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MCB2992- Bactériologie générale II > Cours 2- Expression génique chez les bactéries > Flashcards

Cours 2- Expression génique chez les bactéries Flashcards

1
Q

Nommez les éléments du gène permettant son expression, dans l’ordre.

A

1- Promoteur
2- Site d’initiation de la transcription
3- Site d’attachement du ribosome à l’ARNm : RBS
4- Codon initiateur (ATG)
5- Codon d’arrêt de la traduction
6- Site de terminaison de la traduction (fin de l’ARNm)

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Q

Quelle paire est tolérée dans une région db d’une structure secondaire : G:U ou G:T

A

G:U, car G-T cause trop de distorsions et déstabilise la structure secondaire de l’ADN. G:U est toléré, mais ne contribue pas à la stabilité de la structure secondaire d’ARN.

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3
Q

Quel est le rôle de la sous unité alpha de l’ARN Pol?

A

Interaction avec des séquences en amont du promoteur ou d’autres facteurs d’activation.

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4
Q

Quel est le rôle des sous unités béta dans l’ARN pol?

A

Activité catalytique et fixation sur l’ADN

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5
Q

Quel est le rôle de w dans l’ARN pol?

A

Sert entre autre à la réponse stringente.

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6
Q

Vrai ou faux. L’ARN polymérase cœur peut reconnaitre le promoteur.

A

Faux. Elle a besoin de l’holoenzyme.

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7
Q

Dans l’ARNpol holoenzyme, qu’est ce qui lui permet de reconnaitre le promoteur pour débuter la transcription?

A

Le facteur sigma.

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8
Q

Vrai ou faux. Sans l’holoenzyme, il y a de la transcription.

A

Faux. On a absolument besoin de l’holoenzyme

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9
Q

Vrai ou faux. Le brin matrice a la même séquence que l’ARNm durant la transcription.

A

Faux. C’est le brin codant qui a la même séquence.

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10
Q

Comment se nomme le facteur dans l’holoenzyme capable de reconnaitre les promoteur des gènes de ménage?

A

Sigma 70.

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11
Q

Nommez les séquences consensus -35 et -10

A
  • 35: TTGACA

- 10 : TATAAT

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12
Q

La plupart du temps, avec quoi débute la transcription?

A

Avec une purine (A/G)

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13
Q

Quel est le rôle de l’hybride ARN-ADN dans la bulle de transcription?

A

Stabiliser la polymérase.

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14
Q

Vrai ou faux. L’holoenzyme effectue la transcription.

A

Faux. c’est l’ARN cœur .

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15
Q

Nommez avec quoi interagit sigma 4 sur le promoteur.

A

Sigma 4 interagit avec la séquence -35 db.

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16
Q

Avec quoi interagit sigma 3 sur le promoteur?

A

Sigma 3 est proche de béta dans le canal du site actif

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17
Q

Avec quoi interagit sigma 2 sur le promoteur?

A

Avec une séquence AT riche de -10 db. Il interagit aussi avec B’ dans le canal du site actif.

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18
Q

Si le promoteur n’a pas de séquence -35, qu’a-t-il a la place? Quel facteur va interagir avec cette séquence?

A

Une séquence -10 étendue. Sigma 3 va alors interagir avec cette séquence.

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19
Q

Si -35 et -10 sont trop faibles, quel sera l’ajout sur le promoteur pour le rendre plus fort? Quelles séquences vont interagir?

A

Élément UP reconnue par la portion C-terminale des sous unités alpha.

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20
Q

Comment passe-t-on du complexe fermé au complexe ouvert?

A

La pince B’ se ferme autour de l’ADN pour former le canal du site actif autour du brin matrice. Ceci permet à sigma 2 de séparer les brins de l’ADN dans la région -10 et d’interagir avec le brin codant dans un processus appelé isomérisation.

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21
Q

Comment agit la rifanmycine?

A

Elle interagit avec B dans le canal du site actif, et rencontre l’ARN naissant (2-3 nt). Cela bloque la synthèse de l’ARN et trappe la polymérase dans le complexe d’initiation.

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22
Q

Quelle facteur bloque le canal de sortie, et cause ainsi la transcription abortive?

A

Le facteur sigma 3.2

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23
Q

Quelle est la cause de la transcription abortive?

A

Inconnue

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24
Q

Nommez 3 caractéristiques d’un promoteur fort.

A
  • Forte interaction avec la pol
  • Séparation rapide des brins d’ADN par la pol
  • Transition rapide de la pol à la phase d’élongation
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25
Q

Vrai ou faux. La transcription est processive obligatoire.

A

Vrai.

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26
Q

Pourquoi le complexe d’élongation est-il très stable?

A

Grâce à l’hybride d’ARN-ADN

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27
Q

Quelle est l’utilité d’une pause dans l’élongation?

A

Le couplage étroit entre la transcription et la traduction pour empêcher la terminaison prématurée de la transcription.

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28
Q

De quoi sont composés les ribosomes?

A

53 protéines ribosomales et 3 ARNr

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29
Q

Combien d’ARNt sont utilisés dans la traduction?

A

86

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30
Q

Que fais le chat

A

Miaou

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31
Q

Qui est le plus mignon

A

M. PPPou

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32
Q

nommez les codons stop

A

UAA, UAG, UGA

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33
Q

Comment est un site de pause conventionnel?

A

Suite de T (7 ou plus) dans le brin codant précédée d’une structure en épingle à cheveux dans l’ARN

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34
Q

Qu’est ce que la terminaison facteur indépendant?

A

Si la structure en épingle à cheveux englobe les premiers nucléotides de l’hybride ARN-ADN dans la bulle de transcription, cela aura pour effet de déstabiliser la polymérase qui quittera alors la matrice ARN pour entrainer la terminaison,

35
Q

Avec quoi intéragit la protéine rho?

A

Avec une séquence riche en Cs (rut) sans structure secondaire, qui précède un site de pause pour la polymérase ARN

36
Q

Vrai ou faux. La protéine Rho a une activité hélicase ADN-ADN.

A

Faux. ADN-ARN

37
Q

Vrai ou faux. La transcription estp lus complexe que la traduction.

A

Faux. c’est l’inverse

38
Q

Quel est le rôle de la boucle D et de la pseudo-U?

A

Assurer la correspondance entre les acides aminés (bras accepteur) et les nucléotides sur l’ARNm (boucle anticodon)

39
Q

Par quoi l’acide aminé est-il chargé sur l’ARNt?

A

aa-ARNt-synthétase

40
Q

Comment se fait l’initiation de la traduction?

A

1-Reconnaissance du site RBS de l’ARNm par l’ARN 16S de la sous-unité 30S du ribosome
2- Entrée du 1er ARNt chargé, l’ARNt initiateur spécifique qui est chargé avec la N-formyl-Met et s”apparie avec AUG (codon initiateur)
3- 3 protéines, IF1, IF2 et IF3, participent
à la formation correcte du complexe de démarrage ARNm-30S-ARNt initiateur
4- Ajout de 50S

41
Q

Quelle protéine aide l’entrée de l’ARNt chargé au site A?

A

Ef-TU-GTP

42
Q

Comment se nomme le ribozyme qui catalyse la liaison peptidique dans l’élongation de la traduction?

A

ARN23S

43
Q

Vrai ou faux. Lors de la terminaison de la traduction, il y a l’ajout D’un dernier ARNt.
Expliquez ce processus.

A

Faux, il y a l’arrivée de RF1 et RF2, qui vont stimuler le transfert du peptide porté par l’ARNt du site P sur une molécule d’Eau

44
Q

Comment se nomme le petit ARN dans la trans traduction?

A

tmARN

45
Q

l’ajout d’une queue de 10 aa sur une protéine tronquée a quel effet durant la transtraduction?

A

La queue ajoutée est un site de reconnaissance pour la protéase ClpXP qui dégrade rapidement la protéine tronquée.

46
Q

Nommez les 2 éléments cis d’un gène

A

Séquence régulatrice d’activation ou de répression et promoteur

47
Q

Nommez les deux éléments trans d’un gène

A

Activateur ou répresseur

ARN polymérase

48
Q

Dans la régulation négative, que fait la protéine régulatrice dans son état actif?

A

Elle inhibe l’expression de l’opéron. C’est donc un répresseur qui va se lier au site opérateur de l’opéron pour inhiber l’activité des promoteurs

49
Q

Comment nomme-t-on une molécule effectrice qui permet la transcription d’un gène?

A

Un inducteur

50
Q

Comment nomme-t-on une molécule effectrice qui inhibe la transcription d’un gène?

A

Co-répresseur

51
Q

Quel est la protéine régulatrice de l’opéron lac?

A

LacI : Répresseur

52
Q

Quel est l’effecteur de l’opéron lac ?

A

Lactose : inducteur

53
Q

Qu’est ce qu’une mutation récessive?

A

C’est une mutation qui peut être complémentée par l’allèle sauvage

54
Q

Vrai ou faux. Si 2 mutations se complémentent entre-elles, elles sont dans le même gène.

A

Faux. Elles sont dans des gènes différents.

55
Q

Vrai ou faux. Les mutations lacp ne peuvent pas être complémentées.
Elles agissent en cis ou en trans?

A

Vrai. Elles agissent en cis

56
Q

Vrai ou faux. Une mutation lacp sur le plasmide F’ prévient l’expression de tous les gènes lac sur le plasmide

A

Vrai

57
Q

Qu’est ce qu’une mutation constitutive?

A

c’est un opéron qui est toujours exprimé, que son effecteur soit présent ou non.

58
Q

Une mutation lacI est-elle cis ou trans? Dominante ou récessive? Quel est son phénotype?

A

Trans et récessive, phénotype constitutif

59
Q

Une mutation lacOc est-elle cis ou trans? Dominante ou récessive? Quel est son phénotype?

A

Cis et dominante, phénotype constitutif (lacI ne pourra plus interagir avec avec la région opératrice mutée)

60
Q

Lac I est-elle constitutive?

A

Oui

61
Q

Qu’est ce qu’une mutation dominante?

A

C’est une mutation pour laquelle son phénotype s’exprime toujours, malgré la présence de son allèle sauvage.

62
Q

Une mutation lacIs est-elle cis ou trans? Dominante ou récessive? Quel sera le phénotype?

A 
Trans dominante (super répresseur). 
Le phénotype sera lac-
63
Q

Une mutation lacId est-elle cis ou trans? Dominante ou récessive? Quel sera le phénotype?

A

elle est trans et dominante. Le phénotype sera constitutif, car une seule des 4 sous unités de lacI mutée rendra le répresseur inactif. Donc, le répresseur n’Est presque jamais actif.

64
Q

Dans quel gène on a plus de chances d’avoir une mutation constitutive? LacI ou LacO?

A

LacI, car il est beaucoup plus long que lacO

65
Q

Vrai ou faux. l’opéron lac n’a qu’un seul opérateur.

A

Faux. Il en a 3 (o1,o2 et o3) qui peuvent former une boucle de répression lorsqu’en présence du tétramère lacI

66
Q

À quoi sert l’opéron gal?

A

Pour l’utilisation du galactose comme source de carbone, mais aussi comme précurseur de LPS et capsule

67
Q

Quelles sont les protéines régulatrice de l’opéron gal?

A

GalR (surtout) et GalS : répresseurs

68
Q

Est-ce que GalR- est complètement constitutif?

A

Non, à cause de la présence de GalS

69
Q

Quel est l’effecteur de l’opéron Gal?

A

Le galactose, qui est un inducteur

70
Q

Nommez les deux opérateurs de l’opéron gal et leur emplacement.

A

OE: Dans la région promotrice
OI: Dans la région codante de l’opéron

71
Q

Une mutation GalRs est-elle cis ou trans? Dominante ou récessive? Quel sera le phénotype?

A

C’est une mutation trans et dominante, Phénotype Gal-, toujours réprimé. (GalR ne peut plus intéragir avec le galactose pour se dissocier)

72
Q

Vrai ou faux. Les deux opérateurs de l’opéron gal agissent ensemble de manière coopérative via la formation d’une boucle dans l’ADN

A

Vrai

73
Q

Il y a deux conditions pour que la boucle de régulatrion se fasse dans l’ADN avec les deux opérateurs de l’opéron gal. Quelles sont-elles?

A

Il faut que les deux opérateurs soient du même côté de la double hélice
La distance entre les deux opérateurs doit être un multiple de 10.

74
Q

Quelle molécule peut aider à la formation de la boucle de régulation de l’opéron gal?

A

Une histone

75
Q

Comment se nomme la protéine régulatrice de l’opéron trp?

A

TrpR

76
Q

Quel est l’effecteur de l’opéron trp?

A

le tryptophane, qui agit comme co-répresseur

77
Q

Que fait la protéine régulatrice dans son état actif lors de la régulation positive?

A

Elle induit l’expression de l’opéron. Des activateurs vont s’attacher aux sites activateurs et vont induire l’activité des promoteurs

78
Q

Dans quel type de régulation est-il plus facile d’avoir des mutants consititifs? Positive ou négative?

A

Régulation négative.

79
Q

Quelle est la protéine régulatrice de l’opéron Ara?

A

AraC, qui est un activateur et un anti-activateur à la fois.

80
Q

Quel est l’effecteur de l’opéron ara?

A

L-arabinose, qui est un inducteur

81
Q

Quelle est la première évidence que l’opéron ara était régulé positivement?

A

Une mutation qui inactive AraC confère un phénotype de super-répresseur, et pas un phénotype constitutif comme le fait la régulation négative.

82
Q

Que fait AraC en absence de L-arabinose?

A

Il se comporte comme un répresseur (anti-activateur). Un dimère d’Ara-C va agir avec I1 et O2 sur l’opéron, pour former une boucle de répression.

83
Q

Est-ce qu’une mutation constitutive dans AraC est dominante?

A

Non, car elle devient récessive en présence du type sauvage. Ceci s’explique par le fait que AraC joue le rôle d’antiactivateur en absence de L-ara.

MCB2992- Bactériologie générale II (12 decks)

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