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Biochimie (labo) > Biologie moléculaire 2 (PCR) > Flashcards

Biologie moléculaire 2 (PCR) Flashcards

1
Q

Que veut dire PCR?

A

Acronyme pour polymerase chain reaction (réaction de polymérase en chaine)

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2
Q

À quoi sert la PCR?

A

Méthode qui permet de choisir un segment particulier dans un génome et d’amplifier cette séquence cible pour en obtenir des millions de copies

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3
Q

Comment nomme-t-on le segment d’ADN qu’on désire amplifier lors d’une PCR?

A

Séquence cible

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4
Q

Quel est le nom du chercheur qui a inventé la PCR?

A

Kary Mullis

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Q

Vrai ou Faux: la PCR utilise des caractéristiques de la double hélice de l’ADN

A

Vrai

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6
Q

Est-il possible pour les 2 brins d’ADN de se réassocier entre eux après une dénaturation? Si oui, comment?

A

Oui, si la température redescend ils peuvent se réassocier entre eux

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7
Q

Vrai ou Faux: les petits fragments d’ADN ont plus de facilité à se réapparier

A

Vrai

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8
Q

Décrire l’ADN polymérase en 3 points

A

1- enzyme qui catalyse la synthèse d’un brin complémentaire à partir d’un ADN gabarit

2- présente chez tous les eucaryotes et procaryotes

3- essentielle à la réplication de l’ADN

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9
Q

Vrai ou Faux: la synthèse d’ADN par l’ADN polymérase se fait TOUJOURS dans le sens 3’ vers 5’

A

Faux, c’est toujours dans le sens 5’ vers 3’

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10
Q

Qu’est-ce qu’une amorce?

A

Courte séquence d’ADN qui sert de point de départ pour la synthèse d’ADN

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11
Q

Quelles sont les étapes d’une réaction PCR?

A

1) dénaturation = les 2 brins sont séparés par haute T° (95°C durant 30 à 60 secondes)

2) hydratation des amorces = T° redescend, les amorces se reapparient (30 à 60 secondes)

3) élongation = l’ADN polymérase utilise la complémentarité des bases pour allonger une amorce appariée au brin gabarit (72°C )

ET
étape de polissage à la fin pour s’assurer que tous les brins synthétisés sont bels et biens complétés

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12
Q

Vrai ou Faux: lors de l’hydratation des amorces, la température d’appariement dépend de la Tm des amorces

A

Vrai

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13
Q

Vrai ou Faux: lors de l’élongation lors de la PCR, la durée de cette étape dépend de la longueur de la séquence cible

A

Vrai,
c’est 1kb/min lorsqu’on utilise la Taq polymérase

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14
Q

Quelle est l’utilité d’un thermocycleur?

A

Il produit les changements de température à chaque cycle lors d’une réaction PCR

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15
Q

Que contient une réaction PCR?

A
  • ADN polymérase thermostable
  • tampon
  • dNTPs
  • amorces forward et reverse
  • ADN gabarit
  • eau
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16
Q

À quoi sert le tampon dans une réaction PCR?

A
  • il permet de maintenir les conditions optimales de l’enzyme

ex: pH et concentration des sels

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17
Q

Qu’est-ce que des dNTPs?

A

C’est un mélange de 4 nucléotides
(A-T et C-G)

Ce sont des blocs de construction pour l’ADN polymérase

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18
Q

À quoi servent les amorces forward et reverse lors d’une réaction PCR?

A

Ces 2 amorces vont se lier spécifiquement aux extrémités de la région à amplifier

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19
Q

Que contient l’ADN gabarit?

A

ADN contenant la séquence à amplifier

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20
Q

Vrai ou Faux: c’est la découverte des ADN polymérase thermostable qui a permis de faire plusieurs cycles sans ajout d’enzyme lors d’une réaction PCR

A

Vrai,
En plus, cela limite les chances de contamination et cela facilite la manipulation

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21
Q

Décrire l’ADN polymérase Taq en 3 points

A

1- est isolée à partir de la bactérie thermophile Thermus aquaticus

2- température pour son activité optimale = 72°C

3- résiste aux températures élevées (95°C)

22
Q

Vrai ou Faux: la polymérase Taq permet de générer des fragments d’ADN ne dépassant pas généralement 4kb

A

Vrai

23
Q

Comment se nomme l’ADN amplifié par PCR

A

amplicon

24
Q

Vrai ou Faux: la position des amorces délimite la région qui sera amplifiée

A

Vrai

25
Q

Vrai ou Faux: les amorces forward et reverse doivent avoir une taille similaire et un Tm similaire

A

Vrai

26
Q

Que signifie Tm?

A

Température de fusion

27
Q

Qu’est-ce qu’un adaptateur?

A

Portion d’ADN absente de l’ADN gabarit et qui peut être utilisé pour le clonage

28
Q

Comment bien choisir les amorces lors d’une réaction PCR?

A
  • les 2 amorces doivent avoir une taille et une Tm similaire
  • elles ne doivent pas être trop longues ni trop courtes
  • ont une longueur entre 15 à 35 nucléotides
29
Q

Vrai ou Faux: lors d’une réaction PCR, plus les amorces sont longues, plus l’hybridation est spécifique

A

Vrai

30
Q

Qu’arrive-t-il si les amorces sont trop courtes lors d’une réaction PCR?

A

Elles vont s’hybrider à trop de nombreux sites et on obtiendra plusieurs produits PCR non spécifiques

31
Q

Comment sont les amorces que nous devons utiliser pour le génome humain ?

A

Des amorces d’au moins 17 bases

32
Q

Qu’est-ce qu’une Tm?

A

Température à laquelle 50% des amorces sont associées à la matrice d’ADN
(température de fusion)

33
Q

Vrai ou Faux: les liens entre C-G sont plus nombreux que les liens entre A-T donc, il est plus difficile de les séparer puisque cela demande plus d’énergie/chaleur

A

Vrai

34
Q

Quel est le calcul pour la Tm?

A

2°C (nb de A + nb de T) +
4°C (nb de C + nb de G)

35
Q

Que se passe-t-il si la température d’hybridation est trop élevée ?

A

Les amorces ne pourront pas s’hybrider

36
Q

Que se passe-t-il si la température d’hybridation est trop basse?

A

Les amorces s’hybrideront à d’autres sites

37
Q

Quelles sont les 2 choses à éviter lorsqu’on choisit les amorces?

A

1- la présence de séquence complémentaire à l’intérieur d’une même amorce = structure d’épingle à cheveux

2- les 2 amorces ne doivent pas s’associer ensemble mais bien à la séquence cible

38
Q

Quel est le calcul pour trouver le nombre de copies?

A

Y = X 2^n

y: nb final de copies
x: nb initial de copies
n: nb de cycles

39
Q

En observant une courbe standars, du nb de cycle en fonction du nb total de copies, comment le plateau s’explique-t-il?

A

1) les désoxyribonucléotides s’épuisent

2) l’enzyme est inactivée par des passages successifs à haute température (elle est moins efficace donc la réaction ralentit)

3) les brins d’ADN qui ont été séparés en chauffant peuvent se réassocier avant de se lier aux amorces

40
Q

Décrire 3 autres application de la PCR?

A

1- en biologie moléculaire et en recherche

2- dans le domaine médicale

3- en médecine légale

41
Q

Comment explique-t-on les variations de séquence parmi les individus d’une population?

A

Par des polymorphismes génétiques

42
Q

Qu’est-ce que le phénotype?

A

Caractère visible dans l’apparence d’un organisme ou d’une cellule

43
Q

Quels sont les 2 types de polymorphismes d’ADN?

A

1) SNP =
variations ponctuelles dues au remplacement d’un seul nucléotide par un autre

2) polymorphismes de répétitions = variations du nb de répétitions

44
Q

Vrai ou Faux: les polymorphismes de répétitions sont regroupés selon la longueur du motif répété

A

Vrai

45
Q

Quels sont les 2 polymorphismes de répétitions connus?

A

1) STR = short tandem repeat (microsatellites)

2) VNTR = variable number of tandem repeats (minisatellites)

46
Q

Comment sont formés les STR?

A

Par la répétition d’un motif d’ADN long de 2 à 6 nucléotides

47
Q

Comment sont formés les VNTR?

A

Par la répétition d’un motif d’ADN long de 16 à 25 nucléotides

48
Q

Vrai ou Faux: dans le génome humain, les VNTR sont plus nombreux que les STR

A

Faux, ce sont les STR qui sont plus nombreux que les VNTR

49
Q

Entre les VNTR et les STR, lesquels sont privilégiés pour l’identification légale d’individus?

A

STR

50
Q

Vrai ou Faux: le génome humain est diploïde

A

Vrai, chaque individu possède 2 allèles (un allèle origine paternelle et un allèle origine maternelle)

51
Q

Si un individu est homozygote, qu’allons nous voir sur le gel?

A

Les allèles sont de même taille, une seule bande sera visible

52
Q

Si un individu est hétérozygote, qu’allons nous voir sur un gel?

A

Les 2 allèles ne sont pas de même taille, il y aura 2 bandes visibles

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