Labo 1 powerpoint : préparation D'ADN Flashcards

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1
Q

C’est quoi les nucléases?

A

Ce sont des enzymes qui dégradent les molécules d’ADN ou d’ARN. Ils créent un clivage des liaisons phosphodiesters.

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Q

Quel est le substrat de l’ADN après la dégradation par les nucléases?

A

Désoxyribonucléase

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Q

Quel est le substrat de l’ARN après la dégradation par les nucléases?

A

Le ribonucléase!

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4
Q

Quels sont les 2 types de nucléases?

A
  1. Exonucléases

2. Endonucléases

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5
Q

Que font les exonucléases?

A

Ils libèrent par hydrolyse le nucléotide situé à l’extrémité 5’ ou 3’.

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6
Q

Que font les endonucléases?

A

Ils hydrolysent une liaison ester interne.

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7
Q

Les nucléases possèdent différents degrés de spécificité de séquence de bases. Quel est le plus spécifique?

A

C’est l’endonucléase de restriction.

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8
Q

C’est quoi une endonucléase de restriction?

A

Ce sont des enzymes produites par les bactéries qui décomposent les molécules d’ADN étrangères en fragments (labo 4).

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9
Q

C’est quoi une solution tampon?

A

C’est une solution qui maintient environ le même pH malgré l’addition de petites quantités d’un acide, d’une base ou d’une dilution.

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10
Q

C’est quoi l’EDTA? Décrire ce que les lettre veulent dire.

A

Acide Éthylène Diamine Tétraacétique.

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11
Q

Quel est le rôle de l’EDTA?

A

En séquestrant les ions Mg2+ et Ca2+, il bloque l’activité des nucléases qui sont dépendantes de ces ions.

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12
Q

Que permet la solution tampon TBE (Tris-Borate-EDTA)?

A

Il contient des ions R-NH3+ et H2BO3- et ça permet la circulation du courant à travers le gel.

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13
Q

Pourquoi est ce que l’électrophorèse ne fonctionne pas avec de l’eau?

A

Car il ne contient pas assez d’ions conducteurs.

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14
Q

Est ce que l’on peut dissoudre l’ADN dans l’eau?

A

Oui!!! Mais si l’eau n’est pas trop acide (la solubilisation est difficile si acide) et si l’eau ne contient pas de nucléases.

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15
Q

Que contient le tampon de chargement?

A

Il contient :
- Xylène cyanol FF (migre comme ADN de 4000 pb)
et/ou
- Bleu de bromophénol (migre comme ADN de 300 pb)
- Glycérol (pour alourdir l’ADN).

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16
Q

Que ce passe-t-il s’il y a des différentes concentrations d’agarose?

A

Pour séparer les différentes tailles d’ADN dépendemment de la grosseur de chaque fragment.

  • Gros fragments (5-10 kb) : concentration faible
  • Petits fragments (0,2-1kb) : concentration élevée.
17
Q

Que permet la précipitation de l’ADN?

A

De concentrer un échantillon et de changer de tampon.

18
Q

Qu’est ce qu’on utilise pour estimer un volume d’ADN?

A

Une micropipette.

19
Q

Quelles sont les étapes de la précipitation de l’ADN?

A
  1. Précipitation en présence de sels et de 2 volumes d’éthanol 95%.
  2. Mélanger doucement
  3. Laisser reposer sur la glace (min. 10 min)
  4. Centrifugation pour récupérer l’ADN.
  5. Lavage du culot d’ADN et resolubilisation.
20
Q

Lors de la précipitation, que permet l’acétate de sodium (Sel).

A
  • Na+ neutralise les charges
  • Le Cation (+) forment des paires avec poly anion ADN (-)
  • Rend l’ADN plus stable.
21
Q

Lors de la précipitation, que permet l’alcool éthylique?

A
  • Aide à la formation de la paire +/-.
  • Déshydrate l’ADN et le rend non soluble.
  • Paire +/- formé l’ADN n’est plus en solution : solidifié.
22
Q

La précipitation est rendue plus efficace en refroidissant la solution. Pourquoi?

A

Car ça diminue la solubilité.

23
Q

C’est quoi le transilluminateur et à quoi ca sert?

A

C’est une machine qui produit une lumière UV qui permet de visualiser et de photographier les bandes d’ADN marquées par le bromure d’éthidium.

24
Q

L’ADN ancien (fossiles) peut êtredégradé par quoi? (3)

A
  • Dépurination
  • Attaque hydrolytique
  • Oxydation.
25
Q

Quelle est la façon la plus la plus précise d’évaluer la quantité d’ADN?

A

C’est de faire une courbe standard de l’aire en fonction de la quantité d’ADN.
Pour être vraiment précis, il faudrait comparer les bandes qui ont la même taille en paire de bases.

26
Q

Qu’est ce qu’il faut qu’on mesure sur la photographique de la migration pour faire la courbe?

A
  1. La distance de migration en cm.
  2. La longueur en paire de bases
  3. La quantité d’ADN en ng de chacune des bandes.