Elektroforese

Question 1

Hva er elektroforese?

Answer 1

det er separasjon av ladede

løste komponenter/partikler i en løsning under påvirkning av et elektrisk felt

Question 2

Hva er en amfolytt?

Answer 2

Et molekyl som kan være enten positiv eller negativ alt etter PH i omgivelsene

Question 3

hva er vandringshastigheten utrykt med formler?

Answer 3

Vandringshastigheten (μ) er proporsjonal med netto ladning (Q), og omvendt proporsjonal med størrelse (r) og bufferens viskositet (η)

Question 4

hvilke faktorer er vandringshastigheten avhengig av?

Answer 4

Molekylet; Ladning, størrelse og form Elektrisk feltstyrke
Bufferen; pH, ionestyrke, viskositet
Støttemediets beskaffenhet
Temperatur

Question 5

forklar oppsette til en vanlig elektroforese ved hjelp av figuren i lenken
https://slideplayer.no/sl
ide/2010152/8/images/7/Skjematisk+elektroforese-oppsett.jpg

Answer 5

Består av to adskilte buffer kammer, og hver av dem har en elektrode, mellom dem er det en seperasjons gel, det mediet har enten direkte kontakt med bufferen eller det er noe som binder dem sammen slik at vi har en slutta strømkrets.
hver elektrode er bundet til en spenningskilde

Question 6

Hva er det som bestemmer hvor fort ioner ferdes gjennom gellen?

Answer 6

det er strømstyrken

Question 7

Hvorfor er bufferen i elektroforesen viktig?

Answer 7

Bufferionene ”bærer” strømmen
pH; bestemmer molekylenes totalladning
Ionestyrke og konsentrasjon; 
bestemmer migrasjonsrate og oppløsning
Valens og ionestørrelse
Viskosite

Question 8

forklar hva som skjer med en positivt ladet protein når elektroforesen for tilsatt strøm

Answer 8

et protein som er positiv for en sky av negative bufferioner rundt seg, når det settes mot spenning vil den bli dratt mot den negative katoden, men siden den har en liten negativ sky rundt seg vil den ikke ferdes like raskt mot polen og det blir mindre varmeutvikling

Question 9

hvilke egenskaper ønsker vi at et støttemedium har?

Answer 9

 Ikke påvirke mobiliteten til buffer-ionene
 Stabilisere stor væskemengde i mediet
 Ikke være løselig i bufferen
 Inert for prøvemolekylene (påvirkes kun av det elektriske feltet)
 Porestørrelse tilpasset ønsket separasjon
 Homogen struktur
 Lavt egenpotensiale; elektroosmotisk flow

Question 10

hva er elektroosmostiks flow/elektroendosmose?

Answer 10

overflaten av et gel kan være ladet, la oss si at den er negativt ladet. i bufferen har man positive ioner og negative proteiner. Når det blir tilsatt en strøm vil de positive ionene som allerede har blitt dratt mot den negative overflaten bli tiltrukket mot den negative katoden. Siden det er mange flere positive ioner enn det er negative vil dette danne en “flow” mot katoden som også drar med seg nøytrale og negative ioner, dette er elektroosmotisk flow

Question 11

Hva skjer med vandringshastigheten til et protein ved gelelektroforese om spenningen endres fra 100 til 200V

Answer 11

hastigheten økes: dette pga at vi for en høyere strømstyrke , som vil si en høyere vandringshastighet

Question 12

hva skjer med proteinets vandring ved gelelektroforese hvis bufferens ionekonsentrasjon dobles?

Answer 12

det går treigere: siden det blir en større ionesky som trekker proteinet den motsatte veien

Question 13

hva skjer med proteinets vandring ved gelelektroforese hvis agarose konsentrasjonen går fra 1 til 2%

Answer 13

det går treigere: dobler vi agaros/trådene vil de store molekyler hektes mer og det vil gå saktere i gjennomsnitt

Question 14

hva er de to mest vanlige gelmaterialene/støttemedie man har og hvorfor bruke man dem?

Answer 14

Agarose
Polyakrylamid
brukes siden det er i støttemediet at den faktiske differansieringen av ionene/molekylene skjer

Question 15

Hva er forskjeller og likheter på agarose og polyakrylamid?

Answer 15

agarose
 Store porer ved 0,5 – 1 % agarose
 Klar
 Lite elektroendosmose
 Egnet for proteiner og for DNA fragment (< 20 kbp)

polyakrylamid
 Kjemisk inert
 Nærmest ingen elektroendosmose
 Klar
 Termostabil
 Porestørrelse etter behov
 Egnet for små DNA-fragment (<1 kbp) og 
denaturert protein (SDS-PAGE)
 NB! Monomeren er svært giftig

Question 16

Hvordan er det mulig å skille dna fragmenter med gelelektroforese?

Answer 16

Hvis man separerer dna i en gel så har ikke masse pr/ladning ratio noe å si siden alle dna har lik ladning, det som er viktig er å skille på størrelsen, siden de har forskjellige størrelser så vil de bli fordelt ulikt i eks agarose

Question 17

hva er likheten og forskjellen mellom liggende og stående gel?

Answer 17

Felles for begge er at de har separate bufferkar med hver sin elektrode inni, i stående kan man plassere mye prøvemateriale, i liggende så kan man ikke det og den legges direkte på gelen
i stående har man også et ekstra lag som heter stacking gel i tillegg til separasjonsgellen

Question 18

Hvilke momenter er det viktig å ta hensyn til når man skal fiksere gelelektroforesen?

Answer 18

 Diffusjon i gelen kan skje raskt
 Spesifikk farge for det en ønsker visualisert
 minst mulig Bakgrunnsfarge
 proteiner farges ikke likt
 Fargeopptak / fargeintensitet
 Egnethet for densitometri / deteksjon

Question 19

Forklar hvordan kapilærelektroforese fungerer? bruk linken under som hjelp
https://www.ntnu.no/wiki/downlo
ad/attachments/124059682/kapill%C
3%A6relektroforese.jpg?version=1&modificationDate=1532
605839000&api=v2

Answer 19

Proteine separeres i et elektrisk felt med en stor kapilær som har kontakt med hver sin buffer. Kapilæren er lang og ekstrem tynn, hver bufferkar har en elektrode. Kapilæren plasseres inn til prøve koppen også tilbake til buffer slik at buffer ionene kan komme seg inn til prøven. Kapilæren har en negativ ladning i røret, og vil tiltrekke seg positive ioner, når man setter på strøm vil de positive ionene vandre mot katoden og forusake en flow, slik at molekylene i prøven bli dratt med dem, mot enden av kapillæren vil molekylene bli ført gjennom en detektor som finner ut av hva stoffet er.