Cours 1 - partie 2 Flashcards
Quelles sont les informations à extraire avant de faire une purification ?
Le poids moléculaire
Le Pi (Si pas de modif post-traductionelles)
Le coefficient d’extinction molaire (en l’absence d’AN ou de cofacteurs)
La présence de cystéine pour inclure ou non un agent réducteur.
Quels sont les 6 paramètres prédictibles depuis la séquence ?
Les structures secondaires L'hydrophobicité Les sites de modification Les similarités de séquences Les sites de modification La solubilité dans différen systèmes d'expression
Qu’est-ce qui n’est pas prédictible depuis la séquence ?
La structure 3D
L’oligomérie
Les propriétés de précipitation
Qu’est-ce que dresser un bilan de purification ?
Présenter les étapes de la purification sous la forme d’un tableau, avec les étapes de purification à gauche et les différents paramètres a droite
Quels sont les trois paramètres a préciser a chaque étape du bilan de purification ?
Le volume de la solution
La concentration de protéines
L’activité enzymatique.
De là on peut calculer AS et AT, et donc le rendement et l’enrichissement.
Définir le pH.
C’est la mesure de la concentration des ions H+ dans une solution.
De quoi est dérivé le pH neutre de 7 ?
Du produit ionique de l’eau.
Rappeler le principe des solutions tampon.
Un tampon est composé d’un acide faible et de sa base conjuguée et permet de maintenir le pH de la solution dans un intervalle restreint.
Rappeler l’équation de Henderson Hasselbach.
pH = pKa + log (Acide/base)
Comment définir une zone tampon par rapport au pKa ?
C’est le pka +- 1 unité de pH.
Quels 5 paramètres rentrent en compte pour le choix d’un tampon ?
le pH optimal de la protéine étudiée,
les effets du tampon sur l’enzyme,
les possibles interactions avec substrats et métaux,
la compatibilité du tampon avec la technique utilisée,
sa sensibilité a la T°
Donner deux exemples d’effets non spécifiques d’un tampon ?
Les tampons phosphates inhibent beaucoup d’enzymes dont les carboxypeptidase.
Les tampons borates peuvent former des complexes covalents avec les mono/oligosaccharides
Quel tampon est par exemple assez bof ?
Le TRIS : pas cher, mais nul sous 7,5 pH, pKa sensible a la T° et interfère avec Bradford
Que doivent-comprendre des conditions de solution in vitro ?
Un tampon EDTA Agent réducteur Sels Glycerol Détergent Inhibiteurs de protéases
Quel interêt de mettre des faibles quantités de détergent dans le milieu in vitro ?
Prévient l’aggrégation et adsorption des parqois du tube.
