Eukaryot Transcription Flashcards
Alla olika celltyper i en multicellulär organism innehåller:
samma DNA.
Om man tar cellkärnan från en hudcell och sätter in den i en äggcell utan cellkärna så Kommer grodan:
utvecklas normalt- hudcellen innehåller all information !!
Från studier där man studerat RNA uttryck i olika celler har man noterat att celler uttrycker mellan____ av sina 30 000 gener?
30-60%
Det finns ung 21000 protein-kodande gener och 9000 non-koding RNA gener i humans. När man tittar på mönstret på RNA uttrycket i olika humana cell typer så ser man att nivån av nästan alla gener____ från en celltyp till en annan.
varierar
Olika celltyper kan uttrycka olika gener ( som kodar för RNA och proteiner) men vissa är gemensamma för alla celltyper.
Förklara detta.
- Många processer är samma i alla celler så vissa gen produkter uttrycks i alla celler tex RNA och DNA polymeraser, reparations proteiner, enzymer som är involverade i den ”normala” metabolismen och många av de gener som formar cytoskelettet såsom aktin. (Jmf med housekeeping genes in prokaryoter)
- Tyrosin aminotransferas (bryter ner tyrosin i mat) uttrycks i levern men inte i andra celltyperna.
Även om det är en stor skillnad av mRNA nivåer mellan olika celltyper så kan skillnaden underskattas, varför?
eftersom det finns en massa steg efter RNA produktionen som kan påverka proteinkoncentrationen av ett speciellt protein!!
Hur många nivåer finns de att påverka koncentrationen av ett protein i eukaryoter? Vilka är dem?
7 st

Hur många RNA-polymeraser har den eukaryota kärnan? Vilka är dem?
RNA polymeras I - de flesta rRNA gener
RNA polymeras II - alla proteinkodande gener, miRNA-gener och gener för andra icke-kodande RNA (ex. de i spliceosomer)
RNA polymeras III - tRNA-gener, 5S rRNA gener och gener för många andra små RNA
Mitokondriellt RNA polymeras (ses utanför)

Vad är:
- snRNAs
- miRNAs
- siRNAs
- *snRNAs** = small nuclear RNA-splicing
- *miRNAs = microRNA**- regulate gene expression by blocking translation
- *siRNAs =** small interfering RNA- turn of geneexpression by directing degradation.)
RNA polymerase I, II and III har flera subenheter gemensamt men har några specifika. Den viktigaste specifika är ___ och den tillhör___
CTD hos POL II
Den största subenheten av RNA polymerase II innehåller en essential C-terminal Domän (CTD) som består av:
Heptapetide Repeat (52X) = Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser- Pro-Ser
Alla tre polymeraserna har fem subenheter som är homologa till: ______ + ytterligare ____ gemensamma
till 2 alfa, b, b’ och w (omega) subenheterna i E.coli RNA-polymeraset.
+ ytterligare 4 gemansamma
RNA polymeras II ansvarar för:
syntesen av mRNA
mRNA:t i eukaryoter processas:
på massa olika sätt jmf med hos prokaryoter
Vad behöver RNA-polymeras för att binda till rätt promotor?
Generella transkriptionsfaktorer (GTF)
Ge exempel på generella transkriptionsfaktorer och dess roll i transkriptions-initiering av RNA polymeras II?
TFIID, har subunits TBP (1) och TAF (11)
- TBP känner igen TATA-boxen
- TAF känner igen andra DNA-sekvenser nära transkriptionens startpunkt och reglerar DNA-bindning av TBP
TFIIB - känner igen BRE-element i promotorn. Accurately placerar RNA polymeras i transkriptionens starting site
TFIIF stabiliserar RNA polymeras-interaktionen med TBP och TFIIB. Hjälper även att locka till TFIIE och TFIIH
TFIIE attraherar och reglerar TFIIH
TFIIH virar upp DNA vid transkriptionens startpunkt, fosforylerar Ser5 från RNA polymerasets CTD. Frigör även RNA polymeras från promoton
Beskriv initieringen vid eukaryot transkription
Vad händer när RNA-polymerasets ska binda till operonet?
- TBP är en subtyp av tf2d som binder till tata-box
- TF2b binder sedan in till komplexet vilket rekryterar rna-polymeras 2
- tf2f stabiliserar dna polymerasets interaktion med komplexet
- tf2e rekryterar tf2h till promotor
- tf2h:
- Har helikas-aktivitet som skapar en transkriptionsbubbla vid startstället så att template-strängen exponeras och vi får ett “open complex”. Detta kräver ATP
- Fosforylerar CTD-svansen på RNA-polymeras II som då lossnar från de andra transkriptionsfaktorerna och genen börjar transkriberas
Vad är TATA boxen?
En DNA-sekvens dit TBP och TFIID binder in på operonet
Denna sekvens ligger 30 nukleotider uppströms från transkriptionens startställe
Vad är preinitiation complex och vad är dess funktion?
- Komplex av RNA polymeras II och 6 st generella transkriptionsfaktorer: TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIE och TFIIH.
-
Komplexet:
- positionerar RNA-polymeras vid gen transcription start sites
- denaturerar DNA och positionerar DNA:t som ska transkriberas i RNA-polymeras II aktiva säte
Vilka två viktiga funktioner har TFIIH?
- Har helikas-aktivitet som skapar en transkriptionsbubbla vid startstället så att template-strängen exponeras och vi får ett “open complex”. Detta kräver ATP
- Fosforylerar CTD-svansen på RNA-polymeras II som då lossnar från de andra transkriptionsfaktorerna och genen börjar transkriberas
Vilka tre faktorer behövs när TFIIH fosforylerar CTD så att elongeringsfasen i transkriptionen kan börja?
- Capping-faktorer
- Splicing-faktorer
- Polyadynelering-faktorer - faktorer som processar 3’-änden
När transkriptionsfaktorn TFIIH fosforylerar CTD på Polymeras II så signalerar det att:
initieringen är klar och Elongeringsfasen kan börja.
Beskriv elongeringsproteinernas funktion i elongeringsfasen av transkriptionen?
Elongeringsproteiner binder in till Polymeras II och dessa stimulerar Pol II aktiviteten så att Pol II blir processivt
(Förhindrar att transkriptionen pausas)
Vad innebär det att ett enzym är mer eller mindre processivt?
Processivitet = ett enzyms förmåga att katalysera “reaktioner i följd utan att släppa sitt substrat”
Ex. antalet nukleotider ett polymeras kan addera i transkriptionen innan det lossnar från sin template strand


