Epigenetics Flashcards
Vedlejší transkripční faktory
Faktory proteínovej povahy viažúce sa na enhancery nebo silencery a tak ovplyvnují míru exprese daného genu. Mají dvě hlavní domény, DNA vazební doména a trasnkripci aktivující doména.
4 paterny transkripčních faktorov
Patern zinkového prstu, patern helix turn helix, patern helix loop helix, leucínový zip.
Dvě hlavní mechanizmy regulace
Methylace /histonů, DNA/=inaktivace, acetylace histonů=aktivace DNA
Methylace
Inaktivace genů na CpG sekvencích /ostrůvcích/. Udržuje se velice dobrě na mitózou se delících bunkách. Zdrojem s-adenosylmethionín.
DNA methytransferáza I
Enzym, který zrcadlovo methyluje určité CpG sekvence počas replikace /semikonzervativní spůsob methylace/.
Methylace histonů
Komplikovaný proces, každý histon z okaméru může být modifikován na svém N a C konci. V konečném důsledku je znemožněno DNA- dependentní RNA polymeráze II transkribovat geny v okolí.
Epigenom
Genom se všemy methylačními značkami.
Rakovina
Methylace důležitých nádorových supresorov může vést k deregulaci bunečného cyklu a k nádorovému bujnení.
Preprogramování
U vajíčka některé methylační značky ostávají navázané na DNA, ale vetšina methylačních značek je odstraněna aby mohla proběhnout následná druhově specifická diferenciace buněk embrya.
Methylace u Pgc buněk
Primordiální zárodečné bunky podstupují všeobecnou demethylaci a následně se ustavují nové druhově specifické methylační značky.
Genetický imprinting
U některých genů vždy dedíme jenom jeden aktivní gen a druhý epigeneticky umlčený. Všetky spermie mají imprintovány určité geny, všechny vajíčka zas jiné geny. Závisí na pohlavní potomka.
Prader Williho syndróm
Delece na chromozomu 15. Ide o důsledek paternálního imprintingu, kdy je delece ustavena na paternálním chromozomu a odpovídající gen je imprintován na maternálním chromozomu.
Angelmanov syndróm
Rovněž delece na chromozomu 15 na maternálním chromozomu, paternální je imprintován.
Beckwithův Wiedemanův syndrom
Syndrom, který je spůsoben reaktivací imprintovaného genu pro růstový faktor somatomedin A. Aktivuje se maternálně imprintovaný gen.
Uniparentální disomie
Stav, kdy jedinec zdedí oba somatické chromozomy od jedného rodiče, které jsou bud obě imprintovány nebo aktivní. Obyvkle vzniká v důsledku chyby při mitóze. Rovněž možná příčina Prader Williho a Angelmanova syndromu.
RNA interference
Půsubení miRNA a siRNA na mRNA. mi a si RNA vznikají ako transkripty nekódující DNA, které poté vznikají sestřihem působením enzymů z rodiny endonukleáz /dicery/. Poté se mRNA naváže na ribozomy za vzniku tzv. RISK komplexu a dle toho či tato RNA úplně zastavi translaci /miRNA/ nedokonalým párováním nebo pokud je toho párovaní dokonalé, je mRNA rozštepena /siRNA/.
Kompenzace genové dávky
Jav, který nastáva při navýšní počtu genů. Bunka se snaží kompenzovat nadbytečný počet genů napr. methylací nebo navázaní inhibitoru na promotor nebo na silincer.
Inaktivace chromozomu X.
Náhodný proces inaktivace jedného z chromozomu X u ženy. Může za to gen Xist, který je zodpovědný za kódování dlouhé nekódujíci RNA /lnc RNA/, která se váže na chromozom X, což vede k jeho inaktivaci.
Alternativní sestřih
Někdy se z premRNA vystřihnou i exony, a tím vznikne určitý genový produkt. Napr. troponín T ve svalech nebo kolagen.
Mechanizmus účinku steroidních a peptidových hormonů
Steroidní hormony procházejí přímo cytoplazmatickou membránou, peptidové nikoli, musí využít signalizační intercellulární dráhy, signální transdukce.
Poziční variabilita exprese
Exprese je závislá na umístnění genu resp. na míre kondenzace chromatinu v okolí.
