De Logu Oligonucleotidi

Question 1

classi di oligonucleotidi ad uso terapeutico

Answer 1

prima classe: oligonucleotidi antisenso a DNA, oligonucleotidi antisenso a RNA, ribozimi, oligonucleotidi antigene. seconda classe: aptameri e oligonucleotidi decoy di fattori di trascrizione

Question 2

meccanismo d’azione di ribozimi

Answer 2

molecole a RNA ad attività catalitica che tagliano legami fosfodiesterici del doppio filamento attraverso un attacco nucleofilo di transesterificazione con scambio di protoni da parte dell’ossigeno in 2’ e conseguente idrolisi

Question 3

esempio di uso terapeutico degli ASO a DNA

Answer 3

inibizione della telomerasi in cellule tumorali, l’ASO lega l’RNA TER complessato alla telomerasi

Question 4

diversi tipi di ribozimi

Answer 4

ribozimi ad attività auto catalitica, ad attività catalitica, DNAzyme

Question 5

oligonucleotidi antigène

Answer 5

singoli filamenti di DNA che si intercalano nel solco maggiore del DNA formando legami a tripla elica con sequenze genomiche ricche di purine. formano i triplex

Question 6

PNA

Answer 6

peptide nucleic acids, sono analoghi sintetici dell’acido nucleico che funzionano come oligonucleotidi antigene. sono unità omomorfe di DNA in cui la spina dorsale fosfodiestere è sostituita con una spina dorsale di aminoetilglicina non caricata, in modo che si abbia sulla spina una poliammide achirale e neutra resistente alla degradazione enzimatica

Question 7

prima classe ASO meccanismo d’azione

Answer 7

modulatori dell’espressione genica che sfruttano la complementarietà della loro sequenza con quella di altri acidi nucleici (DNA o RNA)

Question 8

seconda classe ASO meccanismo d’azione

Answer 8

la struttura formata da acidi nucleici serve a modulare l’attività di una proteina bersaglio. agiscono legandosi con essa in modo affine, possono presentare vantaggi rispetto agli anticorpi monoclonali

Question 9

cosa sono gli aptameri

Answer 9

oligonucleotidi di seconda classe single strand di 20-80 nucleotidi di RNA o DNA che assumono nello spazio una conformazione tridimensionale per legare proteine target

Question 10

esempio di aptamero in terapia

Answer 10

oligonucleotide a ss di DNA utilizzato per inibire la trombina, forma una conformazione G quadruplex e controlla la coagulazione

Question 11

spiegelmer

Answer 11

oligonucleotidi a RNA o DNA con configurazione L dei nucleotidi per superare la suscettibilità all’azione delle nucleasi a cui sono soggetti gi aptameri

Question 12

riboswitch

Answer 12

aptameri di batteri e piante che funzionano da regolatori genici, si possono trovare come parte di molecole di mRNA che impediscono la loro sintesi proteica

Question 13

oligonucleotidi decoy di TF

Answer 13

ASO seconda classe, sono DNA ds progettati per legare TF e inibirli, modulando l’espressione genica

Question 14

modifiche dei nucleotidi per evitare reazioni secondarie durante la sintesi degli ASO

Answer 14

protezione delle basi con gruppi acilici come benzoile e isobutirrile, rimossi alla fine con ammoniaca; proteizione degli ossidrili degli zuccheri con dimetossitrile rimosso con acido; protezione del gruppo fosfato

Question 15

step di sintesi degli ASO

Answer 15

1) reazione di smascheramento in ambiente acido del 5’ OH del nucleotide legato al supporto solido, 2) reazione di accoppiamento (gruppo P del nucleotide entrante lega il 5’ OH), 3) i gruppi 5’ oh liberi vengono bloccati, 4) il gruppo fosfito è ossidato a fosfato trattando con iodio

Question 16

modifiche chimiche degli oligo di prima generazione

Answer 16

metilfosfonati e fosforotioati

Question 17

esempio di fosforotioato

Answer 17

ASO utilizzato per TRAP1 in un modello di dolore neuropatico (legatura del nervo sciatico nel topo) e fomivirsen per retinopatie da citomegalovirus

Question 18

TRAP1

Answer 18

canale al calcio responsabile della sensazione piccante del wasabi. si trova nel neurone sensitivo primario e nelle cellule di Schwann.

Question 19

ASO di seconda generazione

Answer 19

sostituzione dell’idrogeno in 2’ con altri gruppi, esempio 2’ O metossietile, oppure LNA locked nucleic acid dove O al 2’ è collegato con C al 4’

Question 20

ASO LNA

Answer 20

LOCKED NUCLEIC ACID, sono oligonuc antisenso di seconda generazione dove ossigeno in 2’ è collegato al C in 4’ del ribosio. utilizzati per costruire sonde FISH

Question 21

ASO di terza generazione

Answer 21

PNA peptide nucleic acid o catena di N-2 amminoetil- glicine unite da legami peptidici con basi azotate; PMO o morfolino fosforodiamidati analoghi nucleotidici del mormorino. in entrambi i casi non c’è il ribosio, lo zucchero

Question 22

PMO oligonucleotidi

Answer 22

morfolino fosforodiamidati, analoghi nucleotidici del morfolino usati come ASO di terza generazione

Question 23

eteplirsen

Answer 23

PMO morfolino fosforodiamidato, è un ASO di terza generazione, funziona con il meccanismo di exon skipping dell’estone 51 della distrofina in pazienti con distrofia muscolare di Duchenne

Question 24

nusinersen

Answer 24

ASO 2’ O metossietilico per l’atrofia muscolare spinale, maschera il sito di splicing del gene SMN2 per favorire l’inclusione dell’estone 7 e formare una proteina che vicaria la funzione del gene SMN1 che non funziona nella malattia (SN1 è un gene necessario alla sopravvivenza del motoneurone)

Question 24

mipomersen

Answer 24

aso a DNA che inibisce la sintesi dell’apoliproproteina B attivando la degradazione dell’mRNA con RNAsi H. utilizzato per ipercolesterolemia familiare

Question 25

fomivirsen

Answer 25

aso fosforotionato a DNA utilizzato per retinopatie da citomegalovirus, quindi in pazienti immunocompromessi soggetti a sviluppare queste infezioni.

Question 26

amiloidosi ereditaria da accumulo di transtiretina

Answer 26

malattia ereditaria autonomia dominante progressiva e pericolosa. data da mutazioni del gene TTR della transtiretina, proteina prodotta dal fegato che trasporta la proteina legante il reticolo (vitamina A). le mutazioni causano misfolding e formazione di fibrilleresti amiloidi, con sintomi quali polineuropatia, cardiomiopatia e sindromi gastrointestinali. sotto diagnosticata.

Question 27

Tafamidis

Answer 27

farmaco per amiloidosi ereditaria da accumulo di transtiretina, è uno stabilizzatore perché lega il TTR impedendo che si formi il monomero misfoldato

Question 28

patisiran

Answer 28

farmaco a RNA che sfrutta RNA interference, lega mRNA della transtiretina e lo degrada. inserita in liposomi. studio fase III apollo a doppio ceco ha dimostrato riduzione 80% proteina mutata nei pazienti con amiloidosi ereditaria da accumulo di transtiretina

Question 29

inotersen

Answer 29

oligonucleotide antisenso che blocca la produzione della transtiretina legando l’mRNA e inducendone la degradazione. utilizzato per amiloidosi ereditaria da accumulo di transtiretina

Question 30

porfiria

Answer 30

malattia metabolica dovuto a deficit di enzimi nella biosintesi dell’eme, causa accumulo di precursori dell’eme o porfirine, le quali si depositano nei tessuti e causano tossicità. malattia ereditaria autosomica dominante o recessiva con espressività variabile e bassa penetranza.

Question 31

Porfirie classificate sulla sintomatologia

Answer 31

acute: deficit di ALA deidratasi –> coinvolgimento neurologico con dolori muscolari, dolori addominali, febbre. non acute: protoporfiria eritropoietica o epato-eritropoietica. fotofobia, ispessimento della pelle e formazione di bolle.

Question 32

Porfirio classificate in base alla sede di espressione del difetto enzimatico

Answer 32

Porfirie epatiche: deficit di ALA deidratasi. Porfirio eritropoietiche.

Question 33

givorisan

Answer 33

farmaco per Porfirie basato su RNA interference che lega e degrada l’amminolevulinato sintesi 1 (ALAS1). se si blocca questo enzima si blocca anche la sintesi di acido aminolevulinico e del porfobilinogeno, che sono responsabili dei sintomi della malattia. farmaco orfano

Question 34

emofilia

Answer 34

malattia ereditaria recessiva legata all’X che causa un difetto della coagulazione per assenza o carenza di un fattore di coagulazione. emofilia A fattore 8, emofilia B fattore 9.

Question 35

futisiran

Answer 35

farmaco a RNA che sfrutta RNA interference e impedisce sintesi antitrombina III, sbilanciando verso l’effetto pro trombotico. utilizzata per emofilia sia a che b, dato che agisce a valle sia dei fattori 8 che 9.

Question 36

aso per ipercolesterolemia familiare

Answer 36

mipomersen

Question 37

aso per retinopatia da citomegalovírus

Answer 37

fomivirsen

Question 38

aso per amiloidosi ereditaria da accumulo di transtiretina

Answer 38

tafamudis, patisiran, inotersen

Question 39

aso per porfirie

Answer 39

givosiran

Question 40

aso per emofilia

Answer 40

fitusiran