Microbiote Flashcards
C’est quoi les 4 niveaux d’analyse omique ?
Génomique
ARNm (transcriptomic)
Protéomique
Metabolomique
On fait quelle technique pour anaylyser les gènes et les ARNm?
Séquencage
On fait quel technique pour les protéine et métabolite ?
Spectrométrie de masse
du gènes, ARNm, protéine et métabolite, plus qu’on avance, on passe du… au …
Encodage de l’information
au phénotype
ADN est un polymère ?
Oui. de 4 monomère (ACTG)
Pour séquencer un polymère, on doit faire quoi?
détecter le monomère à chaque position
C’est quoi le séquencage de Sanger ?
Méthode de séquencage ou un puit est un nucéotide -> electrophorese sur gel
Le génome humain a été identifé dabord avec quelle technologie ?
Nucloétide fluorescent
c’est quoi la technique par détection de nucléotide fluo?
basé sur la méthode de sanger
-> elecrophorese + fluorescence
Chaque nucléotide est associée à une couleur et plus automatisé
C’est quoi le séquencage parallèle ?
Maintenant, on peut séquencer plusieurs séquence en même temps
(ex. méthode de Sanger mais 100 fois en même temps au lieu d’une fois après l’autre
Comment on fait le séquencage en parallèle ?
Bactérie
-> extraction ADN microbien
-> fragmente
-> séquencage de type ‘‘shot gun’’
C’est quoi un séquence de type shotgun
on casse la séquence en plein de fragment et séquence chaque bout
Pourquoi séquencer ?
-> cataloguer variation entre personne de la même espèce
-> Caractériser les différence entre les cellules d’une même personnes
-> Décrire les mécanisme cellulaire (ex. endroit transcription des chromosomes)
C’est quoi les 4 types d’expérience pour séquencer ?
- Transcriptomique
- MrRNomique (petit ARN)
- Epigenomique
- Genomique (ADN)
En résumé, à quoi sert le séquencage transcriptome (RNA-Seq)
- profil d’expression des ARNm
- Variant d’épissage
- Expression propre à certaine allèles
- Expression des micro ARN
En résumé, à quoi sert le séquencage de l’épigénome ChIP-Seq
- site actif dans la transcription
- interaction ADN-Port
- Modif des histones
- nucléosome
En résumé, à quoi sert le séquencage métagénome ?
Diversité des microbes
Échantillon hétérogènes
À quoi sert la protéomique ?
Analyser élément de structure (quel gène est exprimer -> prot)
*prot sont plus facile à identifier
C’est quoi les deux approches à la protéomique ?
Savoir c’est quoi et la quantité avec un extrait enrichie.
C’est quoi les étape de la protéomique ?
- préparer les échantillons (digerer les protéines)
- LC/MS (chromatographie + spectrométrie) = chaque pic est différente selon taille et charge
- Analyse
Commen fonctionne l’étape LC/MS de la protéomique ?
Protéine est digéré en peptide
-> envoyé en MS pour observer les peptide
-> peptide envoyer en MSMS pour les refragmenté en acide aminé et connaitre la séquence du peptide
V/F: proteomique mesure tout
Non. Portrait global
V/F: si on évalue les protéine associé dans le cytosquelette, on sait que ces protéines sont spécifique à cette endroit et ne se retrouve pas ailleurs
Faux.
-> dépend contexte cellulaire. associé mais p-e pas exclusif
c’est quoi ‘‘gene ontology’’ ?
Gene Ontology est un projet bio-informatique destiné à structurer la description des gènes et des produits géniques dans le cadre d’une ontologie commune à toutes les espèces.
-> gérer et enrichir son vocabulaire contrôlé décrivant les gènes et leurs produits,
-> gérer les annotations, c’est-à-dire les informations rattachées aux gènes et à leurs produits,