Cours 9 - Identification des Gènes / Protéines

Question 1

Nommez 1 rôle du criblage classique

Answer 1

1) Générer des hypothèses (milliers de gènes à la fois)

Question 2

Nommez 1 rôle du criblage inversé

Answer 2

1) Évaluer une hypothèse (1 gène à la fois)

Question 3

Qu’est-ce qu’un criblage classique

Answer 3

Lorsqu’on cherche à identifier les gènes inconnus associés à un phénotype connu

Question 4

Qu’est-ce qu’un criblage inversé

Answer 4

Lorsqu’on cherche à identifier les phénotypes inconnus associées à un gène connu

Question 5

Nommez les 5 étapes d’un criblage classique

Answer 5

1) Élaboration du test de mesure du phénotype
2) Obtenir un mutant
3) Dépistage d’un phénotype anormal
4) Regroupement des mutants
5) Localiser le gène

Question 6

Nommez 3 caractéristiques d’un test pour mesurer le phénotypes (Étape 1)

Answer 6

1) Simple
2) Quantitatif
3) Permet de distinguer les phénotypes normaux et anormaux

Question 7

Nommez 4 modes de mutagenèses pour obtenir un mutant (Étape 2)

Answer 7

1) Mutations naturelles
2) Mutagenèse chimique
3) Mutagenèse par irradiation (UV)
4) Mutagenèse par insertion (Transposon)

Question 8

Le mode de mutagenèse chimique provoque quel type de mutation

Answer 8

Des mutations ponctuelles (un seul nucléotide)

Question 9

Nommez 3 conséquences possibles d’une mutation ponctuelle

Answer 9

1) Changement de l’AA
2) Création d’un codon stop
3) Création ou délétion d’un site d’épissage

Question 10

Le mode de mutagenèse par irradiation provoque quel type de mutation

Answer 10

Provoque des ruptures dans l’ADN double brin

Question 11

Nommez 3 conséquences possibles d’une mutation par irradiation

Answer 11

** Réarrangements chromosomiques **
1) Délétion / Insertion / Duplication
2) Inversion
3) Translocation

Question 12

Qu’est-ce que le mode de mutagenèse par insertion

Answer 12

Lorsqu’on insère un gène marqueur aléatoirement qui perturbe soit la séquence (région codante) ou l’épissage du gène (région non-codante adjacente)

Question 13

Vrai ou Faux
Il faut attendre plusieurs génération avant qu’une mutation soit fixée

Answer 13

Vrai
La 1ere génération est instable et mosaïque
=> Après 5-10 générations la/les mutations sont fixées

Question 14

Décrivez la méthode pour le regroupement des mutants (Étape 4)

Answer 14

Test allélique: - Est-ce que 2 mutants ensemble
=> Phénotype normal (Complémentaire; Gènes différents)
=> Phénotype anormal (Pas complémentaire; Même gène)

Question 15

Nommez 2 méthodes pour localiser le gène (+ modes de mutation associés)

Answer 15

1) Analyse de liaison (Chimique et irradiation)
2) Séquence du transposon (Insertion)

Question 16

Décrivez les 3 étapes du criblage inversé

Answer 16

1) Identifier un gène d’intérêt
2) Perturber ce gène
3) Observer la variation des phénotypes

Question 17

Nommez le rôle des siARN et shARN

Answer 17

Perturber l’expression d’un gène spécifique

Question 18

Nommez 3 techniques d’édition du génome

Answer 18

1) CRISPR/Cas9 (la plus utilisée)
2) TALEN
3) Zinc finger

Question 19

Nommez le domaine de clivage associée à la méthode d’édition du génome Zinc Finger et TALEN

Answer 19

Fok1

Question 20

Que signifie CRISPR

Answer 20

Clustered Regularly Interspaced Short Palendromic Repeat

Question 21

Nommez 2 composants essentiels à la technique de CRISPR

Answer 21

1) La protéine associée à CRISPR (Cas 9)
2) Un ARN guide (ARNg)

Question 22

Qu’est-ce que Cas 9

Answer 22

Une endonucléase clivant l’ADN et encode dans l’opéron Cas du chromosome bactérien

Question 23

Nommez les 2 segments de l’ARNg de CRISPR et leur rôle

Answer 23

1) ARN CRISPR (ARNcr)
=> Criblage de l’ADN viral par appariement de bases
2) ARN CRISPR trans-activant (ARNtracr)
=> Séquence palindromique qui adopte une structure 3D servant d’échaffaudage moléculaire pour l’ancrage de l’ARNg

Question 24

Qu’est-ce que la séquence PAM

Answer 24

Il s’agit d’un mécanisme de sécurité (Motif de 3-5 nucléotides présent du côté 3’ de l’ADN cible

Question 25

Vrai ou Faux
Les séquences PAM varient

Answer 25

Vrai
Elles varient en fonction de la Cas 9 (CRISPR nucléase)

Question 26

Nommez 3 conséquences possibles à un NHEJ

Answer 26

1) Réparation
2) Délétion
3) Insertion

Question 27

Nommez les 2 voies de réparation de l’ADN d’une cassure double-brin

Answer 27

1) NHEJ
2) HDR

Question 28

Nommez 2 types de marqueurs utilisé pour faire un criblage génétique

Answer 28

1) Marqueurs microsatellites
2) Micropuce SNPs

Question 29

Nommez 1 avantage et 1 inconvéniant pour les marqueurs microsatellites

Answer 29

Avantage
=> Très polymorphique
Inconvéniant
=> Couverture inégale (parfois avec des gap)

Question 30

Nommez 1 avantage et 1 inconvéniant pour les micropuce SNPs

Answer 30

Avantage
=> Grande quantité de marqueurs (Couverture intégrale)
Inconvéniant
=> Peu polymorphique

Question 31

Qu’est-ce qu’une analyse de liaison

Answer 31

Il s’agit d’une technique de criblage génétique
- Nécessite de grandes familles
- Pour les maladies mendéliennes
=>Score LOD (significatif >= 3)

Question 32

Qu’est-ce qu’une étude d’association (GWAS)

Answer 32

Il s’agit d’une technique de criblage génétique
- Nécessite beaucoup d’individu
- Pour les maladies/ traits complexes
=>Graphique de type Manathan (Fréquence des variants)

Question 33

Nommez 3 avantages et 2 inconvéniants aux séquencages de l’exome

Answer 33

Avantages:
1) Identifie directement les variants potentiels
2) Ne nécessite pas de grande famille
3) Toutes les maladies / traits*

Inconvéniants:
1) Plus dispendieux
2) Couvre 2% du génome*

Question 34

Nommez 4 techniques de criblage génétique

Answer 34

1) Marqueurs microsatellites
2) Micropuce SNPs
3) Séquençage de l’exome
4) Séquençage du génome

Question 35

Nommez 3 avantages et 2 inconvéniants aux séquencages de l’exome

Answer 35

Avantages:
1) Identifie directement les variants potentiels
2) Ne nécessite pas de grande famille
3) Couvre le génome en ~entier*

Inconvéniants:
1) Dispendieux
2) Limitation dans l’interprétation des données*

Question 36

Nommez 3 techniques de criblage in silico

Answer 36

1) UCSF
2) Ensembl
3) BLAST

Question 37

Qu’est-ce que BLAST

Answer 37

Il s’agit d’une approche de criblage in silico
- Compare les séquences d’ADN et de protéines (similarité)
- Toute les espèces

Question 38

Qu’est-ce que Ensembl

Answer 38

Il s’agit d’une approche de criblage in silico
- Emphase sur les analyses génomiques

Question 39

Qu’est-ce que UCSC

Answer 39

Il s’agit d’une approche de criblage in silico
- Similaire à Ensembl et BLAST

Question 40

Nommez 1 rôles des criblages moléculaires

Answer 40

Identifier des gènes en lien avec un processus biologiques spécifiques

Question 41

Nommez 2 techniques de criblage moléculaire

Answer 41

1) Micro-puce cADN
2) Séquençage de l‘ARN

Question 42

Nommez 2 avantages et 1 inconvéniant de la technique de micro-puce ADNc

Answer 42

Avantage:
1) Analyse simple
2) Peu couteux

Inconvéniant:
1) Sondes prédeterminées (=> Pas d’info sur les transcris seulement l’ADN)

Question 43

Nommez 2 avantages et 2 inconvéniants de la technique de séquençage de l’ARN

Answer 43

Avantage:
1) Séquençage de tous les transcrits exprimés dans le tissu
2) Possibilité de détecter les transcrits de faible abondance

Inconvéniants:
1) Plus coûteux
2) Nécessite de l’expertise