Proteinler Flashcards
… hariç tüm aa’ler transaminasyona girer
Lys ve Thr
Enzimlerin sınıflandırılması
Oksidoredüktazlar- Yükseltgenme indirgenme reaksiyonları katalize ederler
Transferazlar- Metil, glikozil gibi grupları donörden akseptöre taşırlar
Hidrolazlar- bağları hidrolitik kırılmaya uğratırlar
Liyazlar-
İzomerazlar - molekülde geometrik ve yapısal değişiklikler yaparlar
Ligaz- ATP enerjisi ile moleküllerin birbirine bağlanmasını sağlar
Peptid bağı ___ bağ
Peptid bağı=Kovalent Bağ
Non-polar AA’ler
Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Pro
Polar, Yüksüz yan zincirli AA’ler
Ser, Thr, Gln, Asn
Ser/Thr
-OH grubu içerir, proteinlerin yüzeylerinde bulunur
Asn/Gln
polar -N grubu içerir, protein yapısında H bağı yapar
Polar, + Yüklü/ Bazik yan zincirli AA’ler
His, Arg, Lys
Polar, “-“ Yüklü/ Asidik yan zincirli AA’ler
Asp, Glu
AA asidik karakterli yerden (-COOH) H+ verirse AA ____ (neutral)
Zwitterion forma gelir- net yük sıfır “izoelektronik nokta” (pI)
Esansiyel AA’ler
PVT TIM HALL
Phe, Val, Thr_Trp, Ile, Met_His, Arg, Lys, Leu
Transaminasyon
AminoAsit1 + Alfa-keto Asit2 ——PLP (piridoksalfosfat)——> AminoAsit2 + Alfa-keto Asit1
(aminosunu aktaran aa’in adı gelir= AA1 Aminotransferaz)
KC sitozolünde amino grupları _____’a aktarılır ve ______ oluşur
Karaciğer sitozolünde amino grupları (NH3) “Alfa-Ketoglutarat”a (amonyak’ın zırhlı aracı) aktarılır ve Glutamat oluşur
Transaminaz enzimleri _____’ı kofaktör olarak kullanırlar
Piridoksalfosfatı (PLP)
___ ve ___ hariç tüm AA’ler transaminasyona katılır
Transaminasyon’a KATILMAYAN enzimler?
Lys ve Thr transaminasyona katılmaz
Oksidatif Deaminasyon ile Glutamat üzerindeki NH3 ______ enzimi ile NH4 olarak uzaklaştırılır ve KC’de üreye çevrilip böbreklerle atılır
Glutamat dehidrogenaz (GDH) enzimi ile
Glutamat——GDH——> Alfa-keto glutarat
|
|—>NH4—>üre—>böbreklerle atılım
Periferal dokulardaki amino grupları ____ formunda
Kaslardaki amino grupları ______ formunda KC’e ulaşır
Periferal dokulardaki Glutamin formunda
Kaslardaki Cori siklusu ile Alanin formunda
Enzim aktivitesinin regülasyonu
kaba (coarse) kontrol
-___,___
ince (fine) kontrol
-___, ___
kaba (coarse) kontrol
-indüksiyon, represyon (adaptif kontroldür uzun süreli regülasyon sağlar)
ince (fine) kontrol
-substrata bağlı, enzime bağlı kontrol
Allosterik regülasyon
Hücre içi/dışı
Enzim etkisi?
substratı ve modlatörü aynıysa=___
___ satürasyon eğrisi vardır
-____ örn
Allosterik feedback inhibition=___
Hücre içi değişen koşullara yanıt
Enzim etkisine gerek duymaz
Modülatör enzime Reversible ve non-kovalent bağlanır
substratı ve modülatörü aynıysa homotropik, farklıysa heterotropik
Sigmoidal satürasyon eğrisi vardır
-Fosfofruktokinaz-1
Allosterik feedback inhibition=aa ve nükleotit sentezi
Enzim aktivitesi regülasyonu
Reversible Kovalent Modifikasyon
2 enzim gerektirir (biri kovalent bağlı modifiye ediciyi bağlarken diğeri uzaklaştırır)
[Hücre dışı sinyallere yanıt genellikle]- Fosforilasyon= kinaz fosfat bağlarken fosfataz uzaklaştırır
Kovalent Modifikasyona örn= Kas Glikojen Fosforilazı
Glikojen Fosforilaz —> Glikojen Fosforilaz- P (aktif) [fosforilasyonla aktif]
Epinefrin, kas ve adipoz dokuda cAMP-bağımlı kinazlar üzerinden fosforilasyonla enzimleri aktive/inaktive
Enzim Aktivitesi Regülasyonu
Proteolitik Klivaj
Irreversibl
“___jen -> ___ “ & “Pro___ > ___”
İnaktif form zimojen/proenzim- Km daha yüksek (affinite düşük)
Proteazlar parsiyel proteolizle enzimleri aktifleştirir- vücutta pankreas enzimler ve pıhtılaşma kaskadında
Enzim Aktivitesinin Regülasyonu
Feedback Regülasyon
Son ürün yeni enzimlerin gen düzeyinde sentezini inhibe eder
HMG-KoA redüktaz enziminin diyetsel kolestrol tarafından baskılanması
ATP’den fosforil grup transferi adımları (kinaz- fosforilasyon)
1-Hidroliz
2-Rezonans Stabilizasyonu
3-İyonizasyon
Oksidoredüktazlar
Transferazlar
Hidrolazlar
Liyazlar
İzomerazlar
Liyazlar
Oksidoredüktazlar= oksidasyon/redüksiyon reaksiyonu katalizler
Transferazlar= fonksiyonel grup transferi
Hidrolazlar= bağ hidrolizi
Liyazlar= non-hidrolitik non-enzymatic bağ yıkımı
İzomerazlar= molekülün kendi içinde izomerizasyon değişimini katalizler
Ligazlar= kovalent bağ ile iki molekülün birleşimi
Glukojenik AA’ler - Glukoneogenez’de kullanılır
Lys ve Leu hariç hepsi
AA’lerin peptit bağıyla uç uca eklenmesiyle oluşan kısa polimer zincirler “__”, uzun
polimer zincirler “__” veya “__”
AA’lerin peptit bağıyla uç uca eklenmesiyle oluşan kısa polimer zincirler “peptid”, uzun polimer zincirler “polipeptid” veya “protein”
Proteinler bir ya da daha fazla polipeptid içeren makromoleküllerdir
Tüm hücrelerde ve hücrelerin tüm bölümlerinde en çok bulunan biyomolekül
Protein
bir zincirde karboksil grubu varsa onun bağlandığı karbon __ ondan sonraki ___…
bir zincirde karboksil grubu varsa onun bağlandığı karbon alfa ondan sonraki beta…
Proteinlerin birbirinden farklı olmasını sağlayan temel özellik _____ ve bu da ____ yapıyı oluşturur
AA dizilimi primer (birincil) yapıyı oluşturur
Bilinen en uzun polipeptit=
Polipeptit zincirine katılan aa’lere=
Oligopeptit=
Polipeptit=
Bilinen en uzun polipeptit kas dokusundaki ‘titin’
Polipeptit zincirine katılan aa’lere= kalıntı (residue)
Oligopeptit= Birkaç AA (<12)
Polipeptit (AA sayısı > 12)
Glisilalanin
Dipeptid
Adlandırma
N-terminal (amino terminal)’den C-terminal’s doğru (Karboksi terminal)
Polipeptit zincirindeki peptit bağlarının yıkılması:
ile olur
Proteinlerin hidrolizinde ___ yıkılır, denaturasyonunda _____ yapılar yıkılır
Hidroliz
Kaynatma
Midede asit etkisi
Vücutta enzimler etkisi (proteazlar)
Proteinlerin hidrolizinde birincil yapı yıkılır, denaturasyonda birincil dışındaki yapılar
yıkılır
Daha çok üçüncül yapıda gözlenen Kimyasal bağ/çekmeler:
Kovalent olmayan bağlar
İyonik bağ, H bağ
Hidrofob (apolar bağlar), Van der Waals - London kuvvetleri
şaperon
proteinin doğru katlanmasını sağlar
Yapının değişik düzeyleri düşünüldüğünde proteinler iki grupta toplanabilir:
Fibröz proteinler- uzun iplikçik veya tabaka halinde düzenlenmiş destek şekil ve dış koruma sağlar
Küresel proteinler- küresel/globüler şekilde katlanmış enzim ve regülatuvar proteinleri oluşturur
İkincil yapı proteinlerde
H bağları ile aa’in CO grubu ve kendinden sonraki ___ aa’in NH grubu ile H bağı sonucu
düzensiz katlamalar:
İkincil yapı proteinlerde
H bağları ile aa’in CO grubu ve kendinden sonraki dördüncü aa’in NH grubu ile H bağı sonucu
düzensiz katlamalar: Beta büklüm, ilmek (loop)
Örnek.
İkincil yapı-
Üçüncül yapı-
Dördüncül yapı-
Örnek.
İkincil yapı- alfa/beta keratin
Üçüncül yapı- kolajen
Dördüncül yapı- Hemoglobin (homotetramer)
Proteinlerin
ozmotik basıncı
molekül ağırlığı
Kolloid ozmotik basınç (onkotik basınç)
Dalton (Da) ya da kilodalton (kDa)
Anormal biçimde katlanmış proteinlere örnek ___ ve ___ gösterilebilir
Anormal biçimde katlanmış proteinlere örnek prion ve amiloid madde gösterilebilir
Denatürasyon (Yapısal değişim)
Reversibl-
Irreversibl-
Reversibl= ikincil & birincil yapı korunur
Geri dönüşümsüz= birincil yapı korunur
Proteinler amfoter maddelerdir, bu özellikleri sayesinde
- Proteinlerin hem baz hem asit bağlama özellikleri vardır.
• Proteinlerin hem negatif iyon hem pozitif iyon bağlama özellikleri vardır .
• Proteinlerin su bağlama ve bağlı suyu verme yetenekleri vardır.
• Proteinler, elektriksel alanda farklı hızlarda göç ederler.
Enzimler reaksiyonların istenen ____, ____, ____’de gerçekleşmesini sağlar
istenen
Hız
Özgüllük
Düzenleme de (metabolik yolaklar değişen şartlara adaptasyon için enzimler tarafından düzenlenir)
Enzimin aktif bölgesi __ ve __ olmak üzere iki bölümden oluşur
Enzimin aktif bölgesi bağlanma bölgesi ve katalitik bölge olmak üzere iki bölümden oluşur
İzoenzimler
protein olmayan enzimler
Katalizlediği reaksiyon aynı ama yapıları farklı, >2 subunitten oluşur
katalitik rna & katalitik antikor
Metabolit =
Metabolik yolakların Özellikleri:
Metabolit = Metabolizma sonucu oluşan ara ürün ve ürünlerdir.
Metabolik yolakların Özellikleri:
1. Metabolik yollar geri döndürülemez
2. Katabolik ve anabolik yollar farklı olmalıdır
3. Her metabolik yolun bir ilk hız kısıtlayıcı adımı vardır
4. Tüm metabolik yollar düzenlenir
5. Spesifik lokalizasyonlarda (kompartmanlarda) gerçekleşirler.
Enzim spesifitesi
- Mutlak
- Grup
- Bağ
- Stereokimyasal spesifite
Enzim işlevini etkileyen faktörler
Reaksiyon Çevre şartları:
Reaksiyona İç Etki (Bileşenlerin Etkisi):
Reaksiyona Dış Etki:
Reaksiyon Çevre şartları:
Sıcaklık, pH, iyonik içerik (optimum olacak)
Reaksiyona İç Etki (Bileşenlerin Etkisi): [E], [S], [Ü]
Reaksiyona Dış Etki: [Aktivatör], [İnhibitör]
Hemoprotein, metalloprotein
Hem içeren proteinler
miyoglobin [1 hem] - tersiyer yapı
hemoglobin (dimerik) [4 hem] - kuaterner yapı
Hemoglobin 4. yapısı disulfid bağ ve kovalent bağ içermez- hidrofobik,hidrojen,tuz köprüsü içerir (nonkovalent bağlar)
Hemoglobin’e reversibl oksijen bağlanmasını (affinitesini) etkileyen faktörler
Oksijen düzeyi- Hemoglobin subunitelerine Oksijen bağlandıkça diğer su üniteleri de oksijene karşı afinitelerini arttirir=kooperatif yardımlaşma etkisi
Hidrojen düzeyi- Hemoglobin subunitelerine H bağlanması oksijen affinitesini azaltır
Bifosfogliserat düzeyi-BPG oksijen seviyesi düşünce artar, oksijene affinite duser serbestleşmesi
Yaygın prostetik grup metalleri
Piridoksalfosfat, FMN, FAD, TPP, biotin
Bir metal iyonuna kofaktör olarak gereksinim duyan enzimler _________
___________ ise metal iyonu prostetik grup olarak
bulunur
Bir metal iyonuna kofaktör olarak gereksinim duyan enzimlere
metaller ile aktive olan enzimler denir.
Metalloenzimlerde ise metal iyonu prostetik grup olarak
bulunur.
İnsülin ile glükozinaz’ın regülasyonu
Adaptif kontrol - indüksiyon
Cystic Fibrozis
ve hangi sistemleri etkiler
otozomal resesif
F508 mutasyonu-Phe AA delesyonu
CFTR proteininin doğru katlanmamasına, membrana yerleşememesine neden olur.
• Gastrointestinal sistem: safra kanalı, ince barsak
• Ter Bezleri
• Solunum sistemi,
• Genito-üriner sistem
Ökaryotik hücrelerde ;
• Salgılanan,
• Golgi kompleksinde fonksiyon gören,
• Lizozomlarda fonksiyon gören,
• Plazma membranında yer alan
tüm proteinlerin ana kavşak noktası _______
endoplazmik retikulumdur
ER’DA GERÇEKLEŞEN
MODİFİKASYONLARIN AMACI
- Proteinlerin 3B yapılarını kazanmaları: (alfa heliks , beta kırmalı tabaka )
- Degradasyona uğrayacak proteinlerin işaretlenmesi,
- Proteinin intrasellüler/ekstrasellüler lokalizasyonunun belirlenmesi
- İnaktif (apo) haldeki enzimin/proteinin, aktif (holo) formuna
dönüşmesi
ENDOPLAZMİK RETİKULUMDA OLUŞAN protein MODİFİKASYONLARI
- Proteinlerin üç boyutlu yapılarını kazanmaları
- Multi-subunitli proteinlerin biraraya getirilmesi
- Disülfid bağlarının oluşması (Disülfid izomeraz)(İnsulin)
- Glikozilasyon (Oligosakkarid transferaz)
- Glikolipid takılarının eklenmesi (GPI takıları)
Proteinlerin Plazma Membranın İç Yüzeyine Tutunması ________ (_______) ile Olur
Proteinlerin Plazma Membranın İç Yüzeyine Tutunması Lipid Çapaları (Miristoillenme, 14C) ile Olur
Proteinlerin Fonk. olduğu organale yönelmesi
örn:
Lizozom enzimleri
Pürtüklü ER’de sentezlenen glikoproteinler N-terminallerinde bulunan sinyal peptidi sayesinde lümene transloke olurlar ve N-glikozilasyon başlar.
Enzimler vezikulle golgiye ulaşır.
Golgide post-translasyonel mod.
Golgide ilgili lizozom reseptorlerine bağlanırlar (Mannoz-6 Fosfat reseptörü)
Enzimler lizozoma ulaşınca reseptörler Golgiye geri döner
PROTEİNİN GOLGİ KOMPLEKSİNDEN SONRA GİDECEĞİ
HEDEFİ BELİRLER (POSTA PULU GÖREVİ GÖRÜRLER)
hangi posttransyonel modifikasyonlar?
Sülfatlanma
KH eklenmesi
Lipid eklenmesi
Fosforillenme
Mannoz-6 Fosfat oluşumu için
Mannoz rezidue’leri ______________ ile fosforillenir
Mannoz-6 Fosfat lizozoma gidecek enzimlerin golgiden aldığı posta pulu
Mannoz-6 Fosfat oluşumu için
Mannoz rezidue’leri N-asetilglukozamin Fosfotransferaz ile fosforillenir
Yanlış kodlanan bir AA fonksiyonel olmayan proteinlerin sentezine neden olur,
örn hastalık:
- _________
!! ____ mutasyonu, ___ AA ‘nin delesyonuna neden olur - __________
A-T ile; Glu-Val ile değişir
Sentezlenen protein enzim ise yer aldığı metabolik rx gerçekleşmez
örn:
- __________
Ser-14’ün fosforillenmesiyle aktifleşir, Ser14 yoksa çalışmaz - ______ Hastalığı
N-asetilglukozamin Fosfotransferaz enzim defekti, Mannoz fosforillenemez. Lizozom enzimi üretilir ancak lizozoma giremez dolaşıma katılır.
Yanlış kodlanan bir AA fonksiyonel olmayan proteinlerin sentezine neden olur,
örn hastalık:
Cystic Fibrozis (CF)-
!! ∆F508 mutasyonu, Phe AA ‘nin delesyonuna neden olur
Orak hücreli Anemi
A-T ile; Glu-Val ile değişir
Sentezlenen protein enzim ise yer aldığı metabolik rx gerçekleşmez
örn:
Glikojen Fosforilaz
Ser-14’ün fosforillenmesiyle aktifleşir, Ser14 yoksa çalışmaz
- I-Hücre Hastalığı
N-asetilglukozamin Fosfotransferaz enzim defekti, Mannoz fosforillenemez. Lizozom enzimi üretilir ancak lizozoma giremez dolaşıma katılır.
