu

Answer 38

par les V-ATPases qui pompent les protons (H+) du cytosol vers la lumière du lysosome

Question 39

les lysosomes sont entourés par quel type de membrane

Answer 39

une membrane hautement glycosylée (glycocalyx)

Question 40

quel facteur de transcription contrôle la transcription des gènes qui codent pour les lysosomes

Answer 40

TFEB

Question 41

comment le facteur de transcription TFEB est régulé(3 étapes)

Answer 41

1) mTORC1 est activé et phosphoryle TFEB ce qui l’inhibe car il ne peut pas être transloqué au noyau
2) quand mTORC1 est inhibé, le TFEB est DÉ-phosphorylé par calcineurin
3) TFEB migre au noyau