Cours 9 - Identification des Gènes / Protéines Flashcards
Nommez 1 rôle du criblage classique
1) Générer des hypothèses (milliers de gènes à la fois)
Nommez 1 rôle du criblage inversé
1) Évaluer une hypothèse (1 gène à la fois)
Qu’est-ce qu’un criblage classique
Lorsqu’on cherche à identifier les gènes inconnus associés à un phénotype connu
Qu’est-ce qu’un criblage inversé
Lorsqu’on cherche à identifier les phénotypes inconnus associées à un gène connu
Nommez les 5 étapes d’un criblage classique
1) Élaboration du test de mesure du phénotype
2) Obtenir un mutant
3) Dépistage d’un phénotype anormal
4) Regroupement des mutants
5) Localiser le gène
Nommez 3 caractéristiques d’un test pour mesurer le phénotypes (Étape 1)
1) Simple
2) Quantitatif
3) Permet de distinguer les phénotypes normaux et anormaux
Nommez 4 modes de mutagenèses pour obtenir un mutant (Étape 2)
1) Mutations naturelles
2) Mutagenèse chimique
3) Mutagenèse par irradiation (UV)
4) Mutagenèse par insertion (Transposon)
Le mode de mutagenèse chimique provoque quel type de mutation
Des mutations ponctuelles (un seul nucléotide)
Nommez 3 conséquences possibles d’une mutation ponctuelle
1) Changement de l’AA
2) Création d’un codon stop
3) Création ou délétion d’un site d’épissage
Le mode de mutagenèse par irradiation provoque quel type de mutation
Provoque des ruptures dans l’ADN double brin
Nommez 3 conséquences possibles d’une mutation par irradiation
** Réarrangements chromosomiques **
1) Délétion / Insertion / Duplication
2) Inversion
3) Translocation
Qu’est-ce que le mode de mutagenèse par insertion
Lorsqu’on insère un gène marqueur aléatoirement qui perturbe soit la séquence (région codante) ou l’épissage du gène (région non-codante adjacente)
Vrai ou Faux
Il faut attendre plusieurs génération avant qu’une mutation soit fixée
Vrai
La 1ere génération est instable et mosaïque
=> Après 5-10 générations la/les mutations sont fixées
Décrivez la méthode pour le regroupement des mutants (Étape 4)
Test allélique: - Est-ce que 2 mutants ensemble
=> Phénotype normal (Complémentaire; Gènes différents)
=> Phénotype anormal (Pas complémentaire; Même gène)
Nommez 2 méthodes pour localiser le gène (+ modes de mutation associés)
1) Analyse de liaison (Chimique et irradiation)
2) Séquence du transposon (Insertion)
Décrivez les 3 étapes du criblage inversé
1) Identifier un gène d’intérêt
2) Perturber ce gène
3) Observer la variation des phénotypes
Nommez le rôle des siARN et shARN
Perturber l’expression d’un gène spécifique
Nommez 3 techniques d’édition du génome
1) CRISPR/Cas9 (la plus utilisée)
2) TALEN
3) Zinc finger
Nommez le domaine de clivage associée à la méthode d’édition du génome Zinc Finger et TALEN
Fok1
Que signifie CRISPR
Clustered Regularly Interspaced Short Palendromic Repeat
Nommez 2 composants essentiels à la technique de CRISPR
1) La protéine associée à CRISPR (Cas 9)
2) Un ARN guide (ARNg)
Qu’est-ce que Cas 9
Une endonucléase clivant l’ADN et encode dans l’opéron Cas du chromosome bactérien
Nommez les 2 segments de l’ARNg de CRISPR et leur rôle
1) ARN CRISPR (ARNcr)
=> Criblage de l’ADN viral par appariement de bases
2) ARN CRISPR trans-activant (ARNtracr)
=> Séquence palindromique qui adopte une structure 3D servant d’échaffaudage moléculaire pour l’ancrage de l’ARNg
Qu’est-ce que la séquence PAM
Il s’agit d’un mécanisme de sécurité (Motif de 3-5 nucléotides présent du côté 3’ de l’ADN cible
Vrai ou Faux
Les séquences PAM varient
Vrai
Elles varient en fonction de la Cas 9 (CRISPR nucléase)
Nommez 3 conséquences possibles à un NHEJ
1) Réparation
2) Délétion
3) Insertion
Nommez les 2 voies de réparation de l’ADN d’une cassure double-brin
1) NHEJ
2) HDR
Nommez 2 types de marqueurs utilisé pour faire un criblage génétique
1) Marqueurs microsatellites
2) Micropuce SNPs
Nommez 1 avantage et 1 inconvéniant pour les marqueurs microsatellites
Avantage
=> Très polymorphique
Inconvéniant
=> Couverture inégale (parfois avec des gap)
Nommez 1 avantage et 1 inconvéniant pour les micropuce SNPs
Avantage
=> Grande quantité de marqueurs (Couverture intégrale)
Inconvéniant
=> Peu polymorphique
Qu’est-ce qu’une analyse de liaison
Il s’agit d’une technique de criblage génétique
- Nécessite de grandes familles
- Pour les maladies mendéliennes
=>Score LOD (significatif >= 3)
Qu’est-ce qu’une étude d’association (GWAS)
Il s’agit d’une technique de criblage génétique
- Nécessite beaucoup d’individu
- Pour les maladies/ traits complexes
=>Graphique de type Manathan (Fréquence des variants)
Nommez 3 avantages et 2 inconvéniants aux séquencages de l’exome
Avantages:
1) Identifie directement les variants potentiels
2) Ne nécessite pas de grande famille
3) Toutes les maladies / traits*
Inconvéniants:
1) Plus dispendieux
2) Couvre 2% du génome*
Nommez 4 techniques de criblage génétique
1) Marqueurs microsatellites
2) Micropuce SNPs
3) Séquençage de l’exome
4) Séquençage du génome
Nommez 3 avantages et 2 inconvéniants aux séquencages de l’exome
Avantages:
1) Identifie directement les variants potentiels
2) Ne nécessite pas de grande famille
3) Couvre le génome en ~entier*
Inconvéniants:
1) Dispendieux
2) Limitation dans l’interprétation des données*
Nommez 3 techniques de criblage in silico
1) UCSF
2) Ensembl
3) BLAST
Qu’est-ce que BLAST
Il s’agit d’une approche de criblage in silico
- Compare les séquences d’ADN et de protéines (similarité)
- Toute les espèces
Qu’est-ce que Ensembl
Il s’agit d’une approche de criblage in silico
- Emphase sur les analyses génomiques
Qu’est-ce que UCSC
Il s’agit d’une approche de criblage in silico
- Similaire à Ensembl et BLAST
Nommez 1 rôles des criblages moléculaires
Identifier des gènes en lien avec un processus biologiques spécifiques
Nommez 2 techniques de criblage moléculaire
1) Micro-puce cADN
2) Séquençage de l‘ARN
Nommez 2 avantages et 1 inconvéniant de la technique de micro-puce ADNc
Avantage:
1) Analyse simple
2) Peu couteux
Inconvéniant:
1) Sondes prédeterminées (=> Pas d’info sur les transcris seulement l’ADN)
Nommez 2 avantages et 2 inconvéniants de la technique de séquençage de l’ARN
Avantage:
1) Séquençage de tous les transcrits exprimés dans le tissu
2) Possibilité de détecter les transcrits de faible abondance
Inconvéniants:
1) Plus coûteux
2) Nécessite de l’expertise
