Microbiote Flashcards
C’est quoi les 4 niveaux d’analyse omique ?
Génomique
ARNm (transcriptomic)
Protéomique
Metabolomique
On fait quelle technique pour anaylyser les gènes et les ARNm?
Séquencage
On fait quel technique pour les protéine et métabolite ?
Spectrométrie de masse
du gènes, ARNm, protéine et métabolite, plus qu’on avance, on passe du… au …
Encodage de l’information
au phénotype
ADN est un polymère ?
Oui. de 4 monomère (ACTG)
Pour séquencer un polymère, on doit faire quoi?
détecter le monomère à chaque position
C’est quoi le séquencage de Sanger ?
Méthode de séquencage ou un puit est un nucéotide -> electrophorese sur gel
Le génome humain a été identifé dabord avec quelle technologie ?
Nucloétide fluorescent
c’est quoi la technique par détection de nucléotide fluo?
basé sur la méthode de sanger
-> elecrophorese + fluorescence
Chaque nucléotide est associée à une couleur et plus automatisé
C’est quoi le séquencage parallèle ?
Maintenant, on peut séquencer plusieurs séquence en même temps
(ex. méthode de Sanger mais 100 fois en même temps au lieu d’une fois après l’autre
Comment on fait le séquencage en parallèle ?
Bactérie
-> extraction ADN microbien
-> fragmente
-> séquencage de type ‘‘shot gun’’
C’est quoi un séquence de type shotgun
on casse la séquence en plein de fragment et séquence chaque bout
Pourquoi séquencer ?
-> cataloguer variation entre personne de la même espèce
-> Caractériser les différence entre les cellules d’une même personnes
-> Décrire les mécanisme cellulaire (ex. endroit transcription des chromosomes)
C’est quoi les 4 types d’expérience pour séquencer ?
- Transcriptomique
- MrRNomique (petit ARN)
- Epigenomique
- Genomique (ADN)
En résumé, à quoi sert le séquencage transcriptome (RNA-Seq)
- profil d’expression des ARNm
- Variant d’épissage
- Expression propre à certaine allèles
- Expression des micro ARN
En résumé, à quoi sert le séquencage de l’épigénome ChIP-Seq
- site actif dans la transcription
- interaction ADN-Port
- Modif des histones
- nucléosome
En résumé, à quoi sert le séquencage métagénome ?
Diversité des microbes
Échantillon hétérogènes
À quoi sert la protéomique ?
Analyser élément de structure (quel gène est exprimer -> prot)
*prot sont plus facile à identifier
C’est quoi les deux approches à la protéomique ?
Savoir c’est quoi et la quantité avec un extrait enrichie.
C’est quoi les étape de la protéomique ?
- préparer les échantillons (digerer les protéines)
- LC/MS (chromatographie + spectrométrie) = chaque pic est différente selon taille et charge
- Analyse
Commen fonctionne l’étape LC/MS de la protéomique ?
Protéine est digéré en peptide
-> envoyé en MS pour observer les peptide
-> peptide envoyer en MSMS pour les refragmenté en acide aminé et connaitre la séquence du peptide
V/F: proteomique mesure tout
Non. Portrait global
V/F: si on évalue les protéine associé dans le cytosquelette, on sait que ces protéines sont spécifique à cette endroit et ne se retrouve pas ailleurs
Faux.
-> dépend contexte cellulaire. associé mais p-e pas exclusif
c’est quoi ‘‘gene ontology’’ ?
Gene Ontology est un projet bio-informatique destiné à structurer la description des gènes et des produits géniques dans le cadre d’une ontologie commune à toutes les espèces.
-> gérer et enrichir son vocabulaire contrôlé décrivant les gènes et leurs produits,
-> gérer les annotations, c’est-à-dire les informations rattachées aux gènes et à leurs produits,
C’est quoi le métabolomique
mesure des molécules dans un fluide biologique
Peut mesurer l’abondance de la protéine ou de l’Enzyme (recherche le lien entre un phénotype et le métabolisme)
Le génotype peut changers selon quoi?
Dépend de la régulation
Pourquoi on dit que le métabolomique donne une photo du métabolome ?
Génome reste le même, mais exprimé différemment selon moment.
-> change vite
-> pas oublié le contexte exemple, prélèvement sanguin = stresser
À quoi sert la spectrométrie de masse?
Méthode qui permet de mesurer les molécule/métabolite dans une échantillon
->selon leur masse ou charge = permet identifier et quantifier.
V/F: les métabolite vont voyager à différentes vitesses selon leur M/z ?
C’est quoi m/z ?
Vrai.
-> ratio masse/charge dans les conditions de l’xpérience
Dans le spectroscopie de masse, comment ça marche pour l’analyse
Entre l’échantillon,
- passe une source d’ions et d’aimant = sépare selon leur charge
Pourquoi il y a différent pic dans la spectroscopie de la dopamine ?
parce que molécule entière et molécule fractionné
Différence entre métabolomique ciblée et non ciblée
ciblée: sait on cherche quoi
-> ex. cherche dopage dans le sang
-> niveau de X truc spécifique
Non ciblée: prend tissus ou wtv, envoie dans spectroscopie pour séparer et voir si besoin de refragmenté pic
pas de cible et non selectionnante
-> globalement, il y a quoi?
c’est quoi métabolomique en 3D%
ionise directement le tissus et vois dans l’espace c’est quoi la distribution des métabolite dans le tissus.
Différence entre microbiome et microbiote ?
Microbiome: microbiote et environnement (peut aussi être le matériel génétique contenu et génotype)
Microbriote; Ensemble des organisme vivant (virus compris) dans un environnement
NE SONT PAS INTERCHANGEABLE
V/F: différent microbe pour différente partie du corps
Vrai
V/F: Les endroits du corps humain (ex. bouche) sont similaire entre différente personne
Faux
-> différente
Il y a combien de bactéries par cellule humaine ?
1,3
Il y a 1,3 micro-organismes par cellule humain
non. bactéries
Il y a environs combien d’Espece microbienne dans l’intestin
1000
-> si chaque on 2000 gènes
= 2 millions de gène dans l’intestin
Dans notre corps, il y a plus de gènes humain que bactérien.
Faux
20 000 comparé à 2 millions
-> certain appel ça notre 2iem génome
C’est quoi l’abondance relative ?
distribution relative (proportion population) des espèces dans le microbiome
= on compte
c’est quoi la richesse du microbiome ?
Nombre d’espece trouvé dans un microbiome
-> important d’avoir une grande richesse pour plus de diversité
c’est quoi l’équitabilité du microbiome ?
Répartition des individus dans le microbiome
(+uniforme, + équitable = mieux)
Pourquoi c’est important d’avoir un microbiome équitable ?
parce que c’Est plus stable et santé
V/F: dans un microbiome,
On veut que toutes les bactéries soit très abondante
Faux.
Quelques une très abondante et beaucoup peu abondante
C’est quoi qui forge la diversité microbienne?
Combinaison des notions d’équitabilité et de richesse.
C’est quoi les 3 questions qu’on se pose pour l’étude du microbiome ?
Qui : quelle bactéries sont là
Quoi: elle font quoi (impact santé)
Comment: Par quel mécanisme ? (plus difficile question)
C’est quoi l’approche 16S ?
Facon de compter les bactéries en terme de proportion du nombre de bactérie
-> prend un échantillon et amplifie avec PCR + séquencage
on fait quoi avec l’approche 16S ?
On dit quelle bactérie qui est là
-> marche dans toutes les bactéries
-> bon marqueur
-> chaque séquence unique = dit quoi qui est quoi
= compare
Si on veut aller plus loin que l’approche 16S, on fait quoi?
Sert à quoi d’aller plus loins ?
Métagénomique Shotgun
-> permet savoir quel gene est là et quelle allèle
À quoi sert la culture microbienne en terme de méthodologie ?
Permet étudier une bactérie à la fois
-> pas tjs des résultats qu’on comprend
ex. E.coli très représenté en culture, mais peu abondant dans le microbiome
À quoi sert le séquencage 16S comparé au métagénomique complet en terme de méthodologie ?
16S: Savoir qui est là (peut comprendre certaine fonction métabolique avec ça) = metataxonomie
(référence base de donnée)
Complete:
Qui est là,
font quoi selon leur génotype ? Comment le font-il selon quelle bactérie à quelle gène
Ca sert à quoi de comparer le microbiome ?
Pcq connaitre 1 seul, sert à rien
-> comparaison donne des réponse.
Quelle famille de bactérie est la plus fréquente ?
Bacteroidacease
C’est quoi l’ordre des rangs taxonomiqes ?
Phylum
Classe
Ordre
Famille
Genre
Espèce
C’est quoi la taxonomie de E. Coli à partir du phylum
- proteobacteria
- Gammaproteobacteria
- Enterobacterales
- Enterobacteriaceae
- Escherichia
- E.coli
v/f: si prend des antibio, ça change les bactéries dominantes pendant la prise et après
Vrai
Quelle espèce de bactérie qui a été enrichie le plus lors de la prise d’antibio ?
Bacteroide Massilliensis et
Parabacteroide merdae
Est-ce que le microbiome change au fil de la vie ?
Oui.
MAIS EST DIFFERENT ENTRE PERSONNE
À la naissance, le microbiome est dominé par quelle bactérie ?
Bifidobactérie
À l’age adulte, quelle bactérie domine ?
Bacteroidetes et firmicutes
V/F: le microbiome change au fil des ages, mais est instable toute note vie.
Faux: adulte = demeure stable longtemps
La diversité du microbiome …. avec l’age
Diminue.
Comment le microbiome diffèrent selon la naissance ?
Début: peau et tractus gasto-intestinal similaire en microbiote
-> naturelle : inoculation microbiote vaginal et fécal
Césarienne: peau de la mère et environnement (plus long, mais stabilise vite)
Le microbiome des nouveaux né dépend de quoi?
Age gestationnel
Hospitalisation
Antibio (bébé ou mère)
Nutrition
Comment la nutrition affecte le novueau né ?
allaitement: riche en bifidobactérie d’espèce différente et enrichie de gènes qui permet la digestion glycan du lait et sucre des plantes.
Commerce: riche en enérobactérie, clostridium, bacteroide et lactobacille
V/f: les olisaccharide du lait maternelle a un effet prébiotique et ne sont pas directement absorbé par l’intestin
Vrai
quoi qui fait que les personnes agée ont un différent microbiote ?
- modification mode de vie
- comportement nutritionel (dépend vivent ou)
- maladie
- médication
- environnement (maison vs chsld, sort souvent ?)
Pourquoi on dit que le microbiome évolue dans le temps?
Diversité entre les gens, change dans la journée, selon la diete…
V/F: 10% des gènes bactérie du microbiote sont connu
Vrai
= dur à dire si métabolique global est stable
C’est quoi la dysbiose ?
Déséquilibre de l’écosysteme
associé manque de diversité microbien
Comment on sait si qqun est en dysbiose
on sait pas.
Quoi qui peut provoquer une dysbiose ?
stress (métaux lourd)
-> réduction de bactérie important et augmentation des bactéries opportuniste
différence entre
pré
pro
post
biotique ?
pré: nutriment qui module la flore (favorisant X bactéries)
Pro: souche bactérie bénéfique utilisé par prévention ou médoc
Post: métabolite qui sont habituellement fait par les bactéries t ont un effet à l’hote Ex: bactérotherapie (transplantation fécal)
4 fonctions du microbiome ?
- Contribution à la nutrition
-> digère + produit vitamine - Développement SI
-> lien avec allergies - Effet barrière
-> si bien diversifié = empeche colonisation et protège - Axe cerveau-intestin
-> bactérie affecte cerveau et lien avec le systeme endocannabionoide (neurotransmetteur)
les fonctions du microbiome passent par quoi ?
métabolite quil produit ou module
Certains métabolite modulent quoi?
- Microbiote
- l’hote
- communication entre bactérie (quorum sensing) pour collaborer
- controler composition microbiote
- coomplémenter fonction hôte
Comment les métabolitque complémente les fonctions de l’hote ?
- métabolisme
2, régule l’immunité - améliorde barrière intestinale
Comment on contrôle le microbiote ?
inhibe sélectivement les pathogene
Le but des bactéries est de nous aider.
faux
-> faire leur niche
Quelles sont les différents type de métabolites pour controler le microbiote ?
- acide lactique (pH)
- peroxyde d’hydrogene (toxique certaine bactérie)
- bactériocines (communication et intimidation)
- autre antimicrobien
Certaine bactérie du microbiote sécrète des métabolite qui modele les cellules immunitaire. lesquelles ?
agranulocyte:
- macrophage
- dentritique
- lymphocyte
vrai ou faux: les bactéries gentilles réduisent l’inflammation intestinale en calmant les cytokine et autre molécule inflammatoire
Vrai
Comment les bactéries améliore la barrière intestinale. ?
- favorise secretion mucus par épithelium
- améliore jonction entre cellule = pas dentrer pour les bactéries
- favorise sécrétion de molécule comme IgA
Quelles ANALOGUE de neurotransmetteur produit sont produits dans l’intestin ?
acétylcholine,
dopamine
GABA
Noroadrénaline
Histamine
sérotonine…
Pourquoi c’est encore une théorie que les analogue des neurotransmetteurs passent de l’intestin au cerveau?
pcq traverse pas la barrière hémato-encéphalique
-> agissent vers le nerf vague qui font des précurseurs capable de traverser la barrière ?
qu’est-ce qui module la composition de l’activité du microbiote ?
L’influx de glycane alimentaire parce que
- différente bactérie affectent dégradent différent glycan
De repas en repas, est-ce que les bactéries chanent ?
oui mais légèrement.
-> à long terme ca change le microbiome
à quoi sert le mucus de glycan sur l’épithélium intestinal ?
- protege
- Sert de nutriment pour les bactéries (stabilise les bactéries malgre changement de diete)
C’est quoi les sources de glycan pour les bactéries ?
Bactéries eux-même
Lait maternel
Viande
Plantes
Mucus de l’intestin
Les sucres n’ont pas une grosse diversit.
Faux
-> forme et sucre différent relié par lien différent
= besoin de beaucoup de gène de dégradation !
Comment fonctionne la digestion des glycane ?
Amidon -> oligosaccharide
Oligo sont importé entre les membrane externe et interne via une pore
Oligo brisé en monosaccharide
Mono importé par un pore dans la membrane interne
Pourquoi il faut différente enzyme pour digérer les glycan
Différent type de liaison dans les glycan
= différente enzyme besoin
-> l’humain les a pas tous = les autres peuvent remplacer en synergie.
C’est quoi les deux bactéries qui digère le lait maternel ?
Lactobacillus et bifidobacterium
Différence entre lactobacillus et bifidobactérium?
Lacto: aime les monosaccharide
Bifido: aime les oligosaccharide
V/F: le lait de vache des formule pour bébé on autant de diversité d’oligosaccharide que le lait humain
Faux
Le lait maternelle pourrait contribuer à quoi tout le long de notre vie ?
Sélectionner bactérie importante qui pérsiste dans le microbiome tout le long de notre vie
V/f: La composition du microbiote change selon l’endroit dans l’intestin
expliquer
Vrai
-> solubilité et accessibilité glycan varient selon la position dans l’intestin
-> certain glycan peuvent être concentré plus. à un endroit qu’un autre
Les bacteroidetes sont plus concentré ou?
Plus dans le colon que dans le petit intestin
plus le mucus est mince et plus que….
c’est soluble et facile à digerer les glycan
Les médicaments affectent le microbiome mais pas inversement
Faux.
Les deux peuvent se modifier mutuellement
C’est quoi le lien entre le digoxine et le microbiote ?
Digoxine = medoc utilisé pour traiter l’arythmie cardiaque.
Dose IMPORTANTE
-> Bactérie Eggerthella Lenta peut la modifier et la rendre inactive. (dégrade)
-> dégrade pas si nutrition riche en acide aminés
V/F: beaucoup de medicament modifient le microbiome
Vrai
effet antibiotique sur le microbiome?
- Change la diversité (composition)
- Change les bactéries abondantes
3.
Après combien de temps le microbiome revient à la normal (après antibio)
3 mois evirons
Quelle bactéries est prévalente lorsqu’elle a l’opportunité?
Parabacteroide
Flavorinifractor
Lachmnoclostridium
V/F: antibio dépend du microbiome de l’individu ?
Vrai
l’effet des antibiotique sur un microbiome peu diversité a possibilité d’avoir un effet negatif, comment
Pathogene opportuniste peuvent émerger ou peuvent retourner en arrière (avant la prise antibio)
Vrai ou faux: Une partie des effet de l’antibio est pas reproductible et prévisible
Faux:
reproductible et prévisible
Les bactéries peu abondante on pas vraiment d’effet biologique important
Faux
-> effet important
Comment le microbiome peut provoquer un cancer ?
Pathogène qui sort de lla barrière de l’épithélium = inflammation chronique = cancer
3 étapes pour faire un cancer ?
- inflammation chronique
- Géntotoxicité (par toxine qui fait de la dysbiose)
- Cancer (toxine mute ADN cell épithéliale )
Quelle type de bactéries est associé au Cancer ?
Fusobacterium
Parvimonas
Coment on nomme une souris sans microbiome ?
Gnotobiotique
V/F: le phénotype d’obésité se transmet dune souris obèse à une souris pas obèse ?
Vrai
V/F: souris gnotobiotique ont moins adipose que souris normal
Vrai
Mécanisme d’action du microbiote qui favorisent l’obésité ?
- augmente énergie généré par la diete
- reprogramme gène dans le colon
- Modifie la production de molécule bioactive
- augmente la perméabilité intestinale
- induit une inflammation. chronique (peut faire une résistance à l’insuline)
V/F: c’Est les bactérie qui influencent le microbiome et l’hote.
Faux.
-> metabolite
La production d’acide gras à courte chaine par le microbiome favoriserais quoi?
- intégrité intestinale
- homéostasie
- réduction de l’inflammation
- Réparation tissus
- régulation de l’appétit (comme faut)
Lien entre le diabete et le microbiome ?
production certaine molécule associé
-> LPs
-> sulfate hydrogene
augmenterais l’inflammation
lien entre le microbiome et les maladies cardiovasculaires ?
Molécule:
Choline
L-carnitine
sont transformé en TMAO = p-e effet coeur, pas prouvé
