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A22 - Methodes Expérimentales > Le gros Minimum > Flashcards

Le gros Minimum Flashcards

1
Q

Nommez 2 limites de la microscopie électronique

A

1) Artéfact
2) Préparation / fixation

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Q

Nommez 4 limites de la microscopie de fluorescence standard

A

1) Photoblanchiment
2) Phototoxicité
3) Bruit de fond élevé
4) Image flou si épaisse

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3
Q

Nommez 3 avantages de la microscopie confocale

A

1) Image très claire
2) Dans le plan
3) Permet 3D (épais)

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4
Q

Nommez 2 limitations de la microscopie confocale

A

1) Augmente le photoblanchiment
2) Processus lent

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Q

Nommez 3 avantage de la microscopie à 2-photon

A

1) Diminue la phototoxicité
2) Diminue le photoblanchiment
3) Permet de voir des structure profondes

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6
Q

Nommez 1 limite de la microscopie à 2 photons

A

1) $$$

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7
Q

NOmmez 1 avantage de la microscopie STED

A

1) Augmente la résolution

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8
Q

Qu’est-ce qu’un fluorophore

A

Il s’agit d’une substance chimique qui émet de la fluorescence après excitation par la lumière

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9
Q

Nommez 3 techniques physiques d’insertion de l’ADN

A

1) Microinjection
2) Biolistique
3) Électroporation

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10
Q

Nommez 3 limitations de la technique de microinjection

A

1) 1 cellule à la fois
2) Difficile
3) ADN incorporé aléatoirement

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11
Q

Nommez 2 avantages de la technique de biolistique

A

1) Mosaique
2) Profond

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12
Q

Nommez 2 limitations de la technique de biolistique

A

1) Peut causer des dommages
2) Pas in vivo

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13
Q

Nommez 4 avantages de la technique d’électroporation

A

1) Contrôle spatiale
2) In vivo, in utero, in vitro
3) Contrôler le niveau d’expression
4) Plusieurs types cellulaires

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14
Q

Nommez 1 limitation de la technique d’électroporation

A

1) Neurone près des ventricules

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15
Q

Nommez 2 avantages des techniques chimiques pour la transfection de l’ADN

A

1) Simple
2) Efficace (% élevé mais moins chez les neurones)

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16
Q

Nommez 3 limitations des techniques chimiques pour la transfection de l’ADN

A

1) Pas in vivo
2) Moins efficace chez les neurones
3) Expression transitoire

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17
Q

Nommez une technique de transfection chimique

A

Lipofection avec un liposome

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18
Q

Qu’est-ce qu’un liposome

A

Il s’agit d’une vésicule bilipidique qui peut s’intégrer à la membrane ou être endocytosé

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19
Q

Nommez 3 exemples de vecteurs viraux (transduction)

A

1) Adénovirus
2) AAV
3) Lentivirus

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20
Q

Nommez 1 avantage de l’adénovirus

A

1) Plus gros donc permet la transduction de plus gros gènes

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21
Q

Nommez 3 limitations de l’adénovirus pour la transfection

A

1) Cause de l’inflammation => mort
2) Problème de biosécurité
3) Expression TRANSITOIRE

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22
Q

Nommez 3 avantages du virus AAV pour la transduction

A

1) Plus biosécuritaire
2) Moins toxique
3) Expression à long terme

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23
Q

Nommez 2 limitations du virus AAV pour la transduction

A

1) Difficile à produire (=> $$$)
2) Max 5 kb

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24
Q

Nommez 1 avantage du lentivirus pour la transduction

A

1) Expression à long-terme

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25
Q

Nommez 1 limitation du lentivirus pour la transduction

A

1) Max 8 kb (plus gros que AAV still)

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26
Q

Vrai ou Faux
Le rétrovirus peuvent tous infecter les cellules post-mitotiques

A

Faux
La majorité ne peuvent pas, le lentivirus est une exception

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27
Q

Nommez 4 avantages de l’utilisation de lignées immortalisées

A

1) Division illimité
2) Plus facile que primaire
3) HOMOGÈNE en théorie
4) Produisent beaucoup de protéine (=>marquer avec un TAG)

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28
Q

Nommez 2 limitations des lignées immortalisées

A

1) Cellules anormales (Pas les mêmes gènes / divisions)
2) Mutent après un certain temps

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29
Q

Nommez 2 exemples de lignées immortalisées

A

1) PC12
2) Neuroblastome (Neuro2A)

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30
Q

Nommez les 3 types de cellules primaires

A

1) Tranche
2) Explant
3) Cellules dissociées

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31
Q

Nommez 2 avantages des tranches

A

1) Organisation conservé
2) Permet l’étude de structures profondes

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32
Q

Nommez 1 limitation des tranches

A

1) Interface air-liquide nécessaire

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33
Q

Nommez les 2 types de tranches

A

1) Aigue
2) Organotypique

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34
Q

Nommez 2 avantages des explants

A

1) Même composition cellulaire
2) Pas besoin d’interface air-liquide

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35
Q

Nommez 1 limitation des explant

A

1) Pas d’organisation précise

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36
Q

Nommez 2 avantages des cellules dissociées

A

1) Elles maintiennent leur identité
2) SURVIE plusieurs semaines

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37
Q

Nommez 2 limitations des cellules primaires dissociées

A

1) Pas beaucoup
2) Pas d’organisation /connection

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38
Q

Nommez 2 types de cellules souches

A

1) Embryonnaire
2) iPSC

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39
Q

Nommez 1 avantage des cellules souches embryonnaires

A

1) Pluripotente

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40
Q

Nommez 1 limitation des cellules embryonnaire

A

1) Hétérogène
** On doit vérifier les facteurs / marqueurs exprimés **

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41
Q

Que signifie iPSC

A

Cellules souches pluripotentesinduites

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42
Q

Nommez 1 avantage des iPSC

A

1) Proviennent du patient (=> thérapie)

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43
Q

Nommez 1 limitation des iPSC

A

1) Efface la signature de viellissement (épigénétique)

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44
Q

Nommez 3 avantages aux vecteurs viraux

A

1) Pas cher $$$
2) In vivo
3) Très efficaces (% élevé)

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45
Q

Nommez 3 limitations des vecteurs viraux

A

1) Expression PAS immédiate
2) Problème de biosécurité
3) Taille de l’ADN plus petite que le vecteur

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46
Q

Nommez 2 types de séquençage de l’ADN

A

1) Séquençage de l’exome
2) Séquençage du génome

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47
Q

Nommez 1 avantage et 1 limitation du séquençage de l’exome

A

Avantage: 1) Pour toutes les maladies / condition
Limitation: 1) Seulement 2% du génome

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48
Q

Nommez 1 avantage et 1 limitation du séquençage du génome

A

Avantage: 1) Tout les génome
Limitation: 1) Interprétation limitée

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49
Q

Nommez 2 différences entre un criblage classique et inversé

A

Classique:
1) Beaucoup de gène
2) On recherche un phénotype
Inverse:
1) 1 seul gènes
2) On recherche des phénotypes

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50
Q

Nommez les 5 étapes d’un criblage génétique classique

A

1) Élaboration du test de mesure
2) Obtention de mutant
3) Dépistage de phénotype
4) Regroupement des mutant
5) Localiser le gène
=> Analyse ou séquençage

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51
Q

Nommez 2 avantages du séquençage génétique

A

1) Identifier les variants génétiques
2) Pas besoins de grande famille

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52
Q

Nommez 1 limitation du séquençage génétique

A

1) $$$

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53
Q

Nommez 2 marqueurs génétiques

A

1) Microsatellites
2) Micropuces SNPs

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54
Q

Nommez 3 techniques de criblage in silico

A

1) Blast
2) Ensemble
3) UCSF

55
Q

Nommez 2 techniques de criblages moléculaires

A

1) Micropuce ADNC
2) Séquençage des ARN

56
Q

Nommez 2 avantages des micropuces ADNc

A

1) Simple
2) PAS cher $$$

57
Q

Nommez 1 limitaiton des micropuces ADNc

A

1) Les sondes sont prédéterminées (=> pas d’info sur les transcrits)

58
Q

Nommez 1 avantage du séquençage d’ARN

A

1) Obtient tous les transcrits (même en faible abondance)

59
Q

Nommez 2 limitations du séquençage de l’ARN

A

1) $$$
2) Difficile

60
Q

Nommez 2 techniques pour étudier les intéractions entre protéine

A

1) SDS-PAGE + WB (partenaire connue)
2) Spectrométrie de masse (partenaire inconnu)

61
Q

Nommez 3 techniques pour étudier les intéractions entre protéine et l’ADN

A

1) EMSA
2) ChIP
3) Essai luciférase

62
Q

Nommez les rôles de la technique EMSA

A

Détecter l’intéraction DIRECTE entre une protéine et une région d’ADN

63
Q

Nommez 1 rôle de la technique de ChIP

A

Détecter s’il y a une intéraction entre une protéine et l’ADN

64
Q

Nommez 2 avantages de la techniques d’éssai luciférase

A

1) Détecte l’intéraction fonctionnelle (activation ou répression)
2) Quantifiable (par luminomètre)

65
Q

Nommez 1 limitation de la technique d’éssai luciférase

A

1) Elle ne détecte pas si l’intéraction est directe

66
Q

Nommez 2 techniques de purification de protéine

A

1) Chromatographie (Billes associées à un TAG + élution)
2) Immunoprécipitation (anticorps)

67
Q

Nommez 3 techniques pour mesurer l’expression d’une protéine

A

1) Western blot
2) ÉLISA
3) RIA

68
Q

Nommez les 3 types de western blot

A

1) Gel polycrilamide
2) Gel dénaturisant (SDS-page)
3) Gel natif (poids + CHARGE)

69
Q

Nommez 2 avantages de la technique d’ÉLISA

A

1) Quantification plus sensible
2) Pas besoin de dénaturation

70
Q

Nommez 1 limitation de la technique ÉLISA

A

1) Ne dépiste pas les ISOFORMES

71
Q

Nommez 1 avantage de la technique RIA

A

1) Très sensible (Utilise le ratio de protéine liées vs non-liées)

72
Q

Nommez 1 grande différence dans la méthode de préparation des anticorps monoclonaux vs polyclonaux

A

Monoclonal:
- Prélève les cellules B de la rate (=> co-culture => hybridome)
Polyclonal:
- Attends puis prélève le sang

73
Q

Nommez 1 avantage et 1 limitation de l’électrophysiologie

A

Avantage: 1) Excellent pour mesurer les signaux neuronaux
Limite: 1) Pas beaucoup de neurone simultanément

74
Q

Nommez 1 avantage des marqueurs sensibles au voltage

A

1) Précision temporelle
** Il en existe plusieurs **

75
Q

Nommez 3 limitations des marqueurs sensibles au voltage

A

1) Expression temporaire
2) Bruit de fond élevé
3) Pas de spécificité pour les différents sous-types de neurones

76
Q

Nommez 2 marqueurs statiques

A

1) IEGs
2) BrdU

77
Q

Nommez 3 rôles des IEGs

A

Produirent:
1) Facteurs de croissance (c-jun, c-myc, c-fos)
2) ARC
3) BDNF

78
Q

Nommez 2 méthodes pour détecter les IEGs

A

1) Hybridation in situ (ISH)
2) ImmunoHistoChimie (IHC)

79
Q

Nommez 3 limitations des IEGS

A

1) Snapshot
2) Tissu FIXÉ
3) PAS suffisant (nécessite d’autres études)

80
Q

Nommez le rôle de BrdU

A

Mesurer la prolifération neuronale

81
Q

Nommez 3 techniques d’imagerie calcique

A

1) Ratiométrique (Fura-2)
2) Non-ratiométrique (Fluo-4)
3) GCaMP

82
Q

Nommez 1 avantage de l’imagerie calcique ratiométrique

A

1) Isole les variables

83
Q

Nommez 3 limitations de l’imagerie calcique ratiométrique

A

1) Difficile
2) Microscope spécialisé
3) Pas de CIBLAGE de population spécifique

84
Q

Nommez 1 avantage de la microscopie calcique non-ratiométrique

A

1) Facile (directe)

85
Q

Nommez 2 limitations de la microscopie calcique non-ratiométrique

A

1) Pas de CIBLAGE de population de neurones spécifiques
2) Peut modifier l’homéostasie

86
Q

Vrai ou Faux
Les techniques d’imagerie calcique ne permettent pas de cibler des populations neuronales spécifiques

A

Faux
GCaMP peut contrairement aux techniques ratio- et non-ratiométrique

87
Q

Nommez 3 avantages de GCaMP

A

1) Permet de cibler une population neuronale spécifique
2) Haute sensibilité
3) Facile

88
Q

Nommez 2 limitations de GCaMP

A

1) Faible résolution temporelle
2) Tamponnage à de haute concentration

89
Q

Nommez 4 avantages des techniques de manipulation optique

A

1) Ciblage de population spécifique
2) Ciblage de large population de neurone (ex: dopaminergique)
3) Permet de visualiser et de manipuler l’activité
4) Plus spécifique qu’électrique

90
Q

Nommez les 2 techniques de manipulation optique

A

1) Uncaging
2) Optogénétique

91
Q

Nommez 4 rôles des études précliniques

A

1) Risques carcinogène, teratogène, mutagène
2) PharmacoCinétique
3) PharmacoDynamique
4) DL50, NOEL, NOAEL

92
Q

Quelle phase cherche la dose thérapeutique

A

La phase 2

93
Q

Quelle phase fait de la pharamcovigilance

A

La phase 4

94
Q

À partir de quel phase on utilise des malades

A

La phase 2

95
Q

Quelle phase cherche à observer la tolérabilité et toxicité

A

Phase 1

96
Q

Nommez les 2 biais

A

1) Sélection (représentativité)
2) Confondance (comparabilité)

97
Q

Qu’est-ce que l’effet Hawthorn

A

Lorsque le profil des patient change après le screening

98
Q

Nommez 4 limitations de la evidence-based medicine

A

1) Population > individu
2) Impossible pour toutes les situations ($$ et temps)
3) Durée de l’étude > vie du patient
4) Critère de sélection strict (pas représentatif du vrai monde)

99
Q

Nommez 6 critères d’un bon test

A

1) Peu de variabilité
2) Validité (Fiabilité)
3) 2 groupes indépendants
4) Spécificité / sensibilité bien connu
5) Cohésion interne
6) temps de passation

100
Q

Nommez le rôle du critère de jugement primaire

A

1) Déterminer la puissance (n)

101
Q

Vrai ou Faux
On peut avoir plusieurs critères de jugement secondaires

A

Vrai
Mais un petit nombre pré-spécifié basées sur des preuves ANTÉRIEURES

102
Q

Nommez les 3 types de tests pour la mesure principale

A

1) Étude semblable
2) Exigé par les autoritées
3) Pour mesure ce qui nous intéresse

103
Q

Vrai ou Faux
Il existe une triple insu

A

Vrai
C’est lorsque l’évaluation ne sait pas qui à quel traitement

104
Q

Nommez 2 rôles de la randomisation

A

1) Contrôle des biais
2) Donne des groupes comparables

105
Q

Nommez 3 critères d’inclusion pour la sélection de participant

A

1) Critères décisionnels validés
2) Stade / symptôme
3) Consentement

106
Q

Nommez 4 critères d’exclusion pour la sélection de participant

A

1) PAS mesurable
2) PAS compliance
3) Prudence
4) Facteurs confondants

107
Q

Nommez 3 rôles des critères d’inclusion et d’exclusion

A

1) Généraliser malgré une population pure
2) Éviter des choses qui masquerait les effets
3) Diminuer les risques supplémentaires

108
Q

Nommez 2 limitations des modèles animaux

A

1) Les modèles = PAS la maladie
2) Les animaux sont homogènes alors que les humains sont hétérogènes

109
Q

Nommez 3 techniques pour éviter les effets placebo

A

1) Run-in trial
2) Sequential parallèle trial
3) Screening génétique

110
Q

Nommez les étapes de la création d’un transgènes

A

1) Choix du promoteur
2) Choix d’un plasmide exprimant le promoteur
3) Choix d’un 2e plasmide avec une cassette d’expression désirée (protéines d’intérêt)
4) Inséré le 1er promoteur devant la cassette
5) Microinjection dans une souris

111
Q

Qu’est-ce que l’effet positionnel

A

Lorsque l’expression ne concorde pas avec celle attendu pour le promoteur (même promoteur => populations différentes)

112
Q

Nommez 3 avantages / rôles d’un trangène

A

1) Vérifier l’expression d’un gène X pré/post natal
2) Marquer une population de cellules
3) Surexprimer un gène (gain de fonction)

113
Q

Nommez 1 limite des trangènes

A

1) Expression non-spécifique ou trop sélective (effet positionnel)

114
Q

Nommez 2 rôles d’un knock-in

A

1) Expression d’un marqueur au site endogène
2) Insertion d’une mutation ciblée

115
Q

Nommez 1 limite des knock-in

A

1) L’intensité de l’expression dépend du locus

116
Q

Définition d’un knockout

A

Ablation d’exon d’un gène pour l’inactiver

117
Q

Nommez 3 rôles / avantages de Cre-ER/loxP

A

1) Permet de suivre l’évoluer d’un type cellulaire
2) Permet d’éviter la mort précoce
3) Précision temporelle

118
Q

Nommez 3 avantages d’une mutation ciblée

A

1) Sélectif à un type cellulaire
2) Souris viable
3) Marquage des cellules mutés

119
Q

Nommez 1 avantage et une limitation de CRISPER

A

Avantage: 1) Knock-in ou out plus rapide
Limitation: 1) On ne peut pas contrôler la HR donc plus souvent knock out que in

120
Q

Nommez 2 avantages de la technique Knock-down

A

1) Précision temporelle
2) Plus rapide

121
Q

Nommez 1 limitation de la technique knockdown

A

1) Moins spécifique que knockout

122
Q

Nommez 1 avantage et 1 limitation de siARN

A

Avantage: 1) Effet rapide et précision temporelle
Limitation: 1) Effet temporaire

123
Q

Nommez 3 vérifications à faire pour les shARN

A

1) shARN contrôle (Scramble)
2) Rescue shARN-résistant (vérifie la spécificité)
3) Tester plusieurs shARN (Comparer les efficacités)

124
Q

Nommez 1 avantage et 1 limitation de la technique Tet ON/OFF

A

Avantage: 1) Exprimer un transgène à un moment précis
Limitation: 1) Expression selon le promoteur

125
Q

Quel est le rôle de l’allèle reportrice

A

Elle permet de visualiser les cellules exprimant Cre

126
Q

Définition d’un knockin

A

Insertion d’un nouveau gène au site d’un gène endogène

127
Q

Vrai ou Faux
Il est impossible d’identifier des fibres idividuels par coloration

A

Vrai

128
Q

Vrai ou Faux
Le marquage avec des sondes nécessite de conjugé la sonde à une molécule fluorecente

A

Vrai

129
Q

Les marquages chromogéniques sont visibles avec quel(s) type(s) de microscope

A

Microscope photononique

130
Q

Les marquages avec la biotoine sont visibles avec quel(s) type(s) de microscope

A

1) Photonique
2) Fluorescence
3) Électronique

131
Q

Décrivez le mécanisme de la colortation par biotine

A

La biotine est associée avec l’avidine qui est conjugé à un autre molécule fluorescente

132
Q

Quel(s) type(s) de microscope permet la visualisation des isotopes radioactivif

A

Photonique

133
Q

Vrai ou Faux
Les gènes rapporteurs peuvent être exprimés par leur propre promoteur

A

Vrai
Ou par un promoteur endogène

134
Q

Nommez 2 avantage des gènes rapporteurs par rapport au anticorp

A

1) Resolution spatial et temporale

A22 - Methodes Expérimentales (15 decks)

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