Cours bases moléculaires Flashcards
Quel est le pourcentage qu’occupe l’exome dans l’ADN?
1,2%
Les régions codantes de l’ADN code pour environ combien de gènes?
20 000 gènes
Un gène contient l’information pour quoi?
- Protéine
- Molécule ARN fonctionnelle (miARN, ARNr, ARNt)
Quelles sont les différences entre le polymorphisme et la mutation?
Polymorphisme : variations retrouvées dans >1% de la population et ne cause généralement pas de maladie
Mutation : moins fréquent que polymorphisme et cause de maladie
Différencier mutation germinale et mutation somatique
Mutation germinale : présente dans toutes les cellules, souvent héritées mais peuvent survenir de novo
Mutation somatique : présente seulement dans quelques cellules différenciées, pas de transmission héréditaire
Quels sont les différents types de mutations ponctuelles?
- Silencieuse : même acide aminé codé
- Nonsense: arrête la transcription
- Missense : conservatrice (autre acide aminé mais similaire) et non-conservatrice (acide aminé totalement différent au niveau de la structure)
- Frame shift mutation
Quelles sont les différentes mutations à grande échelle? Donner des exemples pour chaque mutation et le cancer associé.
- Délétion : Rb- rétinoblastome
- CNV (copy number variant)
- Amplification : HER2- cancer du sein
- Réarrangement (fusion/translocation) : t(11;22) EWS/FLI1 - Sarcome d’Ewing
Quelles sont les différentes mutations à petite échelle? Donner des exemples pour chaque mutation et le cancer associé.
- Mutation ponctuelle (SNV) : KRAS - Cancer colorectal
- Insertion/Délétion (Indel) ; EGFR de l’exon 19 - Cancer du poumon
Quels sont les autres types de lésions génétiques?
- Aneuploidie
- MicroARN : régulation expression proto-oncogènes et gènes suppresseurs
- Modifications épigénétiques : méthylation d’ADN = inhiber gènes suppresseurs tumeurs et réparation ADN
Qu’est-ce qu’un biomarqueur?
Caractéristique qui est mesurée et évaluée de manière objective comme indicateur de processus biologiques normaux, de processus pathogènes ou de réponses pharmacologiques à une intervention thérapeutique
Quels sont les 4 types de biomarqueurs? Donner un exemple pour chaque biomarqueur
- Biomarqueur de prédisposition (BRCA1, BRCA2)
- Biomarqueur diagnostic (BCR-ABL : LMC)
- Biomarqueur pronostic : information sur le pronostic et risque de récidive (ER, PR : bon pronostic pour cancer du sein)
- Biomarqueur prédictif : prédiction sur réponse au traitement (HER2 : cancer du sein)
Quelles sont les 3 causes de mutation génétique?
- Agents environnementaux (carcinogènes)
- Héréditaire
- Spontanée : à chaque fois que les ¢ se divise = risque de mutation
Quelle est la différence entre les mutations conducteurs et passagers?
Driver mutations : mutations dans gènes de cancer → contribuent au développement ou progression cancer
Passenger mutations : mutations dans gènes autres généralement silencieuses/neutres, mais retrouvées en grande quantité dans cancers avec exposition carcinogène
Vrai ou faux. Il faut seulement une mutation pour la carcinogénèse.
Faux. Il faut une accumulation de mutations pour la carcinogénèse.
Quelles sont les 4 classes de gènes de cancer?
- Proto-oncogènes
- Gènes suppresseurs de tumeurs
- Gènes de l’apoptose
- Gènes de réparation de l’ADN
Vrai ou faux. L’hybridation in situ permet de détecter une mutation de petite taille.
Faux. De grande taille comme amplification, délétion, translocation
Quelles sont les différents types de sondes FISH?
- Gene-specific probe (ex : HER2)
- Centromeric probe*
- Telomeric probe*
- Chromosome-painting
*repetitive-sequence probes
Que regarde-t-on lors de la lecteur d’un FISH?
- Présence/absence signal cible (quantité)
- Distribution spatiale (localisation)
Quels sont les différents types de sondes pour les réarrangements chromosomiques?
- Sondes de séparation
- Sondes de fusion
Quel est le rôle du gène HER2 dans le cancer du sein?
Proto-oncogène
Donner un exemple pour chaque fonction des oncogènes.
Facteurs de croissance
Récepteurs pour facteur de croissance
Transducteurs de signaux
Facteurs de transcription nucléaire
Régulateurs cycle cellulaire
PDGF
HER2/neu, EGFR
RAS, RAF, ABL
MYC
Cycline et CDK
Quels sont les mécanisme d’activation des oncogènes? Donner un exemple lié à un cancer pour chaque mécanisme.
Mutation ponctuelle : KRAS : côlon
Amplification génique : HER2 : sein
Translocation : MYC : lymphome de Burkitt
Surexpression (boucle autocrine) : PDGF : glioblastome