Le gros Minimum Flashcards
Nommez 2 limites de la microscopie électronique
1) Artéfact
2) Préparation / fixation
Nommez 4 limites de la microscopie de fluorescence standard
1) Photoblanchiment
2) Phototoxicité
3) Bruit de fond élevé
4) Image flou si épaisse
Nommez 3 avantages de la microscopie confocale
1) Image très claire
2) Dans le plan
3) Permet 3D (épais)
Nommez 2 limitations de la microscopie confocale
1) Augmente le photoblanchiment
2) Processus lent
Nommez 3 avantage de la microscopie à 2-photon
1) Diminue la phototoxicité
2) Diminue le photoblanchiment
3) Permet de voir des structure profondes
Nommez 1 limite de la microscopie à 2 photons
1) $$$
NOmmez 1 avantage de la microscopie STED
1) Augmente la résolution
Qu’est-ce qu’un fluorophore
Il s’agit d’une substance chimique qui émet de la fluorescence après excitation par la lumière
Nommez 3 techniques physiques d’insertion de l’ADN
1) Microinjection
2) Biolistique
3) Électroporation
Nommez 3 limitations de la technique de microinjection
1) 1 cellule à la fois
2) Difficile
3) ADN incorporé aléatoirement
Nommez 2 avantages de la technique de biolistique
1) Mosaique
2) Profond
Nommez 2 limitations de la technique de biolistique
1) Peut causer des dommages
2) Pas in vivo
Nommez 4 avantages de la technique d’électroporation
1) Contrôle spatiale
2) In vivo, in utero, in vitro
3) Contrôler le niveau d’expression
4) Plusieurs types cellulaires
Nommez 1 limitation de la technique d’électroporation
1) Neurone près des ventricules
Nommez 2 avantages des techniques chimiques pour la transfection de l’ADN
1) Simple
2) Efficace (% élevé mais moins chez les neurones)
Nommez 3 limitations des techniques chimiques pour la transfection de l’ADN
1) Pas in vivo
2) Moins efficace chez les neurones
3) Expression transitoire
Nommez une technique de transfection chimique
Lipofection avec un liposome
Qu’est-ce qu’un liposome
Il s’agit d’une vésicule bilipidique qui peut s’intégrer à la membrane ou être endocytosé
Nommez 3 exemples de vecteurs viraux (transduction)
1) Adénovirus
2) AAV
3) Lentivirus
Nommez 1 avantage de l’adénovirus
1) Plus gros donc permet la transduction de plus gros gènes
Nommez 3 limitations de l’adénovirus pour la transfection
1) Cause de l’inflammation => mort
2) Problème de biosécurité
3) Expression TRANSITOIRE
Nommez 3 avantages du virus AAV pour la transduction
1) Plus biosécuritaire
2) Moins toxique
3) Expression à long terme
Nommez 2 limitations du virus AAV pour la transduction
1) Difficile à produire (=> $$$)
2) Max 5 kb
Nommez 1 avantage du lentivirus pour la transduction
1) Expression à long-terme
Nommez 1 limitation du lentivirus pour la transduction
1) Max 8 kb (plus gros que AAV still)
Vrai ou Faux
Le rétrovirus peuvent tous infecter les cellules post-mitotiques
Faux
La majorité ne peuvent pas, le lentivirus est une exception
Nommez 4 avantages de l’utilisation de lignées immortalisées
1) Division illimité
2) Plus facile que primaire
3) HOMOGÈNE en théorie
4) Produisent beaucoup de protéine (=>marquer avec un TAG)
Nommez 2 limitations des lignées immortalisées
1) Cellules anormales (Pas les mêmes gènes / divisions)
2) Mutent après un certain temps
Nommez 2 exemples de lignées immortalisées
1) PC12
2) Neuroblastome (Neuro2A)
Nommez les 3 types de cellules primaires
1) Tranche
2) Explant
3) Cellules dissociées
Nommez 2 avantages des tranches
1) Organisation conservé
2) Permet l’étude de structures profondes
Nommez 1 limitation des tranches
1) Interface air-liquide nécessaire
Nommez les 2 types de tranches
1) Aigue
2) Organotypique
Nommez 2 avantages des explants
1) Même composition cellulaire
2) Pas besoin d’interface air-liquide
Nommez 1 limitation des explant
1) Pas d’organisation précise
Nommez 2 avantages des cellules dissociées
1) Elles maintiennent leur identité
2) SURVIE plusieurs semaines
Nommez 2 limitations des cellules primaires dissociées
1) Pas beaucoup
2) Pas d’organisation /connection
Nommez 2 types de cellules souches
1) Embryonnaire
2) iPSC
Nommez 1 avantage des cellules souches embryonnaires
1) Pluripotente
Nommez 1 limitation des cellules embryonnaire
1) Hétérogène
** On doit vérifier les facteurs / marqueurs exprimés **
Que signifie iPSC
Cellules souches pluripotentesinduites
Nommez 1 avantage des iPSC
1) Proviennent du patient (=> thérapie)
Nommez 1 limitation des iPSC
1) Efface la signature de viellissement (épigénétique)
Nommez 3 avantages aux vecteurs viraux
1) Pas cher $$$
2) In vivo
3) Très efficaces (% élevé)
Nommez 3 limitations des vecteurs viraux
1) Expression PAS immédiate
2) Problème de biosécurité
3) Taille de l’ADN plus petite que le vecteur
Nommez 2 types de séquençage de l’ADN
1) Séquençage de l’exome
2) Séquençage du génome
Nommez 1 avantage et 1 limitation du séquençage de l’exome
Avantage: 1) Pour toutes les maladies / condition
Limitation: 1) Seulement 2% du génome
Nommez 1 avantage et 1 limitation du séquençage du génome
Avantage: 1) Tout les génome
Limitation: 1) Interprétation limitée
Nommez 2 différences entre un criblage classique et inversé
Classique:
1) Beaucoup de gène
2) On recherche un phénotype
Inverse:
1) 1 seul gènes
2) On recherche des phénotypes
Nommez les 5 étapes d’un criblage génétique classique
1) Élaboration du test de mesure
2) Obtention de mutant
3) Dépistage de phénotype
4) Regroupement des mutant
5) Localiser le gène
=> Analyse ou séquençage
Nommez 2 avantages du séquençage génétique
1) Identifier les variants génétiques
2) Pas besoins de grande famille
Nommez 1 limitation du séquençage génétique
1) $$$
Nommez 2 marqueurs génétiques
1) Microsatellites
2) Micropuces SNPs
Nommez 3 techniques de criblage in silico
1) Blast
2) Ensemble
3) UCSF
Nommez 2 techniques de criblages moléculaires
1) Micropuce ADNC
2) Séquençage des ARN
Nommez 2 avantages des micropuces ADNc
1) Simple
2) PAS cher $$$
Nommez 1 limitaiton des micropuces ADNc
1) Les sondes sont prédéterminées (=> pas d’info sur les transcrits)
Nommez 1 avantage du séquençage d’ARN
1) Obtient tous les transcrits (même en faible abondance)
Nommez 2 limitations du séquençage de l’ARN
1) $$$
2) Difficile
Nommez 2 techniques pour étudier les intéractions entre protéine
1) SDS-PAGE + WB (partenaire connue)
2) Spectrométrie de masse (partenaire inconnu)
Nommez 3 techniques pour étudier les intéractions entre protéine et l’ADN
1) EMSA
2) ChIP
3) Essai luciférase
Nommez les rôles de la technique EMSA
Détecter l’intéraction DIRECTE entre une protéine et une région d’ADN
Nommez 1 rôle de la technique de ChIP
Détecter s’il y a une intéraction entre une protéine et l’ADN
Nommez 2 avantages de la techniques d’éssai luciférase
1) Détecte l’intéraction fonctionnelle (activation ou répression)
2) Quantifiable (par luminomètre)
Nommez 1 limitation de la technique d’éssai luciférase
1) Elle ne détecte pas si l’intéraction est directe
Nommez 2 techniques de purification de protéine
1) Chromatographie (Billes associées à un TAG + élution)
2) Immunoprécipitation (anticorps)
Nommez 3 techniques pour mesurer l’expression d’une protéine
1) Western blot
2) ÉLISA
3) RIA
Nommez les 3 types de western blot
1) Gel polycrilamide
2) Gel dénaturisant (SDS-page)
3) Gel natif (poids + CHARGE)
Nommez 2 avantages de la technique d’ÉLISA
1) Quantification plus sensible
2) Pas besoin de dénaturation
Nommez 1 limitation de la technique ÉLISA
1) Ne dépiste pas les ISOFORMES
Nommez 1 avantage de la technique RIA
1) Très sensible (Utilise le ratio de protéine liées vs non-liées)
Nommez 1 grande différence dans la méthode de préparation des anticorps monoclonaux vs polyclonaux
Monoclonal:
- Prélève les cellules B de la rate (=> co-culture => hybridome)
Polyclonal:
- Attends puis prélève le sang
Nommez 1 avantage et 1 limitation de l’électrophysiologie
Avantage: 1) Excellent pour mesurer les signaux neuronaux
Limite: 1) Pas beaucoup de neurone simultanément
Nommez 1 avantage des marqueurs sensibles au voltage
1) Précision temporelle
** Il en existe plusieurs **
Nommez 3 limitations des marqueurs sensibles au voltage
1) Expression temporaire
2) Bruit de fond élevé
3) Pas de spécificité pour les différents sous-types de neurones
Nommez 2 marqueurs statiques
1) IEGs
2) BrdU
Nommez 3 rôles des IEGs
Produirent:
1) Facteurs de croissance (c-jun, c-myc, c-fos)
2) ARC
3) BDNF
Nommez 2 méthodes pour détecter les IEGs
1) Hybridation in situ (ISH)
2) ImmunoHistoChimie (IHC)
Nommez 3 limitations des IEGS
1) Snapshot
2) Tissu FIXÉ
3) PAS suffisant (nécessite d’autres études)
Nommez le rôle de BrdU
Mesurer la prolifération neuronale
Nommez 3 techniques d’imagerie calcique
1) Ratiométrique (Fura-2)
2) Non-ratiométrique (Fluo-4)
3) GCaMP
Nommez 1 avantage de l’imagerie calcique ratiométrique
1) Isole les variables
Nommez 3 limitations de l’imagerie calcique ratiométrique
1) Difficile
2) Microscope spécialisé
3) Pas de CIBLAGE de population spécifique
Nommez 1 avantage de la microscopie calcique non-ratiométrique
1) Facile (directe)
Nommez 2 limitations de la microscopie calcique non-ratiométrique
1) Pas de CIBLAGE de population de neurones spécifiques
2) Peut modifier l’homéostasie
Vrai ou Faux
Les techniques d’imagerie calcique ne permettent pas de cibler des populations neuronales spécifiques
Faux
GCaMP peut contrairement aux techniques ratio- et non-ratiométrique
Nommez 3 avantages de GCaMP
1) Permet de cibler une population neuronale spécifique
2) Haute sensibilité
3) Facile
Nommez 2 limitations de GCaMP
1) Faible résolution temporelle
2) Tamponnage à de haute concentration
Nommez 4 avantages des techniques de manipulation optique
1) Ciblage de population spécifique
2) Ciblage de large population de neurone (ex: dopaminergique)
3) Permet de visualiser et de manipuler l’activité
4) Plus spécifique qu’électrique
Nommez les 2 techniques de manipulation optique
1) Uncaging
2) Optogénétique
Nommez 4 rôles des études précliniques
1) Risques carcinogène, teratogène, mutagène
2) PharmacoCinétique
3) PharmacoDynamique
4) DL50, NOEL, NOAEL
Quelle phase cherche la dose thérapeutique
La phase 2
Quelle phase fait de la pharamcovigilance
La phase 4
À partir de quel phase on utilise des malades
La phase 2
Quelle phase cherche à observer la tolérabilité et toxicité
Phase 1
Nommez les 2 biais
1) Sélection (représentativité)
2) Confondance (comparabilité)
Qu’est-ce que l’effet Hawthorn
Lorsque le profil des patient change après le screening
Nommez 4 limitations de la evidence-based medicine
1) Population > individu
2) Impossible pour toutes les situations ($$ et temps)
3) Durée de l’étude > vie du patient
4) Critère de sélection strict (pas représentatif du vrai monde)
Nommez 6 critères d’un bon test
1) Peu de variabilité
2) Validité (Fiabilité)
3) 2 groupes indépendants
4) Spécificité / sensibilité bien connu
5) Cohésion interne
6) temps de passation
Nommez le rôle du critère de jugement primaire
1) Déterminer la puissance (n)
Vrai ou Faux
On peut avoir plusieurs critères de jugement secondaires
Vrai
Mais un petit nombre pré-spécifié basées sur des preuves ANTÉRIEURES
Nommez les 3 types de tests pour la mesure principale
1) Étude semblable
2) Exigé par les autoritées
3) Pour mesure ce qui nous intéresse
Vrai ou Faux
Il existe une triple insu
Vrai
C’est lorsque l’évaluation ne sait pas qui à quel traitement
Nommez 2 rôles de la randomisation
1) Contrôle des biais
2) Donne des groupes comparables
Nommez 3 critères d’inclusion pour la sélection de participant
1) Critères décisionnels validés
2) Stade / symptôme
3) Consentement
Nommez 4 critères d’exclusion pour la sélection de participant
1) PAS mesurable
2) PAS compliance
3) Prudence
4) Facteurs confondants
Nommez 3 rôles des critères d’inclusion et d’exclusion
1) Généraliser malgré une population pure
2) Éviter des choses qui masquerait les effets
3) Diminuer les risques supplémentaires
Nommez 2 limitations des modèles animaux
1) Les modèles = PAS la maladie
2) Les animaux sont homogènes alors que les humains sont hétérogènes
Nommez 3 techniques pour éviter les effets placebo
1) Run-in trial
2) Sequential parallèle trial
3) Screening génétique
Nommez les étapes de la création d’un transgènes
1) Choix du promoteur
2) Choix d’un plasmide exprimant le promoteur
3) Choix d’un 2e plasmide avec une cassette d’expression désirée (protéines d’intérêt)
4) Inséré le 1er promoteur devant la cassette
5) Microinjection dans une souris
Qu’est-ce que l’effet positionnel
Lorsque l’expression ne concorde pas avec celle attendu pour le promoteur (même promoteur => populations différentes)
Nommez 3 avantages / rôles d’un trangène
1) Vérifier l’expression d’un gène X pré/post natal
2) Marquer une population de cellules
3) Surexprimer un gène (gain de fonction)
Nommez 1 limite des trangènes
1) Expression non-spécifique ou trop sélective (effet positionnel)
Nommez 2 rôles d’un knock-in
1) Expression d’un marqueur au site endogène
2) Insertion d’une mutation ciblée
Nommez 1 limite des knock-in
1) L’intensité de l’expression dépend du locus
Définition d’un knockout
Ablation d’exon d’un gène pour l’inactiver
Nommez 3 rôles / avantages de Cre-ER/loxP
1) Permet de suivre l’évoluer d’un type cellulaire
2) Permet d’éviter la mort précoce
3) Précision temporelle
Nommez 3 avantages d’une mutation ciblée
1) Sélectif à un type cellulaire
2) Souris viable
3) Marquage des cellules mutés
Nommez 1 avantage et une limitation de CRISPER
Avantage: 1) Knock-in ou out plus rapide
Limitation: 1) On ne peut pas contrôler la HR donc plus souvent knock out que in
Nommez 2 avantages de la technique Knock-down
1) Précision temporelle
2) Plus rapide
Nommez 1 limitation de la technique knockdown
1) Moins spécifique que knockout
Nommez 1 avantage et 1 limitation de siARN
Avantage: 1) Effet rapide et précision temporelle
Limitation: 1) Effet temporaire
Nommez 3 vérifications à faire pour les shARN
1) shARN contrôle (Scramble)
2) Rescue shARN-résistant (vérifie la spécificité)
3) Tester plusieurs shARN (Comparer les efficacités)
Nommez 1 avantage et 1 limitation de la technique Tet ON/OFF
Avantage: 1) Exprimer un transgène à un moment précis
Limitation: 1) Expression selon le promoteur
Quel est le rôle de l’allèle reportrice
Elle permet de visualiser les cellules exprimant Cre
Définition d’un knockin
Insertion d’un nouveau gène au site d’un gène endogène
Vrai ou Faux
Il est impossible d’identifier des fibres idividuels par coloration
Vrai
Vrai ou Faux
Le marquage avec des sondes nécessite de conjugé la sonde à une molécule fluorecente
Vrai
Les marquages chromogéniques sont visibles avec quel(s) type(s) de microscope
Microscope photononique
Les marquages avec la biotoine sont visibles avec quel(s) type(s) de microscope
1) Photonique
2) Fluorescence
3) Électronique
Décrivez le mécanisme de la colortation par biotine
La biotine est associée avec l’avidine qui est conjugé à un autre molécule fluorescente
Quel(s) type(s) de microscope permet la visualisation des isotopes radioactivif
Photonique
Vrai ou Faux
Les gènes rapporteurs peuvent être exprimés par leur propre promoteur
Vrai
Ou par un promoteur endogène
Nommez 2 avantage des gènes rapporteurs par rapport au anticorp
1) Resolution spatial et temporale
