diagnostic Flashcards
Diagnostic bactériologique
Examens bactériologiques : objectifs :
* Confirmer l’infection
* Isoler et identifier l’agent causal
* Etudier sa sensibilité aux antibiotiques
* Etayer une enquête épidémiologique
* Orienter les mesures thérapeutiques et prophylactiques
* Deux types d’examens bactériologiques : direct et indirect
Bonne indication des examens bactériologiques, optimiser le diagnostic, le traitement et la prévention
1.* [e diagnostic bactériologique direct :
Les prélèvements :
Deux grandes catégories sont distinguées :
* Prélèvement à visée diagnostique
* Prélèvement à visée épidémiologique
Prélèvements de qualité avant le début de toute antibiothérapie avec :
* Identification nature et lieu
* Renseignements cliniques
* Transport rapide, milieux adéquats
Site normalement stérile :
* Hémoculture, LCR, liquide articulaire, pleurale…
* Infections pulmonaires : prélèvements protégés
**Site normalement non stérile : **urine, selles, pus superficiel…
❖ Il ne faut pas hésiter à interroger le laboratoire avant de réaliser le prélèvement
❖ Éviter de recueillir d’autres bactéries que celles qui sont responsables de l’infection
❖ En cas de présence de matériel étranger : prélever le liquide d’écoulement (urine,
produit de drainage) ou le tissu avoisinant et non le matériel lui-même seul sauf s’il
s’agit de matériel implanté
❖ Sonde urinaire ou redon : inutile
❖ Devant toute suspicion d’infection profonde :
✓ Prélèvements du site profond
✓ Prélèvements superficiels (portes d’entrées ou localisations secondaires)
✓ Prélèvements centraux, notamment les hémocultures
Différentes étapes de l’examen bactériologique direct :
* Macroscopie : Minutes
* Microscopie : 1H
✓ Examen direct à l’état frais
✓ Examen direct après coloration de Gram, autres colorations …
* Cultures (isolement, enrichissement) : >24H
* Identification : 24H
* Études de la sensibilité : 24H
* Détection antigénique voir toxinique : 1H
* Détection de gène : 2H à 24H
L’examen direct :
L’examen clef de la microbiologie
* État frais
✓ Cellules (hématies, leucocytes)
✓ Bactéries (forme / mobilité)
* Après coloration de frottis : coloration de Gram, autres…
Grande valeur d’orientation
Interprétation correcte : expertise du microbiologiste
Examen qualitatif ou semi quantitatif : données visuelles
NB : Validité et utilité, dépend de la bonne qualité du prélèvement et de l’orientation
clinique
Interprétation des données de l’examen direct :
Dépend du site prélevé et de la présence ou non sur ce site d’une flore microbienne
physiologique
S’il existe une flore résidente (prélèvements de fécès, cutanés, voies respiratoires
supérieures) : Peu d’utilité de l’examen direct, sauf si présence d’une flore mono
microbienne
Dans un site normalement stérile :
* Il faut s’assurer de la qualité du prélèvement : absence de contamination par flore
cutanée, digestive ou aérodigestive
* Examen direct positif même polymicrobien : grande valeur
Les prélèvements de sites stériles réalisés à travers une flore riche : interprétation :
* Qualité de la décontamination : cas des prélèvements urinaires
* Les prélèvements respiratoires pulmonaires profonds doivent être protégés : LBA ou
prélèvements distaux
Pièges de l’examen direct :
* Dépôt de colorants, contamination des colorants
* Variabilité des formes et de la coloration
NB : Toujours confronter les données de l’examen direct avec la clinique
Identification :
* Délai, exigence et conditions de la culture
* Aspect macroscopique de la colonie
* Vérification de la morphologie et l’affinité tinctoriale au Gram
* Tests biochimiques d’orientation
* Les galeries biochimiques d’identification
* Le typage antigénique
* L’identification moléculaire
✓ Hybridation
✓ Amplification
* Identification par spectrométrie de masse (MALDI-TOF)
Diagnostic indirect : les sérologies :
* Prélèvements : minimum deux à 10 – 15 jours d’intervalle
* Différentes méthodes
* Interprétation fonction de plusieurs éléments :
✓ La technique
✓ Les antigènes
✓ La cinétique des anticorps
* La technique :
✓ Problème de sensibilité et spécificité : les plus sensibles (peu de faux négatifs)
mieux pour un dépistage / les plus spécifiques (peu de faux positifs) mieux pour
une confirmation
✓ Dans certaines cas, nécessité de mise en œuvre de plusieurs techniques,
simultanément (syphilis) ou successivement
* Dans les réactions d’agglutination, une concentration d’anticorps trop élevée :
saturation des sites antigéniques du réactif et empêcher l’agglutination : phénomène
de zone
* Techniques immuno chromatographiques :
✓ Systèmes unitaires
✓ Réactifs sont fixés à l’état déshydraté sur un support (bandelette, filtre)
✓ Bonne sensibilité et une spécificité satisfaisante
* Toujours : sérums témoins positifs et négatifs qui valideront la qualité de la
technique mise en œuvre
* L’antigène :
✓ L’antigène réactif n’est jamais pur
✓ Réactions croisées : résultats faussement positifs
* La cinétique d’apparition des anticorps :
✓ Latence puis apparition et élévation rapide des anticorps puis stabilisation
✓ Les IgM apparaissent les premiers lors d’une primo-infection. Ils disparaissent
assez vite et sont remplacés par des IgG
✓ Comparaison des résultats sur deux sérums prélevés à 10 jours d’intervalle pour
reconnaitre une infection actuelle
* Les défaillances du sérodiagnostic :
✓ Agents pathogènes incapables de stimuler une réaction immunologique
décelable in vitro
✓ Sujets immunodéficients
✓ Sujet vacciné ou naturellement immunisé et réinfections : pic transitoire et titre
des IgG difficile à interpréter
* Interprétation des sérologies :
✓ Tenir compte du contexte clinique et épidémiologique, de l’état immunologique
du sujet concerné et du but de l’examen (diagnostic, suivi ou appréciation de
l’état d’immunité)
✓ Maitriser la technique, et l’exécuter avec rigueur et réaliser des contrôles
