מבנה הכרומטין והיסטונים Flashcards
לפרוקריוטים- יש כרומטין?
לא, יש מבנה דחוס יותר אבל זה לא כרומטין
איזה חלבונים אחראיים לדחוס את הDNA
הפרוקריוטי?
SMC
היחידה שאורזים את ה
DNA
שלהם בפיתולי על חיוביים הם
תרמופילים
האם האמירה הבאה נכונה
בפרוקריוטים אין בשום מצב היסטונים
כן, ולא כדאי לפול על הקקי הזה
לחיידקים יש חלבוני SMC
לארכאה יש H4 H3
אממה- ארכאה זה מחלקה בפני עצמה הם אומנם נקראים חיידקים קדומים אבל הם לא בקטגוריה של פרוקריוטים אלא לצדה :)
השלם
היסטונים הם חלבונים בעלי מטען ___ והם נקשרים לדנא בעיקר בקשרים ___ כי הוא נושא מטען ___.
חומצות האמינו המרכזיות הבונות את ההיסטון הן___ וגם ___
השלם
היסטונים הם חלבונים בעלי מטען _חיובי והם נקשרים לדנא בעיקר בקשרים אלקטרוסטטים כי הוא נושא מטען שלילי.
חומצות האמינו המרכזיות הבונות את ההיסטון הן ליזין וגם ארגינין
איזה חמישה סוגי קשרים עושים היסטונים עם ה
DNA
א. H2B H3 H4
הם בעלי מטען כולל חיובי ולכן הן יוצרים קשרים אלקטרוסטטים עם הדנא הטעון שלילית בגלל הפוספטים שלו
ב. קשרי מימן בין הדנא לבין קבוצות האמיד
ג. קשרים לא פולארים ביןההיסטון לדאוקסיריבוז
ד. גשרי מלח בין הקבוצות הצידיות של ליזין וארגינין בעיקר לקבוצות הפוספט
ה . קשרים לא ספציפים בין התעלה הקטנה לקצוות האמינים של
H3 H2B
חומצותהאמינו המרכזיותבונות את ההיסטונים ליזין וארגינים נקשרות ל..
לפוספט של הDNA
כי הן חיוביות
דרך איזה תעלה ההיסטונים נקשרים לדנא?
הקטנה- כי הם לא מזהים רצף
היסטון H1
מוטיב היסטון:
ליזין- יש או אין
זנב אמיני- יש או אין
מודיפיקציות- כן או לא
יוצר נוקלאוזום כן או לא
בכמה הוא דוחס את הדנא
מה תפקידו
היסטון H1
מוטיב היסטון: פעמיים מוטיב היסטון
ליזין- יש או אין:אין
זנב אמיני- יש או אין- אין
מודיפיקציות- כן או לא-לא
יוצר נוקלאוזום כן או לא: לא
בכמה הוא דוחס את הדנא: מ10 ננומטר ל 30
מה תפקידו: מאפשר יצוב של המבנה הזיגזגי של הנוקלאוזומים.
מהם היסטוני הליבה
איזה נקרא המבנה שהם יוצרים ומכמה תת יחידות הוא בנוי
כמה בסיסים מכיל כל מבנה כזה
מה מידת הדחיסות המקסימלית של הדנא ומתי זה קורה?
בכמה אחוז יורדת יכולת השעתוק כאשר הדנא ארוז בנוקלאוזומים?
מהם היסטוני הליבה: H2a H2b H3 H4
איזה נקרא המבנה שהם יוצרים ומכמה תת יחידות הוא בנוי - נוקלאוזום, בנוי משמונה תת יחידות- אוקטמר
כמה בסיסים מכיל כל מבנה כזה :147 זוגות בסיסים
מידת דחיסות מקסימלית: 700 ננומטר, קורה במהלך המיוזה, כל הכרומוזום מגיע ל1400
יכולת השעתוק יורדת ב 75%
מהם הסיטוני ה
LINKER
H1 H5
כמה זוגות בסיסים מצויים בכרומטין פעיל ולא פעיל
בכרומטין לא פעיל- יהיו 197 בסיסים, רמת הדחיסות שם יותר גבוהה הודות לנוחכות היסטון H1 לינקר-
נניח כרומוזום או חלק שלם בגנום שהוא מושתק לגמרי , נגיד גנים שמקודדים לחלבוני הרטינה לא יהייו מבוטים בעור אז האזור מושתק HARD CORE
בכרומוזום פעיל- יהיו 147 זוגות בסיסים ואין בו היסטון H1
שמוסיף עוד 50 זוגות בסיסים בערך
שארוזים ב1.67 פיתולי על שליליים
איך אפשר בדרך ניסויית לדעת שגנים פעילים הם חסרי נוקלאוזומים?
שמים
dnase
הדנאז מפרק דנא רק כשהוא ערום!
איך מתלכדים היסטונים זה עם זה ליצירת נוקלאוזום?
תחילה יחידות H3 H4
הן בעלות האפיניות הגבוהה ביותר לדנא. יוצרים דימר ואז עוד 2 יחידות זהות מצטרפות ונוצר טטמר
בשלב הבא הדנא יתחיל להתגלגל על עצמו
לאחר הליפוף הראשוני מצטרפים H2a H2b
פעמיים- כלומר נוצר אוקטמר
כל אלו יוצרים רמת דחיסות של 30 ננומטר
רמת דחיסות גבוהה יותר קשורה להתלפפות של הדנא בתוך המטריקס של הנוקלאוזומים וגם לחלבוני דחיסה אחרים
איך מתנתקים ההיסטונים מהDNA?
אציטילציה, מטילציה ויוביקויטינציה, או שיירי סרין או טראונין שיכולות לעבור זרחון.
יש הרבה דרכים לשחרר את ההיסטונים מהדנא ואחת מהן אצטילציה - הוספה של אצטיל (שהוא קבוצה שלילית) לזנבות האמינים העשירים בליזין וארגינין יוצרים אמיד- כאשר ידוע שלאמיד אף פעם אין מטען.
קומפלקס swi/snf
א. איזה חלבון אחראי לעשותא צטילציה ללזין ?
כיצד לבסוף ניתק הקשר בין ההיסטון לדנא? לאיזה משפחה שייך החלבון שאחראי לניתוק הסופי?
TLDR:סנופקין נותן נבוט אחרי שהכובע שלו עשה האצטילציה לליזין שביטלה את המטען החיובי ורופפה אתה הקשר
גרסא מפורטת:
החלבון HAT-histon acetyl transferase
מדביק אצטיל על ליזין - נוצר אמיד שהוא חסר מטען וכתוצאה מכך נחלשים הקשרים אלקטרוסטטים בין ההיסטון לדנא.
זה לא מספיק כדי לשחרר אותו וכן נכנס לפעולה
SWI/SNF
חלבון זה הוא ממשפחת ה CRC-chromatin remodeling complex
מה עושים swi snf?
נותן נבוטים! הוא פשוט מעיף את הנוקלאוזום
פעולה זו מצריכה ATP
כי בפועל זה שבירה של קשרים
איך זוכרים? לסנופקין יש כובע
HAT
אם הוא שם אותו על ההיסטון אז הוא כבר לא חיובי
יש לו גם נבוט שאיתו הוא מעיף את הנוקלאוזום
מה לא נכון
א. אצטילציה של היסטוני ליבה מושכת חלבונים חיוניים לשעתוק כמו
TAF1
ב. כרומטין מושתק מכיל נוקלאוזומים בני 147 זוגות בסיסים
ג. nuclesome positioning
היא עוד דרך בה משתחררים רצפי הדנא מהשתקה עי היסטונים , זה נעשה בעיקר הודות לאזורים עשירים ברצפים חוזרניים
ד. HAT B
אחראי לעשות אצטילציה עוד בציטוזול , ואיננו פועל בגרעין
ב- כרומטין מושתק מאופיין ב194זוגות בסיסים
הטרוכרומטין הוא מבנה ___ שמאפשר קבלת צביעה חזקה
דחוס יותר
יוכרומטין זה הפתוח
מהו החלבון
FACT
זהו פאקטור אילנוגציה של שעתוק המורכב משתי תת יחידות
SPT16 SSRP1
SPT16= נקשרת לדימר של היסוטוני
H2a H2b
והתת יחידה השניה נקשרת לטטמר של היסטוני
H3 H4
הוא פועל חלבון רימודלינג של הכרומטין ומעיף את ההיסטונים כדי לאפשר שעתוק
