שעתוק יוקריוטי

Question 1

ביוקריוטים יש 3 רנא פולימראזות- ניתן להבחין בינהן באמצעות הבדלים ברגישות לרעלן אלפא אמנטין. כיצד יגיב רנא פולימראז 1 2 3

Answer 1

RNA pol 1- לא רגיש

RNA pol 2- הכי רגיש - עיכוב מלא 1 פיקוגרם

RNA pol 3-עיכוב חלקי- רק בריכוזים גבוהים -100 פיקוגרם

Question 2

מאיזה שישה אלמנטים בנוי הפרומטר הגנרי היוקריוטי?

the core promotor

Answer 2

נחלק את ההסבר ל 2:

אפסטרים לנקודת השעתוק:

BRE:

קושר את פקטור השעתוק TF2B

TATA BOX

לא בהכרח קיימת בכל פרומוטר

דאון סטרים לנקודת השעתוק:

DCE- down stream control element

שכולל בתוכו:

MTE DPE

תפקידו של הפרומטר הוא לאתחל שעתוק. זה לא אתר הקשירה של הפולימראז

Question 3

מה תפקידיו של זנב ה

CTD

על תת יחידה RBP1

3 תפקידים

Answer 3

מעבר מאינציאציה לאילונגציה

זימון חלבונים הקשורים להנחת הפולי איי ו 5 קאפ

זימון פאקטורים המסייעים בשחבור

Question 4

מה תפקידם של ה

GTF

?

Answer 4

זהו סט של חלבונים שתפקידו הוא אחד- לגייס פולימראז לפרומוטר ולהתחיל שעתוק.

Question 5

באיזה סדר נקשרים לפרומוטר פאקטורי השעתוק?

דרך איזה תעלה זה קורה בדנא?

לאן ספציפית הם נקשרים?

מיהו TBP,

מה המבנה שלו ומה הוא עושה ל

DNA

Answer 5

קודם נקשר

TBP- TATA binding protein

לרצף טאטא, דרך התעלה ההקטנה של הדנא - הוא מעקם אותה קצת כדי להיכנס. חשוב לציין שהוא קיים תמיד, גם איפה שאין רצף טאטא . הוא מונומרי זהו פאקטור אוניברסלי שקיים בכל הפולימראזות.

לאחר מכן נקשרי פאקטורים מסוג

TAF

בסדר הבא

דב פאה:

TF2D >TF2B>TF2F>TF2E>TF2H

Question 6

מהם רצפי בקרה פרוקסימלים-RE- response elements

מהם אינהנסרים?

התייחסי למיקום ותפקיד

Answer 6

שנהם- משפיעים על ביטוי של גנים בתגובה לקשירה של מולקולה חיצונית

RE- רצפים של דנא שיושבים תמיד במעלה הזרם ומהווים אתר קישור נוסף לפאקטורי שעתוק. מצויים בציס ותגובתיים לאינדוסרים שונים כמו הורמונים

אנהנסרים- רצפי דנא שמצויים בטרנס כלומר רחוק מאוד מהגן שעליו הם משפיעים או בציס אם ישועתק/יוגבר/יושתק. הם לא פועלם בתגובה למשרנים אלא תלויים בחלבונים קושרים דנא ייחודי לרקמה רצף דנא זה יכול לפעול הן כאינהנסר והן ורפרסור - תלוי מה נקשר אליו. זהו רצף שיוצר מבנה מרחבי יחודי עצמאי ובכך הוא משנה ביטוי של גנים. אינבנסרים נקשרים לTAD

הם פועלים תחת קומפלקס מורכב יותר שנקרא אנהנסוזום.

מסוגלים להגביר את פעילותו של TF2D

וכן של חלבוני רימודלינג CRP

הכרומטין מסוגלם להתקפל למבנים שלישוניים בכך לייצר אינטראקציות מרוחקות עם אינהנסרים.

Question 7

GTF

מהו המבנה הכללי של פאקטור שעתוק ?

איזה אתרים חייב שיהיו בו

Answer 7

לכל פאקטור שעתוק יש

DBD- dna binding domain

TAD-trascription activating domain

SSD/LBD-אתר קושר ליגנד (לא חייב)

חייב שיהיה רק את TAD BDB

Question 8

כיצד פועל אתר קושר דנא

DBD

בפאקטור שעתוק כללי?

איזה חומצות אמינו נצפה למצוא שם?

Answer 8

מייצב את המבנה הרביעוני שנוצר בדנא כדי להתקרב לאזור מרוחק.

איך?

באתר שיוצר קשר עם הדנא נרצה למצוא חומצות אמינו חיוביות כי הדנא שלילי (לא”ה)

בנוסף יהיה גם יום אבץ כמו בלאוצין זיפר. האבץ יוצר קשרים קואורדיטיבים עם ציסטאין והיסטדין- תפקיד האבץ הוא רק לייצב את המבנה הוא לא עושה קשרים עם אף אחד

בסוגים של אתרים קושרי דנא:

1. בעלי אבץ
2. הומו דומיין- בעלי מבנה הליקס לופ הליקס
3. לאוצין זיפר

Question 9

איזה מבנים אפשריים נצפה למצוא באתר מפעיל שעתוק

TAD

Answer 9

א. דומיין חומצי

ב. דומיין עשיר בגלוטמין

ג. דומיין עשיר בפרולין

החוק הכללי הוא לשרב פאקטורי השעתוק יהיה אתר קישור אחד אבל יותר מאזור אקטביציה אחד

Question 10

מה תפקידו של

TF2D

Answer 10

באמצעות שני חלבונים נקשר לפרומוטר באמצעות שני חלבונים

TBP - טאטא בינדינג

TAF- נקשר לרצף שאיננו טאטא

Question 11

תפקידו של

TF2B

Answer 11

נקשר לרצף BRE

Question 12

תפקידו של

TF2F

Answer 12

אנלוג של תת יחידה סיגמא

מאפשר את הרפיית הקשר בין הפולימראז לדנא

מגייס את הפולימראז לפרומוטור

Question 13

תפקידו של

TF2H

Answer 13

H for helicase

פורם את הסליל לאחר שהפולימראז עוגן

מזרחן את זנב הCTD

של RBP1

פועל כקינאז והליקאז

Question 14

TBP

מבנה

מנגנון פעולה

Answer 14

על אף שמו , הוא מסוגל להיקשר גם לרצפים שאינה טאטאט. ולחיוני לריאקציה של כל שלושת הפולימראזות עם הפרומוטר שלהם.

מבנה: מונומר בעל סימטריה דו צידי. יש לו שרשרת גלוטמין בקצה ה

N טרמינלי

מנגנון: נקשר לקבוצת פוספט טעונה שלישית באמצעות חומצות האמינו החיוביות שלו כמו ליזין וארגינין , הוא מעוות את מבנה הדנא עי דחיפה של שיירי האר שלו בין הבסיסים . דחיפה של פנילא לנין דרך התעלה הקטנה מכופפת את מבנה המולקולה ומקלה את הקשירה של הפולימראז .

Question 15

מהו אינסולייטור?

Answer 15

רצף דנא שקשור חלבון מבודד ומונע השפעות של פאקטורי שעתוק ואינהנסרים על פרומוטרים שלא צריכים להיות מושפעים מהטראסקריפשן פאקטורי שמתרחש בסביבתם.

בעצם מונע זליגה של שעתוק למקומות שלא צריך

insulator is an isolator

Question 16

RE

רספונס אלמנטס מופעלים בתגובה לאות חיצוני- כיצד הם מקבלים סיגנל אם הם כלואים בגרעין? במה היא מותנת?

Answer 16

מסתבר שיש רצפטורים גרעיינים שמאפשרים כניסה שלהם לתוך הגרעין אך היא מותנת בדימרזיציה על מנת להיקשר לרספונס אלמנט שלהם

Question 17

מהו המסלול הנפוץ של פעילות

RE

דרך החלבון CREB

מה עושה CBP

Answer 17

high cAMP> CREB is being activated>he binds to his RE> RE recruits CBP >CBP increases the RNA pol affinity to TAD sequance

CBP=חלבון שעוזר לגייס את הפולימראז

Question 18

אחת הדרכים להוכיח שאזורים מרוחקים מתקרבים זה לזה בדנא היא באמצעות שיטת

C3

מהם שלושת השלבים שלה?

Answer 18

א. הקפאה באמצעות פורמלין

ב. משנים את

PH

כדי להיפטר מהחלבונים ונוכל להסתכל נטו על הרצפים שנקשרו זה לזה

ג. PCR וליגציה

אנחנו רוצים לראות ששני אזורים מרוחקים התקרבו איך נדע?

ליגאז יאחה את כל המקטעים שחתכנו עם אנזימי רסטרקציה

נעביר את ההיבריד בPCR

ונגביר את המקטע

נעשה ג’ל אלקטרופורזה ונראה מה יצא- אם יש גדיל אחד סימן שיש קומפלמנטציה בין שני המקטעים אם לא אז אז סימן שאין באמת חיבור שכזה.

לזכור שעושים: אלקטרופורזה, אנזימי רסטרקציה, ליגציה, שימוש בפורמלין, הורדת

PH,PCR

אין פה שום דבר פלורסנטי!!!!! לא לפול בפח