Autophagie (1 et 2) Flashcards
c’est quoi l’Autophagie
c’est un processus d’homéostasie cellulaire qui termine par la dégradation de matériel/maccromolécules par les lysosomes
c’est quoi les 2 catégories d’Autophagie qui existent
1) non sélective (dégradation en vrac)
2) séléctive (incorporation de matériel à dégrader)
3 types majeur d’autophagie
1) macroautophagie
2) microautophagie
3) chaperone-mediated autophagie (CMA)
c’est quoi l’autophagie CMA
type d’autophagie qui permet la dégradation des protéines cytosoliques qui contiennt la séquence KFERQ)
4 étapes de l’Autophagie CMA
1) chaperone HSC70 reconnait la séquence KFERQ
2) complexe HSC70-KFERQ lie avec une protéine réceptrice associée aux lysosomes LAMP-2A
3) Protéine ciblée entre dans le lysosome de facon ATP-dépendante en présence de Lys-hsc70
4) protéine dégradée en 5-10 min par les protéases lysosomales
4 facteurs qui influencent l’autophagie CMA
1) âge
2) liaison entre LAMP-2A et complexe KFERQ-hsc70
3) présence de HSC-70 dans les lysosomes
4) localisation des lysosomes
comment l’Activation de l’autophagie CMA diffère des autres types d’autophagie
elle est activée plus tard que les autres (environ 10h après deprivation de nutriments) et peut demeurer activer pour 3 jours
est-ce que l’autophagie CMA est sélective ou non-sélective
sélective
c’est quoi la microautophagie
quand le matériel déstiné à être dégradé est directement effectué par les invaginations de la membrane lysosomale
est-ce que la microautophagie est sélective ou non
elle est à la fois sélective et non-sélective
4 étapes de la macroautophagie
1) formation du phagophore
2) expension et fermeture du phagophore forme l’autophagosome
3) autophagosome fusionne avec un endosome OU un lysosome pour former un amphisome OU un autolysosome
4) hydrolases lysosomales et le pH acide vont dégrader le matériel ingéré
4 réponses de stresse qui peuvent induire la macroautophagie
1) privation de nutriments
2) hypoxie (HIF)
3) radiations
4) drogues (comme rapamycine qui cible mTOR)
quelles sont les protéines impliquées dans la formation de l’autophagosome lors des 3 étapes
1) initiation: complexe ULK
2) nucléation: complexe PI3KC3
3) élongation: complexe ATG2-WIPI, trafic ATG9 et ATG16L1 ET systèmes de conjugaison “ubiquitin-like”
pourquoi l’ATG2 est important dans le complexe ATG2-WIPI lors de l’élongation de l’autophagosome
car l’ATG2 va recruter l’ATG9
rôle de l’ATG9 dans la formation du phagophore
le seul ATG transmembranaire qui va fusionner avec les endosomes précoces qui contiennent l’ATG16L1. l’ATG9 transporte les membranes pour l’autophagosome en expansion
c’est quoi le complexe ULK et comment il initie la formation de l’autophagosome
1) ULK1 et ULK2 forment un complexe par leur liaison avec ATG17 et ATG13
2) le complexe est activé par l’inhibition de mTOR
c’est quoi le rôle de mTOR
kinase de suppression de la macroautophagie qui est activée par les lysosomes
c’est quoi les 3 formes du complexe PI3KC3
1) Ambra-1, Beclin-1, VPS34, VPS15 et ATG14L
2) Ambra-1, Beclin-1, VPS34, VPS15 et UVRAG
3) complexe inactif: Ambra-1, Beclin-1, VPS34, VPS15, inhibé par la présence de RUBICON
c’est quoi le core complexe du complexe PI3KC3
Ambra-1, Beclin-1, VPS34 et VPS15
comment Bcl-2 est impliqué dans la nucléation de l’autophagosome
Bcl-2 est associée avec Beclin-1 et lorsque l’autophagie est induite, la kinase JNK1 phosphoryle Bcl-2 pour le dissocier de beclin-1 et induire l’autophagie
c’est quoi le rôle général des complexes de conjugaison dans l’élongation de l’autophagosome
assurer la lipidation de LC3 et son insertion dans la membrane de l’autophagosome
quels sont les 2 complexes de conjugaison pour l’élongation de l’autophagosome
1) complexe 1=ATG5 lie avec ATG12. Lie ensuite à l’ATG16L1 et permet le recrutement de LC3 à la membrane
2) complexe 2=LC3 subit une lipidation par un résidu phosphatidylethanolamine pour devenir LC3II
quels 2 mécanismes peuvent promouvoir une accumulation d’autophagosomes
1) augmentation du flux autophagique
2) diminution/blocage de la dégradation efficace du contenu des autophagosomes
comment étudier l’autophagie
1) évaluer l’expression des protéines impliquées par WB
2) IF pour voir présence de LAMP-1 et LC3II
3) utilisation des inhibiteurs pharmacologiques
comme l’autophagosome devient mature
les ATG sont relachés et le lysosome/endosome est recruté pour la fusion. La membrane interne de l’AP fusionne avec la membrane simple du lysosome/endosome
à quel moment la fusion du lysosome avec l’autophagosome est considérée complète
après que les enzymes lysosomales digèrent la membrane interne de l’AP
comment le positionnement des lysosomes affecte la fusion lysosome-AP
les lysosomes doivent être à proximité de l’AP pour être fusionnés ensemble
comment la translocation des lysosomes peut être provoquée
par la carence en nutriments
comment les autophagosomes sont déplacés dans la cellule
elle est déplacée par les microtubules par les kinésines (vers l’extrémité +) ou par les dynéine (vers extrémité -)
autre que les microtubules, quelles autre protéines peuvent déplacer les autophagosomes
les protéines liées à l’Actine comme le MYO6 et MYO1
4 composantes importantes pour la maturation de l’AP
protéines de cytosquelette (dynéine+kinésine), facteurs d’arrimage, phospholipides et complexes SNARE
quels sont les 3 facteurs d’arrimage qui sont nécessaires à la maturation de l’AP
1) complexe HOPS
2) Protéine Rab7
3) protéines adaptatrices
rôle du complexe HOPS
formé de protéines vacuolaires et interagit avec Q-SNARE sur l’AP pour faciliter l’assemblage du complexe trans-SNARE
rôle de la protéine Rab7
lie le complexe HOPS et les membranes de l’AP et du lysosome.
rôle des protéines adaptatrices dans la fusion lysosome-AP
lier les composantes de l’AP (ATG5-ATG12, LC3) et interagir avec complexe HOPS et Rab7
c’est quoi les protéines SNARE et les 2 types
des éléments clés pour la fusion entre AP et lysosome
Q-SNARE=STX17, recrutée du RE et mitochondrie vers l’AP
R-SNARE= VAMP8, présente chez lysosomes et endosomes
comment le complexe trans-SNARE est formé et c’est quoi son rôle
STX17 interagit avec VAMP8 et SNAP29 pour former le complexe pour qu’il médie la fusion de l’AP avec le lysosome
comment le pH acide des lysosomes est maintenu
par les V-ATPases qui pompent les protons (H+) du cytosol vers la lumière du lysosome
les lysosomes sont entourés par quel type de membrane
une membrane hautement glycosylée (glycocalyx)
quel facteur de transcription contrôle la transcription des gènes qui codent pour les lysosomes
TFEB
comment le facteur de transcription TFEB est régulé(3 étapes)
1) mTORC1 est activé et phosphoryle TFEB ce qui l’inhibe car il ne peut pas être transloqué au noyau
2) quand mTORC1 est inhibé, le TFEB est DÉ-phosphorylé par calcineurin
3) TFEB migre au noyau
