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A23_BCM6171_SystemeDigestif > Cytogénétique > Flashcards

Cytogénétique Flashcards

1
Q

Qu’est-ce que la cytogénétique?

A

étude pangénomique et détaillés des chromosomes composant la cellule

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1
Q

Quel est l’objectif de la cytogénétique et quels sont les 3 domaines?

A

Objectif : Objectif : On veut identifier la présence d’anomalies chromosomiques qui expliquent le phénotype du patient ou oriente son diagnostic, sa prise en charge et son pronostic

3 domaines : prénatal, constitutionnelle et hématologie/oncologie

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2
Q

que cause des Anomalies constitutionnelles/germinales?

A

-infertilité
-fausse couche
-malformation génitale
-déficience intellectuelle
-retard de développement
-trouble du développement sexuel
-etc..

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3
Q

Qu’est-ce que les anomalies acquises/somatiques et qu’elle est la plus fréquente?

A

-tumeurs solides et hémopathies malignes.
- Anomalie de remaniement chromosomique plus fréquente

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4
Q

Comment est formé un embryon diploide 2n?

A

Ovule (gamète haploide 1n) + spermatozoides (1n) = embryon diploide 2n

-Gamète haploide 1n = 1 chromatide de chaque pair de chromosone

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4
Q

La méiose est spécifique à quelle type de cellules?

A

-spécifique aux cellules germinales

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4
Q

Quelle est l’objectif de la méiose?

A

-objectif de réduire le contenu diploide (2n) de l’embryon pour former des gamètes haploides.

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5
Q

Explique moi la première phase de la méiose

A

-Prophase 1 : Individualisation et appariement des chromosomes homologues (tétrade ou bivalent). Recombinaison ou crossing-over. (2 modal (2n), 4 chromatines (4c) et 2 chromosomes (2)

-Métaphase 1 :Alignement des chromosomes dans le plan équatoriale. Se font face 2 à 2. 2n, 4c et 2

-Anaphase 1 : Disjonction puis séparation des chromosomes homologues. Un lot haploide migre vers des pôles de la cellule. 2n à n, 4c à 2c, 2

-Télophase 1 : Formation de 2 cellules haploides avec n chromosomes doubles. n, 2c et 2. Cela va former des cellules germinales primaires

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6
Q

Explique le principe de la deuxième division de la méiose

A

-Prophase II : préparation des chromosomes pour la 2e division (n, 2c et 2)

-Métaphase II :Alignement des chromosomes dans le plan équatoriale. Se font face. n, 2c et 2

-Anaphase II : Disjonction puis séparation des chromatides soeurs. Un lot haploide migre vers des pôles de la cellule. n, 2c à c et 2 chromosomes à 1.

-Télophase II : Formation de 4 cellules haploides avec n chromosomes simples. n, c1 et 1.

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7
Q

Est-ce que la méiose 1 et 2 sont précédés de la phase S?

A

La méiose 2 n’est pas précédé de la phase S

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8
Q

Quelle étape de la méiose est réductionnelle et quelle étape est équationnelle?

A

Réductionnelle : méiose 1
Équationnelle : méiose 2

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9
Q

Quels sont les phases du cycle cellulaire?

A

interphase durant 23h
-phase G1
-phase S
-phase G2
mitose durant 1h
-phase M

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10
Q

Que permet la mitose? Est-elle réductionnelle ou équationnelle? Expliquez le principe et nommez les 4 phases.

A

-Permet prolifération cellulaire
-Permet la conversation du matériel génétique d’une cellule à l’autre
-Phases : prophase, métaphase, anaphase et télophase
-1 cellule mère (2N) en 2 cellules filles identiques (2N1c). Toujours précédé d’une phase de réplication d’ADN (2N1c – 2N2c – 2N1C)

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11
Q

Est-ce les hommes ou les femmes qui font des corps polaires?

A

Les femmes

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12
Q

D’où proviennent les anomalies germinales?

A

proviennent de la division méiotique ou dans les toutes premières divisions mitotiques du fœtus.

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13
Q

Quelles sont les anomalies germinales les plus fréquentes?

A

21, 18 et 13

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14
Q

Qu’est-ce qu’une aneuploidie?

A

Perte ou gain de chromosome (2N+1 ou 2N-1)

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15
Q

Qu’est-ce qui peut causer des anomalies germinales?

A

Causé par une non-disjonction
- une disjonction survient lors de l’anaphase d’une méiose ou mitose = la force d’attraction des pôles qui attirent les chromatides sœurs à l’opposé après attachement du centromère au fuseau mitotique).
-Peut survenir à la méiose I, II et mitose.

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16
Q

Quelle est la trisomie la plus fréquente et qu’est-ce qui peut augmenter les chances de faire un enfant avec cette maladie?

A

-Trisomie 21 : Anomalie autosomique la plus fréquente (1/700)
-Plus fréquent chez femmes de 35 ans et +

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17
Q

Quels aspects physiologiques anormaux que l’on retrouve chez la trisomie 21?

A

-Protrusion de la langue et tâches de Brushfield.
-Dysmorphie faciale
-anomalies corporelles autres
-problème neurologique/cognitif
-problèmes cardiaques/digestif

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18
Q

pourquoi les femmes de 35 ans et plus de chance ont plus de chance de faire causer des trisomies 21?

A

-plus de chance de faire des non-dysjonctions potentiellement à cause de l’âge biologique des ovaires (dégradation avec l’âge) ou variation du taux de recombinaison en phase méiose 1.

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19
Q

Différences entre ovocytes et spermatozoides en relation avec la trisomie 21

A

-l’ovogénèse est plus permissive que la spermatogenèse puisque la nature peut vouloir garder les ovocytes produits même défectueux vs les hommes dont les spermatozoides seront remplacés.
-De plus, les ovocytes ne prolifères plus et s’arrête en prophase 1 au stade diplotène pendant de nombreuses années vs Spermatogenèse se fait tout long de la vie de l’homme.

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20
Q

Est-ce que les enfants avec trisomie 18 et 13 sont viables?

A

Non
-Importantes malformations (surtout la 13) qui rend l’enfant peu viable
-90% décès après 1 mois

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21
Q

Quel est le cheminement prénatal lors d’anomalies ?

A
  • si haut risque (1/300) suite au dépistage biochimie ou TGPNI = échographie.
    -Si échographie positive (anormalité) on fait tests invasifs (amniocentèse ou biopsie des villosités choriales) ou un 2e TGPNI
    -Si positif, on fait un caryotype (test invasif) pour savoir si présence d’aneuploidie (trisomie libre ou non) et pour savoir probabilité de refaire la même chose pour la prochaine grossesse.
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22
Q

D’où proviennent les anomalies somatiques?

A

Proviennent de cassures de doubles-brins ou origines de division mitotique erronée survenue dans une cellule d’un tissu, d’une lignée cellulaire.

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23
Q

Quelles anomalies somatiques sont les plus fréquentes?

A

remaniements chromosomiques structuraux causé par cassures de doubles brins

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24
Q

Que peut causer une réparation erronée des cassures d’ADN?

A

-formation de translocations, d’inversions ou d’anomalies chromosomiques complexes.

25
Q

Qu’est-ce que la translocation chromosomique et qu’est-ce que cela cause?

A

-Échange réciproque et balancée de matériel entre 2 chromosomes, homologues ou non
-Doit avoir 2 cassures, chromosomiques, échange de matériel, réparation erronée des cassures (ces réparations augmente la survie)

-Présence de translocation cible des oncogènes ou TSG qui confèrent des propriétés transformant à la cellule.

26
Q

Nomme moi 2 types de délétions dans les chromosomes?

A

Délétion terminale (de la fin) vs interstitielle (du milieu)

27
Q

Quels sont les 3 analyses les plus utilisés en cytologie?

A

-caryotypes
-FISH
-CGH

28
Q

Quel est le seuil de détection du caryotype?

A

5-10mb

29
Q

Qu’est-ce que la résolution des chromosomes pour le caryotype?

A

-Augmentation du nombre de bandes (+ résolution et mieux c’est, dépend de la compaction de l’ADN

30
Q

Quelle est la technique pour faire du caryotype?

A

-prélèvement moelle
-isolement leucocytes par centri
-mise en culture 24,48 ou 72h
-arrête en métaphase par colcémid, choc hypotonique (KCl) et fixation (carnoy)
-étalement et coloration
-balayage et capture d’écrans
– montage et analyse des caryotyes.

31
Q

Quelles sont les indications cliniques pour faire le caryotype?

A

-Prénatal (trouvailles échographiques, marqueur anormal, mais réalisé d’emblé puisque diagnostique pour confirmer une aneuploidie fœtale)
-post-natal (suspicion syndrome à la naissance, infertilité, petite taille, fausses-couches à répétition, etc…)
-onco-hématologique (leucémie, lymphome, myélome, néoplasie, etc…)

32
Q

Quelle est la composition du chromosome? Quels sont les 3 types?

A

-Centromère
-2 télomères et sous télomère et 2 bras chromosomiques.

-3 types de chromosomes:
-métacentrique
-submétacentrique
-acrométacentrique

33
Q

Comment différencier l’euchromatine de l’hétérochromatine?

A

Suite à la trypsine qui permet la libération de l’ADN, on ajoute du Giemsa qui préfère se lier aux AT causant des bandes GTG (noir) et RHG (blanc)
-Se lie à l’hétérochromatine puisque en riche en AT pendant que l’euchromatine est riche en GC

34
Q

Dans quelle situation principale on fait du caryotype?

A

-Aide dans le diagnostic des cancers
-permettent la classification des pronostics des cancers hématologiques
-orientent les traitements

35
Q

Quelles sont les Hémopathies qui nécessitent absolument un caryotype pour sélectionner traitement et confirmer le diagnostic ?

A

-leucémie myéloïde aigue (LMA)
-leucémie lymphoïde aigue
-syndrome myélodysplasique
-néoplasie myéloproliférative

36
Q

Qu’est-ce que la leucémie?

A

-cancer effectant leucocytes du sang et/ou moelle.
-Selon type cellulaire ou selon l’évolution de la maladie

37
Q

Quels anomalies chromosomiques retrouvent-on dans les leucémie LMA, LMC et SMD?

A

-il y a réparation erronée des cassures dans l’ADN par fusion erronée de 2 gènes afin de créer un nouveau gène doté d’un avantage prolifératif
-des régions codantes de 2 gènes vont se lier pour créer un nouveau gène (gène de fusion))

38
Q

Qu’elle est la fusion chez la LMA qui nécessite une urgence clinique?

A

-fusion chez la LMA des gènes PML et RARA qui nécessite une urgence clinique et une chimiothérapie adaptée
-Bonne survie (81%) si pris en urgence

39
Q

Que cause la leucémie promyélocytaire aigue?

A

-urgence clinique d’hématologie,
-fièvre/infection
-ecchymose
-grande faible
-perte de poids.
-Pancytopénie dans la moelle avec accumulation de promyélocytes médulaires.
-Cause de la coagulopathie qui est fatale dans 20% des cas dans les premiers 48h.

40
Q

Quelle est la fusion chromosomique la plus populaire chez la Leucémie promyélocytaire aigue ? Quel type de test devrait-on faire ?

A

PML-RARA

Utilisation de FISH ici vu l’importance de la vitesse. Caryotype trop lent

41
Q

Comment traiter la Leucémie promyélocytaire aigue

A

-Traitement par acide rétinoique puisque recrutement constitutif de co-répresseur qui arrête la différenciation de myloides (stade promyélocyte).
-Acide rétinoique va favoriser le recrutement de co-activateurs

42
Q

Quels sont les avantages du caryotype?

A

-Analyse pangénomique qui révèle toutes les anomalies de grandes tailles (5Mb et +)
-pas besoin de savoir ce que l’on cherche avec un caryotype
-analyse qui montre tout
-Montre l’évolution clonale et le mosaïcisme jusqu’à 2%,
- résolution à la cellule près « single-cell »

43
Q

Quels sont les désavantages du caryotype?

A

-Les anomalies de plus petites tailles ne sont pas visualisées (5Mb et -), surtout si la résolution est faible
-les anomalies subtélomériques requièrent une haute résolution ce qui est très difficile en cancer
-requiert un personnel spécialisé pour analyser les chromosomes
-TAT le plus rapide : environ 5-7 jours. En routine, 21 jours.

44
Q

Quel est le seuil de détection du FISH?

A

seuil de détection 200kb à 1mb

45
Q

Dans quelle situation utiliser le FISH?

A

-Beaucoup utilisé en cancer hématologique surtout pour LPA puisque très rapide pour diagnostiquer/donner un traitement/faire le suivi.
-Permet de confirmer/infirmer un syndrome précis.

46
Q

Quelle est la technique du FISH?

A

-Co-dénaturation de l’ADN patient et de l’ADN d’une sonde FISH
– hybridation complémentaire de l’ADN de la sonde avec l’ADN cible du patient
– lavage post-hybridation dans le SSC/NP40, coloration DAPI-analyse fluorescence (prend 2 hr à 24 hrs)

47
Q

Qu’est-ce que sonde CEP? Avantages et désavantages

A

-Cibles séquences alphoides
Avantages :
-excellente force d’hybridation
-excellent pour énumérer chromosome

désavantages
-pas de sonde contrôle double couleur
-chromosomes 13 et 21; 14et 22 se ressemblent beaucoup du point de vue des séquences)

48
Q

Qu’est-ce que sonde LSI? Avantages et désavantages

A

Sonde spécifique d’un locus donné.

Avantages :
-Permet de détecter délétion
-duplication
-gène de fusion
-amplification
-Permet le couplage des couleurs, avec un locus d’hybridation contrôle
-Plusieurs sous-types disponibles.

Désavantages :
-spécifique à un locus,
-très petites anomalies pas bien détectées

49
Q

Qu’est-ce que sonde BAC? Avantages et désavantages

A

Sondes avec séquences uniques.

Avantages :
-permet de valider des remaniements personnalisés,
-très précis.

Désavantages :
-petite taille de la sonde
-hybridation croisée possible
-hybridation et visualisation plus difficile
-peut exiger une amplification des signaux si petite taille.

50
Q

Exemple du FISH avec PML-RARA

A

-gène RARA est vert
-gène PML est rouge
-si PML-RARA, cela va être jaune (vu fusion des deux)

51
Q

Quelle est la particularité du KMT2A? Comment savoir s’il y a a un problème avec ce gène?

A

-gène dans la LMA qui peut se lier à plus de 100 partenaires.
-Utilisation d’une sonde breakapart pour détecter un réarangement, et ensuite on caryotype.

52
Q

Avantages du FISH?

A

-Cible des régions particulières à l’aide d’une ou plusieurs sondes
-Résolution de +/- 200 kb (taille de la sonde)
-Pas besoin de culture pour la technique de FISH interphasique (analyse sur noyaux)
-Permet d’obtenir des réponses rapides et ciblées
-Technique également « single-cell » permettant de voir chaque cellule indépendamment

53
Q

Désavantages du FISH?

A

-Besoin d’une culture cellulaire pour la technique de FISH métaphasique (analyse sur chromosomes)
-Besoin de savoir ce que l’on cherche
-Hybridation non spécifique possible
-Délétion de petite taille pouvant être manquée.

54
Q

Quelles est le seuil de détection du CGH?

A

seuil de détection 5kb

55
Q

Qu’est-ce que permet et ne permet par le CGH sur microplaques?

A

permet : Haute résolution et analyse pangénomique des variations du nombre de copies (CNV) (gain/perte)
Ne permet pas :
-de détecter les réarrangements chromosomiques (inversion, délétion, translocation)
- de détecter les altérations équilibrées en mosaique faible.

56
Q

Comment faire du CGH?

A

-Patient + ADN control marqué par fluorescence et mis en microarray
– ADN patient + control compétition pour s’attacher ou hybrider le microarray
– scanner mesure les fluorescences – analyse par logiciel

57
Q

Que détecte le CGH?

A

Détecte les CVN qui peuvent avoir un impact neutre, être pathologique ou être de signification clinique incertaine (VUS)

58
Q

Est-ce préférable ou pas d’avoir des VUS?

A

-Préférable de pas avoir de VUS

59
Q

Qu’est-ce que des CVN VUS?

A

-cible gène connu mais n’ont pas des les mécanismes classiques
-cible gène non répertorié dont les fonctions corrèlent avec phénotypes rapportés
-pas de gène fonctionnel important, etc…
-De ce fait, CGH peut permettre des trouvailles fortuites.

60
Q

Dans qu’elle situation utiliser le CGH?

A

Utilisé pour le volet pédiatrique seulement et non hématologique.
-Pour tumeurs pédiatriques avec débalancement génique connu et pronostiques
-Fortement recommandé pour la prise en charge d’un retard mental, d’un trouble de spectre de l’autisme et retard dans le développement.

61
Q

Que cause la délétion du 22q? Quel test sera demandé?

A

CGH sera demandé comme premier test.

-Maladies très variables et cause majoritairement des malformations cardiaques
-absence de thymus
-hypoparathyroidisme
-malformation cardiaque congénitale
-fente palatine
-hypotonie fréquente
-anomalies de reins
-déficit intellectuel)

62
Q

Avantages du CGH?

A

Analyse pangénomique de haute résolution (qq kb à centaines de kb, selon la disposition des oligonucléotides)
-Indépendant de la culture des chromosomes (analyse de l’ADN directement)
-Petite quantité d’ADN nécessaire
-Impact clinique puissant de la CGH en constitutionnelle.

63
Q

Inconvénients du CGH

A

-Peu d’impact clinique en cancers hématologiques.
-Ne surpasse pas encore le bon vieux caryotype et le FISH
-Ne détecte pas les remaniements équilibrés (translocation, inversions: fréquents dans les hémopathies)
-Doit être combiné aux analyses traditionnelles
-Ne détecte pas la triploïdie ou tétraploïdie
-Ne montre pas les séquences répétées (centromère et hétérochromatine)
-Pas de visualisation directe
-détermine seulement si les régions sont en duplication ou délétion (positionnement dans le génome inconnu)
-Ne montre pas l’évolution clonale, ni le mosaïcisme faible (pool d’ADN)

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