Cours 1 Flashcards
Que croient les grecs
À la pangénèse (= échange particules invisibles rapports sexuels (ongles, cheveux, tendons…) qui forment en gros l’embryon.
Quel est le modèle de Gregor Mendel et qu’y découvre-t-il ?
Le pois : facteurs (gènes) se transmettent aux gén suivantes (+ gènes dominants/récessifs)
Qu’écrit Darwin et de quoi ça parle ?
L’origine des espèces, les gènes qui confèrent des avantages sont plus transmis aux gén suivantes (+ dépend de la capacité de reproduction ! + rapide = transmis plus rapidement et de plus en plus…)
Que croient les victoriens
Que la théorie de Darwin s’applique aux humains, que les vertus et les vices se transmettent autant et que vu que les gens inférieurs se reproduisent plus vite, que l’humanité est voué à sa perte.
Que créé Galton et qu’est-ce
Le mouvement eugéniste : un idéal humain déterminé où on oriente/dirige l’évolution humaine, on créé une race d’homme meilleure sur plusieurs générations.
Que fait Davenport dans tout ça ?
Il est le genre de représentant eugéniste aux US, recueille des infos dans les arbres généalogiques des gens comme juste l’épilepsie et la criminalité et c’est un peu moyen les conséquences de ça :(
Grant lui ? Il a fait quoi dans ce désastre ? (Publie quoi…)
Publie le déclin de la grande race (aussi USA) - prône l’élimination des éléments (humains) indésirables (il dit carrément de stériliser les gens là)
Hitler s’inspire de qui et ça donne quoi ?
Grant et son livre - instaure la stérilisation et puis l’euthanasie des gens surtout handicapés, juifs… parce que c’était des bouches inutiles.
Watson s’inspire de qui, de quoi ?
Schrodinger, son livre QU’EST-ce que la vie qui dit que les infos gén sont contenues dans le matériau moléculaire des chromosomes
Qui invente le mot gène ? Ça vient de qui, de quoi ?
Wilhelm Johannsen, ça vient de pangène (organite de toutes les cells) de Hugo de Vries
Avant de connaitre l’ADN, dans quelles molécules on pensait que l’info gén était ?
Prots
1930, sait quoi sur l’ADN ?
Que c’est une molécule qui a 4 bases différentes
1930, qu’est-ce qu’on sait PAS sur l’ADN ?
Comment les bases sont liées entre elles, et si les séquences peuvent varier.
Quelle méthode utilise Wilkins pour découvrir quelle forme de l’ADN ?
Diffraction aux rayons X, pour découvrir la forme A (contenu en eau très faible)
Que nous dit la photo de Wilkins sur l’ADN (forme A) - quel modèle privilège-t-il avec ses connaissances-là
Les motifs sont précis, nombreux. Donc les séquences des bases sont constantes ? Pas de variations ? Il croit aussi à plusieurs hélices (3 hahaha loser) + (Watson/Crick s’inspirent de lui pour modèle 3 brins + une armature interne encore plus loser).
Rosalind Franklin = génie. Qu’est-ce qu’elle a dit ?
Contenu en eau de l’ADN rend impossible l’armature interne, pis elle prend sa photo de la forme B de l’ADN (conditions physio - par rayons X aussi mais elle est bien plus douée) = croix donc structure hélicoïdal, 2 chaînes. Cette génie arrive même à se dire que des liens H maintiennent les bases ensemble (AT/GC) = les bases doivent être au centre, prouve encore + !!!
Les bases azotées sont accessibles par où ?
Par le petit ou le grand sillon.
Quels sont les liens pour la formation d’UN nucléotide ?
1’(sur le)sucre+base azotée = lien glycosyle
5’(sur le)sucre+phosphate = phosphoesther
Quel est le lien entre les nucléotides ?
Phosphidiesther (3’sucre d’un avec le phosphate 5’ de l’autre)
Pour des appariements Watson-Crick, dans quel état doivent être les bases ?
État tautomériques préférentiels
Quel est l’état tautomérique préférentiel des bases ?
Amino pour AC (vs imino = pas préférentiel)
Céto pour GT (vs énol)
L’orientation des deux brins entre eux sera comment ?
Antiparallèle
Que favorisent les liens H
La stabilité thermodynamique des deux chaines par : 1. L’entropie, chaque lien H de chaque paire de bases était en fait un ancien lien H avec de l’eau, qui a été chassée lorsque la liaison des deux chaine a eu lieu (hybridation), donc ça crée de l’entropie qui stabilise la double hélice.
2. L’empilement des bases qui sont planes et hydrophobes = augmente l’interaction des nuages électroniques.
3. Les interactions hydrophiles (reste à l’extérieur en contact avec l’eau)/hydrophobes (préfère le centre, veut jamais se prononcer si ils sont de droite ou de gauche franchement:() = colle double hélice.
La spécificité d’appariement : AC ensemble = on colle des donneurs d’H+ ensemble et des receveurs d’H+ aussi ensemble, ça marche pas du tout.
Le pivotement des bases, c’est que les bases peuvent ressortir de la double hélice. C’est fait par quoi ? Et ça va servir de quoi ? Pour vivre quelles modifications ?
C’est fait par des protéines qui balaient l’ADN et cherchent des homologies/lésions en retournant base après base (= enzyme de restriction d’ailleurs)
Ça devient des ligants pour enzymes qui vont Méthyler les bases, recombiner homologue ou réparer l’ADN.
Qu’est-ce qui induit le petit/grand sillon ?
L’angle entre les deux sucres de chaque pair = 120 (petit) ou 240 (grand) degrés.
Quel sillon contient plus d’infos ?
Grand, permet de faire la différence entre AT et TA/CG et GC ce que le petit sillon ne permet pas.
Donne les infos de ADN A
Quand peu d’eau, 11pb/tour, pas de 2,46nm, à droite, sucres en conformation anti uniquement et PETIT sillon + large et - profond, GRAND sillon + étroit (contrintuitif vs l’ADN B)
Donne les infos de l’ADN B
Conditions physio, 10 pb/tour, pas de 3,32nm, à droite, juste anti aussi.
Qu’est-ce que le vrillage des hélices en avion ?
C’est un phénomène qui va permettre de changer localement le nombre de pb/tour ou la largeur des sillons.
Donne les infos de l’ADN Z
Répétitions d’unités purines/pyrimidines (GCGCGCGCGCGCGC…), étiré, grand sillon applatie/surface, petit sillon mega étroit et profond, 12 pb/tour (c’est contrintuitif mais en gros c’est à cause d’une espèce de forme de zigzag), pas de 4,56nm et à gauche, anti pour pyrimidines CT, syn pour purines AG.
Comment la forme Z est possible in vitro ? In vivo ?
In vitro = avec plein d’ions +.
In vivo = moyen possible on en repère un peuuu peu après des promoteurs (30pb après) + fait pas de nucléosomes.
À température élevée, ou pH, qu’est-ce que fait l’ADN ?
Se dénature/se sépare. Sinon s’hybride/se réassocie.
Qu’est-ce que la Tm et qu’est-ce qui l’influence ?
Température quand la moitié de l’ADN est dénaturée/séparée. Cela augmente d’ailleurs l’absorbance à 260nm parce que le simple brin absorbe plus (=hétérochromicité). C’est augmenté quand + de GC (+ de liaisons H) et quand force ionique plus élevée, car masque les - des phosphates qui vont moins se repousser = moins facile de les séparer = demande plus d’Énergie = + de chaleur.
C’est quoi Lk
Nombre d’enlacement = nb fois qu’un ADNccc passe au travers de l’autre pour être séparé.
Lk = ? + ? Et définition de chacun
Tw = nombre de torsions, de fois que un brin passe par dessus l’autre, dans l’ADN, c’est positif quand par la droite.
+
Wr = supertours = axe longitudinal qui s’entrecroise. Plectonémique = enroulement axe longitudinal sur lui-même ; Toroïdal = autour cylindre imaginaire.
À quoi sert le Dnasel ?
Clive un brin d’ADN (quand ADNccc = le relâche car les 2 brins tournent un autour de l’autre = élimine surenroul. + ou -)
Qu’est-ce que le surenroul négatif
Une forme d’emmagasinage d’E libre dispo pour faciliter la séparation des 2 brins (utile pour réplic/transcr.)
Le nucléosome introduit un surenroulement …
négatif (à gauche) = 2 tours (146 pb) autour d’histones.
Donne les infos de topoisomérase I
Pas d’ATP, change Lk facteur + OU - 1, coupe un seul brin et passe l’autre au travers, ferme la cassure.
Donne les infos de topo II
Demande de l’ATP, coupe 2 brins, passe 2 autres brins entre et referme en faisant 2 liens phosphodiesthers. Change Lk facteur + OU - 2.
Quelle topo aide réplication ADN plasmidique
Haha c’était les 2 j’ai pas mis au pluriel (topo I + II)
Quelle topo aide la séparation des chromatides soeurs/faire ou défaire des noeuds ?
II
Quel est le mécanisme d’action de la topo en général ?
Tyrosine (du site actif de topo…) ATTAQUE lien phosphidiesther, est donc lié = groupe phosphotyrosyle qui a l’Énergie que le lien phosphodiesther avait !!! Conservation d’énergie pensez votre cours de physique 1. Bon, passe au travers par le pont enzymatique qui s’est formé et donc utilise l’énergie gardée pour ressouder, libère la topo en échange.
Ordre - loin à + loin en électrophorèse : circulaire relâché, linéaire, +++ de supertours
C’est pas mal en ordre déjà. + De supertours = + compact = va plus loin.
Que fait l’éthidium
Détord localement de 36 à 10 degrés rotation d’une pb à l’autre = déroule linéaire, relâche ADNccc mais modifie pas l’enlacement (va faire des supertours pour compenser le détordement par exemple)
3 différences de l’ARN p/r ADN
Ribose, uracile, monocathénaire
5 types ARN + rôle
ARNm = info génétique pour faire prots (depuis gène de l’ADN)
ARNt = adaptateur entre codonc ARNm et AA
ARNr = fait ribosomes
microARN = régulation
ARN ribozymes = enzymes dont ARNr peuvent faire partie.
3 types de tige-boucle
Épingle à cheveux, hernies, simples boucles
Séquence tétraboucle
C(UUCG)G = très stable car empilement = interact pi-pi.
Forte tendance à l’auto-appariement due à quoi ?
Bases G-U non-Watson-Crick
Qu’est-ce que les pseudo-noeuds
interact hélicoïdale 3 segments complémentaires non-contigus du même ARN
Pourquoi les triplets UAU peuvent apparaitre
ARN est débarrassée des contraintes de la longue double-hélice
Que sont les critères des enzymes
Site actif, site fixation substrat + cofacteur
Quel est le premier ribozyme découvert + son rôle
Rnase P = ARNt (et ARNr 5S) à partir précurseur. Partie protéique pas catalyse, mais aide en masquant charges - des phosphates.
Que sont les viroïdes ?
Agent subviral pas d’enveloppe ni capside. Juste un ARN circulaire 250-400 pb avec génome en bâtonnet.
Se produit en faisant une longue molécule d’ARN qui contient plein de viroïdes. Une séquence coupe à chaque point de clivage = tête de marteau (ribozyme) = 3 tyges autour de nt non-hélicoïdaux.
À pH élevé on sait que les 2’OH se déprotonnent (2’O-) = attaque nucléophile phosphate 3’ adjacent = coupe ARN donc on a une extrémité 5’OH libre et 2’-3’P cyclique sur l’autre.
In vivo on sait pas, mais ça fait aussi 2’-3’P libre.
Le ribozyme fait une seule coupe.
