שעתוק פרוקריוטי

Question 1

מה זה

UP/DOWN STREAM

לנקודת השעתוק

Answer 1

הנקודה ממנה מתחיל השעתוק קרי התחלת מסגרת הקריאה:

ORF

זה נק’ האפס.

לכיוון 3 זה

DOWNSTREAM

ולכיוון 5 מנקודה זו זה

UPSTREAM

Question 2

איזה גדיל משעתק הרנא פולימראז?

אנטי סנס או סנס?

Answer 2

דנא מתחלק כך:

כל גדיל דנא מתחלק לגדיל התבנית-אנטי סנס

וגדיל סנס (גדיל האב)

המרנא שמסונטאז יהיה זהה לגדיל הסנס, כי הפולימראז משעתק את האנטיסנס- לכן הוא ההופכי

בקיצור: מרנא פולימראז משעתק אנטי סנס

והמרנא יהיה זהה לסנס

Question 3

הרנא פולימראז הפרוקריוטי

RNA pol 1

נע בין שני מצבים

core enzyme

holoenzyme

מה כולל כל מצב

Answer 3

core- כל תת היחידות בלי סיגמא

HOLO- כל תת היחידות כולל סיגמא

Question 4

השלם

להבדיל מהדנא פולימראז שחייב__כדי להתחיל את ריאקצית הפילמור , רנא פולימראז איננו חייב ___.

בנוסף רנא פולימראז לא צריך __ כדי לפתוח בועת שעתוק. להבדיל מהדנא פולימראז, ל__ יש יכולת אינטרנזית לעשות התכה לדנא

Answer 4

השלם

להבדיל מהדנא פולימראז שחייב פריימר כדי להתחיל את ריאקצית הפילמור , רנא פולימראז איננו חייב _פריימר

בנוסף רנא פולימראז לא צריך והליקאז כדי לפתוח בועת שעתוק להבדיל מדנא פולימראז, לרנא פולימראז יש יכולת אינטרנזית לעשות התכה לדנא

Question 5

מהן ששת תת היחידות של הרנא פולימראז החיידקי

Answer 5

B B’

a -פעמיים

omega -w

sigma

Question 6

מה התפקיד של ת יחידה

a

Answer 6

יחידה החוזרת פעמיים, אחראית למעברה מאיניציאציה לאילוגנציה. יש לה זנב

CTD

שנקשר לרצפי UP

בextended promoter

Question 7

מה תפקידן של יחידות

B B’

מה ההבדל בינהן?

מי היחידה הקטליטית?איזה יון היא מכילה ואיזה חומצות אמינו?

Answer 7

יחידות B B’

אחראיות למעבר לאילונגציה.

יחידה B

היא האתר הקטילטי שמכיל שלושה אספרטט וכן יון

Mg+

Question 8

מה תפרדה של יחידה אומגה?

ω

Answer 8

אחראית לחיבור תתי היחידות ביחד- בתכלס לא ממש יודעים

Question 9

מה תפקידה של תת יחידה σ

סיגמא

האם יש רק אחת כזאת?

האם יש תלות שלה בקומפלקס ולהפך?

מה הסטטוס שלה מהרגע שהתחיל שעתוק?

מי מתת יחידות הסיגמא אחראית לזיהוי הרצף

PRINBOW?

Answer 9

אחראית לקישור לפרומוטר.

תת יחידה זו צריכה להכיר הרבה פרומוטורים

תת יחידה סיגמא לא נשארת לארוך כל השעתוק היא הכרחית רק לזיהוי הרצף, היא צפה בציטוזול וחוברת לשאר היחידות של הפולימראזות אחרות שצריך זיהוי של אתר אתחול. היא איננה יכולה לפעול ללא שאר תת היחידות

מעט אחרי שמתחיל השעתוק היא עוזבת

סיגמא 70 אחראית לזהות את רצף פרינבו

Question 10

כיצד פועל מנגנון הפעולה של תת יחידה סיגמא?

Answer 10

תת יחידה סיגמא נקשר לפולימראז, עצם הקשירה שלה מחלישה את הקשר בין הפולימראז לדנא וכך מתאפרת תנועת הסריקה.

כאשר מזהה תת היחידה את הפרומוטר המתאים היא משתחררת ומתאפשר חיזוק הקשר בין הפולימראז לדנא מחדש ופתיחת בועתק שעתוק.

Question 11

מהו שלב קובע קצב בשעתוק פרוקריוטי?

Answer 11

האיניציאציה- זיהוי נקודת השעתוק, האסמבלי של הפולימראז. להתחיל לשעתק לוקח יותר זמן מלשעתק.

Question 12

האנטיביוטיקה ריפמיצין

לאיזה תת יחידה היא נקשרת בפולימראז החיידקי?

Answer 12

בפרוקריוטים: ריפמיצין מעכבת ספציפית את אנזים הליבה (קור) וספציפית את תת יחידה בטא!!

ריפמיפצין נקשרת לתת יחידה בטא של האנזים

RNA פולימראז

של חיידקים ופוגעת באילונגציה בתהליך השעתוק

Question 13

לאיזה רצפים נקשרת תת יחידה וסיגמא בפרומוטר?

לאיזה רצפים נקשרת תת יחידה אלפא?

Answer 13

סיגמא: מסייעת בקשירת הפולימראז לרצפים ב

-35 -10

היא נקשרת בו”ז לשניהם

תת יחידה לאלפא: נקשרת לפרומוטר מרוחב- לרצפי

UP

באזור -40

באמצעות זנב הCTD

שלה זהו אזור ביחידה שיש לו אפיניות גבוהה לרצפי האפ

Question 14

על מנתק לשעתק

INVITRO

מה לא צריך:

א. HOLOENZYME

ב. תבנית גדיל דנא

ג. יוני מגנזיום

ד. dNTPs

Answer 14

ד

צריך

NTP

לא

dNTP

Question 15

כיצד בנוי הפרומוטר הקלאסי הפרו קריוטי?

כיצד הוא נקרא?

כיצד משפיע המבנה של רצפי הפרומוטר על האפיניות של הפולימראז אליו?

Answer 15

פרומטר פרוקריוטי מכיל רצפי

TATAT

שמתקבצים ב -10 -35

הוא נקרא PRIBNOW BOX

ככל שהדמיון לרצפי;

TATAAT and TTGACA

גדול יותר, כך האפיניות של פולימראז לפרומטר לרצף תגדל

Question 16

באיזה גנים לא נמצא רצפי

TATAT

Answer 16

House keeping genes

למעשה טאטא נמצא רק ב10% מהגנים

Question 17

השלם

בחיידקים , הרנא פולימראז נע באופן____- יש לו אתנחתות שמאפשרות לריבוזום לעבוד בקצב שלו וגם חל תהליך של __ תוך כדי

Answer 17

השלם

בחיידקים , הרנא פולימראז נע באופן לא רציף- יש לו אתנחתות שמאפשרות לריבוזום לעבוד בקצב שלו וגם חל תהליך של הגהה תוך כדי

כלומר- בחיידקים שעתוק והגהה מצומדים, וגם התרגום מצומד לשעתוק בזמן ובמרחב

Question 18

פרומטרים לא קלאסיים:

מהו תפקידו של רצף UP

איפה הוא ממוקם?

באיזה גנים הוא ימצא?

מי מזהה אותו?

Answer 18

• במקרים מסויימים נוצר
• extended promoter
• , הוא נקרא Up Element – הרצף הזה גורם לפרומוטר להיות חזק יותר מפרומטר רגיל.
• כיצד? יש לו נטייה מוגברת לגייס את הפולימראז אליו. הוא עשיר ברצפי TA ומצוי באזור -40.

תפקידו: הוא להגביר את הקישור של

הRNA פולימראז לפרומטר.

באיזה מקרים נמצא אותו? רצפי אפ מצויים בגנים שרוצים לבטא ביתר!!

זיהוי: עי זנב השוט הקרבוקסילי של תת יחידה אלפא

CTD

Question 19

Heat shock promoter

מה נכון

א. דומה לרצף פריבנו הקלאסי

ב. מיוצר בתגובה להעקת חום

ג. בתגובה להעקת חום משועתקים גורמי הסיגמא המתאימים לו

Answer 19

ג

הוא ממש שונה מרצף הפריבנו

הפרומטר לא מיוצר בתגובה להעקת חום אלא גורמי הסיגמאהמתאימים

Question 20

כיצד מבקרים

iNTP and ppGpp

את הפרומטר היוקריוטי באי קולי?

Answer 20

2 מולקולות קטנות בשם the Initiation NTP או בקיצור iNTP- כאשר יש שפע של iNTP

בתא זוהי אינדקציה שריכוז הנוקלאוטידים בתא גבוה ואפשר לסנטז

rRNA בכיף.

בנוסף מולקולה זו מייצבת את הפרומוטר ומגבירה את השעתוק

ppGpp שהוא סוג של alarmon

(מולקולת שליח שניונית שמיוצרת בתגובה לתנאי העקה בתא כמו מחסור חמור בנוקלאוטידים) – תפקיד לעכב השעתוק בתנאים של מחסור בנוקלאוטדים ע”י עירור הורדת היציבות של הפרומוטור

בנוסף יש גורמי σ שונים לפרומטרים שונים- זה מאפשר לשלוט על איזה פרומטר יתורגם

Question 21

אילונגציה בפרוקריוטים

השלם

פולימראז הרנא משייט על הדנא בכיוון ___ כי הגדיל הנבנה נוצר בכיוון __ תוך פרימה רגעית של הקטע המשועתק בלבד. בזמן הזה נוצר___ של דנא ורנא.

הפולימראז יוצר קשרים____ בין פחמן ___בריבוז לבין הזרחה הקשורה לפחמן ___ בנוקלאוטיד אחר.

הטופואיזומראזות שמלוות את התהליך יוצרות פיתולי על____ בחלק שכבר שועתק, ופיתולי על ___ בחלק שטרם שועתק אבל מהווה את בועת ההכפלה

Answer 21

אילונגציה בפרוקריוטים

השלם

פולימראז הרנא משייט על הדנא בכיוון 3 ל 5** כי הגדיל הנבנה נוצר בכיוון **5 ל 3** תוך פרימה רגעית של הקטע המשועתק בלבד.בזמן הזה נוצר **היבריד של דנא ורנא.

הפולימראז יוצר קשריםפוספודאסטרים בין פחמן שלוש בריבוז לבין הזרחה הקשורה לפחמן חמש בנוקלאוטיד אחר.

הטופואיזומראזות שמלוות את התהליך יוצרות פיתולי על שליליים בחלק שכבר שועתק, ופיתולי על חיוביים בחלק שטרם שועתק אבל מהווה את בועת ההכפלה

Question 22

כיצד יודע הפולימראז הפרוקריוטי להפסיק לשעתק?

2 דרכים

מה התפקיד של קודון הסיום בכל הדבר הזה?

מה מנתק את הפולימראז מהדנא ומה מנתק הרנא מהפולימראז?

Answer 22

קודון STOP

לא מורה על סיום השעתוק, אלא תוחם את מסגרת הגן בלבד! קודונים זו שפה של תרגום ולא של שעתוק!! הוא יגרום לריבוזום להפסיק לשים נוקלאוטידים אבל אין לזה קשר לשעתוק!!

אז איך הפולימראז כן מפסיק לשעתק? 2 אופציות:

1. 1. תלויה בחלבון :ROH

החלבון רו רץ במקביל לפולימראז, אממה- הוא הרבה יותר מהיר ממנו. בכל גדיל דנא ישנו רצף טרמינציה שבנויה במבנה של גבעול לולאה עשיר ברצפים פולינדרומים

הוא פועל כמנגנון אטיונציה שמאט את הפולימראז

כיצד בנוי מבנה הגבעול לולאה:

זהו עניין קריטי כי יש לו שני מאפיינים חשובים

א. אזור עתיר GC

שכאמור יוצרים שלושה קשרים חזקים– זה מאפשר את יצירת מבנה הלולאה INVERTED REPEATS

ב. אזור עתיר TT

יוצר אזור לא מזווג שגורם להתרופפות הקשר של הפולימראז עם הדנא

מבנה הגבעול לולאה : מתנתק את הפולימראז מהדנא.

ניתוק הפולימראז מהרנא: פה נכנס לעניינים חלבון רו חלבון זה נותן נבוט לפולימראז ומשחרר אותו מה מרנא. זה מצריך ATP

*חלבון רו הוא הקסמר!!

שאיננה תלויה בחלבון רו- תלוית רצף פולי איי

אחרי רצף הטרמניציה בצורת גבעול לולאה יש רצף

UUUUUUU

שעושה היברדיזציה עם AAAAAA

זהו קשר חלש מאוד שמתפרק ללא חלבון חיצוני. בגלל שהוא מאוד חלושס - רק 2 קשרי מימן.

בקיצור: טרמינציה בשני המקרים כולל את המבנה הגבעול לולאה שהוא אינברטד ריפטס של ציטוזין וגואנין שבקצה שלו יש אורציל או או אדנין שמאופיין בקשר חלש. כאשר מעורב חלבון רו הפולימראז משחרר כשהוא מגיע לנקודה חלשה, והשחרור של הפולימראז ממולקולת המרנא שנבנתה הוא כי החלבון רו שנותן לו נבוט ומשחרר אותו.

לחלופין, יכול להיות שאחרי המבנה גבעול לולאה יהיה רצף פולי איי או פולי יו שגורם לניתוק ספונטני.

Question 24

איפה נמצאאתר הקישור לחלבון רו?

מה המבנה שלו

עם איזה תת יחדיה של הפולירמאז רנא הוא מגיב?

Answer 24

אתר הקישור נמצא אפסטרים למבנה הגבעול לולאה

החלבון הוא הקסאמר

הוא מגיב עם תת יחדה של הפולימראז וגורם לשחרור המרנא ממנה.

הוא פועל כהליקאז