Cours 8 Flashcards
Que sont les exons ? Introns ?
Exons = séq condantes maintenues dans l’ARN mature (peuvent ne pas coder = régions 5’ et 3’ non-traduites)
Introns = séq non-codantes qui entrecoupent les exons.
Combien y a-t-il d’exons s’il y a 7 introns ?
8 (tjrs 1 exon de plus que les introns.)
Qu’est-ce que l’épissage ?
Enlevage de régions (surtout introns) pour donner un ARNm mature à partir du pré-ARN.
Vrai ou faux : les introns sont bien plus courts que les exons.
Faux : exons 150 bases (monocat !!!) à peu près, introns jusqu’à 800 000.
Vrai ou faux : les introns sont éliminés en partie lors de la transcription et de la traduction.
Faux : lors de la traduction et de la transcription, les machineries ne discriment pas les introns des exons : ils transcrivent et traduisent tout ce qui semble normal.
Quelles sont les séquences importantes des introns ?
Site 5’ (donneur) = GU
Site 3’ (receveur) = AG
Site d’embranchement = A dans la séquence (YNYURAY suivi de plein de pyr Y)
Comment se passe l’épissage ?
= 2 rx trans-estérification.
Le 2’OH du site de branchement (A) attaque le phosphate du site donneur (P-GU - le P5’ de l’intron s’attache à A = jonction triple), libérant en 3’ du donneur (=exon 5’). Ce O3’ libéré (exon 5’) attaque le phosphate du site receveur (AG-P) et s’y attache donc. On a au final les deux exons (exon 5’ en 3’ du donneur et exon 3’ en 5’ du receveur) collés et l’intron seul avec les sites UG, A et AG.
L’intron seul est dégradé ensuite.
Qu’est-ce que l’épissage en trans ?
Les deux jonctions des exons viennent de deux ARNm donc s’attachent ensemble même si pas le même. Très rare. Ça peut être fait exprès.
Qu’est-ce que le spliceosome ?
Machinerie d’épissage 150 prots et 5 ARN (majorité des fonctions = repèrent séquences importantes des introns + catalyse), taille similaire ribosome. +++ ATP dép.
ARN = U1/2/4/5/6 de 100-300 nt chaque, complexés avec prots = snRNP (ribonucléoprots nucléaires)
Autres prots.
Vrai ou faux : les snRNP peuvent rapproche les sites de donneur (épissage 5’) et de branchement car les introns sont souvent TRÈS grands.
VRAI.
Quels ARN (snRNP) se lient a quelles séquences durant l’épissage ?
U1 et U6 se lient au donneur.
U2 se lie au site de branchement en excluant le A !!! Important, son 2’OH devient exposé. (BBP aussi lie site branchement = juste une prot !!!)
U2 et U6 se lient entre elles = rapproche site branchement au donneur grâce à leur affinité :).
Quelle est l’étape 1 de l’épissage ?
Complexe E :
1. Site épissage 5’ (donneur) reconnu par U1.
2. Sous-unité de U2AF (65) se lie au site polyY (après site de branchement) et (35) se lie au site receveur.
3. (65) recrute BBP au site de branchement (il aidera U2 à se loger par la suite).
Quelle est l’étape 2 de l’épissage ?
Complexe A :
1. U2 se lie au site de branchement (aidé par U2AF et BBP qui part)
2. A non apparié avec U2 = dispo pour réagir avec donneur pour première estérification.
Quelle est l’étape 3 de l’épissage ?
Complexe B :
1. U4/5/6 arrive et U6 a une affinité pour même que U1 (donneur) mais plus faible. Pour autant, tasse U1 qui est plus petite ouch. U2AF s’en va au complet également.
U4/6 se lient à l’ARN alors que U5 stabilisé par interact prot-prot.
On est prêt à la catalyse ! :)
Quelle est l’étape 4 de l’épissage ?
Complexe C :
1. U4 = petite soeur tannante qui empêche U6 et U2 de se lier part enfin : les deux se lient = juxtapose donneur et branchement avec A exposé.
2. Attaque du A…
3. U5 entraîne le 5’ exon au 3’ de l’autre bord (receveur) et 2e attaque = libération intron sous forme de lasso.
Vrai ou faux : des introns peuvent s’auto-épisser par la genre de structure sec de l’ARN mettons qui rapproche tout seul les séquences…
Vrai. Rare : autocatalyse avec des tige-boucles et tout…
Pourquoi l’épissage est-il assez fiable ?
Car le site 5’ (donneur) est reconnu ar U1 ET U6 donc peu de chance de se tromper les deux. = Ce site = sélection stricte.
Quel problème entraine la longueur immense des introns ?
Machinerie doit identifier les exons parmi tout ça = peut créer des erreurs. C’est pas très grave car juste une prot mais perte d’E.
Quelles sont les erreurs d’épissage ?
Saut d’exons, sélection d’un pseudo-site dans la séquence d’exons.
Qu’est-ce qui prévient les erreurs d’épissage ?
Le fait que les pré-ARNm sont épissés pendant la transcription (pol transporte de la machinerie d’épissage) -> peu de chance de saut d’exons.
Aussi, prots SR lient les exons (séquences ESE (amplificateurs d’épissage exoniques) que les introns n’ont pas) indique les sites d’épissage proches. Les SR recrutent U2AF au site 3’ et U1 au site 5’ = assemblage aux bons endroits.
Qu’est-ce que le spliceosome mineur ?
(Site donneur = AU et receveur = AC.)
U11 = U1 et U12 = U2. U4/6 différentes. U5 = seule même. Prots différentes mais même principe. Plus rare.
Qu’est-ce que apporte l’épissage alternatif ?
Plusieurs prots par pré-ARN = isoformes. 75% gènes humain peuvent donner des isoformes ! +++ 2/gène mais peut être des centaines/milliers.
Comment sont les ARNm alternatifs de la troponine T ?
Soit 1/2/3/5 soit 1/2/4/5 on skip 3 ou 4 = exons uniques, avec les 3 exons communs.
Nomme les types d’épissage alternatif.
Exon éliminé ; exon allongé (bout d’intron) ; intron retenu (complet) ; épissage trans alternatif (contrôlé.)
Explique l’antigène T de SV40.
Non-épissé (garde un bout de l’intron) = codon stop dans intron = prot plus petite (antigène petit t). Dû à accumulation prots SR (dont SF2/ASF) = favorise épissage site 5’sst.
Antigène grand T quand intron complètement épissé = pas codon ctop
Comment peut se faire l’exclusion d’exons ?
Encombrement stérique (pas assez grand intron pour que machinerie se mette) -> U1 empêche liaison U2 sur même intron = prend l’intron plus loin… explique pourquoi la plupart des introns sont grands.
Combinaison de sites d’épissages mineurs et majeurs. (GU = donneur majeur et AG = receveur mineur, on ne peut épisser ! UN SEUL TYPE de spliceosome pour épisser !!!)
Quelles protéines peuvent réguler l’épissage ?
Amplificateurs exoniques (SR = domaine liaison ARN + machinerie = recrute) ou intronique.
Répresseurs exoniques ou introniques = prots hnRNP = domaine liaison ADN et encombre.
Donne un exemple de répresseur exonique.
HRP36 inhibe inclusion de variantes de l’exon 6 dans le pré-ARNm de Dscam (pas de question à l’exam sur Dscam !)
hnRNP1 soit : se lie (2 prots) à l’extrémité de deux exons et masquent intron ; soit se lie au site polyY et +++++ s’ajoutent sur l’intron = encombrement.
Qu’est-ce que l’édition de l’ARN ?
Modif de l’ARN mature après transcr et avant trad = désamination adénines/cytosines, ou insertion/délétion uridine par ARN guide. Pas des isoformes car pas épissage alternatif !!!
Quand se fait la désamination ? Qu’est-ce que ça donne ?
Dans certains tissus = contrôlé :
Mettons apolipoprot-B désamine C du CAA pour donner UAA = codon stop. Se fait dans l’intestin pour donner une enzyme de l’intestin, alors que sans ça c’est de la glutamine (pas éditée) qui a un rôle dans le foie.
Rare mais ADAR = désaminase qui reconnait une séq spécifique/structure sec ARN.
Adénine désaminée = inosine (ARN)/hypocxanthine (ADN) = reconnue comme G.
Où et pourquoi on ajoute des U ?
Dans mitochondries de trypanosomes : ajout +++ U après transcr mettons qunad décalage ajout de U pour remettre le cadre de lecture correct.
ARN guides = ajout de U (longueur 40/80 nt) = 5’ ancrage, dirige ARNg. Région d’édition = région détermine position insertion U. 3’ = région poly-U = sert sûrement à stabiliser.
Quelles sont les étapes d’insertion de U ?
- Appariement de la région
d’ancrage - A non apparié où les U seront
insérés - Coupure par une endonucléase
dans les régions d’ARN
mésappariées - Transfert de U dans les
interruptions de l’ARNm - Ligation
Le transport des ARNm mature hors du noyau est-il un événement passif ?
Non.
Comment choisir les bons ARN qui sortent (une fois matures, épissés = 1/5% du noyau) ?
Prots qui favorisent transport (SR), + celles qui inhibent (snRNP trop grosses pour passer, SR ok)
Pores petits laisse passer sous 50 kDa.
