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Bio mol complément > Cours 1 > Flashcards

Cours 1 Flashcards

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Biology 101 flashcards
1
Q

Pourquoi extraire un ADN? (3)

A
  1. Isoler une gène
  2. Cloner un gène
  3. Déterminer la séq nucléo du génome d’un microorg (identifier ses gènes)
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Q

Extraction de l’ADN:

Que fait les lysosymes?

A

dégrade le peptidoglycan

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3
Q

Extraction de l’ADN:

Que fait le SDS?

A

dissout les lipides de la membranes cellulaire

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4
Q

Extraction de l’ADN:

Que fait l’EDTA?

A

(G-) agent chélateur qui élimine les ions métalliques qui retiennent les composantes de la membrane externe

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5
Q

Pourquoi centrifuger après avoir ajouté: lysosymes, SDS, EDTA?

A

Récupération d’un culot d’ADN et autres produits de haut poids moléculaire. Les autres composantes demeurent en solution.

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6
Q

Pourquoi et avec quoi avons nous remplacé le phénol?

A

Car il devenait toxique. Remplacé par une colonne de résine qui lie l’adn mais pas les autres composants moléculaires

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7
Q

Vrai ou faux,

La silice lie l’ADN à haut pH et haute concentration de sels.

A

Faux.

ADN lié à bas pH et haute concentration de sel par la silice.

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8
Q

Comment fonctionne une résine échangeuse d’anions

A

La résine est + et lie l’ADN par son phosphate négatif. Les liaisons se font donc à basse concentration de sel, et l’ADN est élué par une augmentation de sel qui défont les liens ioniques.

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9
Q

Que fait la ribonucléase?

A

Dégrade l’ARN en petits oligonucléotides, laisse les macromolécules d’ADN intactes (doit être très pure)

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10
Q

À quoi sert la précipitation à l’alcool?

A

Précipite les larges molécules, comme les longues chaînes d’ADN, les petites molécules d’ARN restent en solution.

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11
Q

Si les étapes précédentes à la précipitation à l’alcool ne sont pas faites (ou mal faites), que peut-il arriver?

A

L’alcool précipite les gros hydrates de carbone, ainsi, les protéines peuvent aussi précipiter. Il est donc important d’éliminer les débris cellulaires avant.

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12
Q

À quoi sert les sels chaotrophiques?

A

Crée un environnement hydrophobe, favorise l’attachement de l’adn à la membrane de silice.

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13
Q

Quelle est la méthode de visualisation la plus utilisée en bio mol?

A

Électrophorèse

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14
Q

Vrai ou Faux. L’électrophorèse:
A) Sépare et purifie les fragments d’adn seulement
B) Séparation de molécule en fonction de la charge et de la taille
C) L’adn va migrer vers le pôle négatif
D) le nombre de charge par unité de longueur dépend de la taille

A

A) Faux, ADN, ARN, protéines
B) Vrai
C) Faux, avec sa charge négative, il migrera vers le pôle +
D) Faux, tous les fragments d’adn, peut importe leur charge ont le même nombre de charge par untié de longueur

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15
Q

Vrai ou Faux. Les plus petits fragments d’adn (+- 100 nucléos) sont séparés sur gel de polyacrylamide.

A

Vrai. Tandis que les plus gros sur gel d’agarose

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16
Q

Après avoir fait miger l’adn sur le gel, comment fait-on pour voir les résultats?

A

Utilisation d’un intercaleur d’adn, le bromure d’éthidium. Le gel est photographié sous une lampe UV.

17
Q

Deux utilisations de l’électroporèse?

A
  1. Purifier

2. Déterminer la taille (avec un étalon)

18
Q

Différence de nombre de base testables, sur l’agarose, le polyacrilamide et le PFGE (champ pulsé)?

A

Agarose: 200pb - 50kb
Polyacrylamide: 5-1000 pb
PFGE: 10kb - 10 mb

19
Q

Vrai ou Faux. Dans le PFGE: Le champ d’électrode est disposé à 70 degrés en pentagone

A

Faux, 120 degrés, en hexagone

20
Q

Comment détecter des cassures du chromosomes du à des dommages, sur un gel?

A

La bactérie pousse dans un milieu radioactif. Des cassures sont produites. Si l’ADN est réparé, il est trop gros et ne migre pas, autrement, il migrera sur gel.

21
Q

Vrai ou faux. Le DGGE
A) Sépare les molécules selon leur couleur préférée
B) C’est une combinaison entre dénaturation et électrophorèse
C) Fonctionne avec les petites et les grandes molécules

A

A) Faux. Les molécules sont séparées selon leur séquence nucléotidique, même avec un nucléo de différence dans leur séquence
B) Vrai
C) Faux, seulment quelques centaines de pb

22
Q

Quel est le fonctionnement du DGGE (principe général)?

A

L’adn est dénaturé, ce qui provoque l’ouverture des brins -> molécules plus longue, sera plus enchevêtrée dans le gel.
La température de dénaturation dépend de la séquence nucléotidique, si plus riche en AT, se dénaturera plus vite. Le profil de dénaturation muté sera différent de celui du profil sauvage.

23
Q

Quelles sont les deux méthodes de dénaturation?

A
  1. Température constante (50-60)

2. Urée et formamide (dénat chimique)

24
Q

Quelle est la différence entre des dgge perpendiculaire et parallèle?

A

Parallèle: donne des bandes à des positions uniques

Perpendiculaire: gradient cause une série de bande sigmoidale. C’est un long puits au lieu de puits individuels

25
Q

Quelques situations ou le DGGE a été utilisée, des exemples?

A
  1. Gène BRCA 1-2
  2. Étude de variabilité des liens génétiques
  3. PCR + DGGE: utile pour analyser la relation phylgénétique de populations microbiennes sans que la culture ne soit nécessaire
26
Q

Vrai ou Faux.

La synthèse artificielle d’adn par des compagnies est utile pour étudier les mutations

A

Aucune idée, mais dans le cours, la synthèse artificielle d’adn par des compagnies est utilisée comme sonde d’hydridation, amorce de pcr et séquençage

27
Q

Dans quel sens est la synthèse chimique 5’ -> 3’ ou l’inverse

A

5’ vers 3’ c’est la sythèse biologique, la synthèse chimique va dans le sens contraire (3’ vers 5’)

28
Q

Problème: dans la synthèse chimique, les nucléo ont deux cotés, 2 groupes hydroxyls disponibles. Comment faire pour s’assurer que la synthèse se fait du bon côté?

A

On bloque la partie 5’ avec un DMT et la partie 3’ activée par phosphoramidite.

29
Q

Au final, après la synthèse chimique, a t on des nucléotides triphosphates?

A

Nope, un nucléo phosphoramidite

30
Q

À quoi sert un spacer?

A

À empêcher les autres nucléo de se fixer sur le support

31
Q

A) Quel est le ratio ADN pur en absorbance de lumière? B) Que se passe t il s’il y a trop de protéines
C) trop d’arn
D) ordre d’absorbance pour de l’adn en nucléo libres, double brin, simple brin

A

A) 260/280, soit 1.8
B) <1.8
C) > 1.8
D) db < sb < nucléo libres

Bio mol complément (10 decks)

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