Cours 7 Flashcards
Que donne un haut taux de mutations dans les cells somatiques ? Dans les cells germinales ?
Somatiques = destruction individu
Germinales = destruction lignée
Vrai ou faux ? Les dommages à l’ADN sont des mutations.
Faux. Quand pas réparées et entrainent des conséquences genre, les dommages peuvent ne pas entrainer de mutations.
De quoi dépend le taux de mutations ?
Fréquence dommages
Vitesse réparation
Potentiel mutagène des dommages.
Vrai ou faux : toutes les mutations sont désavantageuses.
Faux : Donnent parfois des avantages prolifératif = cancer mais avantage dans le sens que ben voilà ça se divise plus vite, mieux…….
Quelles sont les causes principales de mutations ?
Erreurs de réplication,
Lésions chimiques ou physiques (agents chimiques, radiations modifient les bases) - mutations (=définitif) ou blocage de réplication.
Que veut dire endogène vs exogène ?
Dans nous vs extérieur.
Donne les changements de bases qui sont des transitions et celles qui sont des transversions. Lesquelles sont les plus fréquentes ?
Transition : même groupe donc purine-purine, pyr-pyr (A <-> G, T <-> C). 10x plus fréquent.
Transversion : groupe différent pyr-pur ou pur-pyr. (A <-> T, A <-> C, G<-> T, G<-> C).
Qu’est une mutation ? Quels sont les types ?
Tout changement séquence de l’ADN.
Substitutions (transition/transversion), ajouts/délétions (juste 1 ou +++, se fait lors d’un réarrangement chromosomique).
Qu’est un mésappariement ? Est-ce que ça donne une mutation ?
C’est juste une base qui s’est pas mis correct au nouveau brin, genre matrice c’était A pis un C s’est mis. Ça prend le deuxième cycle de réplication pour que l’erreur se fixe (si pas réparée) = devient permanent et c’est là une mutation.
Donne un exemple de mésappariement et dis ce que ça donne (transition/transversion).
Mettons j’ai un C-G normal. Sur le C, lors d’un cycle de réplication, le G va se mettre okay mais c’est un A qui ira vers le G de l’autre brin. On a alors deux brins, un C-G normal et un G-A WOW !!! Ben là, si pas réparé, lors du prochain cycle, le G il y aura un C okay, alors 3/4 des brins vont être corrects, mais en face du A sera un T, donc on passe de ce qui aurait été un C-G à un A-T. A et C sont pas la même famille (pur-pyr) = transversion. (Fais un petit schéma ça se fait bien).
Où se font le plus les insertions ? Les délétions ?
Insertions = régions répétitions courtes en tandem
Délétions = boucle sur le brin.
Quel mécanisme sur la machinerie permet de calmer les erreurs lors de la réplication ?
Exonucléase 3’ calme d’un facteur 100.
Quel mécanisme peut corriger les mésappariements ?
Le système de réparation des mésappariements. 100/1000x moins d’erreurs.
Comment fonctionne la réparation des mésappariements (E. coli) ?
En gros, les A sur la séquence 5’GATC sont tous méthylés, sauf un peu après la réplication où juste le brin mère l’est. Celui qui vient d’être fait l’est pas encore. Alors, MutS reconnait un mésappariement, recrute MutL (ATP = moteur) et MutH inactif. MutH trouve le GATC méthylé (devient actif!) sur brin mère, discrimine ainsi le brin fille du brin mère, revient où était le mésappariement et clive en 5’ du GATC, en 3’ du mésappariement. Hélicase enlève le bout en déroulant et ADN pol répare la brèche, ligase…..
Vrai ou faux : la réparation des mésappariements chez les eucaryotes est très différent que chez les procaryotes.
Faux : similaire, on a mettons MSH = MutS et MLH = MutL, sauf que on a pas d’hémiméthylation du brin fille, c’est la ligature du fragment d’Okasaki qui sert de repère et tout. MSH agit sur brin continu avec PCNA = anneau coulissant.
Que sont les dommages endogènes ?
Désamination, (méthylation des cytosines pas vraiment mais existe), dépurination, oxydation (aussi exogène) (=8-oxoG).
Explique la désamination d’une cytosine.
Donne une uracile. Assez fréquent. Pas naturel pour ADN mais plutôt pour ARN logique. S’apparie à Adénine à la place de guanine qui se mettrait avec le C. Donc A<-> G = pur-pur = transition.
Explique la désamination d’une adénine.
Donne hypoxanthine qui s’apparie à la cytosine. On mettrait un T mais on met un C à la place = pyr-pyr = transition.
Explique la désamination de la guanine.
Donne Xanthine = s’apparie aussi à C = ok.
Explique la désamination de la thymine.
Existe pas : T a pas de groupement amine.
Explique la méthylation de la cytosine.
Donne des 5’méthylcytosines = sur carbone 5 dans des sites 5’CG (C suivi d’un G sur un brin). Ces bases servent à réguler le rythme de réplication.
Une fois le 5’méthylcytosine créé, que peut-il donner ?
Une thymine s’il devient désaminé ! C’est pas mal un problème parce que c’est naturel pour l’ADN = pas réparé. C <->T = transition (pyr-pyr). C’est les mutations les plus fréquentes (C vers T aux points 5’CG où le C sera méthylé et désaminé.)
Qu’est-ce que la dépurination ?
Hydrolyse spontanée de liaison N-glycosidique enlève la base azotée purine. Donne un désoxyribose sans purine (arrive peu aux pyr).
Quelles sont les espèces d’oxydation ?
Dérivés réactifs de l’oxygène. O2-, H2O2, OH°.
Quelles sont les sources endogènes ou exogènes de l’oxydation ?
Endo = chaîne respi
Exo = radiations ionisantes, UV, agents chimiques générant des radicaux libres.
Quelle base est le plus oxydée ? Qu’est-ce que ça donne ?
Guanine = 7,8-dihydro-8-oxoguanine (8-oxoG).
S’apparie avec A donc G vers T = transversion. Fréquent cancer.
Quels sont les dommages exogènes ?
Alkylation, UV (direct//indirect), rayons gamma et X, analogues de bases, agents intercalants.
Explique l’alkylation.
Ajout de méthyle ou éthyle sur phosphates/bases.
Nomme des agents alkylants (2).
Nitrosamines, N-méthyl-N1-nitro-N-nitrosoguanine.
Que sont les sites sensibles à l’alkylation ? Qu’est-ce que ça donne une fois alkylé ?
O du C6 de guanine = donne O6-méthylguanine évidemment. S’apparie à T + distorsion double hélice !!!!!!!! Important pour réparation.
G <-> A = transition.
Que sont les dommages directs des UV ?
UVC (100-280 nm) et UVB (280-315 nm) =
- fusion photochimique entre 2 pyrimidines adjacentes = dimères cyclobutaniques pyr (CPD) = liaison covalente C5/6 2 pyr adj, distorsion 7/9° = bloque pas mal ADN/ARN pol. +++ mutagène quand même = cancer.
- Photoproduit pyrimidine (6-4) pyrimidone (6-4PP) = liaison covalente C6 pyr/C4 autre pyr, distortion 44°, bloque +++ ADN/ARN pol. Peu mutagène car bloque +++++. = Introduit peu les mutations.
Que sont les dommages indirects des UV ?
UVA (315-400 nm) peu absorbé ADN. Excite autres chromorofores cells = tryptophane, sérotonine, hydroxytryptamine, phéomélanine,
riboflavine… génèrent ROS (espèces réactives de l’oxygène). = oxyde ADN. Donne 8’-OxoG p. ex.
Que font les rayons gamma et X ?
Des cassures bicath de l’ADN. Attaquent désoxyribose. ++ difficile réparer.
Que sont les analogues de bases ?
Susbtitue les bases normales. Entre cell et remplace lors de répl. Ex : 5-bromo-uracile (5-BrDU) = +++ mutagène, remplace thymine, s’apparie à G.
Prend 2 cycles pour donner une mutation, et A <-> G = transition.
Que sont les agents intercalants ? Que causent-ils ?
S’intercale entre bases. Additions/délétions 1 ou + pb car la pol a de la misère à se mettre.
Hypothèse pour délétion des noeuds dont les agents intercalants stabilisent la structure.
Que causent les dommages à l’ADN (2) ?
Empêchent répl/transcr (CPD, cassures),
Changent l’ADN (désamination, analogues…)
Que sont les photolyases ?
Enzymes qui utilisent la lumière comme énergie (pas ATP !) pour cliver les liens covalents des pyr adjacents. Utilise UVA pour réparer dommages des UVB/C hahaha. drôle.
Pas humains (pro/eucar inférieurs ouch)
Vrai ou faux : la photolyase utilise la lumière pour se lier aux deux pyr collés à décoller.
Faux : juste pour catalyser l’enlèvement du CPD. Sans lumière, il se lie mais reste là.
Est-ce que l’exonucl de la pol qui enlève des nucléotides est une forme de réparation de l’ADN ?
Moyen, en fait ça répare pas mais ça donne comme une deuxième chance lors d’un mésappariement.
Qu’est-ce que la réversion directe ? Qu’est-ce que ça comprend ?
Réparation directe de l’ADN avec genre une enzyme. Ça comprend la photolyase et la méthyltransférase, donc ça répare les CPD (pas humains) et les O6-méthylguanines.
Explique la méthyltransférase.
Répare les O6-méthylguanines = enlève méthyl (le transfère sur ses cystéines) = utilisée une fois (suicide), efficace mais coûteux.
Qu’est-ce que BER ? Qu’est-ce que ça répare ?
Enlève une seule base incorrecte. Existe pour chacun des trucs que ça répare (uracile, 8-oxoG, sites AP… 8 chez humain). 2 mécanismes (glycosylase = génère site sans base AP et AP endonucl = enlève (avec une exonucl ! Hydrolyse le 2e lien)) ADN pol complète ensuite.
Pas pareil à réversion directe car on répare pas direct mais on enlève le mauvais et en remplace le dommage.
Explique NER. Qu’est-ce que ça répare ?
+ Général et moins spé que BER, reconnait une distorsion de la double hélice, enlève une partie de ADNsb et remplie brèche avec pol + ligase.
Répare dommages directs d’UV.
Explique NER chez procaryotes.
UvrA/B - A détecte ADN, B ouvre double hélice + recrute UvrC = endonucl coupe à 8 nt en 5’ de la lésion et à 4/5 nt en 3’. UvrD enlève (=hélicase) + pol/ligase reforment.
Vrai ou faux : le mécanisme de NER chez les eucaryotes est très différent que chez les procaryotes.
Faux : même principe juste + prots, XPC reconnait, ouverte et stabilisée par XPA/D/RPA… bref pas à savoir précisément. Savoir procar.
Pourquoi BER existe si on peut utiliser NER qui est plus général ?
Parce que pas tous les dommages créent des distortions + BER plus rapide et spécifique.
Qu’est-ce que la synthèse translésionnelle ? Qu’est-ce qu’elle répare ?
Sert quand pol est bloquée par un dommage pas réparé (CPD/site apurinique) ça permet de passer par dessus la lésion mais introduit beaucoup d’erreurs (peu fidèle) mais permet d’éviter la synthèse abortive pendant la répl d’un chromosome par exemple.
Chez les mammifères, que subit l’anneau coulissant PCNA après le blocage ?
Ubiquination = recrute ADN pol translésionnelle.
Qu’est-ce que la recombinaison ? Ça sert à quoi ?
Échanges gén entre régions homologues : sert au mélange chromosomes père/mère donc diversité + réparation ADN (c’est pas tnat un mécanisme mais ça sert à la réparation.)
Qu’est-ce que la recombinaison peut réparer ?
Cassures bicat (dues aux radiations/autres agents = bloquent fourche de répl. -> pas brin matrice = NER/BER utilisent comme modèle…..)
Pendant la réplication, quel type de cassure il y a ?
PAS des cassures, c’est contrôlé en fait et ça ressemble à des cassure doubles brins en pied de poule, ou pour la recombinaison juste des césures des deux brins…
Qu’est-ce que ça prend pour que deux régions soient homologues ?
Au moins quasiment identique sur 100 pb.
Comment fonctionne la recombinaison homologue ?
- Cassure d’un brin chaque de deux doubles hélices homologues, invasion de brin
- Appariement d’un brin parental avec le brin complémentaire de l’autre double hélice (quelques mésappariements mais c’est tolérable pour l’hybridation)
- Crée des jonctions de Holliday
- Jonction se décale pour augmenter le nombre de pb hybridés homologuement.
- Coupure de la jonction.
La coupure de la jonction donne deux types d’ADNdb, lesquels ? Qu’est-ce qui les différencient ?
Croisé : commence par ADN de base et termine par celui qui vient de l’autre (homologue) ou le contraire. (bleu-gris ou gris-bleu)
Non-croisé : même type d’ADN au début et à la fin de la région. (gris-bleu-gris ou juste une couleur ou bleu-gris-bleu…)
Combien de jonctions de Holliday engendrent la méiose par événement de recombinaison homologue ?
2.
À quoi sert la voie RecBCD ?
Réparation cassures bicat E. coli.
Comment fonctionne la voie RecBCD ?
RecBCD aménage ADN au site de cassure (hélicase/nucléase)
- RecB = hélicase lente 3’-5’, nucléase
- RecD = hélicase rapide 5’-3’
- RecC = reconnait site chi
Tout ça donne un bout d’ADNsb avec chi (GCTGGTGG - 1009 sites contre supposé 80 E. coli pour protéger sinon on gruge ben trop avant de trouver chi avec les nucléases) à la fin.
RecA catalyse échange brins en recouvrant en filaments séquences homologues (se lie à un bout sb selon sa polarité = actif et site secondaire lie une séquence homologue = forme un complexe stable (quand assez d’homologies - fait des tests genre) = molécule de jonction avec +100 pb hybride)
RuvA/B catalysent migration embranchement (A = lie chaque jonction Holliday (2) + recrute B) (B = ATPase hexamérique hélicase qui fait migrer embranchement)
RuvC résolution jonction Holliday (coupure = endonucléase qui se lie via RuvAB.)
