Électrophorèse des protéines Flashcards
Définir: électrophorèse des protéines
Méthode utilisée en laboratoire pour analyser la pureté d’une solution protéique ou de déterminer la masse moléculaire et le pI d’une protéine
Qu’est-ce que le principe d’électrophorèse?
Ensemble de méthodes permettant de séparer les composantes d’un mélange selon leur vitesse de migration dans un champ électrique
Vrai ou Faux: la charge électrique, la forme et la masse moléculaire influencent la migration d’une molécule
Vrai
Vrai ou Faux: dans une électrophorèse, pour une même charge, les grosses molécules vont migrer plus rapidement
Faux, les grosses vont ressentir plus de résistance.
C’est les petites molécules qui vont traverser le gel plus rapidement
Quels sont les 3 types d’électrophorèse des protéines?
SDS
SDS-PAGE
IEF
Comment se nomme l’électrophorèse sur gel d’acrylamide en condition natives?
PAGE
Décrire l’électrophorèse SDS-PAGE
Électrophorèse sur gel d’acrylamide en condition dénaturantes
Qu’est-ce que le IEF?
Focalisation isoélectrique
De quoi est composé le gel de polyacrylamide?
c’est un mélange d’acrylamide et de bis-acrylamide
Qu’est-ce que le bis acrylamide?
- il agit comme agent réducteur et permet la polymérisation de l’acrylamide en polyacrylamide
- gel inerte et non chargé
- utilisé pour analyser la migration des acides nucléiques de petites tailles et des protéines
Vrai ou Faux : l’acrylamide seul forme de longues chaines sans lien entre elles
Vrai (polymérisation)
Qu’est-ce que la polymérisation avec un agent réducteur?
En ajoutant un agent dénaturant, il y a une copolymérisation des chaines d’acrylamide. Un réseau de pores se forme
De quoi avons-nous besoin pour la polymérisation?
De radicaux libres
À quoi servent les radicaux libres?
Ils sont nécessaires à la polymérisation
Vrai ou Faux: les radicaux libres sont fournis au mélange d’acrylamide par le persulfate d’ammonium
Vrai
À quoi sert le persulfate d’ammonium?
Inhibiteur de la réaction
À quoi sert le TEMED?
Inhibiteur de la réaction de polymérisation
De quoi dépend la taille des pores? (2)
1- du pourcentage total d’acrylamide et de bis-acrylamide
2- de la proportion acrylamide/bis-acrylamide
Vrai ou Faux: plus le pourcentage d’acrylamide dans un gel est élevé, plus le gel permet de séparer des molécules de petites tailles
Vrai
De quoi dépend la séparation des molécules dans le PAGE?
- de la charge nette
- de la structure
- de la taille des protéines à analyser
Dans quelles conditions utilise-t-on le PAGE?
Lorsque la structure de la protéine doit être conservée
ex: études structurales et fonctionnelles et études enzymatiques
Qu’est-ce que le pI?
pH pour lequel la somme des charges + et - d’une protéine s’annule
(charge nette est nulle)
Comment se passe la migration d’une protéine en conditions non-dénaturantes?
- les protéines sont séparées de manière à conserver
leur conformation native (structure tertiaire),
leurs interactions entre sous-unités (structure quaternaire),
leurs interaction proteine-protéine et leur activité biologique
Vrai ou Faux: le SDS-PAGE permet de séparer les molécules uniquement selon leur masse moléculaire
Vrai
Quelle est l’action du SDS?
c’est un agent réducteur qui dénature la protéine (détruit sa structure tridimensionnelle)
Que permet la technique du SDS-PAGE?
- déterminer la masse moléculaire des protéines analysées
- déterminer le nb de sous-unités d’une protéine
- déterminer la pureté d’un échantillon
Vrai ou Faux: en plus de faire perdre la conformation native d’une protéine en brisant les interactions non covalentes et les ponts disulfures, la dénaturation des protéines affecte la structure primaire
FAUX, les liens peptidiques ne sont pas affectés, donc la structure primaire reste intacte
Nommez les 3 agents dénaturants pour les proteines
- chaleur, pH
- SDS
- b-mercaptoéthanol
Que fait la chaleur et le pH comme agents dénaturants
Déplie et linéarise les molécules
Que fait le SDS comme agent dénaturant?
Il recouvre les molécules de charges négatives et empêche la renaturation des protéines dénaturées
Que fait le b-mercaptoéthanol?
Rupture des ponts disulfures formés entre les résidus Cys
Pourquoi la méthode de SDS-PAGE permet de séparer les molécules selon leur masse moléculaire uniquement?
Car, le SDS déplie les structures secondaires et tertiaires des protéines en brisant les liens covalents.
Il entoure ensuite la protéine dépliée pour éviter sa renaturation. Les protéines dénaturées par le SDS sont -, donc ont toutes la même charge et migrent du même côté à des vitesses différentes selon leur masse
Vrai ou Faux: le b-mercaptoéthanol est un agent réducteur le plus utilisé dans le SDS-PAGE
Vrai
Qu’est-ce qu’une rupture intrapeptide?
à l’intérieur du même peptide
Qu’est-ce qu’une rupture interpeptide?
Entre différentes sous-unités peptidiques
Vrai ou Faux: on retrouve un système continu et discontinu dans la méthode du PAGE ?
Faux, c’est dans la méthode du SDS-PAGE
Qu’est-ce qu’un système continu?
Un seul gel de polycarylamide et un seul système de tampon
Qu’est-ce qu’un système discontinu?
Superposition de deux gels de polyacrylamide:
1- gel de concentration/d’empilement
2- gel résolution/de séparation
Dans un système discontinu, les gels sont différents sur deux points, quels sont-ils?
1- la concentration de polyacrylamide
2- les gels sont préparés dans des tampons Tris-HCl de pH différent
Quelle est l’utilité du système discontinu?
Il permet de concentrer les échantillons en une fine bande pour une meilleure résolution
Que permet le gel d’empilement/ de concentration?
Il permet aux protéines d’arriver en même temps au niveau du gel de séparation
Que permet le gel de séparation?
Les protéines migrent vers l’anode, puisque le % d’acrylamide est plus élevé par rapport au gel d’empilement, elles se séparent selon leurs tailles
Quelle est la méthode de détection des protéines la plus sensible?
La radiographie
Quelles sont les méthodes de détections des protéines les plus utilisées?
Bleu de Coomassie
Nitrate d’argent
Vrai ou Faux: les modification post-traductionnelles peuvent affecter le poids moléculaire apparent du SDSS-PAGE
Vrai
Que permet l’isofocalisation/focalisation isoélectrique?
Déterminer le pI d’un peptide ou d’une protéine
Vrai ou Faux: dans l’isofocalisation, le gel de polyacrylamide contient un gradient de pH
Vrai,
une extrémité basique (+) et une autre acide (-)
Que permet l’électrophorèse 2D?
Déterminer le pI et la masse moléculaire au cours de la même expérience
Vrai ou Faux: l’électrophorèse 2D fait partie de la batterie d’outils utilisée en protéomique
Vrai
Définir: protéomique
Étude d’un protéom
Définir: protéome
Ensemble des protéines d’un individu
