post-transcriptional modification-mRNA

Question 1

אילו שלושה תהליכים נכללים בעיבוד שלאחר תרגום?

Answer 1

5 CAP

POLY A

SPLICING

Question 2

מי משלושת תהליכי עיבוד המרנא איננו חיוני

Answer 2

POLY A

לעומת זאת 5 קאפ הוא מאסט וחיוני מאוד- כי שם הריבוזום עוגן!!

Question 3

הוספת 5 קאפ

מה תפקידה=5 תפקידים

מהו הקאפ?

Answer 3

הקאפ בנוי מגואנין כלומר מGTP ממותל!!

תפקידים

א. נקודת העיגנה לריבוזום בתחילם התרגום

ב. מגן מפני פירוק של נוקלאזות התקופות את קצה 5

ג. מאריך את זמן מחצית החיים

ד. מייעל לבערך פי 1000 את היציאה מהגרעין החוצה

ה. חיוני לספלייסינג תקין

TLDR

הגנה מפירוק, הארכת זמן מחצית החיים, חיוני לספלייסינג, יעול היציאה מהגרעין, מהווה תחנת עגינה לריבוזם

Question 4

כמה זמן מהרגע שסונטז המרנא מוסף 5 הקאפ?

באיזה סוג קשר מתחבר

7MG לקצה 5?

מי חיוני לגיוס הקומפלקס שיוצר את הקאפ?

Answer 4

הכובע מתיל גואנוזין מונח אחרי שהפולימראז יצרף 30 נוקלאוטידים בערך. מיד לאחר מכן תתחיל לפעול מערכת אנזימטית שתצרף את המתיל גואנוזין שנקרא גם

7MG

אני לא אפרט את המגנון כי אני לא באמת אזכור את זה אלא רק את הנקודות החשובות:

א. גואנוזין שמחובר לו מתיל מתחבר בקשר פוספואהידרידי לקצה 5- בקשר מיוחד שנקרא קשר 5-5

בין שני הריבוזים

ב. זנב ה

CTD

חיוני להתליך, הוא מגייס את הקומפלקס האנזימטי שעושה זאת

ג. בלי הקאפ אין תרגום

המ

Question 5

איזה מולקולות מרנא לא עוברות פוליאדנילציה?

Answer 5

של היסטונים

וחיידקים כמובן

Question 6

מה תפקיד ה

PLOY A

5 תפקידים

Answer 6

א. יצוב- מאריך את זמן מחצית החיים, שבלעדיו עומדת על 30 דק’

ב. הגנה מפני נוקלאוזות

ג. סיוע ביציאה מהגרעין

ד גיוס פאקטורי שחבור

ה. יעול התרגום תוך כדי יצירת פוליזום

Question 7

POLY A

מוסף לקצה 3

נכון או לא?

Answer 7

לא, הוא מוסף באמצע!

CF2

חותך באמצע

Question 8

תהליך הפוליאדנילציה

איך מונח הזנב האדנילי?

חלבונים משתתפים

מדוע חלק מהזנב מסונטז מהר וחלק לאט?

Answer 8

התיאור הבא כולל מלא דימויים הזויים כי זה פשוט משעמם מחץ

א. הפולימראז משעתק בסבבי שלו עד שהוא מגיע ל

UTR 3 untranslated region

שם הוא נתקל ברצף AAUAAAA- זה לא רצף טרמינציה

ב. לרצף אוואהההה נקשר חלבון בשם

CPSF- לצורך העניין שלנו נקרא לו עמרי כספי

וקשירתו גורמת לגיוס של חלבון אחר בשם

PAP- פפ גוורדיולה

ג. הפולימראז ממשיך בשלו, הוא משעתק רצף עשיר ב ג’י סי אליהם נקשרים

cleaving factors- CF2 CF1

כאשר הראשון הוא סתם חפשן והשני הוא זה בעל הפעילות של אנדונוקלאז

הקשירה שלהם מתווכת בקשירה של חלבון נוסף שפועל כחלבון גייס

CSTF- הוא הסקאווטר

. חותך 10-35 בסיסים מהיו.טי.אר במורד הזרם לרצף הוואאאאאאאאההה CF2 .ד הבסיסים הללו יהוו את הפריימר לפולי איי שלנו

ה. לאחר החיתוך

PAP גוורדיולה נכנס לפעולה

הוא מפלמר 20 בסיסים לאט, ואז 200 בסיסים מהר

ו. כדי לייצב את המגה זנב הזה שהוא בונה , אחרי 20 בסיסים מגיע הבן שלו

PAB פאבלו

והוא מייצב את הסליל כל 20 בסיסים.

ז. לאחר פילמור 200 בסיסים הבן השני של פפ גוורדיולה.

PAB2 מאותת להפסיק את הפילמור

Question 9

האם צריך תבנית כדי לייצר את הפולי איי? מה חייב בכל מקרה?

Answer 9

לא צריך תבנית אבל כן חייב פריימר שעשוי מ10-35 בסיסים ש

CF2

חותך דאונסטרים לרצף אוואהההההההההה

Question 10

הגדר אקסון

Answer 10

רצף שמקורו בדנא, עובר שעתוק ומופיע ב

MRNA הבוגר

*יש אקסונים שלא מתורגמים, זה לא תנאי! רק שיהיה בבוגר

Question 11

הגדר אינטרון

Answer 11

רצף שמקורו בדנא , עובר שעתוק אבל לא מופיע ב

MRNA הבוגר!!

Question 12

מה זה לולואות R

Answer 12

כזה. שאין היברידזציה בגלל שחבור וסילוק אינטרונים

Question 13

מהו מקור הפוספט לקשר שנוצר בין

ה5 קאפ הגואנוזיני למרנא?

מהו אחוז הפוספטים הרדיואקטיבים שהיינו מקבלים במרנא אם היינו שמים

G7M

בתמיסה?

Answer 13

הגואנוזין מוספח לקצה 5 בקשר 5-5 פוספואנהידרידי תוך איבוד פירופוסט כלומר כל נוקלאוטיד בא עם 3 פוספטים לקשר אבל הגואנוזין איבד שניים מתוכם

לכן 2 פופוסטים מקורם במרנא ו1 מקורו בגואנוזין המסופח ככיפה.

אחוז הגוואנוזין הוא 33.3%.. שלישי מגיע ממנו שני שליש מהמרנא

Question 14

5/3 UTR- אינטרון או אקסון?

POLY A- אינטרון או אקסון?

5CAP- אינטרון או אקסון

Answer 14

UTR 3/5 - אקסונים הם כן מצויים במרנא הבשל

POLY A , 5CAP- לא זה ולא זה, הם לא מקודדים בדנא

Question 15

שחבור

מהם שלושת הרצפים השמורים

מי זה הברנצ’ סייט

מה הוא עושה?

Answer 15

ברמה הכימית- שחבור:

א.הריאקציה מבוססת על 3 רצפים שמורים:

GU: בצד 5 של האינטרון-דונור

AG: בצד 3 של האיננטרון-אקספטור

אלו הם אתרי חיתוך

A: שמצוי 2/3 הדרך של האינטרון והוא מהווה את את ההדבקה-A site

המנגנון כולו מבוסס על התקפה נוקלאופילית שמבצע ה

OH של A

על G בקצה 5

או בקיצור a site on the donor

Question 16

מהן

snRNPS

מהן שלושת הרכיבים של הספלייסזום

Answer 16

חלבון שמכיל גם

gRNA

שמרכיבות את הספלייסזום- קומפלקס חלבונים שמוציא לפועל את ריאקצית השחבור.

הספלייסזום מכיל 4 מרכיבים- חלבון, רנא ויוני מגנזיום.

תפקידו של הרנא מוביל:

הוא עושה זיווגי בסיסים עם הרצפים השמורים שמכילים את הדונור, אקספטור והברנצינג איי סייט.

ץפקידו הוא להכיוון את מרכיבי הספלייסום לנקודות החיתוך

Question 17

האם ריאקצית השחבור מצריכה

ATP

Answer 17

כל הקשרים שנשברים זה מה שנוצר

אבל המיקום של חלבוני הספלייסוזום מצריך אנרגיה.

אז בגדול כן, אבל לא לצורך יצירת קשרים!!

Question 18

איפה ריאקצית השחבור מתרחשת

Answer 18

עיקרונית- גרעין

יש יוצא דופן קטן שהוא הספלייסוזום הקטן שפועל בציטוזול.

הוא מטפל בחלק מינורי מאוד של אקסונים והדבר היחיד שנקח מזה ששחבור מתרחש בעיקר בגרעין אבל גם בציטוזול

Question 19

מהם ששת חלבוני ה

snRNP?

Answer 19

U1 U2 U4 U5 U6 U2AF

לזכור שU3

לא פה!!

הוא בגרעינון ואיננו קשור

Question 20

באיזה מהקופלקסים של הספלייסוזום מתקבלת לולאת לריאט?

איזה snRNP

מצויים בו

Answer 20

קומפלקס C

מכיל את U6 U5 U2

Question 21

מה עושה חלבון BPP

Answer 21

בכללי סדר הקומפלקסים הו

EABC

BPP -BRANCHING POINY PROTEIN

ריאקצית השחבור מתחילה בקישור של U2

לאתר הדונור וכן קישור של

BPP

שתפקידו הוא לזמן את

U2AF

שנקשר לאקספטור

Question 22

מה תפקידו של

U2AF

Answer 22

נקשר בסמוך ל

A SITE

כתוצאה מקשירת

BPP

הוא מעיף את BPP

ושם במקומו את U2

Question 23

איזה תת יחידות נשארות בסוף על האינטרון שסולק?

Answer 23

U2 5 6

הן מזמנות פרוטאזות לפרק את האינטרון

Question 24

איזה תת יחידות של הספלייסוזום קושר

ה

acceptor site?

Answer 24

תחילה את U2AF

ןאז U2

Question 25

איזה תת יחידות של הספלייסוזום קושר

ה

donor site?

Answer 25

תחילה את U1

ואז U6 שמאפשר את הקירוב

ליצירת לולאת לריאט

Question 26

מהי התיאוריה לגבי המקור האבולוציוני של הספלייסוזום?

Answer 26

מאמינים כי המקור של כל המולקולות שיש להם

RNA

בעל פעילות קטליטית כלשהי או של זיהוי כמו במקרה הזה הוא

בריבוזים.

זה בולט מאוד בחיידקים שלא עושים שחבור קלאסי אבל כן יש להם את

RANSE 3

שפועל במנגנון העריכה של הרנא הריבוזומלי הפרוקריוטי

Question 27

חלק מהאינטרונים מסוגלים לשחבר את עצמם החוצה בלי שום עזרה של חלבון או ספלייסזום

הם נחלקים לשתי קבוצות

גרופ 1 וגרופ 2

מה ההבדלים בינהם מבחינת:

נקודת הבראנ’צינג

יצירת לולאת לריאט

שימוש באנרגיה

Answer 27

גרופ 1

branch point is G-OH

G בקצה הדונור חופשית

יש הוספה של נוקלאוטיד

אין יצירה של לולאת לריאט

גרופ 2

branch point is A-OH

בקצה הדונור יש A

שהוא חלק מהרצף

יש יצירה של לולאת לריאט

אין הוספה של נוקלאוטיד

בשני המקרים זה לא מצריך ATP