DNA-markörer

Question 1

Vad används DNA-markörer till?

Answer 1

Navigera i mycket stora däggdjursgenom.
Markörerna används för att hitta gener med hjälp av koppling eller association, och därefter kan genen undersökas.

Question 2

Var sitter de allra flesta sekvensvariationerna?

Answer 2

I det icke-kodande, icke-reglerande genomet.

Question 3

Vad betyder polymorfi?

Answer 3

Variation

Question 4

Vad innebär det att där är polymorfi i locus?

Answer 4

Att där finns två eller fler möjliga alleler

Question 5

Definiera en DNA-markör

Answer 5

Ett lokus med polymorfi som kan användas för kartläggning och diagnostik. Ändrar i regel inte fenotypen.

Question 6

Hur fördelas SNP’er, deletioner/insertioner, och SSR-varianter i däggdjursgenomet?

Answer 6

I genomsnitt
1 SNP per 1000 bp (exoner, introner, intergen)
1 deletion/insertion (DIP) per 10K bp (introner, intergen)
1 SSR per 30K bp (introner, intergen)

Question 7

Hur kommer det sig att det nästan uteslutande är SNP som förekommer i exoner, och inte DIP eller SSR?

Answer 7

SNP är minst sannolikt att orsaka en frameshiftmutation som förstör genomet då det ska replikeras. Om detta sker kommer det innebära mycket hög selektiv press mot dessa gener.

Question 8

Vad kännetecknar SNPer? (Single nucleotide polymorphism)

Answer 8

• Enkel baspars-substitution
• Uppstår pga. mutationer (1 x 10^-9 per nucleotid / genertation)
• Flest i anonyma loci (ingen fenotypändring)
• Ofta bialleler
• Används som DNA-markör

Question 9

Vad kännetecknar SSRer? (Simple sequence repeats) = Mikrosatelliter

Answer 9

• 1 var 30K bp
• Repeterande enheter på 1-10 bp
• Muterar vid replikation (10^-3 per locus / generation)
• Högpolymorfa, multipla alleler
• Används som DNA-markörer

Question 10

Hur kan SNPer detekteras?

Answer 10

Med hjälp av PCR:
- Amplificering
- Splicing med RE
- Gelelektrofores
- Snabbt och billigt, men kräver specifika RE

Question 11

Hur kan mikrosatelliter detekteras?

Answer 11

Mätning av längd med hjälp av PCR och gelelektrofores

Question 12

Vilka steg genomför man då man ska från observerad fenotyp till kloning av en gen.

Answer 12

1. Genom scan.
   - Vi känner inte till sjukdomsgenen på förhand.
   - Polymorfa SSR- eller SNP-markörer hittas som är kopplade till sjukdomsgenen.
   - Finkartläggning med ökat antal markörer.
2. Identifiering av kandidatgener.
   - Ca 7 gener per 1 miljon bp.
   - Identifiering av kodande regioner.
3. Kloning och karaktärisering
   - Kontrollera expressionsmönster och sekvensskillnader.
   - Gen-modifiera fenotyp, test av variation i t.ex. transgena möss.

Question 13

Ge exempel på kvantitativa egenskaper.

Answer 13

Tillväxt, mjölkproduktion, kullstorlek

Question 14

Hur kan kopplingsundersökningar ingå i kartläggningar av gener involverade i kvantitativa egenskaper?

Answer 14

Genom att man undersöker kopplingen mellan markörer och gener som har betydelse för egenskapen. Hitta “major” gener med stor betydelse för t.ex. BMI.