Metagenoma Flashcards
Es el proceso de determinar la secuencia de bases de nucleotidos (As, Ts, Cs y Gs)
secuencias de ADN
tecnologia muy precisa para secuencia largas 900pb, plasmidos y amplicones
SANGER
desventaja de SANGER
2
- costoso
- ineficinete para secuencias genomas completos y metagenomas
cuales son las next sequencing gneration tecnologies
- ilumina
- ion torrent
- pac bio
funciones plataformas NGS
- sintesis
- molecula unica
- nanoporos
- hibridacion
detecta la incroporacion de nucleotidos marcados con fluorescencia durante sintesis de DNA
ilumina
ventaja de ilumina
- alto rendimiento
- bajo costo
- ideasl para resecuenciacion y analisis de variantes
desventajas de ilumina
- longitud de lectura limitada
- errores de homopolimeros
- sesgo de amplificacion
pasos para el estudio con ilumina
- preparacion de bibliotecas
- generacion de clusters
- secuenciacion
- analisis de datos (bioinformatica)
procedimientos para la secuenciacion con ion torrent
- preparar la libreria genomica
- preparar el templete
- secuenciacion con el ion chip
- procesamiento de señal
secuenciacion con Pac Bio
SMRT
- secuenciacion en tiempo real
- mayor preciscion
- util para secuenciar cadenas largas 2 a 50 kb
procedimiento para realizar estudios con pac bio
- fragmento de DNA
- reparar DNA
- reparar extremos
- ligar adaptadores
- colocar primers
- unir polimerasa
- secuenciar
detecta el paso de moleculas de DNA a tarves de nanoporos
secuenciacion con nanoporos
ventajas de secuenciacion con nanoporos
- lecturas largas
- ideal para ensamblaje de genomas
- estudia variantes estructurales
desventaja de la secuenciacion con nanoporos
- menor precision
- mayor costo por base
- tecnologia en desarrollo
quien proporciona acetil Coa
el butirato obtenido de la fibra
quien dona grupos de acetilos
el acetil coa
sirve para acetilar histonas y modificar la expresion de genes
funcion del acido folico o folato
- participa en la S- adenosilmetionina, brindando gurpo metilos a las histonas
cual es la unica base nitrogenada que se metila
la citosina
efectos de la metilacion y acetilacion en el ADN
- metilacion: inhibe expresion de DNA,
- acetilacion: primueve la expresion del DNA
el triptofano ayuda a:
la produccion de serotonina
con que tecnologia se secuencio todo el genoma
con SHOT GUN
uso de los biomarcadores
- estratificacion
- eleccion de tratamientos
marcador filogenetico implementado por shot gun
- 16s RNA
- 9 regiones hipervariables
- economico
- sencillo y eficiente
