Diagnostiske metoder Flashcards
Hvad vil direkte gene finding metoder betyde?
Familiehistorik
Hvad vil inddirekte gene finding metoder betyde?
At anvende metodiske tilgange.
Hvad kan protein elektroferase undersøge?
Forskelle i proteiners ladning, da en enkelt ændring af en aminosyre ændre proteinets ladning.
Beskriv kort princippet bag protein elektroferase med hæmoglobin som eksempel
Hæmoglobin oprenses fra blodet
Hæmoglobin placeres i et elektrisk ladet gel.
Elektroder påsættes gelen
Proteinmolekylerne migrer væk fra deres ladning.
Efter nogle timer farves gelen med en kemisk blanding.
Nævn nogle substanser som bruges til at fremstille gelen i protein elektroferase
Stivelse
Agarose
Polyacrylamid
Hvilke variationer i proteinet kan protein elektroferase ikke opfange?
Silent substitutioner
Aminosyre substitutioner
Hvor mange procent af mutationer i det kodende DNA kan protein elektroferase ikke opfange?
33%
Hvad kan Southern blotting bruges til?
Til at finde:
Insertion eller deletions i DNA-sekvenser
Dublikationer af DNA
Restriction fragment lenght polymorphisms (RELPs)
Hvad kan RELPs være behjælpelige med at finde?
Sygdomsfremkaldende gener, som kan være ansvarlig for udvikling af mange alvorlige sygdomme.
Hvordan dannes restriction fragments?
Ved at anvende bakterielle enzymer, restriction endonucleaser eller restrictions enzymer, som kløver DNA ved specifikke sekvenser, restriction sites.
Nævn en type restrictions enzym, som kløver DNA-sekvensen GAATTC imellem G og A
EcoRI, som produceres fra bakterien Ecterichia coli.
Beskriv kort princippet bag Southern blotting
DNA samles og denatureres Restrictionsenzymer tilsættes Restrictions fragmenter tilsættes gelen Elektroder påsættes gelen Fragmenterne overføres fra gelen til southern blot En probe mærket med en radioaktiv isotop tilsættes, som er komplementær til fragmenterne X-ray film påføres southern blot. Proben mørknes og dens position afsløres
Hvad kaldes minisatellite polymorfismer?
Variable number of tandem repeats (VNTR)
Kvad kaldes mikrosatellit polymorfismer?
Short tandem repeats (STRs)
Hvornår benyttes allelspecifik oligonukleotid (ASO) metoden?
Detektion af punktmutationer, deletioner eller insertioner på under 50 bp, da disse ikke kan detekteres af sourthern blotting.
Hvilke probeer anvendes i ASO metoden?
Mutationsspecifikke prober med den muteret nukleotid sekvens
En normal probe, der baseparrer med en umuteret allel
Hvad er princippet bag ASO metoden?
DNA udtages og denatureres.
DNA´et afsættes som to seperater pletter på to membraner (southern blots)
Den ene membran inkuberes med proben for den normale allel den anden med den muteret allel.
Inkuberingen sker under stringente forhold, således at det kun er proberne der kan baseparre med målsekvensen.
Hvad bruges Nothern blorring til?
Bestemme funktionelle egenskaber hos celler, som hvornår og hvor et bestemt gen udtrykkes.
Hvad er forskellen mellem Southern blotting og Nouthern blotting, udover den ene detekterer DNA og den anden RNA?
RNA er i forvejen enkeltstrenget og skal derfor ikke denatureres.
RNA behøver heller ikke indledende fragmentering da de i forvejen er korte fragmenter.
