NGS

Question 1

Mt dynamique: n-c

Answer 1

Grande expansion (steinert)

Question 2

Mt dynamique: codante

Answer 2

• grande expansion (HD)

Question 3

Southern

Answer 3

digestion–> migration–> transfert–> hybridation sonde–> détection

Question 4

Mt dynamique technique

Answer 4

PCR standard pour voir taille + TP-PCR pour voir profil expansion

Question 5

Pourquoi pcr digitale

Answer 5

loi événéments rare: qlq c avec mt somatique, mito faiblement hétéroplasmique, suivi cancer, adn aceelulaire (foetale)

Question 6

Principe pcr digitale

Answer 6

micro-comparmentalisation (0,1 copies), quantifie copie ad 9

Question 7

Principe pyroséquençage

Answer 7

émet lumière quand incorpore nt (luciférase)

Question 8

pyroséquençage comparé à sanger

Answer 8

+: bidirectionnel, rapide, pas de photodommage, voit méthylation
-: moyen homopolymère, instrument juste pour ça, débit limité

Question 9

NGS 2e gen (short reads) protocole

Answer 9

fragmente–> enrichit(section voulu)–>lie adapteur–>amplifie–>détection

Question 10

Types de ngs 2e gen

Answer 10

illumina: fluorescence
iontorrent: altération ph

Question 11

différence 2e et 3e gen ngs

Answer 11

pas amplification pcr
+ : pas biais, librairie, préserve organisation génome, voit met

Question 12

type 3e ngs

Answer 12

Pacbio et nanopore

Question 13

explique pacbio

Answer 13

pol ancré sur lame de verre, laser voit nt qui est ajouté par fluorescence

Question 14

explique nanopore

Answer 14

nt obstrue de manière spécifique, conductance électrique permet d’interférer séquence

Question 15

Pourquoi bionano

Answer 15

reconnait réarrangement structuraux: délétions, duplications, inversions, translocations

Question 16

Quels maladies testé avec bionano

Answer 16

hémophilie a: inversion
Dysplasie des ceintures: peut être toutes les SV, mais bionano les détecte toutes

Question 17

Quand faire PCR pour adn foetale

Answer 17

séquences absentes chez la mère (Y, rhésus, mt de novo dominante, mt du père)

Question 18

quand faire ngs/pcr digitale pour adn foetale

Answer 18

séquence présente chez la mère (lié à X, aneuploidie, AR AD qu mère a mt)