Microbiome et sciences omiques Flashcards
Quels sont les 4 niveaux d’analyse omique?
La génomique
Les transcriptomiques
Les protéomiques
Les metabolimiques
Quel niveau d’analyse omique à rapport à:
A. l’encodage de l’information
B. le phénotype
A. La génomique
B. Les métabolimiques
Que doit-on détecter pour séquencer un polymère?
Pour séquencer un polymère, on doit détecter le monomère à chaque position
L’ADN a combien de monomères? Que sont-ils?
l’ADN a 4 monomères : A T C G
Qu’est-ce que la transcription?
Lorsqu’un brin d’ADN est copié en ARNm
Comment fonctionne le séquencage de Sanger?
On prend un gène qu’on veut séquencer. On va amplifier le gène et dans le mix d’amplification, il va y avoir un des nucléotides qui va manquer. Ce manque va faire qu’il va y avoir des chaînes qui vont être briser et on va donc pouvoir observer les fragments.
Quelles sont les caractéristiques de la méthode des nucléotides fluorescents?
Basée sur la méthode de Sanger
Les réactions sont combinées
Électrophorèse capillaire & fluorescence
Réception automatique des données & analyse automatique.
On utilise de la fluorescence qui vont bloquer la séquence comme la méthode de Sanger. On utilise ensuite un chromatogramme qui représente la séquence du gène
Expliquer comment le séquençage parallèle fonctionne.
- Extraction de l’ADNg
- On prépare des échantillon de fragments d’ADNg et on ajoute des adaptateurs pour générer une bibliothèque
- On va séquencer les fragments d’ADN à l’intérieur d’une même bibliothèque en parallèle
- Les lectures de séquences individuelles sont réassemblées en s’alignant sur un génome de référence
- La séquence complète du génome est dérivé du consensus de des lectures de séquences individuelles.
Au lieu de devoir cloner des génomes dans des bactéries, on va prendre le génome et le fragmenter en petit morceau, on va rajouter des index et des codes barres a l’extrémité du fragment et on le mets dans la machine qui va être capable de séquencer pleins de petit morceau en même temps
C’est quoi la pertinance de faire du séquencage ?
Connaitre le génome d’une espèce
Identifier les variation entre le génome de personnes de la même espèce
Caractériser les différences entre les cellules d’un individu
Savoir comment le mécanisme cellulaire fonctionne
Quels sont les deux approches à la protéomiques?
Gel en 2D
Prendre l’échantillon, le digérer et ensuite faire de la spectrophotométrie de masse pour avoir un portrait global
Nommez les étapes de la protéomique
Sample information
Fractionation data
LC-MS/MS data collection
Sequence database searching
Quantification
data validation
Data or relational database
Comment préparons-nous des échantillons pour de la protéomique?
On a un tissu, on va extraire les protéines qu’on va ensuite digérer pour obtenir des peptides
À quoi sert la spectrométrie de masse dans les protéomiques?
On va obtenir un graphique de la fréquence des peptides. On va ensuite pouvoir la séquence de chaque peptide en «l’explosant»
À quoi ça sert de faire de la protéomique?
En identifiant les protéines contenus dans un échantillon, on peut associer des protéines à des phénotypes ou a des maladies en comparant les peptides présents chez une personne malade et une personne saine.
De plus, ça permet la classification des gènes avec leur fonction
Que font les protéines?
Elles intéragissent ensembles, elles servent de machines pour des réactions chimiques (enzymes), elles ont des fonctions structurales, elles permettent de modifier d’autres molécules pour avoir des fonctions différentes
Vrai ou faux
Selon le génotype, le métabolome de deux personnes peuvent être différents ou similaires
Vrai, certaines personnes ont un métabolome similaire alors que pour d’autres, c’est complètement différent
Qu’est-ce que le métabolomique?
C’est l’étude des petites molécules dans un fluide biologique.
On recherche des liens entre un phénotype et un métabolisme
Ça donne une photo du métabolome
Qu’est-ce que m/z?
m/z = ratio masse sur charge dans les conditions de l’expérience
Qu’est-ce qu’un métabolite?
C’est un composé issu du métabolisme
Que fait le spectrométrie de masse?
C’est une méthode expérimentale qui permet de mesurer des molécules ou des métabolites dans un échantillon.
Ça quantifie les métabolites en fonction de leur masse et de leur charge. Les métabolites vont voyager à différentes vitesses selon leur m/z
Vrai ou faux
La dopamine peut être fractionner lors d’un spectre de masse. On se retrouve alors avec 3 molécules à observer
Vrai
Qu’est-ce que la métobolimique ciblée?
La métobolomique non-ciblée?
Ciblée: quantification d’un métabolite spécifique dans l’échantillon biologique
Non-ciblée: on obtient un profil global des métabolites, le but est d’identifier les molécules présentes dans l’échantillon
Qu’est-ce que la métabolimique en 3D?
On peut obtenir une carte 3D avec les molécules de l’échantillon ce qui permet de déterminer si la molécules est présente ou non
Qu’est-ce qu’est le microbiote? et le microbiome?
Microbiote: ensemble des microorganismes vivant dans un environnement
Microbiome: le microbiote et son environnement (ou aussi le matériel génétique contenue dans le microbiote)
Vrai ou faux
Les microbiomes sont différents pour chaque individu
Vrai
Vrai ou faux
Dans un même individu, la flore bactérienne va se ressembler dans des endroits qui sont proches
Ex: avant-bras et coude
Faux, la flore va varier malgré la proximité des deux
Comment certaines personne appelle le microbiote ?
Le deuxième génome
Combien y’a t’il de bactéries par cellule humaine?
1,3 bactéries par cellule humaine
Fun fact: ça n’inclue pas les virus, protiste, etc
Qu’est-ce l’abondance relative?
La distribution relative (en proportion de la population) des espèces dans le microbiome
Qu’est-ce que la richesse du microbiome?
Nombre d’espèces trouvées dans un microbiome
Qu’est-ce que l’équitabilité du microbiome?
équitabilité: répartition des individus dans les microbiome
Dans un microbiome, il y a quelques bactérie qui sont _________ ________ et beaucoup de bactéries qui sont _____ _____ _________.
Dans un microbiome, il y a quelques bactérie qui sont très abondantes et beaucoup de bactéries qui sont très peu abondantes
La diversité microbienne est une combinaison des notions ______ et _______
La diversité microbienne est une combinaison des notions d’équitabilité et de richesse
Qu’est-ce que l’approche 16S?
C’est une approche utilisée pour mesurer le microbiome.
C’est un bon marqueur pour classer les bactéries dans l’arbre de la vie.
Associer les méthodologies avec les caractéristiques
A. Permet d’étudier le microbiome une bactérie à la fois. Elle ne donne pas toujours des résultats représentatifs (E. coli est très représenté en culture, mais peu abondant dans le microbiome)
B. Détermine qui est là. Peut être corrélé à certaines fonctions métaboliques
C. Qui est là? Séquence le génome des bactéries donc permet de connaitre le génotype, dont d’inférer leur fonctions potentielles. Comme le font-ils? On peut aussi savoir quelle bactérie contient quel gène.
A. Culture microbienne
B. séquence de 16S (métataxonomie)
C. métagénomique complète
Quelles sont les trois étapes de la formation d’un cancer avec le microbiome comme cause d’origine?
- Inflammation chronique
- Génotoxicité
- Cancer
(Plus il y a de l’inflammation, plus il y a des risques de mutations qui peuvent causer des cancers
Que se passe-t-il dans l’expérience réalisée sur l’obésité avec les souris?
Les souris qui ne possèdent pas de microbiote: elles ne sont pas obèse
Si on prends le microbiote de la souris obèse et qu’on fait un transfert fécal dans la souris sans microbiote, la souris va devenir obèse.
Souris sans microbiome (gnotobiotiques) ont moins d’adiposité que les souris normales.
Le phénotype d’obésité peut être transmis d’une souris obèse à une souris gnotobiotique (Et même d’un humain obèse à une souris!)
