Cours 9 Flashcards
Qu’est-ce que la traduction ?
Info ARNm -> séquences linéaires AA.
Vrai ou faux : la traduction est peu énergivore.
Faux : elle demande 80% de l’énergie des cells bact. Le plus coûteux pour les cells en général à cause que ça demande l’action coordonnée de + 100 prots/ARN.
Quelle est la machinerie de la trad ?
ARNm : matrice série de 3 nt = codons détermine ordre des AA.
ARNt : transporte AA et reconnait codons ARNm.
Aminoacyl-ARNt synthétases : lier AA aux ARNt spécifiques !!!
Ribosomes : Très gros, prots et ARN, coordonne reconnaissance de ARNm par ARNt + catalyse liens pept.
Qu’est-ce que le cadre de lecture ouvert ? (Open Reading Frame ORF)
Ordre de lecture avec un codon d’initiation (= AA met enlevé souvent après par fractionnement) et un codon stop qui donne un polypeptide. Détermine l’ordre des AA…
Quel est le codon d’initiation chez les eucaryotes ? Qu’est-ce qu’il permet ?
5’-AUG-3’. Permet de définir le cadre de lecture.
Vrai ou faux : la traduction se fait de 3’-5’.
Faux : contraire.
Quels sont les codons stop ? Qu’est-ce qu’ils font ?
5’-UAG-3’, 5’-UGA-3’, 5’-UAA-3’. Indique fin trad.
Vrai ou faux : en général, on peut avoir plusieurs cadres de lecture.
Faux : un seul correct le plus souvent.
Que veut dire monocistronique ?
Un seul ORF par ARNm = donne un seul polypept. Sinon ce sont des polycis comme l’opéron lac si on se souvient.
À quoi sert la coiffe 5’ dans la traduction ?
Recrute le ribosme.
Qu’y a-t-il comme nt en amont/en aval du codon d’initiation ? À quoi servent-ils ?
G/A amont + G aval = augmente efficacité de trad (séq de Kozak).
À quoi sert la queue poly-A dans la trad ?
Favorise recyclage ribosomes.
Quelle est l’extrémité 3’ des ARNt ? À quoi sert-il ?
TRÈS conservé = CAA (bras accepteur).
Quelles sont les bases inhabituelles de l’ARNt ? À quoi servent-elles ?
Pseydouridine/dihydrouridine. On sait pas trop pourquoi mais absenxe = vitesse de croissance réduite.
Quelle est la structure de l’ARNt ?
En feuille de trèfle/forme réelle en L. Bras CCA accepteur en haut, boucle D (dihydrouridine) à gauche et boucle pseudoU à droite. Boucle de l’anticodon en bas et boucle variable au sud-est 3/21 nt.
Les aminoacyl-ARNt synthétases sont spécifiques à quoi ?
Spécifique pour un ARNt + pour un AA.
Que font les aminoacyl-ARNt synthétases ?
Chargent des AA spécifiques sur des ARNt spécifiques (en 2 étapes = adénylylation transfert AMP sur l’AA + chargement de ce dernier sur ARNt (juste AA = reste AMP seul - créé une liaison riche en E entre AA et ARNt.))
Combien d’aminoacyl-ARNt synthétases par codon ?
Un seul ! 6 ARNt pour mettons 6 codons de la sérine mais une seule aminoacyl-ARNt synthétase charge la sérine sur tous les ARNt de la sérine = spécifique pour l’AA.
Combien y a-t-il de aminoacyl-ARNt synthétases en tout ?
20 = 1/AA.
Comment on note les aminoacyl-ARNt synthétases (nomenclature) ?
acide aminé-ARNt^codon reconnu
Aussi XRS - X = AA correspondant.
Quelles sont les deux classes d’aminoacyl-ARNt synthétases ?
II = attache AA au OH en 3’ de l’ARNt (=dimère/tétramère)
I = en 2’ (monomère/dimère)
Quelle est la structure à peu près des aminoacyl-ARNt synthétases ?
Classe I : Rossmann fold = feuillets bêta en sandwich par hélices alpha.
Classe II : 7 feuilles bêta…
En tout cas les structures cont connues.
Que permet la base discriminante du bras accepteur ?
Spécificité des aminoacyl-ARNt synthétases pour un ARNt. Certaines aminoacyl-ARNt synthétases reconnaissent leurs ARNt cibles en fonction de la séquence présente dans la tige accepteur (région où l’acide aminé est fixé). Une seule base peut parfois suffire à discriminer entre deux ARNt proches.
Vrai ou faux : il y a plusieurs points de contacts entre la ARNt synthétases et l’ARNt dont l’extrémité 3’ qui permet la spécificité des ARNt synthétases.
Vrai.
Comment l’ARNt synthétase peut-elle être si précise (-1/1000 erreurs dans le choix de ses AA) ?
Discrimine grâce aux différences structurales des AA p. ex : OH de la Tyr VS pas chez la Phe, encombrement stérique isoleucine = plus long d’un CH3 que valine.
Seules les différences structurales peuvent-elles assurer la grande fidélité ?
Non, erreur de 1% quand même.
Qu’est-ce que la poche d’édition ? Qu’est-ce qu’elle permet ?
À côté de cavité catalytique (attache d’AA à ARNt) = poche d’édition = hydrolyse de certains AMP-AA en AA. Par exemple, isoleucine peut pas entrer dans la poche d’édition de l’isoleucine-ARNt synthétase qui charge les isoleucines sur les ARNt à isoleucines, car trop grosses = ne seront pas hydrolysées = ça marche :) peut être mis dans le polypeptide mettons.
Augmente fidélité : erreur 0,01% !
Vrai ou faux : le ribosome fait la différence entre les ARNt incorrectement chagés.
Faux : le seul critère pour charger l’AA c’est la bonne interaction codon-anticodon. D’où l’importance de la fidélité des ARNt synthétases.
Le ribosome est-il plus gros ou plus petit que les ADN pol ? Plus ou moins rapide ?
Plus gros (millions de dalton !)
Moins rapide quand même à peu près 6-12 nt (2-4AA)/sec contre 200-1000 pour synthèse ADN.
Comment on sépare les composantes du ribosome ?
Ultracentrifugation allant à 100 000 G = migre selon masse moléculaire.
Quelles sont les tailles des sous-u du ribosome ?
Surtout les ARNr (2/3) ss u 40S/60S eucaryotes, 30S/50S procaryotes. Prots aussi mais moins important en masse.
Comment se lient les acides aminés à la chaine de polypeptides (cycle du ribosome) ?
ARNt iniiateur lit codon d’initiation avec met, en se mettant uniquement sur la petite sous-u ribosomique. La grande s’ajoute. Un deuxième ARNt se met et lecture de l’ARNm jusqu’au codon stop. Tout se détache.
Vrai ou faux : pour un ARNm, c’est un ribosome à la fois qui le traduit.
Faux ! Plusieurs en même temps. (polyribosome/polysome) = 1/80 nt d’ARNm, très actifs.
Quels sont les sites du ribosome ?
- Site A : aminoacyl-ARNt (gr amine attaque)
- Site P : peptidyl-ARNt (peptide en croissance)
- Site E : exit (sortie)
A et P se rejoignent pour l’attaque du AA site A sur le peptide au site P.
Le peptide se fait transférer du peptidyl-ARNt site P au AA du site A (aminoacyl-ARNt lorsque les extrémités 3’ sont mises en contact. Qui attaque qui ?
Amine de l’AA aminoacyl-ARNt -> sur carbonyl peptidyl-ARNt
Quelles parties de l’ARNt sont-elles mises en contact durant la formation du lien peptidique ?
Les extrémités 3’ = bras CCA-3’ = transfert du peptide du site P vers ARNt site A.
Quels sont les types de molécules des centres peptidyltransférases dans les ribosomes ?
ARNr - le reste (protéines) = en périphérie. La liaison de l’ARNt se fait dans un canal
à l’interface d’entre les deux sous-unités du ribosome. Grande = centre peptidyltransférase !!! alors que petite = centre de décodage !!!!!!
Où passe l’ARNm (simple brin) ?
Dans le tunnel étroit de la petite sous-unité.
Pourquoi y a-t-il un angle entre les codons du site A et P ?
Empêche accès ARNt aux codons des autres sites, de transférer/bouger spontanément.
Vrai ou faux : la structure secondaire (hélice alpha ou feuillet bêta) sera déjà acquise dans le ribosome.
Faux : le tunnel de sortie du polypeptide permet juste à des hélices alpha, plus étroites, de passer. (Paroi chargée - !)
Comment fonctionne l’initiation de la traduction ?
+++ prots chez eucaryotes :
- elF4E reconnait coiffe 5’
- Liaison elF4G/A à ARNm
- Liaison elF4G + E
- Liaison elF4B = stimule activité hélicase elF4A = enlève structures sec ARNm sb.
Sur petite sous u :
- 4 facteurs se lient (elF1/1A/3/5)
- ARNt initiateur dnas site P par elF2-GTP (***** savoir GTP important !!!!!)
- Formation compplexe préinitiation 43S quand tout est installé.
Recrute petite ss u ribosome sur ARNm !!!!! + interact tous les facteurs nommés = complexe préini 48S (43S + ARNm).
- Recherche par balayage petite sous u codon initiation stiumulé par hélicase A.
- Quand bon codon = appariement bases de l’ARNt (anticodon) qui est au site P -> modifie complexe 43S par modif conform elF5 -> stimule hydrolyse GTP elF2-GTP (*****) -> dissociation facteurs 1/2/3/4B/5 + liaison B-GTP à ARNt ini.
- Stimule association ss u 40/60S = liaison 60S
- Stimule hydrolyse GTP par B + sa dissociation avec A.
Prêt à élongation (ARNt dans site A!!!)
