MIOGLOBINA E EMOGLOBINA Flashcards
Cos’è la mioglobina?
Proteina a struttura terziaria costituita da un’unica catena polipeptidica lunga circa 145 aa. È molto ricca di alfa-eliche e si trova principalmente nei muscoli. Appartiene alla famiglia delle globine, cioè la famiglia di proteine che legano l’ossigeno. Questa proteina ha un esterno idrofilico e un interno idrofobico, in cui c’è una tasca che contiene il gruppo eme (gruppo prostetico).
La mioglobina è considerata un immagazzinatore di ossigeno, in quanto non si svuota mai completamente da esso.
Com’è fatto il gruppo eme?
È dato da una protoporfirina-9.
È una molecola planare data da un sistema aromatico costituito da 4 anelli pirrolici condensati, a cui si legano 2 gruppi propionato, 4 gruppi metilici e 2 gruppi vinilici. È presente una simmetria di disposizione di questi gruppi nella molecola. Questa proporfirina-9 lega uno ione Fe2+ (ferro ferroso).
Il gruppo eme è attaccato all’istidina in posizione 5, non è libero di muoversi. Il ferro dell’eme è attaccato alla porzione proteica mediante un legame dativo di un residuo di istidina. Questa istidina si definisce PROSSIMALE.
Qual è il ruolo dell’istidina prossimale?
Tenere fissato il gruppo eme alla proteina.
Dove si lega l’ossigeno nella mioglobina e emoglobina?
L’ossigeno si lega nella sesta posizione di coordinazione del Fe2+ che è dalla parte opposta rispetto al piano dell’eme.
Qual è il ruolo dell’istidina distale?
Non lega L’eme e si trova lì per fare ingombro sterico, così che l’affinità per il monossido di carbonio diminuisca. Il legame con il CO risulta piegato e questo favorisce una destabilizzazione in quanto la sovrapposizione degli orbitali non è così efficace. Ricordiamo che l’affinità per il monossido di carbonio è molto elevata. Le due istidine sono da parti opposte del piano dell’eme.
Parla dell’affinità per il CO
Quando è presente eme libero con monossido di carbonio notiamo che ha un’affinità elevatissima per esso. Questo significa che se è presente anche solo una molecola di CO e 25.000 molecole di O2 L’eme legherà il CO. Quando invece L’eme è nella proteina l’affinità è minore, seppur sempre elevata, ma dipende anche dalla concentrazione di ossigeno. Infatti se c’è molto più ossigeno che CO andrà a legarsi più probabilmente con l’O2.
La mioglobina legata al CO non è più in grado di legare O2 perchè il legame è irreversibile.
Cosa succede quando il Fe2+ si ossida?
Se il Fe2+ legato all’emoglobina e alla mioglobina si ossida e diventa Fe3+ (ferro ferrico) l’ossigeno legato si riduce ad acqua. Quindi il ferro ferrico non trasporta ossigeno e non è funzionale. Nel nostro organismo c’è una piccola parte di emoglobina ossidata, la Met-Emoglobina, che non è funzionale e indica un forte stato di stress ossidativo.
Cos’è l’emoglobina?
Proteina a struttura quaternaria costituita da quattro subunità, due alfa e due beta, che tra di loro si differenziano per la sequenza di amminoacidi, ma appartengono tutte alla famiglia delle globine. Questo significa che si assomigliano molto fra di loro, sia nel ripiegamento che nel tipo di amminoacidi. Le quattro subunità instaurano tra loro dei legami deboli. La funzione dell’emoglobina è quella di trasportare ossigeno, infatti si carica e si scarica completamente.
Quali sono le due caratteristiche importanti delle subunità dell’emoglobina?
L’Hb in quanto proteina tetramerica possiede quattro siti dell’eme e ciascuno di essi è equivalente e non indipendente dagli altri. Equivalente significa che i siti attivi sono identici; non indipendenti significa che ciò che accade in un sito si trasmette all’intera molecola.
Cos’è un cluster di geni?
È un gruppo di porzioni di DNA che codificano per la stessa proteina o per proteine simili tra loro. Nell’essere umano il cluster di geni che codifica per le globine è sul cromosoma 11 e sul cromosoma 16.
Osservando le sequenze delle globine e le somiglianze è possibile affermare che derivano da un progenitore ancestrale comune.
Parla dell’emoglobina adulta.
L’emoglobina adulta esiste in diverse forme, per il 98% è in forma α2β2 e per il restante 2% è in forma α2δ2 che è molto simile e non ha influenza sulle proprietà di scambio di ossigeno.
Come è strutturato il grafico della curva di associazione/dissociazione?
È un grafico che ha sull’asse x la pressione parziale di O2, cioè la variabile dipendente. Sull’asse y troviamo la saturazione, cioè il numero di siti di legame dell’ossigeno occupati diviso il numero di siti totali.
Che tipo di curva di associazione/dissociazione hanno Hb e Mb?
Hanno due curve diverse, la mioglobina presenta curva iperbolica, mentre l’emoglobina ha una curva sigmoidea.
Avere due tipi di curve diversi è correlabile alla funzione delle due proteine? È fisiologicamente rilevante?
Entrambe le proteine arrivano a saturazione, ma in due modi diversi.
Immaginiamo di posizionarci a pressione parziale di O2 come quella nei polmoni, quindi ci posizioniamo a destra dell’asse x (pressione parziale elevata), se tracciamo l’Intercetta con le due curve vediamo che entrambe sono vicine a saturazione.
Infatti, la differenza tra mioglobina ed emoglobina non è così evidente quando ci sono pressioni parziali alte, ma quando sono basse.
Se ci posizioniamo sul grafico in una posizione di pressione parziale simile a quella dei tessuti periferici del corpo, cioè a sinistra dell’asse x (pressione parziale bassa) noteremo che la mioglobina ha una saturazione molto elevata, mentre l’emoglobina no, perché deve scaricare bene ossigeno nei tessuti poco ossigenati.
Quindi capiamo che la funzione della mioglobina è immagazzinare ossigeno, mentre quella dell’emoglobina è di trasportarlo.
Cos’è l’affinità?
È quel parametro che esprime quanto bene la mioglobina e l’emoglobina legano l’ossigeno. È un valore ben preciso e per trovarlo ci si posiziona sul 50% della saturazione e si traccia l’intercetta con la curva dell’Hb e della Mb. Tracciando poi una linea che cade sull’asse x delle pressioni parziali si trova il valore di pressione parziale di ossigeno a cui la molecola è satura al 50%. Questo valore è la P50 o P1/2.
Perché la p50 dell’emoglobina è maggiore della p50 della mioglobina?
Perché serve più ossigeno all’emoglobina per raggiungere la p50, cioè la pressione parziale a cui la metà dei siti di legame dell’ossigeno sono pieni. Questo perché l’emoglobina ha un’affinità per l’ossigeno minore.
La mioglobina necessita meno concentrazione di ossigeno per raggiungere il 50% di saturazione.
A cosa serve l’equazione di Hill?
Serve per capire qual è la differenza tra una curva iperbolica e una curva sigmoidea. L’equazione ha come risultato una retta, il cui coefficiente angolare indica la cooperatività.
Il grado di cooperatività è determinato dall’equazione di Hill per cinetiche che non seguono l’equazione di Michaelis-Menten. L’equazione di Hill tiene conto del legame allosterico in siti diversi dal sito attivo ed è espressa dall’equazione: log (θ/ 1 – θ) = n log [L] – log Kd
dove θ si riferisce alla frazione di legando legata ai siti riempiti, [L] è la concentrazione del legando, Kd è la costante di dissociazione apparente ottenuta dalla legge di azione di massa,
KA è la concentrazione del legando necessaria ad occupare la metà dei siti di legame e rappresenta la costante di dissociazione microscopica
n è il coefficiente di Hill che descrive la cooperatività.
Se il coefficiente di Hill è minore di 1 il sistema ha una cooperatività negativa mentre se il coefficiente di Hill è maggiore di 1 la cooperatività è positiva.
Cos’è il legame cooperativo?
Il legame cooperativo richiede che la macromolecola abbia più di un sito di legame in quanto la cooperatività dipende dall’interazione che si ha tra questi siti. Se l’associazione del legando al primo sito incrementa l’affinità tra gli altri siti ed altre molecole di legando si ha appunto una cooperatività positiva. Per tali reazioni enzimatiche si verifica un aumento della velocità ad un valore più alto di [S] fin quando non viene raggiunta la massima velocità.
Mettendo in grafico la concentrazione del substrato in ascissa e la velocità in ordinata si osserva l’andamento sigmoidale. Il fenomeno della cooperatività fu osservato nell’interazione tra ossigeno ed emoglobina.
Che cooperatività hanno mioglobina e emoglobina?
La mioglobina essendo una proteina a struttura terziaria a singola subunità ha coefficiente di Hill pari a 1, cioè non presenta cooperatività. L’emoglobina invece ha struttura quaternaria con quattro subunità, perciò il suo coefficiente è > di 1 e quindi presenta cooperatività positiva.
Quando la prima molecola di ossigeno si lega alla prima subunità dell’emoglobina l’affinità delle altre subunità aumenta via via. La prima subunità interagisce in modo diverso con l’ossigeno rispetto alla seconda e così via. Le subunità cooperano in modo tale che il legame con il primo ossigeno coadiuvi il legame con gli altri.
Risulta che sia più difficile associare o dissociare il primo ossigeno che si lega all’emoglobina.
Chiaramente la cooperatività positiva o negativa si avrà solo nelle proteine costituite da più subunità, in quanto indica il grado di interazione fra di esse.
Come cambia la struttura dell’emoglobina quando è ossigenata o deossigenata?
Max Perutz si rese conto che l’emoglobina ossigenata, detta allo stato R cioè rilassata, è diversa dall’emoglobina deossigenata, allo stato T cioè teso.
Allo stato deossigenato la molecola è più ricca di legami e quindi rigida, mentre allo stato ossigenato alcuni legami vengono meno e la molecola è più compatta. Questo meccanismo per cui il legame di una subunità con il ligando induce una modifica conformazionale si chiama MECCANISMO ALLOSTERICO. L’ALLOSTERIA è provocata dalla cooperatività positiva ed è la regolazione di un enzima o di una proteina mediata da una molecola denominata effettore che svolge tale funzione legandosi al sito allosterico. Un effettore è, nella gran parte dei casi, una molecola di piccole dimensioni che si lega selettivamente a una proteina e regola la sua attività biologica. Gli effettori agiscono come leganti che possono aumentare o diminuire l’attività enzimatica.
Il legame dell’effettore presso tali siti modifica la struttura terziaria dell’enzima e quindi varia la sua affinità per il substrato con conseguente aumento o riduzione dell’attività catalitica. Gli effettori possono essere omotropi o eterotropi a seconda che presentino o meno la stessa natura chimica del substrato dell’enzima.
Qual è secondo Perutz il responsabile del cambiamento conformazionale dell’emoglobina legata o non all’ossigeno?
Secondo Perutz è il ferro ferroso (Fe2+) il responsabile in quanto non è esattamente sopra il piano della porfirina, ma è leggermente spostato da esso, a causa della sovrapposizione degli orbitali e dell’istidina. In seguito al legame con l’ossigeno il ferro ferroso viene riportato sul piano dell’eme e questo movimento trascina con sé l’istidina prossimale a cui è legato, la quale a sua volta trascina altri residui generando un effetto domino che determina le modifiche conformazionali delle subunità. Il ferro innesca con un effetto a cascata la rottura di alcuni legami che portano l’emoglobina allo stato R.
Il legame dell’O2 come altera la struttura del tetramero dell’Hb?
Comporta una rotazione di 15 gradi fra i due dimeri alfa e beta, cambiano i contatti fra le subunità e la cavità centrale si rimpicciolisce.
Quali sono i due modelli che spiegano la cooperatività delle subunità di una proteina?
Vi sono due modelli che illustrano la cooperatività: il modello concertato detto MWC (Monod-Changeux-Wyman) e il modello sequenziale.
In entrambi i modelli le subunità enzimatiche esistono in due conformazioni T (teso) e R (rilassato) in equilibrio tra loro. Inoltre le subunità R si legano al substrato più rapidamente rispetto a quelle nello stato T. I due modelli differiscono, tuttavia, in relazione all’interazione delle subunità e nella preesistenza di entrambi gli stati.
Nel MODELLO CONCERTATO le subunità enzimatiche sono legate in modo che la variazione conformazionale di una provochi una variazione anche nelle altre. In tal modo tutte le subunità devono trovarsi nella stessa conformazione. Secondo tale modello, inoltre, in assenza di legandi l’equilibrio favorisce uno dei due stati conformazionali T o R. l’equilibrio può essere spostato se un ligando si lega a un sito diverso da quello attivo (sito allosterico).
Secondo il MODELLO SEQUENZIALE le subunità non sono collegate in modo che la variazione conformazionale di una induca una variazione nelle altre. Per questo modello, quindi, tutte le subunità enzimatiche non hanno necessariamente la stessa conformazione. Inoltre, le molecole del substrato si legano attraverso un adattamento indotto. Quando una subunità collide in modo casuale con una molecola di substrato, il sito attivo forma una sacca intorno al suo substrato. Un tale comportamento mentre converte una subunità dallo stato R a quello T non propaga il cambiamento alle subunità adiacenti ma induce una alterazione nella loro struttura in modo che i loro siti leganti siano più ricettivi per i substrati.
Cos’è un effettore allosterico?
Ligando in grado di modulare la posizione dell’equilibrio tra due (o più) conformazioni di proteine oligomeriche, regolandone in tal modo l’attività fisiologica (per es. influenzando l’azione catalitica di un enzima su un substrato).