Cours 6 Flashcards
L’ADN chez les eucaryotes est surtout compact (nucléosomes). Qu’est-ce qui décompacte l’ADN ? En quoi c’est un problème ?
Des protéines régulatrices, et c’est un problème parce que la machinerie de transcription n’a pas accès à tous les gènes à transcrire.
Vrai ou faux : les eucaryotes ont moins de séquences régulatrices car les éléments régulateurs sont plus efficaces que chez les procaryotes.
Faux, il y en a plus et ils sont souvent plus éloignés d’ailleurs (+1000 avant ou après).
Comment fonctionnent les enhancers (leurs séquences ressemblent à quoi ? À quelle distance agissent-ils ?)
Un enhancer, c’est plusieurs sites, sous forme d’une unité. (C’est une séquence d’ADN sur lequel se lie un/des activateurs !) Ils agissent à distance, à l’endroit, à l’envers, un peu partout… fait intervenir des boucles pour se rapprocher des endroits spécifiques.
Comment empêcher que les enhancers agissent sur tous les gènes du monde comme ils agissent de loin ?
Ajout d’isolateurs ou d’éléments frontière. Empêche, en gros, l’onde d’activation d’aller plus loin que l’isolateur (comme un grand mur US-Mexique mais plus efficace tabarouette Mélo j’essaie de me trouver des images mais là c’est peut-être exagéré).
Vrai ou faux : tous les eucaryotes ont des caractéristiques de régulation (machinerie, modificateurs, …) similaires.
Vrai ! Ils vivent tous à peu près les mêmes contraintes (compactage en nucléosomes…) donc c’est assez similaire. On étudie beaucoup la levure, par exemple, eucaryote et ça nous donne beaucoup de réponses/d’infos (répresseurs/activateurs) pour nous !
Vrai ou faux : le domaine de liaison à l’ADN est le même que celui d’activation chez les activateurs.
Faux, il est différent !
Le 1/3 N-term représente le domaine de liaison DLA et se lie spécifiquement. Si on le change, il se lie ailleurs. Si on enlève le domaine d’activation, il se lie mais fait rien.
Le 3/4 (les fractions marchent moyen mais t’inquiète c’est le principe) C-term représente le domaine d’activation DA et si on le change, il pourra effectuer une autre action (activer sur un pied de répresseur ou répresser sur un pied d’activateur)
D’ailleurs on peut mêler les activateurs bactériens et eucaryotes, ils sont très similaires.
Dis-moi comment fonctionne Gal4 vite fait chez la levure.
Il se lie à 4 sites 275 pb avant gène GAL1 et quand il y a du galactose, active 1000x (les expériences sont faites à partir d’elle !)
Quand mis sur un pied de répresseur bactérien (LexA déjà vu!), il active tout de même la transcription!
Les régulateurs bactériens lient l’ADN sous quelle forme ?
Dimères (homo ou hétéro pas de discrimination).
Une hélice s’insère dans grand sillon, l’autre contact avec les arêtes/squelette.
La plupart sous forme d’hélice-coude-hélice HCH (DLA !!!! DA = autre structure moins définie.)
Qui a caractérisé la structure HCH ?
McKay et Steitz (1981)
Pabo et Lewis (1982 nul)
Vrai ou faux : chez les eucaryotes, les DLA sont seulement sous la forme d’homodimères.
Faux, plusieurs hétérodimères et parfois même monomères.
Qu’est-ce que les protéines à homéodomaine ? Comment fonctionnent-elles ?
DLA type HCH similaire aux bactéries, mais retrouvés chez eucaryotes (drosophile - embryogenèse).
Homéodomaine = 60 AA très conservés, séquence = TAATNN. Elles peuvent être activatrices ou répressives selon la séquence liée.
Qu’est-ce que les domaines en doigt à zinc ? Comment fonctionnent-elles ?
PLUS COMMUN, TFIIIA = identification première.
30 AA avec 2 cystéine + 12 AA entre + 2 histidines qui lient sous forme de doigts le zinc (sans zinc, ça se défait.)
Des AA basiques et hydrophobes sont beaucoup conservés sur les 30 AA d’un doigt.
La forme globale est 2 barreaux bêta antiparallèle + hélice alpha. Les résidus cys et his sont sur ces structures et forment UN doigt.
Ex : Sp1 = activateur avec 3 doigts = 90 AA (peut-être séparés un peu là) et 3 zinc !!!!!!
Quel autre domaine DLA utilise le zinc ?
4 cys lient 1 zinc et ça ressemble à HCH.
Ex : Récepteur glucocorticoïdes = 2x (4 cys + 1 Zn).
Qu’est-ce que la fermeture à glissière de leucines ? Comment fonctionne-t-elle ?
4/6 leucines séparés par 7 (essentiel!!!) forme 2 hélices qui s’entrecroisent comme les doigts de la main (les leucines séparés entre elles de 7 interagissent avec la leucine en face).
La dimérisation est essentielle pour lier l’ADN (une partie d’une hélice s’insère dans le grand sillon alors que l’autre partie dimérise).
L’interace de l’hélice est très hydrophobe et les hélices dimérisées sont coiled-coil.
Qui a découvert la fermeture à glissière de leucines ?
Steven L. McKnight, par l’activateur C/EBP.
Qu’est-ce que le motif hélice-boucle-hélice ? Comment fonctionne-t-il ?
1re hélice reconnaissance = s’insère… (région basique pour liaison ADN) SITE ADN = 12 pb inversées répétées (pour les 2 dimères), conservé = boîte E (CAXXGT)
2e plus courte
Boucle = plus long que coude.
Besoin dimérisation comme glissière leucines.
Ex :
1. différentiation cell = MyoD
2. Stabilité chromosomes = CBF1/CPF1
3. Régulation expression = CUTE, E12, E47, PHO4
4. Prolifération cell = myc.
Les DA ont-ils des structures définies comme les DLA ? Ça change quoi ? Quels sont les deux types de DA ?
Non : ça permet à la surface du DA d’être adhérentes à ++ prots qu’ils recrutent.
2 types : 1. acides (++ AA acides) comme DA de Gal4 = activateur fort chez tous eucaryotes
2. Riche en glutamine (Sp1 = 3 doigts de zinc!!!!!) ou en proline (CTF1) = moins forts + pas chez tous eucaryotes (pas universelles)
Les activateurs procaryotes recrutent-elles la machinerie transcriptionnelle eux-mêmes ? Chez les eucaryotes ?
Oui procaryotes ! Se lie à l’ADN une face et l’autre à la pol direct.
Eucaryotes = indirect plus souvent, recrutent des modificateurs (décompactent nucléosome) ou les facteurs d’initiation/d’élongation nécessaires sur la queue CTD de la pol.
Souvent, les activateurs prennent les protéines nécessaires sur des complexes déjà formés (=médiateur ou TFIID !!!!) et les transfèrent à la queue CTD.
L’acétylation des queues d’histones cause quoi ?
La décompaction donc fibre 30nm - à 10nm.
+ Les bromodomaines peuvent se lier sur les parties acétylées !
Ex : TFIID (TAF1/TAFII250 = ont des bromodomaines) = se fixe mieux aux nucléosomes acétylés. ET TFIID recrute la pol !!! Tout va mieux quand c’est acétylé.
Quelle enzyme acétyle les queues d’histones ? Par qui est-elle recrutée ?
L’histone acétyl transférase (=HAT) et est recrutée par l’activateur (découvre les sites du promoteurs ou d’autres activateurs)
L’activateur peut recruter les HAT et quoi d’autre pour décompacter le nucléosome ?
Un complexe modifiant la chromatine = désserre ADN autour du nucléosome, la machinerie pouvant lier le promoteur et tout.
Vrai ou faux : tous les gènes ont besoin de toutes les mêmes composantes de machinerie et de modification de nucléosome.
Faux : ça change selon les circonstances et selon le gène.
Gal4 interagit avec quels composants ?
Gal4 = activateur de GAL1 interagit avec un médiateur, SAGA et TFIID (SAGA remplace TFIID dans les gènes où TFIID n’agit pas. Il est formé de TAFs aussi = grappe de prots.)
Quel composant qui interagit avec Gal4 permet l’acétylation ET réagit avec la machinerie ? Comment ?
SAGA !
Gal4 est lié UAS (sa séquence) MAIS son DA est bloqué Gal80 quand il n’y a pas de galactose.
Galactose = Gal3 (inducteur) déplace Gal80 sur Gal4 et démasque son DA qui recrute SAGA qui recrute TBP qui se lie à TATA ! = Activation de la transcription.
