Cours 2 Flashcards
Combien de cells dans le corps humain ?
50/75 milliards
Temps pour division et réplication
16h/10h
Qu’est-ce que prend la réplication
dNTPs + Jonction amorce-matrice
Comment marche la réplication (biochimique)
Condensation : attaque du OH 3’ libre sur un des 3 P du nouveau dNTP qui arrive (sens 3’-5’ obligatoire car il n’y a pas de OH libre en 5’, donc on ne peut pas faire dans le sens 5’-3’)
Les bases vont s’apparier
Les 2 phosphates restants vont se séparer avec la pyrophosphatase (moyen important si tu veux mon avis)
Explique la paume.
Elle a des ions métal divalents qui changent enviro chimique des dNTPs et du 3’OH.
1 ion réduit 3’OH en 3’O-
L’autre stabilise phosphates en bêta et gamma.
Quand mauvais appariement, catalyse diminue comme affinité amorce matrice/ADN pol = la jonction va vers le domaine exonucléase, coupe quelques nt pis catalyse reprend.
Explique les doigts
Quand appariement correct, se referment sur le dNTP = rapproche des ions divalents + augmente vitesse de catalyse.
Induit aussi angle de 90 degrés entre 1 et 2 base = empêche appariement à la 2e base pour pas skip une base en gros.
Explique le pouce
Aide pas la catalyse direct mais maintient amorce/site actif (paume) et association forte ADN pol/substrat (=ADN)
C’est quoi l’étape limitante de la réplication (ADN pol) ?
La liaison avec l’ADN (substrat) = 1 sec
Ajout de nt en ms = processif et rapide.
C’est quoi la fourche de réplication ?
Là où ADN passe de 1 ADN bicath à 2 ADN bi. = Là où on réplique en gros.
Vu que la réplication se fait toujours en 5’-3’, ça va faire quoi sur le brin qui est en sens inverse (3’-5’)
Des fragments d’Okasaki, parce que la catalyse sera discontinue. On va devoir faire plein d’amorces courtes (5-10 nt), à tous les 100-2000 nt (longueur du fragment) par la primase (fait aussi l’unique amorce du brin continu !)
Quelle enzyme dégrade les amorces d’ARN ?
RNase H (tous sauf le dernier)
Exonucléase 5’ le dernier
Comment on rempli les trous sans les amorces d’ARN ?
Par l’ADN pol + césure réparée par la ligase
Quel est le rôle des hélicases ?
sépare les 2 brins d’ADN. Très très processive, hexamère anneau
Quel est le rôle des SSB (protéines)
Se lient à l’ADN simple brin et protège contre réappariement, dégrad, boucles. Coopératif, + SSB = + SSB…
Quel est le rôle des topoisomérases dans tout ça ?
Enlève le surenroul. positif induit par hélicases.
Quelles sont les différentes sortes d’ADN pol chez les eucaryotes + leur spécificité
(Procaryotes = chiffres romains, eucaryotes = lettres grecques)
Pol alpha lié à primase : primase = amorce d’ARN, pol alpha = commence réplication (processivité faible = ajoute 20/30 nt)
Pol delta (brin discontinu) et epsilon (continu) = relais alpha. Meillleure processivité mais naturellement se détache après 20/100 pb.
À quoi sert l’anneau coulissant ?
Augmenter la processivité d’ADN pol delta et epsilon. Encercle double hélice et se lie fortement pol. = Garde lié pol + substrat (=ADN)
Reste quand pol se détache (tout est répliqué!) pour recruter d’autres prots (ligases par ex.)
Très conservé (virus, procar, euc) = rôle très important.
Qu’est-ce qui pose les anneaux coulissants ?
Poseurs d’anneaux coulissants - posent à chaque jonction amorce-matrice !!! Surtout sur brin discontinu = beaucoup.
De quoi est formé l’holoenzyme ?
2 protéines tau au domaine extensible, les 2 ADN pol (continue/discontinue), poseur d’anneau coulissant (sur complexe gamma) et anneau coulissant.
De quoi est formé le réplisome (C’est donc ben laid comme nom)
l’holoenzyme, + une hélicase maintenue par les protéines tau (sinon elle se sauve bien trop vite = trop de surenroul et tout les prots SSB il en faut trop j’imagine quand même là) Pis la primase qui se lie faiblement à l’hélicase à chaque seconde pour poser une nouvelle amorce d’ARN.
C’est quoi le site où débute la réplication ?
L’origine de réplication.
Qu’est-ce que le réplicateur ?
Séquence d’ADN suffisante pour la réplication, AT riche = facile à dérouler (- de liens H) et où initiateur peut se fixer.
C’est quoi l’initiateur ?
Une protéine qui reconnait le réplicateur, s’y lie, et qui active réplication en recrutant des prots et en dénaturant (séparant) une région proche.
Comment se déroule l’initiation de la réplic. procaryote ?
DnaA_ATP = prot qui sépare ADN initialement, 2 poseurs d’hélicase (DnaC) posent 2 hélicases (DnaB), primase s’ajoute et holoenzyme… et ça commence là.
Comment se déroule l’initiation de la réplic. eucaryote ?
G1 = identifier séquences réplicateur (par ORC = initiateur) + assemblage complexe pre-RC = ORC recrute 2 poseurs d’hélicases (Cdc6 et Cdt1) + complexe recrute 2 hélicases. Formation possible seulement si Cdk+Ddk basse activité
S = séparation des brins aux réplicateurs + phosphorylation (activation) pre-RC (+ autres prots) par Cdk, Ddk (haute activité). Recrutement ADN pol.
Par quelle enzyme on sépare les deux chromosomes circulaires une fois la réplic. terminée ?
Topo II
En enlevant les amorces d’ARN, on laisse quoi à l’extrémité ? À long terme, ça fait quoi ?
Ça laisse une extrémité 3’ monocath = télomères. À long terme, ++++++ nucléotides (peu à la fois mais plein de réplications = +++ à long terme).
Quelle est la séquence des télomères chez l’homme ?
5’TTAGGG +++ répété (5-15 kb/chromosome)
La télomérase contient quelles sous-unités et quels sont leurs rôles ?
Ribonucléoprotéine = ARN qui sert de matrice pour TERT
TERT = Catalyse ! Rétro-transcriptase, en gros change info ARN de la matrice de la télomérase en info ADN pour ajout sur le 3’ libre - allonge brin continu = discontinu va s’allonger en 5’ avec la primase, ADN pol delta…. ça laisse toujours une extrémité 3’ libre sur le brin continu.
Qu’est-ce que la boucle T et à quoi ça sert ?
L’extrémité simple brin 3’ va se cacher dans une boucle avec une partie double brin (comme un lasso !) ça va protéger la partie simple brin.
