Enzymologie in vivo Flashcards
Comment est l’environnement à l’intérieur des cellules
extrêmement encombré dont la majeure partie est occupé par diverses macromolécules
C’est quoi la concentrations en protéine dans la matrice mitochondriale
500 mg/ml
Qu’est ce qui facilite les interactions quinaires/aléatoires
Le fait que lorsque la concentration en protéine est élevée ils sont proches des les unes des autres
L’efficacité dépend de quoi dans une voie métabolique qui catalyse une série de réactions
Elle dépend du degré de synchronisation entre les enzymes de la voie
Qu’est ce que l’évolution à favorisé et où sont ils trouvés
Les polypeptides multienzymatiques et multifonctionnels. Ils sont trouvés chez les eucaryotes
C’est quoi le FAS fongique
C’est un composé de 2 chaînes chacune comprenant 4 domaines catalytiques qui sont organisé dans des structures très complexe où ils sont trouvés 6 fois dans la structure
Comment le substrat est transporté dans FAS fongique
La protéine ACP se déplace progressivement vers chaque domaine
La structure quinaire correspond à quoi
Elle correspond à une très faible stabilité thermodynamique avec des constantes de dissociation Kd > 1 microM pour la formation du complexe
Les interactions quinaire sont de quelle ordre
kJ/mol sur l’échelle de l’énergie libre
Que fait la faible énergie libre à l’intéraction quinaire
Elle l’est rend dépendante de la modulation par forces internes cellulaires
Que doivent les cellules faire à cause de la dépendance sur la modulation des interactions quinaires
Elles doivent empêcher les interactions inappropriées et favoriser les interactions cognitives
Que fait le surpeuplement du cytosol par des macromolécules
Elles entrainent une modification des propriétés de ces dernières
Que sont les assemblages d’enzymes successives constatés dans les voies
la glycolyse, la phosphorylation oxydative, la synthèse des acides gras, des acides aminés, des polykétides, des polyamines et des polypeptides
Que sont les assemblages
Ils sont un aspect crucial du fonctionnement métabolique
C’est quoi la canalisation des substrats
C’est une voie métaboliques où le produit d est synthétisé par le substrat a par des réactions des enzymes 1, 2 et 3 où b et c sont des intermédiaires
Qu’est ce qui explique la formation dynamique des enzymes en assemblages physiques
Le que cela facilite le passage de substrat
Qu’est ce que la canalisation permet
elle permet de réguler les flux aux points de branchement du réseau métabolique
Est ce que un métabolite canalisé est accessible à une enzyme rivale
Non il n’est pas accessible à un oint de jonction
Qu’est ce qui ferait que la fausse hypothèse sur l’efficacité de la canalisation soit vrai
La diffusion doit être un facteur limitant dans les régions non canalisées
Quand est ce que la canalisation accélère la vitesse de réaction
Quand les enzymes ont un rapport kcat/KM assez élevée pour que la réaction soit limité par la diffusion et quand la concentration en enzyme est extrêmement faible
C’est quoi le cycle TCA
C’est un cycle métaboliques qui a trait aux interactions spécifiques entre enzymes séquentielles associées à ce cycle et à la canalisation du substrat
Que sont les avantages des canaux du substrat
La régulation des flux métaboliques est aux points de branchement et il y a la séquestration des intermédiaires réactifs
Que sont les interactions du cycle TCA
Ces interactions entre les six enzymes consécutives du cycle TCA qui relie le fumarate au succinyle CoA et des interactions supplémentaires entre les enzymes du cycle
Qu’est ce que la canalisation du substrat exige
Elle exige que le produit métabolite d’une enzyme soit transmis comme substrat à l’enzyme suivante dans la voie
Que font les résidus chargés positivement
Ils sont alignés dans une rainure reliant le mMDH et la CS, ainsi que la CS et l’ACON
Qu’est ce qui arrive à l’intermédiaire portant une charge négative et se trouvant dans une rainure à charge positive
Elle connaîtrait une baisse de son taux d’échange avec le milieu en raison de la rétention électrostatique
Que font les interactions supplémentaires entre les enzymes de la voie séquentielle
Il donne naissance à unbe nouvelle structure qui sont soit un amas d’enzyme ou un microdomaine enzymatique
Que sont les clusters ou microdomaines enzymatique
C’est un ensemble comprenant de copies multiples de chaque enzyme d’une voie
Que font les clusters ou microdomaines enzymatique
Il mène à la canalisation du substrat, mais par un mécanisme différent et le transforme en un processus aléaoire
Qu’est ce qui arrive quand le produit métabolique d’une réaction enzymatique s’éloigne du site actif d’une enzyme dans un cluster
Il y plus de chance de rencontre l’enzyme suivante dans la voie que de se diffuser dans l’espace aqueux global de la cellule
Qu’est ce qui cause l’augmentation de la vitesse dans un cluster
La concentration locale augmente dans l’enzyme
Selon le modèle cluster qu’est ce qui arrive au flux
Il est considérablement augmenté
Qu’est ce qui arrive quand des enzymes oligomériques sont liées à des échafaudages protéiques synthétiques par l’intermédiaire d’étiquettes peptidiques
Des interactions avec plusieurs molécules d’échafaudage sont possibles
Qu’est ce qui contrôle la structure du réseau métabolique
L’assemblage des enzymes spécifiques
Le contrôle par l’assemblage des enzymes spécifiques repose sur quoi
sur la formation dynamique de ces ensembles enzymatiques
Que sont les métabolons
Ce sont des assemblages biomoléculaires spatio-temporels
Que font les métabolons
Ils arriment des voies biochimiques et minimisent la perte/dilution de produits par la canalisation des substrats
C’est quoi le défi des métabolons
C’est la nature transitoire et éphémère des interactions quinaires impliquées qui rend ce niveau d’organisations cellulaires difficile à étudier
La formation de métabolon dépend de quoi
de la présence du métabolite ou
du cofacteur impliqué
Les métabolons s’assemble autour de quoi
De structures macromoléculaires tels que les protéines structurales ou l’ARN
Où sont retrouvées les métabolons
À la périphérie de diverses membranes cellulaires, telles que la membranes plasmique ou les peroxysomes, les mitochondries ou RE
Qu’est ce que Ca2+ peut faire
Elle peut réguler la formation des métabolons
C’est quoi le rôle de l’ARN dans l’assemblage
Un rôle d’échafaudage
Que sont les condensats biomoléculaires
Il sont des compartiments cellulaires dépourvus de membrane lipidique
Comment ce forment les condensats biomoléculaires
Il se forment par la séparation de phase Liquide-liquide
Que font les condensats biomoléculaires
Ils sont dynamiques et concentrent des protéines et des acides nucléiques spécifiques. Ils crée des micro-environnements, peut se fusionner ou diviser
La séparation des phases implique quoi
La ségrégation spontanée de certaines molécules dans des compartiments liquides distincts au sein d’un milieu homogène
C’est quoi la coacervation
C’est le processus de la séparation des phases induit par l’interaction entre les polymères complexants
Le condensat fait quoi
Il décrit les assemblages dynamiques et réversibles de macromolécules
L’agrégats fait quoi
Il décrit les assemblages moléculaires pathologiques dans lesquels les macromolécules sont irrémédiablement endommagées et fréquemment ciblées pour être détruites
La transformation par des protéines en phases liquides repose sur quoi pour l’assemblage de condensats
Sur leur capacité à former plusieurs interactions spécifiques et/ou non-spécifiques/ leur multivalence
La multivalence dérive de quoi
Des régions interactifs tels que ceux observés chez les protéines possédant plusieurs domaines ou IDR
Que font les régions intrinsèquement désordonnées IDR
Ils présentent une multiplicité de conformation
Que fait l’ARN pour les condensats
Elle est un composants clé à la formation des condensats et en déterminent la spécificité
Qu’est ce qui détermine la composition du condensat
La stabilité thermodynamique
Que sont les IDR
Ce sont des protéines qui ne possèdent pas de structure tridimensionnelle stable ce qui les donne une grande plasticité
Qu’est ce qui est nécessaires pour créer des séparation de phase liquide-liquide (LLPS) à faibles concentration de sel
Des IDR spécifiques
Les régions désordonnées favorisent quoi
Ils favorisent la séparation des phases
Les gouttelettes en phase séparée dépend de quoi
Des IDR qui peut interagir avec d’autre IDR
C’est quoi le facteur de promotion
C’est l’ARN
C’est quoi une interaction sitee-spécifiques
C’est une interaction qui dépend d’un état chimique et géométrique particulier et exige une configuration spécifique des acides aminés
Comment les IDR peuvent s’engager dans une reconnaissance moléculaire spécifique
En utilisant de courtes séquences linéaires
Que font les acides aminés pour les interaction spécifiques
Ils sont à l’origine de diverse interaction spécifique et peuvent prendre part à des types d’interactions non-covalents distinctes
C’est quoi le poly (ADP-ribose) (PAR)
C’est le substrat de la polymérase PARP, qui induit la condensation des protéines, régule la composition et la dynamique des condensats
PARP fait quoi
Il est impliquées dans la réparation de l’ADN, la stabilité génomique, apoptose
Que sont les hélicases
Ils sont des catalyseurs qui favorisent le déroulement et la séparation des brins d’ADN ou d’ARN double brin
Les hélicases font quoi dans les granules de stress
elles régulent les interactions ARN-ARN trans, ce qui entraine la désorganisation des interactions ARN-ARN persistantes qui sont suffisantes pour maintenir l’intégrité du condensat
Que font les compartiments dépourvue de membrane
ils offrent des plateformes plus
dynamiques et adaptables pour l’organisation de divers processus intracellulaires.
Que sont les conséquences fonctionnelles de la formation de condensats biomoléculaires
Augmente la concentration des réactifs ce qui accélère la réaction. Modifie les propriétés des corps cellulaires ce qui influence la cinétique des réactions. Séquestration des molécules ce qui entrave les réactions et les composants clés des condensats sont maintenue à des concentrations constante
Que fait le micro-environnement biochimique des codensats
Il régule l’activité enzymatique
Pourquoi l’activité enzymatique de CNOt7 est différent en condensat de CAPRIN1
En raison de la modulation de sa queue C terminal
Que sont les corps glycolytiques
Ce sont des structures incluse de ribonucléoprotéines messagères qui ne sont pas enveloppés par une membrane
Qu’est ce qui arrive quand la surface de protéine interagit avec les biomolécules environnantes
Leur réseau interne est affaibli ce qui la rend moins apte à garder sa conformation native
