allostérie et coopérativité Flashcards
Que sont souvent les systèmes de signalisation
ultrasensibles
C’est quoi être ultrasensible
C’est une réponse plus pointue que celle attendue d’une simple liaison à l’équilibre
Que fait un système ultrasensible
il varie de 10% inactif à plus de 90% actif
Quand est ce que la liaison est coopérative
quand une liaison d’un ligand à une macromolécule ultrasensible
C’est quoi la non-coopérativité
C’est que la saturation de la macromolecule change plus que prévu pour une liaison normale
C’est quoi l’allostérie
C’est que pour les molécules allostériques, l’activité est modulée par des interactions à distance du site actif
Qu’est ce qui ne présente pas de liaison coopérative
une protéine monomérique avec un seul site de liaison
Qu’est ce qui arrive quand la constante de dissociation (Kd) augmente
l’affinité diminue
Est ce que les interactions avec coopérativité nécessite l’allostérie
Non, mais il y en a souvent
Le feedback allostérique va avoir un impact sur quoi
sur la vitesse catalytique (K2/Vmax)
C’est quoi l’équation pour la fraction protéine liée (f) pour une interaction de liaison normale
f=[P*L]/[Pt] = [Lt]/(Kd + [Lt])
C’est quoi l’équation de Kd
Kd = ([P][L])/[P*L]
C’est quoi l’équation pour la concentration protéine totale pour une interaction de liaison normale
[Pt] = [P] + [P*L]
Dériver une formule qui illustre la fraction de protéine libre
faire preuve sur papier
Qu’elle type de protéine est la myoglobine
monomérique
la myoglobine fait quelle type de liaisons
normale
que sont les fractions de la myoglobine
plus de 99% liée aux poumons et 90% liées aux tissus
Qu’elle type de protéine est la hémoglobine
tétramère
la hémoglobine fait quelle type de liaisons
coopérative positive
que sont les fractions de la hémoglobine
environ 90% aux poumons et 30% aux tissus
Qu’elle est l’avantage de l’hémoglobine en comparaison à la myoglobine
elle a une absorption/libération plus efficace
C’est quoi l’état t
c’est l’état tendu
C’est quoi l’état R
c’est l’état détendu
C’est quoi l’équation de la relation linéaire
log(f/(1-f)) = log(Lt) - log(Kd)
Les sigmoïde résulte de quoi
Du passage d’une liaison à faible affinité à une liaison à forte affinité
Quelle type de coopérativité est plus fréquente
La coopérativité positive est plus fréquente en biologie
Qu’est ce que le fait que les systèmes biologiques sont souvent ultrasensibles montrent
Qu’ils réagissent de manière sigmoïdale à un changement de concentration du stimulus
L’état détendu ressemble à quoi dans un graphique de f/[L]
Courbe hyperbolique avec forte affinité
L’état tendu ressemble à quoi dans un graphique de f/[L]
Courbe hyperbolique avec faible affinité
C’est quoi le coefficient de Hill (nH)
C’est la pente de la courbe à 50% de saturation
Que fait le coefficient de Hill (nH)
Il caractérise le degré de coopérativité entre les sites de liaison
Comment fonctionne la coopérativité positive
plus la différence entre les affinités est grandes, plus l’augmentation de nH est importante
C’est quoi l’équation du coefficient de Hill
nH = 2/(1+ racine2(kD2/kD1))
c’est quoi l’équation de Hill
log(f/(1-f)) = nlog(Lt) - log(Kd)
n =pente
C’est quoi l’ACTase
courbe sigmoïdale avec système ultrasensible.
Que fait ACTase
elle synthèse des pyrimidines
ACTase est régulée par quoi
par le ratio pyrimidine/purine
ACTase est inhibée par quoi
Par sont produit final
Comment ce déroule l’inhibition de ACTase
CTP ce lie aux domaines ce qui stabilise l’état T et rend la transition à l’état R plus difficile
C’est quoi l’équation de la fraction active
fa = [S]^n/(K+[S]^n)
C’est quoi l’équation de la vélocité avec Michaelis-Menten
vélocité = Vmax * ([S]/(K+[S]))
C’est quoi l’équation de la vélocité avec l’équation de Hill
vélocité = Vmax * ([S]^n/(K+[S]^n))
Pour lineweaver-burk n égale quoi
n>1 = coopérativé positive, n = 1 non-coopérative et n < 1 coopérativé négative
Que sont les deux activités biochimiques principales de PARP1
Se lier à l’ADN et synthèse des modifications de poly(ADP-ribose)
Les activités de PARP1 sont couplés par quoi
par allostérie
QUand est ce que PARP se lie à l’ADN
Quand il y a des cassures dans l’ADN
L’activité de PARP1 est dépendante de quoi
Elle est dépendante des dommages à l’ADN
Comment PARP1 s’assemblent sur l’ADN par liaison coopérative
Les domaines font contacts avec l’ADN et entre eux pour augmenter l’affinité pour l’ADN
C’est quoi l’avidité
C’est l’affinité cumulée de plusieurs interactions simultanées
Comment PARP1 s’assemblent sur l’ADN par l’avidité
Il y a une forte augmentation de l’affinité globale par rapport aux interactions
Le degré de coopérativité est influencé par quoi
Par la disposition relative des modules individuels
Qu’est ce que les contacts entre domaines causes
Elles entrainent une allostérie essentielle à l’activation catalytique
Qu’elles modifications du site actif augment l’activité
une augmentation du Vmax
Quelle type de domaine est HD de PARP1
un domaine autoinhibiteur
C’est quoi HXMS
échange hydrogène/deutérium spéctrométrie de masse
Qu’est ce que HXMS va mesurer avec PARP1
La comparaison entre PARP1 seule et PARP1 liée à une cassure de l’ADN
Que fait NAD+
Il augmente l’affinité de PARP1 pour les lésions de l’ADN
Que fait HD
Il bloque Le NAD+ ce qui bloque tous sauf les plus petits médicaments
C’est quoi le type d’allostérie de l’inhibiteur type 1
allostérique pro-rétention
C’est quoi le type d’allostérie de l’inhibiteur type 2
pas/peu d’allostérie pas de rétention
C’est quoi le type d’allostérie de l’inhibiteur type 3
allostérique libération proactive
Que sont les deux dimensions qui vont impactés l’efficacité des inhibiteurs de PARP
L’effet allostérique sur la liaison à l’ADN et par inhibition de l’activité enzymatique
