Prokaryoter DNA: Uppbyggnad & Struktur Mutationer Flashcards by Emelie Hansson

Berätta om DNA molekylens strukturer

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Beskriv den centrala dogman

Replikation - här kopieras DNA

Transkription - här översätts DNA till (m)RNA

Translation - här kodas proteiner utifrån mRNA

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Vad beskriver nukleinsyrornas struktur nivåer?

Primärstruktur
Sekundär struktur
Tetiärstruktur
Kvartärstruktur

Primärstruktur - basernas ordning i polynukleotidsekvensen

Sekundärstruktur - ryggradens 3D konformation

Tertiärstruktur - på vilket sätt molekylen supercoilats

Kvartärstruktur - nukelinsyrors interaktioner med proteiner. T.ex. kromatin, kromosom, ribosomen

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

I vilken typ av struktur se skillnad på DNA och RNA?

Sekundärstruktur - ryggradens 3D konformation

Tertiärstruktur - på vilket sätt molekylen supercoilats

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Vad är skillnaden på en pyramidin och purin?

Pyrimidiner: består av en organisk ring

Puriner: består av två ringar

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Vilka av våra kvävebaser tillhör pyramidiner resp puriner?

Pyramidiner

Cytosin (DNA+RNA)
Thymine (DNA + RNA)
Uracil (RNA)

Puriner

Guanin
Adenin

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Vad är skillnaden på:

nukleotid
nukleosid

Nukleosid

kvävebas + socker (ribos eller deoxyribos)

Nukleotid

kvävebas + socker (ribos eller deoxyribos) + fosfatgrupp

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Vad är skillnaden på en ribonukleotid och en deoxyribonukleotid?

Ribonukleotider

karboxylgrupp (OH) på 2`

Deoxyribonukleotiden

väte (H) på 2`

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Vad tillhör DNA resp RNA

Ribos
Deoxyribos

Ribos = RNA

Deoxyribos= DNA

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Hur numereras kolen i sockerdelen?

Kolatomerna i sockret är numrerade 1’ till 5’.

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Nukleinsyrornas primärstruktur DNA

Hur ser strukturen ut?
Skillnad från RNA?
Vart är en nukleofil attack möjlig?
Binding mellan deoxyribos och bas?
Påbyggelse?

Hur ser strukturen ut
Skillnad från RNA?
- Thymin
- -H på 2`
- Stabilt
Vart är en nukleofil attack möjlig?
- O-
Hur sker påbyggelse?
- 3`
Binding mellan deoxyribos och bas
- B-glycoside

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Nukleinsyrornas primärstruktur RNA

Hur ser strukturen ut?
Skillnad mot DNA?
Vart är nukleofil attack möjlig?
Hur skär påbyggelse?
Typ av bindande mellan ribos och varje bas?

Hur ser strukturen ut
Skillnad mot DNA =
-OH grupp på 2`
Mer instabilt
uracil
Vart är nukleofil attack möjlig?
- O-
Hur skär påbyggelse?
- 3-anden
Typ av bindande mellan ribos och varje bas?
- B-glykosid

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Beskriv DNAs sekundära struktur

Ryggradens laddning
Stora glappet mätt i Ångström
Lilla glappet -II-
Diametern -II_
Mellan varje baspar -II_
Varje varv -II-

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Vart sker främst delning av dubbelhelixen?

AT-rika regioner som smälter lätt

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

dsDNA`s strängar är:

antiparallela och komplementära med varandra

How well did you know this?

Not at all

Perfectly

Hur många vätebindingar återses mellan:

Adenin och thymin
Guanin och cytosin

Adenin och thymin = 2
Guanin och cytosin = 3

Baparning genererar:

vridning av DNA molekylen

DNA kan förekomma i olika 3D strukturer

Vilka?
När ses dem?

Möjlig artefakt (dubbelsträngat DNA)
Kan förekomma vid RNA nivå (dubbelsträngat)

vanlig form

Z-form:

Man tror att DNAt strukturerar sig så här i sekvenser som är väldigt GC-rika för att få plats med nukleotiderna

Fler bindningar mellan GC än AT - tar mer plats

Beskriv denaturering av DNA

Hyperkromeffekt
Smältkurva och smälttempratur
- Vad säger tm?

DNA eller RNA abs UV ljus vid 260 nm. ssDNA absorberar med ljus än ds DNA. Således kan man mäta denatureringen vid 260 nm genom ökning av A

TM= den ten vid vilken hälften av helixstrukturen gått förlorad

Vad är palidrom?

När är de vanligt förekommande?

Sekvens som kan läsas åt båda håll men ändå bli samma som namnet “ANNA”.

Vanligt förekommande hos RNA -> tRNA, rRNA etc

DNA tetiärstruktur = cirkulärt DNA och Supercoiling

Vad menas med:

Negativ supercoiling
Positiv supercoiling
Vad heter enzym som kan ändra supercoilingen?

Negativ supercoiling = underwinding, naturligt förekommande för packning av DNA

*Positiv Supercoiling** = övervind, skär under replikering.
*kan ändra supercoilingen:** topoisomeraser

Finns supercoiling endast i en form?

Nej! Det finns i många former, bland annat cirkulärt och linjärt

Vad är en mutant?

Organism med mutation

Vad är en mutation?

Permanent förändring i DNA molekylens nukleotidsekvens (kan även vara protein)

Vad är en vildtyp?

Organism med normal (icke muterande) sekvens

Vad är en punktmutation? Vad kan en punktmutation utgöras av?

**Punktmutation** = förändring i ett enda baspar **Förändringen kan utgöras av:** * substitution (ersätta) * deletion (ta bort) * insertion (lägga till) *Deletion & insertion kan även gälla längre sekvenser (alltså inte enbart ett enda baspar)*

Vad är polymorfism? Vad är majoriteten av polymorfismer av för typ?

**Om en mutation har** skett för så länge sedan att den är spridd bland befolkningen och att över 1% av befolkningen har denna mutation kallas den en polymorfism. **Majoriteten av polymorfismer är** s.k SNP = single nucleotide polymorfism är en positionsbestämd variation i arvsmassan som berör en enda nukleotid. Till exempel:

*Substitution* Skillnaden på:

**Transition -** mutation där en purin blir en annan purin eller en pyrimidin blir en annan pyrimidin **Transverion -** mutation där purin blir pyrimidin eller tvärt om

Potentiella effekter av en mutation? **Tystmutation** **Missens-mutation** **Nonsensmutation** **Läsramsförskjutning** **Suppressormutation**

**Tystmutation** aminosyrasekvensen förblir densamma **Missens-mutation** aminosyrasubstitution **Nonsensmutation** stoppkodon introduceras **Läsramsförskjutning** fel aminosyrasekvens erhålls efter en mutation (infogning / radering) **Suppressormutation** en mutation som delvis eller helt återställer effekterna av en annan mutation. ”Fel + Fel = Rätt”

Berätta om den genetiska koden

Den genetiska informationen på DNA och mRNA är en **triplettkod, dvs tre baser kodar för en aminosyra.** mRNA sekvensen kan således **läsas på olika sätt** hur koden är bara en triplettkod. Man talar om “läsramar” (läsramar).

Vilka är orsakerna till skador på DNA i levande celler?

**Spontana förändringar** bortklyvning av purinbaser eller deaminering av cytosin till uracil **Replikationsfel** DNA-polymeras som gör fel vid DNA-kopieringen **Kortvågig strålning** Energirik γ-strålning kan generera enkel- eller dubbelsträngsbrott på DNA molekylens-sockerfosfatryggrad **Kemiska agens som orsakar mutation** metylering av DNA-baser, deaminering, syreradikaler från reaktiva oxidanter

Vad är Ames test? Hur går det till?

**Ett test som används för att undersöka ett ämnes cancerogenitet (aka mutagenicitet).** 1. Man gör en substitution/frameshift-mutation av en salmonellabakterie *(kräver histidin för tillväxt)* i en histidin-producerande gen så den inte kan producera histidin. 2. Man odlar den misstänkta mutagenen på två histidin-lösa men berikade agarplattor. Till den ena adderas det ämne man misstänker vara mutagent *(leda till cancer, hög mutationsgrad)* 3. Om mutagen-behandlad salmonella lyckas proliferera och växa mycket jämfört med den obehandlade förstår vi att den har hög mutagenicitet då den återfått histidin-produktion och har hög mutationsgrad tack vara mutagenet som tillsattes. Mutagenet är bekräftat cancerogent. (Pga salmonella-baserad är metoden inte perfekt för människo-utredningar...)