Genética Flashcards
Tipos de SNVs (3)
- Raras (muy patogénicas o beningnas) - MAF 1%
- Comúnes (mayoría beningnas y pocas patogénicas) - MAF >5%
- Baja frecuencia - MAF 1-5%
¿Cuántas mutaciónes de novo hay por generación?
40-60
Número del genoma
3*10^9
¿De dónde vienen la mayor cantidad de mutaciones (madre o padre)?
Padre (4:1) porque el proceso de espermatogenesis ocurren más proliferaciones de células y por ende son más susceptibles a mutaciones.
Transiciones
Purina por purina o piramidina por piramidina (más comunes que transversiones)
Transversiones
De purina a piramidina o viceversa.
¿Cuál es la transición más común?
C > T porque en muchas s la ctosina esta metilada
Mutaciones sinónimas
Codifican misma proteína (a veces puede afectar velocidad a la que se produce proteína)
Mutaciones mis-sense
Se cambia un Aa por otro y puede cambiar conformación de proteína
Mutaciones nonsense
El cambio causa un codón de parada prematuro wue crea una proteína truncada
Códones de parada
UAG, UGA, UAA
Frameshifts
Cambian marco de lectura entonces proteína a partir de ese punto estará mal programada. Tmb puede causar que aparezcan varios codones de parada y proteína quede truncada.
¿Cuándo se ve inafectado el marco de lectura?
Cuando insertas o borras tres neuclótidos (o múltiplos de tres)
Primeros y últimos neuclótidos en el intrón
GU y AG
¿Cuál es el lugar de branching?
Adenina A después de tracto de polipirimidinas
U2 se una a…
A (branching)
U2AF se une a…
AG
U1 se une a…
Reconoce sitio de splicing 5’ y se une a GU
ISE
tenciador de intrones
ISS
silenciador de intrones
ESE
Receptor para la proteína SR que abilita la unión de U1
ESS
Receptor para la proteína hnRNP que compite con U2AF for AG
Sitio críptico de splicing
Cuando AG o GU son destruidas las que están en el sitio críptico entrán en acción. Si no hay sitio críptico entonces se puede exonizar el intrón o ionizar el exón.
Mutaciones de pérdida de función
Mutaciones de cambio de sentido, sin sentido, deleción o frameshifts. Pueden llevar a inactivación epigenética o aberración cromosómica.
Herencia de mutaciones de pérdida de función
Recesiva
Mutaciones de ganancia de función
Causan que gen haga algo distinto o se descontrole. Alelo de pittsburgh, mutacion FGFR en achondroplasia y fusión de genes que llevan a cancer.
Herencia de ganancia de función
Dominante
En pérdida de función no hay dominancia recesiva en…
habloinsuficiencia y dominancia negativa en colágeno
¿A que tejidos afectan las mutaciones de genoma mitocondrial?
Tejidos con gran gasto de energia. También afectan sobre todo a cadena respiratoria
Tipos de genes en genoma mitocondrial
RNA (2), tRNA (22) y parapeptidos (13)
Herencia mitocondrial
Herencia maternal porque el espermatozoide no tiene mitocóndrias y todas las del embryo vendrán del óvulo.
Heteroplasmia
Número de ADN donde esta presente la mutación mitocondrial y por ende si la mujer presenta o no clínica de la enfermedad y la probabilidad de que la pase (baja si no esta en 100% de las cadenas)
Estudio heredabilidad familia
Se estudia la prevalencia de una enfermedad en la población general y en los parientes de aquellos que tienen la enfermedad (subpoblación). Si el porcentaje es más alto en grupo familiar entonces gen influye desarrollo de enfermedad.
Riesgo relativo de hermanos (fórmula)
Prevalencia de población familiar/prevalencia de población general
Estudios de gemelos heredabilidad
Se estudia las tazas de concordancia entre gemelos monozigóticos y dizigóticos y se calcula la heredibilidad. h=2x(Cmz-Cdz)
Heredabilidad para rasgos cuantitativos
Se compara una enfermedad en padres y hijos en un gráfica. Se edibuja una recta de regresión y entre mayor el coeficiente, mayor la heredibilidad.
GWAS
Permite ver cuáles son los genes implicados y variables genéticas en enfermedades complejas de mucha variabilidad.
Cohortes GWAS
Tienen que haber dos, uno de pacientesy uno de individuos sanos (sin la enfermedad): Por lo menos 1000 personas por grupo.
¿Cuántos SNPs se estudian en el GWAS y por qué?
Se estudian entre medio millon y 1millon de SNPs ya que estos se encuentran en bloques haplotipicos. Al estudiar un SNP tienes la información de todo ese bloque.
Todo el genoma (SNPs) esta formado por…
bloques (haplotipos)
Problema del GWAS
Usa variantes comúnes y las raras son las que normalmente llevan la enfermedad (de menor MAF)
Manhattan Plot
Se agarra la información del GWAS y se ordena en orden cromosómico. Para cada SNP calculas el valor P y los alelos relacionados a la enfermedad. Si valor P < 1*10-7/8 entonces probablemente sea el SNP que aumenta el riesgo.
Polygenic risk scores
FUTUTO DE GENÉTICO. Podrás calcular el riesgo genético que tienes referente a tus variantes genéticas. Al grupo de salud le interesa reconocer a las personas con riesgos muy altos de dasarrollar la enfermedad.
