Diagnóstico Molecular para Microorganismos Flashcards
Representación de alelos en forma de picos después de una separación por electroforesis. Constituye al primer paso del análisis de las secuencias.
A. Isoelectroenfoque.
B. Electroferograma.
C. PCR.
D. Electroforesis capilar.
Electroferograma
En un electroferograma la letra w a qué nucleótidos representa.
W (AA)
W (AT)
W (CT)
W (UT)
W (AT)
En presencia de alguna indeterminación de nucléotidos. ¿Qué representa la letra y?.
Y (Purinas)
Y(Pirimidinas)
Y (Timinas)
Y (Adeninas)
Y(Pirimidinas)
Base de datos que te permite conocer el porcentaje de homología de diferentes organismos con tú secuencia.
KEGG
Blast
BRENDA
EXPASY
Blast
Según las guías de Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI), ¿qué porcentaje de homología es adecuado para poder definir género?
<90%
>90% a <95%
<99%
≥95% al 98.49%
≥95% al 98.49%
Gen más adecuado para la definición y discriminación filogenética a nivel de especies y subespecies.
RNAr 16s
RNAr 23s
rpoB
rpoA
rpoB
En la identificación de microorganismos por medio del gen rpoB, ¿Cuál es el porcentaje de similitud para definir especie?
<95%
100%
90%
>97.7%
> 97.7%
Algoritmos utilizados para realizar dendogramas genéticos.
NJ(neighborjoining), KEGG
NJ(neighborjoining), UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic averages)
UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic averages), BRENDA.
BRENDA, KEGG, CLUSTAL W
NJ(neighborjoining), UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic averages)
Número de pares de bases adecuado para analizar ARNr 16s
1000 pb
2000 pb
>2500 pb
1.300 a 1.500 pb
1.300 a 1.500 pb
Secuencias que representan <1% de indeterminaciones, ¿Se consideran para el análisis?
Si
Si
Es la identificación bacteriana más certera, sólida y reproducible proporcionada por un análisis, con una resolución aproximada del 90% en las identificaciones:
ARNr 16S
ARNr 16S
Recientemente la aparición de esta técnica identifica de forma temprana a algunos agentes etiológicos bacterianos y fúngicos de la sepsis a partir de la muestra directa:
PCR multiplex acoplada a un analisis de la temperatura de melting
PCR multiplex acoplada a un analisis de la temperatura de melting
La Pirosecuenciación ó la espectrofotometría de masas son plataformas de identificación de patógenos que modifican o sustituyen la secuenciación tradicional?
Cierto
Cierto
Plataformas de amplificación-pirosecuenciación realizan la identificación bacteriana o fúngica mediante PCR de:
3 regiones variables del ARNr 16S y del ARNr 18S, respectivamente en hemocultivos
3 regiones variables del ARNr 16S y del ARNr 18S, respectivamente en hemocultivos
Cuál de las siguientes opciones no representa una ventaja para los métodos moleculares de identificación bacteriana basados en PCR-ESI/MS:
Requiere conocer con anticipación el producto analizado
Requiere conocer con anticipación el producto analizado
El método PLEX-ID (Abbott) ha demostrado buenos resultados incluso en bacteriemias polimicrobianas, con independencia de que sean microorganismos aerobios, anaerobios, cultivables, con lento crecimiento o incultivables?
Cierto
Cierto
Tras una extracción y una PCR de amplificación de parejas de cebaderos de amplio espectro, se obtienen uno o varios productos de PCR, los cuales :
Se desalan, son ionizados y aerosolizados hacia un espectrofotómetro de masas
Se desalan, son ionizados y aerosolizados hacia un espectrofotómetro de masas
La Selección del Outgroup es un factor que no afecta a la comparación en el dendograma como criterio para la interpretación de resultados en métodos moleculares de identificación?
Falso
Falso
A qué se refiere la Selección Outgroup en los métodos moleculares de identificación?
Será una cepa relacionada pero fuera del grupo comparado, frente a la cual se realiza la primera comparación.
Será una cepa relacionada pero fuera del grupo comparado, frente a la cual se realiza la primera comparación.
Es la región amplificada de identificación utilizando la técnica de PCR multiplex acoplada a un análisis de temperatura melting:
El espacio intergénico del 16S-23S ARNr bacteriano ó del 18-58S fúngico
El espacio intergénico del 16S-23S ARNr bacteriano ó del 18-58S fúngico
Genes ribosómicos que son usados como cronómetros moleculares en el estudio de la filotecnia microbiana
16s y 23s
22s y 44s
16s
23s
16s y 23s
Gen alternativo utilizado como diana para la identificación de Micobacterias
hsp60
recA
Hps65
gyrB
Hps65
Gen que codifica para la chaperonina 1, y se encuentra altamente conservado en numerosas bacterias, arqueas y eucariotas
Hps65
hsp60
gyrB
recA
hsp60
Por cuantas pares de bases se conforma el gen 16s
1,000
1,500
20
120
1,500
Etapas del proceso de identificación bacteriana mediante secuenciación.
Extracción de ADN, amplificación del ADNr 16s, secuenciación del amplicon y análisis de la secuencia
Extracción de ADN, secuenciación del amplicon, amplificación del ADNr 16s, análisis de la secuencia
Amplificación del ADNr 16s, extracción del ADN, secuenciación
Extracción de ADN, amplificación del ADNr 16s, análisis de la muestra.
Extracción de ADN, amplificación del ADNr 16s, secuenciación del amplicon y análisis de la secuencia
En la actualidad todos los cebadores utilizados se consideran totalmente universales
Falso
Verdadero
Falso
El diseño de nuevos cebadores se realiza en regiones no conservadas para un género o una especie determinado
Verdadero
Falso
Falso
Técnica imprescindible para confirmar una amplificación óptima
Western blot
Electroforesis
PCR
Elisa
Electroforesis
Numero de bandas visibles correspondientes a un amplicón en electroforesis
4
6
1
2
1
Se recomienda la extracción del amplicón deseado del gel de agarosa cuando se presentan dos bandas en la electroforesis de la amplificación.
Falso
Verdadero
Verdadero
