Épigénomique Flashcards
c’est quoi l’épigénome
ensemble des modifications qui mènent à un changement phénotypique sans changer le génotype
c’est quoi l’euchromatine
ADN legerement empacté, ce qui permet un haut niveau d’expression
C’est quoi l’hétérochromatine
ADN hautement empacté, niveau bas d’expression
c’est quoi la méthylation de l’ADN
c’est le transfert d’un groupement méthyle à la position C5 d’une cytosine (C) par les ADN méthyltransférases. Contribue à l’inhibition/recrutement de facteurs de transcription
c’est que la méthylation de l’ADN est reversible
oui, c’est reversible
comment l’ADN est déméthylé (2 façons)
1) une famille de cytidine désaminases rétire l’amine et transforme C méthylé en thymine (T)
2) enzymes Tet ajoutenet un groupement hydroxyle à la position méthyle et transforme le 5-methylcytosine en 5-hydroxymehtylcytosine
effet de l’hypométhylation
mène à l’instabilité génomique
effet de l’hyperméthylation
mène à la perte d’expression des gènes suppresseurs de tumeurs
4 manières que les histones peuvent être modifiés
acétylation, ubiquitination, méthylation ou phosphorylation des sites actifs de la queue d’histone
c’est l’acétylation des histones et l’effet
c’est les histones acétyltransferases (HAT) qui ajoutent des charges négatives aux lysines positives à l’extrémité N-terminale.
Effet: activation de la transcription en favorisant l’euchromatine
c’est quoi l’ubiquitination des histones
E1, E2 et E3 vont ubiquitiner les lysines (ajouter des copies d’ubiquitine) non dégradative dans l’extremité C-terminale
quelles histones sont soumises à l’ubiquitination
H2A et H2B
c’est quoi la phosphorylation des histones
les protéines kinases qui apportent une charge négative à l’histone pour avoir une conformation de chromatine plus ouverte
Quels résidus sont phosphorylés sur les histones
sérine, théronine ou tyrosine
c’est quoi la méthylation des histones et son effet sur la transcription (quelles histones sont affectées)
les histones méthyltransferases ajoutent un groupement méthyl sur l’arginine ou lysine sur les histones H3 et H4 (extremité N-terminale)
Effet:repression de la transcription causé par le recrutement des protéines qui consendent la chromatine
c’est quoi un ARN non codant
segment d’ARN fonctionnel qui ne sera pas traduit en protéine
4 méthodes utilisées en épigénomique
RRBS
ChIP-Seq
ChIP-ChIP
Séquencage d’ARN
c’est quoi le RRBS
Reduced representation bisulfite sequencing
Une technique pour analyser la méthylation de l’ADN. L’ADN est traité avec le bisulfite, pour convertir les C non-méthylés en U
** un seul CG est examiné à la fois**
8 étapes pour le RRBS
1) purification de l’ADN
2) digestion avec MspL
3) réparation des bouts (end-repair)
4) ligation des adaptateurs
5) conversion avec le bisulfite
6) sélection des fragments
7) amplification par PCR
8)séquencage
3 Avantages du RRBS
-moins couteux que le WGBS (whole genome bisulfite sequencing)
-peut avoir une qualité moindre d’ADN
-vise seulement les parties riches en CpG
c’est quoi le ChIP
c’est la précipitation de la chromatine par immunoprecipitation.
étapes de ChIP
1) protéine lie sur l’ADN
2) on isole la chromatine
3) précipite la chromatine avec un Ac specifique à la protéine
4) reverse cross link et digerer la protéine
5) liguer adaptateurs à la chromatine
6) sequencage
ChIP-Seq vs ChIP-ChIP
chip-seq est séquencé par sequencage de nouvelle génération et Chip-chip est séquencé par array (micropuce?)
c’est quoi le peak calling
Identifier des régions du génome qui ont un feature spécifique comme interaction protéine-ADN/modification des histones par rapport au input DNA (contrôle)
