Genetics Flashcards
t(8;21) кой ген засяга?
RUNX1::RUNX1T1
Кой химерен онкопротеин при ОМЛ се среща предимно при новородени?
MLL
Коя мутация в FLT3 при ОМЛ е свързана с по-висок риск от рецидив - FLT3-ITD (internal tandem duplication) или FLT3 - TKD (tyrosine kinase domain - обхващаща активационната примка)?
FLT3-ITD
Коя е мутацията при ОМЛ се среща при около 1/3 от пациентите, свързана е с благоприятна прогноза и неутрализира FLT3-ITD
NPM1 (nucleophosmin 1) гена
Коя мутация при ОМЛ, когато е биалелна е свързана с благоприятна прогноза при липса на FLT3-ITD?
CEBPA (CCAAT/enhancer binding protein alfa) ген
Коя мутация при ОМЛ, свързана с CBF благоприятните случай, но е свързана с повишен риск от рецидив, въпреки че остава чувствителна на химиотерапия
c-KIT
Коя мутация при ОМЛ се свързва с повишен риск от липса на отговор към терапия и е вторичен евент?
WT1 (Wilms tumour) гена
ASXL1, DNMT3A, RUNX1 и парциална тандемна дупликация на MLL (MLL-PTD) какво прогностично значение имат при ОМЛ?
Лошо
За кои подтипове ОМЛ с дефиниращи генетични аномалии все още важи правилото за 20% бласти в КМ?
ОМЛ с BCR/ABL1, ОМЛ с CEBPA мутация и ОМЛ-MR (myelodisplasia-related)
Кои са гените определящи ОМЛ-МС?
SRSF2, SF3B1, U2AF1, ZRSR2, ASXL1, EZH2, BCOR, STAG2
Кои са гените отговорни за спайсозомата и по-точно за инициирането на сплайсинга?
SF3B2, SRSF2, ZRSR2, U2AF1
При кое заболяване най-често е мутирал SRSF2 и с какъв риск е свързан?
CMML
По-кратко време до трансформация в ОМЛ и по-ниска обща преживяемост
Кой ген, свързан със спайсозомата, е мутирал при МДС и ОМЛ и е свързан с тежка тромбоцитопения, по-висок риск от трансформация в ОМЛ и по-ниска обща преживяемост?
ZRSR2
Мутации в гени, отговорни за спайсозомата с кой други мутации се срещат по-често?
С мутации в гени, отговорни за аберантното ДНК метилиране.
Кои са гените отговорни за ДНК метилиране?
DNMT3A, TET2, IDH1/2
Кои са гените отговорни за хистоновите модификации?
ASXL1, EZH2
Роля на TET2?
Конверсия на 5-метилцитозин в 5-хидроксиметилцитозин.
Роля на IDH1/2
катализират декарбоксилирането на изоцитрат в алфа-кетоглутарат. При мутация в тези гени нивото на алфа-кетоглутарат намалява, а той е необходим на TET2. Това води до промоторна хиперметилация.
С какво се свързва RUNX1 мутацията?
С напреднало заболяване, тежка тромбоцитопения и лош клиничен изход.
Кой ген е засегнат при транслокации на 3та хромозома(t(3;3), inv 3), които водят до свръхекспресията му и е свързан с МДС и ОМЛ с абнормни мегакариоцити?
EVI-1 (zing-finger protein) - блокира еритроидната диференциация
Роля на TP53 и p53
Протеин регулиращ клетъчния цикъл при G1/S стъпката, където може да активира апоптоза.
Тумор супресорен ген
Коя мутация, свързана с лош отговор към леналидомид и увеличен риск от тртансформация в ОМЛ, се среща при МДС с del5q?
TP53
Мутации е кой гени от RAS суперсемейството, свързани с интрацелуларната сигнална трансдукция, се срещат при МДС?
NRAS, KRAS, NF1, PTPN11, CB1
Коя соматична мутация се среща при 25-30% от пациентите с атипична ХМЛ и по-рядко при МДС и е свързана ДНК репликацията и свръхекспресията й води до висок възобновяем потенциал на миелоидните прогенитори?
SETBP1 (SET-binding protein 1)
Кой ген, свързан с разграждане на активни тирозин кинази, се среща при МДС и подобни и е свързан с лоша прогноза?
CBL гена
Роля на GATA2 и при кой заболявания и синдроми се среща?
Транскрипционен фактор, отговорен за хемопоетичната диференциация и формирането на лимфоцитната система. Има роля в поддържане на пролифарецията и оцеляването на ранните ХСК и преференциална диференциация към еритроидна или мегакариоцитна линия.
При МДС, а при герминативна мутация - МоноМАС синдром.
Кои гени се срещат при герминативни мутации при МДС и ОМЛ?
DDX 41(хеликаза), GATA2, RUNX1, ANKRD 26, ETV6
Кои цитогенетични нарушения се приемат от някои автори, че могат да се наблюдават при АА?
+8, del13q
Кои гени често са засегнати при ХММЛ?
ASXL1, TET2, SRSF2, RUNX1, NRAS, CBL
роля на DDX41?
в биогенезата на рибозомите.
Биалелна мутация води до нарушения с РНК синтеза и клетъчна смърт.
Кои гени са най-често мутирали при МДС/МПН с неутрофилия и са част от критериите за поставяне на диагноза?
ASXL1 и SETBP1 (ICC) и ASXL1 и ETNK1 (WHO 2022)
Мутация в кой ген се свързва с Хронична неутрофилна левкемия
В CSF3R
С коя мутация се свързва t(3;3), inv (3) и каква прогноза има
MECOM(EVI1 i MDS1) rearrangement или GATA2 - GATA2::MECOM (EVI1);
води до свръхекспресия на MECOM поради промяна на позицията на GATA2 enhancer
Анемия, тромбоцитоза и мултилинейна дисплазия
лоша прогноза
роля на EVI1
Транскрипционен регулатор, участващ в пролиферацията, диференциацията и апоптозата на клетките; Сврухекспресиран е в ХСК и нивото му намалява при миелоидна диференциация
Кои гени са включени в CPSS mol и кои цитогенетични аномалии?
ASXL1, NRAS, RUNX1, SETBP1
нисък риск (-Y и нормален), Лош риск ( +8, абнормален 7 и комплексен кариотип), интермедиерен - всичко останало
Кои сигнални пътища са засегнати при BCR/ABL1?
RAS, JAK-STAT, phosphatidylinositol 2 PI3 kinase pathway, SYP, FES, CBL
Кои са допълнителните клонални хромозомни аномалии при ХМЛ?
+8, изохромозома 17q, +19, аномалии в 3, комплексен кариотип
Кои соматични мутации при ПВ са свързани с повишен риск?
ASXL1, IDH1/2, SRSF2
Коя мутация при ЕТ в свързана с по-нисък риск от тромбози?
CALR и потенциално се свързва с по-висок риск от прогресия в МФ
Кои соматични мутации при ЕТ са свързани с повишен риск?
SH2B3, SF3B1, U2AF1, TP53, IDH2, EZH2
Кои цитогенетични аномалии са неблагоприятни спрямо DIPSS plus
комплексен кариотип, 1 или 2 аномалии включващи +8, -7/-7q, i17q, -5/-5q, 12p-, inv3, 11q23 rearrangement
Кои цитогенетични аномалии са неблагоприятни спрямо MIPSS70plus
всеки абнормален кариотип с изключение на единични аномалии на 20q-,13q-, +9, translocation/duplication 1, -Y или други аномалии на половите хромозоми
Кои мутации са с висок риск в MYPSS и MYPSSplus
ASXL1, IDH1/2, EZH2, SRSF2, TP53, U2AF1
Роля на JAK2 V617F в патогенезата на МПН?
Валин 617 нормално действа като репресор на тирозин киназната активност. Заместването му с фенилаланин води до увеличена киназна активност, цитокинова независимост и води до еритроцитоза. При нормални обстоятелства Епо се свързва с неговия рецептор EPOR и това води до фосфорилиране на JAK2 и води до фосфорилиране на други таргети като най важен е STAT5 (signal transducer and activator of transcription), което води до стимулиране на еритропоезата?
Какво се наблюдава по-често при мутации JAK2 exon 12 и какво се случва при тях?
Мутации в JAK2 exon12 водят до засягане на псевдокиназния домейн, което води до постоянна активност на JAK2 киназата.
По-често при по-млади хора и по-изолирана еритроцитоза, по-висок Хб, по-рядко тромбоцитоза и левкоцитоза.
Роля на CALR и видове мутации
Ендоплазмен ретикулинов шаперон.
Обикновено мутации настъпват в екзон 9 (30% при ЕТ) и биват два типа:
тип I при 52-bp делеция (по-висока обща преживяемост при ПМФ)
тип II при 5-bp инсерция
(при CALR мутация при ЕТ - по-често има по-нисък Хб, по-високи Тр, по-нисък риск от тромбоза и по-висок риск от трансформация в миелофиброза)
Роля на MPL?
Тромбопоетинов рецептор; 5% мутации при ЕТ,
(при ЕТ - по-изолирана тромбоцитоза и по-малко хиперцелуларен КМ, по-висок риск от трансформация във фиброза,
при ПМФ - по-нисък Хб и по-висок риск от трансфузионна зависимост)
според СЗО 2022 кои допълнителни молекулярни мутации могат да докажат клоналност при ПМФ, тройно негативен?
ASXL1, EZH2, TET2, IDH1/2, SRSF2, SF3B1
Какви цитогенетични аномалии се наблюдават при всички видове маргиналнозонов лимфом?
Тризомия на хромозоми 3 и 18.
Какви цитогенетични аномалии са характерни за нодалния маргиналнозонов лимфом (NMZL)?
Придобивки на 2p и 6p.
Загуба на 1p и 6q.
Какви цитогенетични аномалии се срещат при екстранодалния маргиналнозонов лимфом на MALT тип (EMZL) в орбиталната област?
Придобивка на 6p.
Загуба на 6q.
Каква е характерната транслокация при гастрален и пулмонален екстранодален маргиналнозонов лимфом (EMZL)?
Транслокация t(11;18)(q21;q21), водеща до сливане на BIRC3::MALT1.
Какви мутационни профили са характерни за екстранодалния маргиналнозонов лимфом (EMZL) в орбиталната област?
Мутация/делеция на TNFAIP3.
Какви мутации се срещат при екстранодалния маргиналнозонов лимфом (EMZL) в слюнчените жлези?
Мутация на GPR34.
Какви мутации са често срещани при щитовидния екстранодален маргиналнозонов лимфом (EMZL)?
Мутации на CD274, TNFRSF14 и/или TET2.
Какви генетични аномалии са характерни за нодалния маргиналнозонов лимфом (NMZL)?
Чести соматични варианти на KMT2D, PTPRD, NOTCH2, KLF2 и други.
Какви генетични аномалии са характерни за първичен кожен MZL
FAS мутации
Какви генетични аномалии са характерни за класически ФЛ?
t(14;18) IGH::BCL2 fusion
Какво е характерно за нетипичния ФЛ (uFL) с предимно дифузен растеж?
голям Ту в ингвинална област със CD23 експресия, липса на IGH::BCL2 fusion, чести STAT6 мутации заедно с 1p36 делеции или TNFRSF14 мутации
Характерни генетични аномалии за MCL?
IGH::CCND1 - t(11;14)
по-рядко вместо IGH - IGK ili IGL
при малкото случаи на cyclin D1 негативни MCL - може CCND2, CCND3 ili CCNE
Кои генетични аномалии са характерни за фоликуларен лимфом?
t(14;18), води до свръхекспресия на антиапоптоичния ген BCL2
Кои генетични аномалии са характерни за мантелноклетъчен лимфом?
t(11;14), което води до свръхекспресия на Циклин D1
Кои генетични аномалии са характерни за лимфом на Бъркит?
t(8;14), t(2;8), t(8;22), което свързва генния промотър на имуноглобулиновите тежки или леки вериги за транскрипционния фактор cMYC
Допълнителни мутации в транскрипционния фактор, който контролира пролиферацията на клетките в герминативни център - TCF3 и неговия инхибитор ID3; те кооперират с cMYC за стимулиране на пролиферацията
Кои генетични аномалии са характерни за DLBCL?
BCL6 - транскрипционен фактор на хр3
Кои генетични аномалии са характерни за ALK+ ALCL?
t (2;5), което свързва ALKс нуклеофосмин
Коя мутация се открива в част от ALK- ALCL и е свързана с добра прогноза?
DUSP22 транслокация
Коя мутация е характерна за косматоклетъчна левкемия?
BRAFV600E
Коя мутация е характерна за WM и коя друго мутация може да се среща?
MYD88,
CXCR4 в около 30%,
Коя мутация е характерна за GCB-like DLBCL?
EZH2
Коя мутация е характерна за ABL-like DLBCL?
MYD88 и CD79B
Коя транслокация се среща при маргиналнозонов лимфом, при кои видове и с какво се свързва?
t(11;18) - 20-30%, свързва се с резистентност към ерадикация на H. pylori,
не се среща при нодалния вариант?
Кои транслокации се наблюдават при МЗЛ?
-t(1;14); t(14;18); t(3:14); t(11;18);
-При нодален MZL- t(11;18); t(3:14); t(14:18); del(13q). del(17q)
- При спленален маргиналнозонов del(7q)
Какво допълнително може да се изследва при В-лимфопролиферативно заболяване с фенотип на косматоклетъчна левкемия, но негативно за BRAF V600E и какво значение има?
10-20% може да се наблюдава IGHV4-34 пренареждане и заболяването протича повече като косматоклетъчна левкемия, вариант или по СЗО 2022, спленална В-клетъчна лимфом/левкемия с проминентни нуклеоли;
не отговаря добре на лечение с пуринови аналози и има по-лоша прогноза;
често има мутации в MAP2K1
Кои генетични мутации могат да подпомагнат поставянета на диагноза спленален MZL?
NOTCH2 и KLF2
Кой ИХХ маркер може да подпомогне диагнозата на ХЛЛ от MCL?
Lymphoid Enhancer-Binding Factor 1 (LEF1) - много рядко може да се среща при MCL, типичен за ХЛЛ
Койи маркери могат да подпомогнат диагнозата индолентен MCL?
SOX11- и мутирал IGHV;
типично за индолентния MCL е и левкемизация, без нодално ангажиране, със спленомегалия и ki67 <10 %
Кои хромозомни аберации и генетични мутации са характерни за ХЛЛ?
разпределени по риск за прогресия:
del17p13 (TP53) > del11q22.3 (ATM) > trisomy 12 > del 13q14 (miR 15A и miR16-1 - инхибитори на BCL2)
Освен мутации в TP53 и ATM,
рекурентни мутации при около 10% на NOTCH1 (по-агресивно заболявне и увеличен риск за трансформация в DLBCL) и SF3B1 (по-кратък отговор към терапия и намалена OS)
Кои са рекурентните транслокации при ММ и кои гени засягат?
t(11;14) - CCND1,
t(4;14) - FGFR/MMSET (fibroblast growth factor receptor/ multiple myeloma SET domain)
t(14;16) - MAF;
t(6;14) - CCND3
t(14;20) - MAFB
Какви са бройните хромозомни нарушения при ММ?
- Хипердиплоидия - добра прогноза
- Нехипердиплоидни ( хидиплоидни, псевдодиплоидни, почти тетрадиплоидни (повече от 74))
- -13 - най-честата монозомия
- del 17p - 5-10%, но по-висока честота при напреднал стадий и екстрамедуларна болест
- лезии на Хр 1 - най-честата аномалия при ММ - 1q gains и 1p loses
Късни мутации при ММ, свързани с прогресия на заболяването?
- MYC
- активиращи RAS мутации - KRAS, NRAS
- TP53 инактивиращи мутации
- метилиране на тумор супресорни гени - CDKN2B и CDKN2A
Кои миркоРНКи повлияват p53 при ММ?
миР-192, миР-194, миР-215 водят до деградация на MDM2 с последващо стимулиране на p53 и инхибиране на клетъчния разтеж
Коя транслокация и съответно фузионен протеин са характерни за ALK+ ALCL?
t(2;5), NPM-ALK, кодиращ химерен протеин с тирозин киназна активност
Добър риск мутации при В-ОЛЛ?
Хипердиплоидия, t(12;21) ETV6:RUNX1
+4, +10, +17
t1;19 TCF3 :PBX1
Dux4
PAX5
BCR/ABL1 без IKZF1 plus
Лош риск мутации при В-ОЛЛ?
Хиподиплоидия. t(9;22), t(4;11) KMT2A rearrangement, комплексен кариотип, IKZF1, IKZF1 plus, CRLF2 rearrangements, IGH translocations
Мутации при Т-ОЛЛ?
NOTCH1/FBXW7 - добра прогноза, ако липсват долните
RAS/PTEN - лоша прогноза
Кои мутации при ОМЛ се препоръчва да се използват за МРД?
NPM1, RUNX1::RUNX1T1 fusion, CBFB::MYH11 fusion, or PML::RARA fusion
Кои мутации са включени в R-IPSS при ММ?
t(4;14), del17p, 1q+
