Cours 9

Question 1

Vrai ou faux. On évalue l’expression d’un gène en
mesurant directement le niveau
d’ARN seulement.

Answer 1

Faux. des protéines aussi (protéomique)

Question 2

Quelles sont les étapes de la quantifiation de l’expression

Answer 2

1) Expression du gène X -> Amplification par PCR
OU
2) Identification de gènes exprimés simultanément (avec région du promoteur) -> Extraction d’ADN génomique
PUIS
- Digestion avec enzymes de restriction
-Clonage dans un vecteur d’expression qui contient le gène rapporteur
- Transformation (plasmidique ou chromosomique)
- Croissance dans différentes conditions
- Quantification de l’expression

Question 3

Quelles sont ls étapes de la mesure de la B-galactosidase?

Answer 3

• Ajuster la densité optique à 0.6 (DO 600 )
• Lyse de la culture bactérienne (v) (Z-buffer + chloroforme+ SDS)
• Ajout du substrat (ONPG)
• Incubation à 28 C
• Partir la minuterie (t)
• Arrêt de la réaction (Na2CO3) lorsque devient jaune
• Prendre la DO 550 et DO 420
• Calculer les unités de B-galactosidase

Question 4

Comment calculer les unités miller

Answer 4

1000 x (DO 420 – 1.75 x DO 550 ) /
(t x v x DO 600)

Question 5

Par quoi est produit la luciférase et comment réagit elle?

Answer 5

Lux(bact) et luc (mouche)

Luciférase + luciférine = Photon

Question 6

Vrai ou Faux. L’incorporation de la luciérase n’incorpore AUCUNE perturbation dans la cellule?

Answer 6

Vrai

Question 7

À quoi sert la GFP dans
A) Fusion de promoteur
B) l’ettiquette

Answer 7

A) Fusion de promoteur: pour mesurer l’expression génique

B) Etiquette (protéine hybride): Localisation cellulaire

Question 8

GFP, est elle:
A) stable ou instable
B) toxique ou non-toxique

Answer 8

Protéine stable, non-toxique

Question 9

À quoi peut servir le gène rapporteur? (3)

Answer 9

Déterminer le niveau d’expression
Déterminer la condition favorisant l’expression maximale
Déterminer la localisation

Question 10

Quelle sont les méthode d’analyse de l’expression génique de l’ARN?

Answer 10

• Northern Blot (10 ug)
• RT
• RT-PCR
• qRT-PCR (ng)
• Biopuce « microarray » (ug)
• RNA-Seq (1 fg)

Question 11

Quand utilise t on: RT, RT-PCR, qRT-PCR (6)

Answer 11

1. Quantité et qualité de l’ARN : reproductibilité et relevance biologique
2. Sans ADN ( DNA-free )
3. Pas d’inhibiteur co-purifié de la RT; Sans nucléase
4. Besoin de la séquence
5. Quelques gènes testés en simultanés
6. Normalisation problématique

Question 12

Aplication de la RT? (4)

Answer 12

Biologie moléculaire
Expression des gènes
Quantification
Diagnostic

Question 13

Que quoi consiste le transcriptome?

Answer 13

• Ensemble des ARN (ARNm, ARNt, ARNr, etc)

* Identification des gènes exprimés

Question 14

À quoi sert le transcriptome (3)?

Answer 14

– Caractériser la transcription
– Comparer la transcription
– Quantifier la transcription

Question 15

Quelles sont les 2 méthodes d’étude transcriptomique?

Answer 15

Micropuces

RNA-Seq

Question 16

Quels sont les avantages (1), les désavantages (3) des biopuces?

Answer 16

• Avantage
– Mesure simultanément l’expression de tous les gènes d’un organisme
• Désavantages
– Dégradation de l’ARN: courte 1/2 vie
– Marquage (plusieurs microgrammes de matériel)
– Interprétation

Question 17

Quels sont les types de biopuces?

Answer 17

– ORF (produit PCR - Hybridation)

– Oligonucléotide (amorce)

Question 18

Quelles sont les 3 manières de faire des biopuces (3 processus)

Answer 18

A) Genomic comparison: transcrire l’ADN, étiquetter, hybrider
B) Expression analysis: transcrire en ARN, RT, étiquetter, hybrider
C) Transposon site hybridization: Transcrire de la jonction, étiquetter, hybrider

Question 19

Associer:
A) Bioinformatique
B) Expression d’un gène bactérien durant l’infection
C) Expression de tous les gènes bactériens durant l’infection

1) fonction possible d’un gène (1/3 inconnu)
2) transcriptome
3) Rien sur son expression (ARN)
4) qRT-PCR

Answer 19

A) Bioinformatique

1) fonction possible d’un gène (1/3 inconnu)
3) Rien sur son expression (ARN)

B) Expression d’un gène bactérien durant l’infection
4) qRT-PCR

C) Expression de tous les gènes bactériens durant l’infection
2) transcriptome

Question 20

Comment peut on protéger de l’infection de macrophage

Answer 20

Gentamycine

Question 21

Quelles sont les applications de SCOTS (5)?

Answer 21

• Donne un aperçu de l’interaction hôte-pathogène
• Identification de gènes appropriés
• Méthode applicable à tout microorganisme
• Aucune nécessité de technique génétique spécialisée, libraries…
• Détecte l’expression de gènes à partir de peu de bactéries

Question 22

Quels sont les avantages de Rna-seq? (4)

Answer 22

1. Séquençage d’ARN à haut débit
2. Détecter la présence et la quantité de tous les ARN
3. Caractérise les différentes populations d’ARN: sRNA, ARN antisens régulation
4. Pas besoin de connaître le génome (microarray)

Question 23

Quelles sont ls 2 application de Rna-seq?

Answer 23

SNP (polymorphisme nucléotidique):
Découverte de mutation impliquée dans le cancer
*Gène différentiellement exprimé