Cours 4 Flashcards
Applications (4) des TAAN?
- Dx de mx héréditaires
- Médecine légale
- Classification des microorg
- Détection de pathogène
en médecine légale, que teste t on? A) Arn messagers B) on séquence tout le génome C) séquences satellites D) les introns E) les petits arn s
C) séquences satellites (STR)
Quelle est la particularité des pcr digital?
on compartimentalise les analyses afin que les séquences mutées soient plus facilement identifiables
Quelles sont les étapes d’une rep-pcr
- Les amorces de pcr amplifient plusiurs séquences répétées, réparties dans le génome
- Plusieurs fragments de tailles variables sont amplifiés
- Les fragments sont séparés par électrophorèse
- Création d’un profil unique avec plusieurs bandes d’intensité variables
Les arbres phylogénétiques bactériens sont classifiés grâce à quel type de séquence?
16S
Coqueluche, quelle sont les 2 bactéries causant cette infection?
Bordetella pertussis et parapertussis
La recherche de la coqueluche se fait sur quel type d'échantillon A) Naso-pharyngée B) Pharyngée C) Nasale D) Selles
A) Nasopharyngée
Incubation de la cutlure pour la coqueluche pour combien de temps: A) 24h B) 2-3 jours C) 7-10 jours D) 2 semaines à 35 degrés
C) 7-10 jours
Amorce:
A) Quelle longueur
B) Quel % de GC
C) Température, temp de différence
Sonde
D) Longueur
E) % GC
F) Température
Amplicon
G) Longueur
H) %GC
A) 18-30 bases
B) 30-80%
C) 55-60 C et différence de 4C
D) 18-30 bases
E) 30-80 %
F)8-10C au dessus de la température des amorces
G) 80-120 bases
H) 30-80%, idéalement 40-60%
Que faut il éviter en produisant des amorces? (5)
1 - éviter les mésappariement entre l’amorce et la cible
2 - éviter les suites nucléotidiques identiques (surtout plus de 2G ou C en 3’
3 - éviter le T en 3’ de l’amorce (favorise le mésappariement)
4 - éviter les structures secondaires
5 - vérifier les séquences dans BLAST
Que faut il éviter en produisant des sondes? (3)
1 - éviter les structures secondaires
2 - éviter les suites de nucléo, surtout, plus de 3G
3 - éviter le G en 5’ de la sonde (peut agir comme quencher de pls fluorophores)
Quelle est la cible de détection la plus efficace pour bordetella pertussis? A) toxine pertussique (promoteur) B) gène de la porine C) adénylate cyclase D) IS 481
D) IS481
Quel est le problème avec la détection de IS 481?
Séquence similaire avec B. holmesii aussi
Que se passe t il si:
A) IS481 +, hls1001+
B) IS481+, IS1001+
C) recA+
A) B. pertussis et holmessi (résultat à confirmer)
B) B pertussis et parapertussis
C) Toxine pour holmesii positive
Quelles sont les bactéries les plus fréquentes trouvées dans l’arthrite septique et empyèmes?
K kingae
S aureus
Strep pneumo, pyogenes, agalactiae
