Microbio - Cours 2 Flashcards
Quelles sont les étapes du processus infectieux?
- être en contact avec un pathogène
- envahir l’hôte
- adhérer aux cellules de l’hôte
- compétition avec la flore
- Résister à la réponse immunitaire de l’hôte
- envahir les tissus
- induire des dysfonctions physiologiques
Qu’est-ce qu’un réservoir?
- humain, animal ou milieu ou l’agent pathogène peut survivre ou se multiplier
- l’homme ou l’animal peut être porteur sain
- infection possible par transmission directe ou par vecteur
Qu’est-ce que la source?
matière biologique ou environnementale qui contient l’agent infectieux, et qui peut être à l’origine d’une infection (eau, terre, goutellette…)
Qu’est-ce qu’un vecteur?
organisme vivant, le plus souvent un arthropode qui acquiert l’agent infectieux dans un réservoir et le transmet à l’hôte
Combien de classe de pathogène y a-t-il? Quelles classes sont pathogènes pour l’humain?
- 4 classes
- classes 2: pathogène, risque faible, traitement/prévention possible
- classe 3: pathogène, risque possible, traitement/prévention possible
- classe 4: pathogène, risque élevé, pas de traitement/prévention
Quelle période de l’histoire marque un tournant pour les maladies infectieuses? Pourquoi?
- révolution du néolithique
- passage de nomade à sédentaire, domestication des animaux, augmentation de la taille de la population = augmentation contact animaux-humains, proximité et augmentation du risque de transmission
Qu’est-ce que la zoonose? Que peut-on transmettre?
- transmission de pathogène provenant d’animaux vertébrés aux humains
- virus, bactérie, parasite, champignon
Quels sont les réservoirs fréquents? et les vecteurs? et les espèces amplificatrice/intermédiaire?
- réservoir: chauve-souris, rat, canard
- vecteur: arthropodes
- intermédiaire: singe, porc, poule, etc.
Comment fonctionne la transmission humain à humain?
- auto-infection
- infection par une personne malade
Comment peut-on être infecté par l’environnement?
- fomites (vecteurs passif de transmission, non-défini)
- environnement souillé
- nourriture contaminée
- vecteur (insectes)
- sapronose (maladie cause directement par microorganisme qui vit et se reproduit dans enviro abiotique)
- zoonose
Quelle est l’origine de la plupart des maladies?
environnementale
Donner des exemples de zoonoses récentes
- H1N1 provenant du porc
- grippe espagnole provenant du porc
- zika provenant du singe rhésus
- MERS-CoV provenant du chameau
Qu’est-ce que la pathogénicité?
- pouvoir pathogène
- capacité d’un microorganisme à causer une maladie
- qualitatif
Distinguer pathogènes primaires et opportunistes
- primaires: induit maladie chez sujets sains
- opportunistes: induit infection chez immunodéficients/immunosupprimés
Qu’est-ce que la virulence?
- degré de pathogénicité
- qualitatif
Qu’est-ce que le taux de morbidité?
incidence dans une population donnée dans une période donnée
Qu’est-ce que le taux de mortalité/léthalité?
- nombre de décès par rapport au nombre de personnes infectées dans une période donnée
Qu’est-ce que la dose léthale 50 (DL50)?
dose qui entraîne la mort de 50% des individus dans une population donnée
Qu’est-ce que la dose infectieuse?
quantité de microorganismes nécessaires pour causer une infection
Selon quoi varie la virulence?
facteurs de l’hôte:
- traits génétiques
- âge
- mode de vie
- maladies chroniques
- prise de médicaments
- environnement
Par ou peuvent entrer les microbes dans l’hôte?
- muqueuses (respiratoires, digestives, génitales)
- peau (plaies)
- voie parentérale (piqûres, coupures, morsures)
Nommer une bactérie pour chaque voie d’entrée parmi les suivantes: ingestion, inhalation, trauma, aiguille, morsure d’arthropode et transmission sexuelle
- ingestion: salmonella
- inhalation: mycobacterium
- trauma: clostridium tetani
- aiguille: staphylococcus aureus
- arthopode: rickettsia
- sexuel: neisseria gonorrhoeae
Entre quoi se produit une interaction complémentaire et spécifique pour permettre au pathogène d’adhérer aux cellules?
- adhésine (glycoprotéine, lipoprotéine sur la surface bactérienne)
et - récepteur (hydrate de carbone à la surface de la cellule hôte)
Quels sont les adhésines et récepteurs de staphylocoque?
- adhésine: MSCRAMM
- récepteur: matrice extracellulaire (laminine, collagène…)
Quels sont les adhésines et récepteurs de vibrio cholerae?
- adhésine: type 4 pili
- récepteur: fucose et mannose
Vrai ou faux? il y a moins de micro-organismes dan le corps humains que de cellules humaines?
faux, il y en a plus (environ 10 microbes par cellule humaine)
Quand les bactéries symbiotiques peuvent-elles être pathogènes?
potentiellement quand elles se retrouvent dans un autre organe
Ou se trouve la plus grande proportion du microbiote?
dans le tractus digestif (suivi de la cavité buccale)
Qu’est-ce que le microbiote?
communauté de microorganismes qui vivent sur et dans un individu = flore normale
Qu’est-ce que le microbiome?
regroupe l’ensemble des génomes du microbiote
Qu’est-ce que le core microbiome?
espèces microbiennes communes partagées entre les individus dans des endroits spécifiques du corps
Qu’est-ce que la diversité de la flore?
- nb d’espèces qui composent le microbiote
- alpha: diversité dans un seul échantillon
- bêta: diversité entre 2 échantillons (nb d’espèces communes)
Qu’est-ce qu’un probiotique?
microorganisme vivant qui a une action bénéfique sur l’hôte
Qu’est-ce qu’une dysbiose?
déséquilibre ou perturbation du microbiote
Quelles sont les fonctions du microbiote?
- protection contre les pathogènes (effet barrière)
- fonctions tissulaires (maturation tube digestif, prod. mucus)
- fonctions neurologiques (dlr, humeur, satiété)
- fonctions métaboliques (digestion, synthèse de métabolites)
- rôle sur le système immunitaire (dév, maturation…)
Qu’est-ce que le bactériome, mycobiome, virome et macrobiote?
- bactériome: microbiote bactérien
- mycobiome: microbiote des champignons
- virome: microbiote viral
- macrobiote: helminthe
Définir le microbiote de la peau?
- localisé sur l’épiderme, glandes sudoripares ou follicules pileux
- important pour maintenir homéostasie immunitaire (agit sur cellules dendritiques et les lymphocytes T)
- maintien les défenses immunitaires (p.ex. production de peptides antimicrobiens)
Quelles sont les bactéries présentes sur la peau?
- staphylococcus epidermis (normal)
- proprionibacterium acnes (acné)
Nommer des dysbiose du microbiote de la peau
- infection chronique des plaies
- acné
- dermatite atopique
Par quoi peut être causée une dysbiose du microbiote buccal?
- alcoolisme
- tabagisme
- maladies chroniques
- cancers
- régime alimentaire
- antibiotiques
Quelles bactéries sont présentes dans le microbiote buccal?
- streptococcus mutans = caries
- porphyromonas gingivalis = maladies parodontales
- candida albicans = candidose orale
Quelles sont les bactéries du microbiotes de reins et vessie?
aucune, normalement stérile
Quelles sont les bactéries du microbiote de l’urètre?
- staphylocoques
- streptocoques
- entérocoques
Quelles sont les caractéristiques du microbiote du vagin?
- flore complexe qui évolue avec l’âge
- avant puberté et après ménopause: pH alcalin (7+)
- vie adulte: pH acide
Quelle bactérie peut se trouver normalement dans le microbiote du système urogénital?
- candida albicans, qui peut causer des infections urinaires lors d’une dysbiose
- lactobacillus (ce qui acidifie le vagin, quantité qui varie selon le stade reproductif)
Que se produit-il lors d’une diminution des lactobacilles dans le microbiote du système urogénital?
- augmentation du pH (car elle sécrétait de l’acide lactique)
- perte des défenses immunitaires
- environnement inflammatoire
Quelles sont les causes et conséquences de la diminution des lactobacilles dans le microbiote du système urogénital?
- causes: âge, stress, manque d’hygiène, antibio
- conséquences:
a. prolifération des microorganismes opportunistes
b. infection par des microorganismes pathogènes
c. augmente le risque de naissances prématurées
d. augmente le risque de dommages aux trompes et infertilité
e. augmente risque ITS
Quelles sont les fonctions du microbiotes des voies respiratoires?
- axe intestin-poumon très important dans la composition et les effets du microbiote pulmonaire (certaines bact. remontent l’oesophage et peuvent aller ds trachée)
- morphogenèse des poumons
- fct pulmonaire (prod. mucus)
- immunomodulation
- diminution risque allergique
Que se produit-il lors d’une dysbiose du microbiote des voies respiratoires?
- causes: maladies chroniques, tabagisme, cancer, nutrition
- atténuation réponse immunitaire innée/adaptative
- augmentation susceptibilité aux infections respiratoires
- risque plus élevé de développer fibrose pulmonaire ou cancers
Quelles sont les caractéristiques du microbiote du tractus digestif?
- effets locaux et systémiques par les liens avec de nombreux organes
- différents pH, concentrations d’O2
Décrire l’évolution du microbiote du tractus digestif avec l’âge?
- alpha-diversité augmente avec l’âge, puis diminue après l’âge adulte
- bêta-diversité diminue de la naissance à la puberté, et augmente à l’âge adulte
- immunité: augmente jusqu’à âge adulte, puis diminue
Quelles sont les fonctions du microbiote du tractus digestif?
- modulation de la physiologie de l’hôte
- fonction métabolique
- métabolisme
- régulation de l’axe intestin-cerveau
Avec quels organes le microbiote du tractus digestif est-il lié?
cerveau, système endocrinien, coeur, poumon, foie, pancréas, muscle, peau, rein, vessie, système reproductif
Que permet le Microbiote du tractus digestif?
- production AG chaîne courte (butyrate, propionate)
- influence les fonctions du corps
Qu’est-ce que C. difficile et quels sont les traitements possibles?
C. diff: diarrhée, infections difficiles à traiter
- 1ere ligne: antibiothérapies, probio
- 2e ligne: transplantation de matière fécale
Que peuvent faire les microbes pour résister à la réponse immunitaire?
- masquer leurs composants vulnérables
- se protéger de la phagocytose
- survivre à l’intérieur des leucocytes
- sécréter des enzymes détruisant les leucocytes
- interférer avec les anticorps et le complément
Expliquer le mécanisme zipper
(pour envahir les tissus)
1. interactions entre adhésines de la bactérie et les récepteurs de l’hôte
2. modulation du cytosquelette d’actine
3. bactérie entourée par membrane qui forme un endosome pour permettre invasion
ex: listeria monocytogenes
adhésine: InlA et InlB
récepteurs: E-cadhérine
Expliquer le mécanisme trigger
(pour envahir les tissus)
1. bactérie utilise seringue appelée système de sécrétion de type 3 (SST3) pour injecter des protéines effectrices ds cytoplasme de cellule hôte
2. effecteurs bactérien modulent cytosquelette d’actine
3. bactérie entourée par membrane qui forme un endosome pour permettre invasion
ex: salmonella
Nommer des enzymes extracellulaires sécrétées pour envahir les tissus et leur fonction
- cytolysine: détruisent composantes cellulaires des cellules de l’hôte
- hémolysine: lyse les érythrocytes
- coagulases et fibrinolysine: agissent sur coagulation du sang (favorisent ou empêchent)
- leucocidine: forment pores dans membranes des leucocytes et induisent leur lyse
Qu’est-ce qu’une toxine?
protéine d’un microorganisme qui lui permet de provoquer une maladie
Distinguer exotoxine et endotoxine
- exo: toxine présente dans cytoplasme des microorganismes ensuite sécrétée dans milieu extracellulaire ou directement ds hôte
- endo: portion lipidique (lipide A, ancre LPS ds membrane externe) du lipopolysaccharide (LPS) des bactéries à Gram - qui est libérée lors de la lyse ou de la croissance
Qu’est-ce qu’une anatoxine?
toxine qui a perdu son pouvoir toxique mais reste immunogène et peut être utilisé comme vaccin
Que permettent les endotoxines?
réponse inflammatoire, fièvre, choc septique
Quels sont les effets des exotoxines?
- poisons violents
- efficaces à faibles doses
- effets neurotoxiques, cytotoxiques, entérotoxiques
Quelles sont les 3 classes de toxines?
- agissant sur la surface de la cellule
a. récepteur de l’hôte
b. formation de pores - agissant sur cibles intracellulaires (sur voies signalisation de l’hôte, cytosquelette, synthèse protéique)
a. endocytées
b. à sous-unités A/B - agissant sur cibles intracellulaires (agissent sur voies de signalisation de l’hôte, cytosquelette, synthèse protéique)
a. injectées
Qui produit la toxine botulique? Comment l’humain l’utilise-t-il?
- produit par Clostridium botulinum, un agent causal du botulisme qui empêche la respiration en bloquant la contraction des muscles
- neurotoxine très puissante qui agit à faible dose
- utilisé pour atténuer les rides
Distinguer catabolisme et anabolisme
- cata: relâche de l’énergie par oxydation des molécules. On utilise le glucose pour transformer ADP + Pi en ATP
- ana: utilise l’énergie pour synthétiser les macromolécules qui font la cellule. On utilise les AA pour former des protéines
Quels sont les 2 métabolismes microbiens?
- fermentation
- Respiration aérobie
Qu’est-ce que la fermentation?
- absence d’oxygène
- Rx 1: glycolyse, forme du pyruvate
- Rx 2: pyruvate utilisé comme substrat, NADH comme donneur d’électron
- génère 2 ATP
- lactique: formation de lactate
- alcoolique: éthanol + CO2
Qu’est-ce que la respiration aérobie?
- présence d’oxygène
- Rx 1: glycolyse, forme du pyruvate
- Rx 2: pyruvate utilisé comme substrat du cycle de Krebs
- NADH et FADH2 donneur d’électrons
- chaîne de transport des é- = 34ATP
- produit CO2 et H20
Sur quoi sont basées les méthodes moléculaires d’identification des microorganismes?
basé sur la détection:
- des acides nucléiques ARN/ADN
- des protéines des microorganismes (immunoblot, ELISA, mardi-tof)
- séquençage des microorganismes
Qu’est-ce que la technique de réaction en chaîne polymérase?
- à partir d’ADN
- appelé PCR transcription reverse lorsque l’on commence avec des ARN qui sont transformés en ADN complémentaires
- Dénaturation de l’ADN (haute T)
- appariement des amorces (baisse de T)
- extension des amorces (hausse de T)
Quelles sont les techniques de détection d’ADN?
- détection d’un seul microbe soupçonné dans un échantillon clinique (avec kit)
- détection simultanée potentielle de plusieurs espèces de microbes
Comment fonctionne la détection des protéines par immunoblot?
- préparation de l’échantillon
- électrophorèse sur gel
- transfert sur membrane
- immunodétection
long, fastidieux et spécifique
(western blot, Southern blot)
Comment fonctionne la détection des protéines par ELISA?
différente méthodes:
- ELISA direct: anticorps couplé à une enzyme sur un antigène
- ELISA indirect: comme direct mais un anticorps secondaire, conjugué à une enzyme ou à une autre molécule de détection est ensuite lié au premier anticorps.
- ELISA sandwich: utilise un anticorps de capture et un anticorps de détection
- ELISA compétitif: ???
on ajoute le substrat, et le liquide change de couleur si détecté??
Comment détecter les protéines par immunofluorescence/immunohistochimie?
- collection de l’échantillon sur petri
- marquage (antigène avec anticorps primaire et secondaire)
- microscopie
long
Comment détecter les protéines par cytométrie en flux?
- suspension des cellules
- cocktails d’anticorps couplés à des fluorochromes
- cytomètre en flux
- analyse des pop. cellulaires
un laser est envoyé sur les cellules, et elles renvoient une couleur différentes
Comment réagit le microbiote du tractus digestif aux antibiotiques?
- après 8 jours, diversité et abondance diminue drastiquement pour la plupart des espèces/genre bactérien
- colonisation par bactéries opportunistes, abondance assez faible avant antibioTx, et après cet antibiotique, vont se coloniser à niveaux + importants
- proportion des microorganismes, colonisateur de novo qui n’existaient pas, et profite de cette perturbation pour aller coloniser
- certaines bactéries sont perdues, sauf si on prend probio
