Épigénomique

Question 1

c’est quoi l’épigénome

Answer 1

ensemble des modifications qui mènent à un changement phénotypique sans changer le génotype

Question 2

c’est quoi l’euchromatine

Answer 2

ADN legerement empacté, ce qui permet un haut niveau d’expression

Question 3

C’est quoi l’hétérochromatine

Answer 3

ADN hautement empacté, niveau bas d’expression

Question 4

c’est quoi la méthylation de l’ADN

Answer 4

c’est le transfert d’un groupement méthyle à la position C5 d’une cytosine (C) par les ADN méthyltransférases. Contribue à l’inhibition/recrutement de facteurs de transcription

Question 5

c’est que la méthylation de l’ADN est reversible

Answer 5

oui, c’est reversible

Question 6

comment l’ADN est déméthylé (2 façons)

Answer 6

1) une famille de cytidine désaminases rétire l’amine et transforme C méthylé en thymine (T)
2) enzymes Tet ajoutenet un groupement hydroxyle à la position méthyle et transforme le 5-methylcytosine en 5-hydroxymehtylcytosine

Question 7

effet de l’hypométhylation

Answer 7

mène à l’instabilité génomique

Question 8

effet de l’hyperméthylation

Answer 8

mène à la perte d’expression des gènes suppresseurs de tumeurs

Question 9

4 manières que les histones peuvent être modifiés

Answer 9

acétylation, ubiquitination, méthylation ou phosphorylation des sites actifs de la queue d’histone

Question 10

c’est l’acétylation des histones et l’effet

Answer 10

c’est les histones acétyltransferases (HAT) qui ajoutent des charges négatives aux lysines positives à l’extrémité N-terminale.
Effet: activation de la transcription en favorisant l’euchromatine

Question 11

c’est quoi l’ubiquitination des histones

Answer 11

E1, E2 et E3 vont ubiquitiner les lysines (ajouter des copies d’ubiquitine) non dégradative dans l’extremité C-terminale

Question 12

quelles histones sont soumises à l’ubiquitination

Answer 12

H2A et H2B

Question 13

c’est quoi la phosphorylation des histones

Answer 13

les protéines kinases qui apportent une charge négative à l’histone pour avoir une conformation de chromatine plus ouverte

Question 14

Quels résidus sont phosphorylés sur les histones

Answer 14

sérine, théronine ou tyrosine

Question 15

c’est quoi la méthylation des histones et son effet sur la transcription (quelles histones sont affectées)

Answer 15

les histones méthyltransferases ajoutent un groupement méthyl sur l’arginine ou lysine sur les histones H3 et H4 (extremité N-terminale)
Effet:repression de la transcription causé par le recrutement des protéines qui consendent la chromatine

Question 16

c’est quoi un ARN non codant

Answer 16

segment d’ARN fonctionnel qui ne sera pas traduit en protéine

Question 17

4 méthodes utilisées en épigénomique

Answer 17

RRBS
ChIP-Seq
ChIP-ChIP
Séquencage d’ARN

Question 18

c’est quoi le RRBS

Answer 18

Reduced representation bisulfite sequencing
Une technique pour analyser la méthylation de l’ADN. L’ADN est traité avec le bisulfite, pour convertir les C non-méthylés en U
** un seul CG est examiné à la fois**

Question 19

8 étapes pour le RRBS

Answer 19

1) purification de l’ADN
2) digestion avec MspL
3) réparation des bouts (end-repair)
4) ligation des adaptateurs
5) conversion avec le bisulfite
6) sélection des fragments
7) amplification par PCR
8)séquencage

Question 20

3 Avantages du RRBS

Answer 20

-moins couteux que le WGBS (whole genome bisulfite sequencing)
-peut avoir une qualité moindre d’ADN
-vise seulement les parties riches en CpG

Question 21

c’est quoi le ChIP

Answer 21

c’est la précipitation de la chromatine par immunoprecipitation.

Question 22

étapes de ChIP

Answer 22

1) protéine lie sur l’ADN
2) on isole la chromatine
3) précipite la chromatine avec un Ac specifique à la protéine
4) reverse cross link et digerer la protéine
5) liguer adaptateurs à la chromatine
6) sequencage

Question 23

ChIP-Seq vs ChIP-ChIP

Answer 23

chip-seq est séquencé par sequencage de nouvelle génération et Chip-chip est séquencé par array (micropuce?)

Question 24

c’est quoi le peak calling

Answer 24

Identifier des régions du génome qui ont un feature spécifique comme interaction protéine-ADN/modification des histones par rapport au input DNA (contrôle)

Question 25

pourquoi chip-seq est meilleur que chip-chip

Answer 25

plus pratique et a des profiles ayant un plus haut ratio signal/bruit

Question 26

4 domaines d’application de l’épigénomique

Answer 26

1) environnement de la personne
2) nutrition
3) santé et vieillissement
4)cancer et maladies

Question 27

c’est quoi le génome

Answer 27

l’ensemble du matériel génétique d’un individu/espèce contenu dans les molécules d’ADN (contient séquences codantes et non codantes)

Question 28

facteurs qui peuvent influencer l’épigénome

Answer 28

nutrition, âge, environnement

Question 29

2 modifications épigénétiques possibles

Answer 29

méthylation de l’ADN et les modifications des histones

Question 30

dans quelle région d’ADN le groupement méthyl va être ajouté ?

Answer 30

dans la région de dinucléotide CpG (ilôts CpG), mais pas obligatoirement (peut se faire sur CpA, CpT, CpC aussi)

Question 31

enzyme responsable pour la méthylation de l’ADN

Answer 31

méthyltransférases (DNMT)

Question 32

Rôle de la DNMT1

Answer 32

permet le maintient des profils de méthylation au cours des divisions cellulaires

Question 33

rôle de la DNMT 2

Answer 33

identifié par homologue de séquence pour DNMT1, mais pas de fonction connue sur la méthylation de l’ADN. Agit sur l’ARNt de l’acide aspartique

Question 34

rôle de DNMT3a et DNMT3b

Answer 34

permet la méthylation de novo sur les résidus cytosines

Question 35

c’est quoi la conséquence de la délétion de la DNMT 1 ou DNMT3 chez les souris

Answer 35

mort à l’état embryonnaire/néonatal chez les souris

Question 36

que se passe si les cellules cancereuses sont hypométhylées

Answer 36

l’ADN est plus active donc:
-les gènes de croissance sont activés
-l’ADN peut être facilement dupliqué et cause l’instabilité des chromosomes
-perte de l’expression de l’allèle parentale

Question 37

que se passe si les cellules cancereuses sont hyperméthylées

Answer 37

l’ADN est moins actif donc:
-gènes pour le maintien du cycle cellulaire et pour la réparation des dommages à l’ADN sont inactifs
-gènes pour l’apoptose sont inactifs

Question 38

c’est quoi la technique COBRA

Answer 38

combines bisulfite restriction analysis.
C’est comme RRBS, mais il y a aussi des enzymes de restriction qui vont couper aux séquences de CG méthylés après l’amplification par PCR et ces fragments seront identifiés par électrophorèse pour savoir le % de méthylation

Question 39

c’est quoi l’unité de base du compactage du matériel génétique

Answer 39

le nucléosome où l’ADN est enroulé autout d’un octamère protéique composé de 2 copies de chaque histone (H2A,H2B,H3,H4)

Question 40

quelle enzyme est responsable de la déactylation

Answer 40

histone deacétylase (HDAC)

Question 41

effet de la dacétylation des histones

Answer 41

favorise la condensation de la chromatine et la repression des gènes en rétablissant les charges négatives de l’ADN et les charges positives des histones (pour les lysines)

Question 42

positions pour les lysines qui sont acétylées chez l’histone H3 et H4

Answer 42

H3= position 9, 14, 18, 23
H4=position 5, 8, 12 ,16