COURS 03 - GRANDS GROUPES DE MOs Flashcards
nommer les 3 domaines de la vie
- bactéries
- archées
- eucaryotes
à quels 2 domaines peuvent appartenir les procaryotes
- bactéries
- archées
quelle est la principale différence entre les procaryotes et les eucaryotes
- les procaryotes n’ont pas de noyau alors que les eucaryotes oui
nommer les règnes possibles des procaryotes
- aucun, les bactéries et les archées n’ont pas de règne défini
nommer les règnes possibles des eucaryotes (4)
- protistes (eucaryotes unicell)
- fungi (mycètes)
- plantes
- animaux
les plantes peuvent-elles infecter l’H?
oui :
une seule algue unicellulaire non photosynthétique peut infecter l’humain ; elle ressemble a une levure
ou se situent les virus et les prions dans le domaine du vivant (4)
- agents infectieux acelllulaires
- ne font pas partie du domaine du vivant
- on en retrouve cependant associées à pls branches du vivant
- leur spectre d’hote est en général restreint a certaines rangs taxonomiques, souvent même limité a une espèce
comment se repliquent les virus (3)
- réplicons semi-autonomes grace a leur acide nucléique
- ils doivent infecter une cellule pour se faire répliquer par la machinerie cellulaire de leur hote
- une fois répliqués, ils peuvent migrer hors de la cellule hote initiale et aller en infecter une autre
que sont les prions (2)
- pas des réplicons
- ce sont des agents patho de nature protéique dépourvus d’acide nucléique
comment les prions causent-il des dommages a l’organisme hote?
- un prion infectieux va entrainer une cascade de changements conformationels chez des prots apparentées saines et ainsi provoquer des dommages aux cellules infectées
quels organismes sont désignés par le terme “microbe”? (4)
- bactéries
- fungi
- protozoaires
- virus
caract des microbes (7)
- très petite taille
- omniprésents et abondants dans la nature
- unicellulaires (exception : les fungi incluent des uni- et pluricell et les virus sont acellulaires)
- organisation simple
- inclut des procaryotes et des eucaryotes
- disposent d’un potentiel métabolique (sauf les virus)
- capables de se reprod (sauf les virus)
définir la classification bactérienne
taxonomie des microbes
définir l’identification bactérienne
nécessité de savoir a quel microbe on a affaire (Dx + Tx)
définir génotype
connaissance des gènes microbiens
définir phénotype (2)
- caract observables
- résultat de l’expression des genes
nommer des outils de classification et d’identification (6)
- morphologiques
- biochimiques
- physico-chimiques
- sérologiques
- protéonomiques (ex : MALDI-TOF)
- génétiques
de quelle taille peuvent etre les eucaryotes
10-5 à 10-3 m
de quelle taille peuvent etre les procaryotes
10-7 à 10-4 m
de quelle taille peuvent etre les virus
10-8 à 〜10-6
de quelle taille peuvent etre les protéines
10-9 à 〜10-7
qu’est-ce que la nomenclature binomiale en latin
- genre + espèce
- ex : Staphylococcus aureus
nommer 3 exemples de racines de noms des bactéries
- suivant la racine latine
- suivant la racine grecque
- en l’honneur de personnalités
que signifie bacillus
petit batonnet
que signifie lactobacillus
petit batonnet du lait
que signifie sarcina
en paquet
que signifie micrococcus
petit grain
que signifie clostridium
fuselé
que signifie corynebacterium
batonnet en forme de massue
nommer les tailles et formes possibles des bact et leurs nomenclature (4)
- batonnets : bacilles, coccobacilles
- spères : cocci
- spirales : vibrio, spirochètes
- difformes : pleïomorphes
nommer les arrangements spatiaux possibles des bact et leur nomenclature (4)
- individuelles
- paires : diplo-
- chainettes : strepto-
- amas : organisés ou non
nommer la forme #1
coque (cocci)
nommer la forme #2
diplocoque
nommer la forme #3
diplocoque encapsulé
(pneumocoque)
nommer la forme #4
staphylocoque
nommer la forme #5
streptocoque
nommer la forme #6
sarcina
nommer la forme #7
tétrade
nommer la forme #1
coccobacille
nommer la forme #2
bacille
nommer la forme #3
diplobacille
nommer la forme #4
palisade
nommer la forme #5
streptobacille
nommer la structure 1
hyphe
nommer la structure 2
queue
nommer la forme #1
extrémités effilées - fusobacterium
nommer la forme #2
vibrion
nommer la forme #3
en virgule (vibrio)
nommer la forme #4
en massue
nommer la forme #5
hélicoïdale
nommer la forme #6
en tire-bouchon
nommer la forme #7
filamenteuse
nommer la forme #8
spirochète
nommer les différentes formes possibles des colonies sur gélose (6)
- punctiforme
- circulaire
- filamenteuse
- irreg
- rhizoïde
- fusidforme
nommer les différentes élévations possibles des colonies sur gélose (5)
- plane
- élevée
- convexe
- bombée
- bossue
nommer les différents bords possibles des colonies sur gélose (6)
- regulier
- ondulé
- lobé
- dentelé
- filamenteux
- bouclé
nommer toutes les caract des colonies sur gelose pouvant contribuer à l’identification de la bact (6)
- forme
- élévation
- bord
- couleur
- transparence
- surface
nommer la structure #1
pili
nommer la structure #2
cytoplasme
nommer la structure #3
ribosomes
nommer la structure #4
nucléoide (ADN)
nommer la structure #5
memb cytoplasmique
nommer la structure #6
parois
nommer la structure #7
capsule
nommer la structure #8
flagelle
composantes structurales et fonctionnelles des bact - définir “enveloppes”
différentes structures qui entourent les bact
composantes structurales et fonctionnelles des bact - nommer les 3 types d’enveloppes
- matériel extracell (capsule, glycocalyx, couches-s)
- paroi cell
- memb cytoplasmique
composantes structurales et fonctionnelles des bact - caractéristiques de la capsule (5)
- seules certaines bact en possèdent une
- procure un pouvoir patho en empechant la phagocytose
- constituée de polysaccharides
- = antigène K
- il en existe 83 variantes (déterminent le sérotype) pour les pneumocoques
composantes structurales et fonctionnelles des bact - qu’est-ce que le glycocalyx (3)
- sorte de “”capsule”” intercellulaire formant des biofilms agglutinants
- favorise l’adhésion aux matériaux (prothèses, tuyaux)
- ex : streptococcus mutans → carie dentaire
composantes structurales et fonctionnelles des bact - qu’est-ce que la paroi cellulaire
paroi rigide qui assure la forme de la bact
composantes structurales et fonctionnelles des bact - quels sont les 2 structures possibles de paroi cell
- gram +
- gram -
comparer gram + et gram - en ce qui a trait aux peptidoglycans et aux lipopolysaccharides
- PG : couche épaisse chez les gram+, mince chez les gram-
- LPS : couche supplémentaire que l’on retrouve chez les gram-
quel est le pouvoir pathogène de la couche de LPS des gram- (2)
- endotoxine
- = antigène O
composantes structurales et fonctionnelles des bact - définir membrane cytoplasmique
bicouche de phospholipides avec prots transmembranaires
composantes structurales et fonctionnelles des bact - roles de la memb cytoplasmique (3)
- barrière osmotique : controle les taux ioniques
- transport : régulation des échanges interne/externe
- enzymes : role dans le métabolisme énergétique
composantes structurales et fonctionnelles des bact - nommer les constituants internes (3)
- cytoplasme
- plasmides
- appareil nucléaire
composantes structurales et fonctionnelles des bact - que contient le cytoplasme (2)
l’appareil nucléaire et les ribosomes
composantes structurales et fonctionnelles des bact - décrire l’appareil nucléaire
ADN double brin sans memb nucléaire
composantes structurales et fonctionnelles des bact - qu’est-ce qu’un plasmide (3)
- ADN extra-chromosomique circulaire
- se réplique de manière autonome
- code pour des propriétés facilitant la survie, dont des gènes de résistance
composantes structurales et fonctionnelles des bact - role des flagelles (2)
- appendice de mobilité → pouvoir pathogène accru
- = antigène H
composantes structurales et fonctionnelles des bact - combien de flagelle y a-t-il? (2)
- nb et disposition varient selon les genes
- pas une structure obligatoire : peut en avoir 0
nommer la bactérie selon son nb de flagelle(s) - #1
monotriche
nommer la bactérie selon son nb de flagelle(s) - #2
lophotriche
nommer la bactérie selon son nb de flagelle(s) - #3
péritriche
nommer la bactérie selon son nb de flagelle(s) - #4
amphitriche
composantes structurales et fonctionnelles des bact - role des pilus sexuels (1)
transfert de plasmide et ADN lors de la conjugaison
composantes structurales et fonctionnelles des bact - role des pili et des fimbriae (1)
attachement
quels genres de bact font des endospores (2)
bacillus et clostridium
endospores - fonction (1)
survie dans les conditions défavorables
fonction très différentes des spores des mycètes
endospores - décrire le volume et la position des endospore pour une espèce donnée
caractères constants
endospores - nommer 4 maladies causées par des bactéries sporulées
- gangrène
- tétanos
- botulisme
- anthrax
endospores - décrire les étapes du cycle de sporulation et de germination (9 étapes)
- croissance
- division cellulaire
- formation du filament axial
- formation su septum (si conditions sont difficiles)
- enkystement de la préspore
- formation du cortex et synthèse de la tunique
- lyse cellulaire et lib.ration de la spore
- spore libre
- germination
nommer les différents antigènes bactériens (3)
- H : flagelles
- K : capsule
- O : endotoxine dans la paroi des Gram- (LPS)
composantes structurales et fonctionnelles des bact - nommer les composantes obligatoires (5)
- paroi cell
- memb plasmique
- cytoplasme
- chromosome
- ribosomes
composantes structurales et fonctionnelles des bact - nommer les composantes facultatives (7)
- capsule (et autres matériaux extracell)
- endotoxine (LPS)
- plasmide
- flagelle
- pili
- spore
- corps d’inclusion/granule
identification par tests colorimétriques - définir “coloration simple”
application d’un seul colorant
identification par tests colorimétriques - nommer les étapes (5) de la coloration différentielle de gram ainsi que les résultats attendus
- fixation
- application de crystal violet (violet)
- application d’iode
- décoloration
- application de safranine (rouge)
gram + : mauve, gram - : rouges
nommer les 3 différentes observations possibles en microscopie optique
- champ clair
- constraste de phase
- fond noir
quelle est l’observation régulière en microscopie optique
le champ clair
que permettent la microscopie a fluorescence et confocale (1)
des phénomènes d’interactions vivantes peuvent etre filmés
nommer 3 types de microscopie électronique
- à transmission (2D)
- a balayage (3D)
- a l’aide d’un couteau diamant
quel est le grossissement maximal du matériel inerte sur un microscope optique?
jusqu’a environ 100 000 x
identification par test biochimiques - nommer les différentes technologies phénotypiques (4)
- tubes éprouvettes
- plaquettes de cupules
- plaque 96 puits (micro-scan)
- micropuits
- etc
identification par test biochimiques - que recherche-t-on? (5)
- sources de C
- aérobiose vs anaérobiose
- potentiel de fermentation
- produits terminaux du métabolisme
- tolérance aux inhibiteurs métaboliques et antibiotiques
identification par test biochimiques - comment fonctionne le pointage dans la technologie micro-scan (2)
- selon les rxn positives : rangée 1 = 4 pts, rangée 2 = 2 pts et rangée 3 = 1 pt
- le nb final correspond a un genre et espèce de bactérie
identification par test biochimiques - comment le micro-scan permet-il de vérifier la résistance aux Ab?
- certaines rangées permettent de le vérifier
- si ++ : résistant
- si - - : sensible
- si - + : intermédiaire
détection immunologique : que permet-elle de détecter (2)
des Ag microbiens ou des Ac par réponse sérologique
détection immunologique : nommer deux tests utilisés
- test ELISA
test immunochromatographique rapide
détection immunologique : décrire le fonctionnement du test ELISA
- on met un réactif coloré flurorescent ou enzymatique en contact avec un Ac de détection, lequel se fixera sur la protéine cible
- la protéine cible doit aussi se fixer sur l’Ac de capture pour que le test soit +
détection immunologique : nommer les avantages du test ELISA (2)
- spécifique +++ car double reconnaissance de la prot cible/Ag : Ac de détection et Ac de capture
- sensible +++ car le réactif coloré fluo ou enzymatique amplifie le signal (augmente la coloration rouge)
détection immunologique : décrire les désavantages du test immunochromatographique rapide (2)
- pas d’amplification de signal = peu sensible
- pas de lavages = moins spécifique
détection immunologique : décrire les étapes du test immunochromatographique rapide (2)
- on met l’analyte sur une plaque
- si l’analyte est compatible avec les Ac marqués, le complexe se liera aux Ac de capture (test line)
nommer deux méthodes de test Dx microbien par détection d’ADN
- trousses de détection d’un seul microbe spécifique soupçonné présent dans un échantillon clinique
- détection simultanée potentielle de plusieurs espèces de microbe
nommer des exemples de microbes pour lesquelles on utilise souvent les trousses de détection pour le test Dx par détection d’ADN (5)
- S. aureus résistant a la méticilline
- staphylocoques sensibles ou résistants
- entérocoques résistants a la vancomycine
- clostridium difficile
- streptocoques B lors de l’accouchement
nommer l’appareil utilité pour les tests de détection simultanée potentielle de plusieurs espèces de microbes
appareil revogene de GenePOC
comment fait-on l’identification phénotypiques de microbes (2)
- batterie de tests
- base de donnée (+ ou -) biochimiques ou microbiologiques
comment fait-on l’identification génotypique de microbes (2)
- ADN/ARN
- base de données des séquences (ACGT)
comment fait-on l’identification MALDI-TOF des microbes (2)
- ratios masse/charge (physicochimie)
- base de données (m/z) via séquençage de l’ADN et des prots
qu’est-ce qui distingue les virus des autres organismes? (10)
- très petits (microscope électronique nécessaire)
- acellulaires
- structure simple : acide nucléique + emballage
- ARN ou ADN seulement
- aucun métabolisme, énergie
- parasites intracellulaires obligatoires, pas de reprod autonome
- cycle de réplication dans l’hote
- culture sur cellule hote seulement
- Tx = antiviraux
- Ab = inefficaces
taille approx du virus de la rage
150 nm
taille approx du virus de l’influenza et VIH
100 nm
taille approx du virus du rhinovirus
70 nm
taille approx du virus de la polio
27 nm
a partir de quelles caractéristiques procède-t-on a la classification virale? (7)
- nature du génome (ADN/ARN)
- configuration du génome
- taille du génome (kbp/kb)
- enveloppe (oui/non)
- morphologie
- taille du virion
- hote
décrire le génome viral (3)
- ADN ou ARN, pas les deux
- ADN : simple brin ou double brin
- ARN : simple brin (positif ou négatif) ou double brin
comment est-ce que le virus se fait répliquer par la cellule hote
en y injectant son matériel génétique
décrire les virus enveloppées
- entourés d’une bicouche lipidique acquise lors de leur sortir de l’hote par bourgeonnement
décrire l’enveloppe des virus enveloppés (3)
- bicouche lipidique
- provient de la memb cellulaire des cellules hotes
- le virus y “attache” des protéines membranaires
comment appelle-t-on les virus sans enveloppes
virus nus
nommer les différentes formes de capsides possibles (3)
- hélicoïdale
- icosaédrique
- mixte ou complexe (icosaédrique + hélicoidale)
distinguer capside et enveloppe
- capside : emballage protéique
- enveloppe : bicouche lipidique
définir nucléocapside
nucléocapside = capside + acide nucléique
nommer les enzymes virales des rétrovirus (3)
- transcriptase inverse virale (TIV)
- intégrase
- protéase
enzymes virales des rétrovirus - role de la TIV
rétro-transcrit l’ARN viral en ADN
enzymes virales des rétrovirus - role de l’intégrase
intègre l’ADN viral au chromosome de l’hote
enzymes virales des rétrovirus - role de la protéase
favorise la maturation des prots virales
nommer une enzyme des virus influenza
- neuraminidase
enzymes virales de l’influenzavirus - décrire la neuraminidase (3)
- contribue au relargage des virus hors des cellules
- 9 possibilités
- ex : H1N1 = neuraminidase #1
enzymes virales des rétrovirus - combien de possibilité d’hémagglutinine y a-t-il?
- 16
- ex : H1N1 = hémagglutinine #1
nommer un virus faisant partie de la classe des rétrovirus
VIH
comment se reproduisent les levures?
- peuvent produire des pseudohyphes (bourgeonnement)
comment se reprduisent les moisissures?
par spores asexuées volatiles (la maj du temps)
distinguer l’apparence des colonies de levures et de moisissures
- levures : lisses et muqueuses
- moisissures : chevelues et poudreuses
nommer des levures d’interet alimentaire (3)
- saccharomyces cerevisiae (alcool, pain)
- penicillum roqueforti (fromages bleus)
- penicillum camemberti (fromage)
nommer des levures d’interet medical (1)
candida albicans
nommer les embranchements des mycètes (3)
- zygomycètes
- ascomycètes
- basidiomycètes
décrire les zygomycètes (3 caract)
- moisissure commune
- saprophytes
- ex : rhizopus
décrire les ascomycètes (1 caract)
- conidiospores
décrire les basidiomycètes (2 caract)
- 30 000 espèces
- micro- ou macroscopiques
définir protozoaires
protistes unicellulaires ayant des cycles de vie complexe pouvant affecter pls espèces d’hotes différents dans leur développement
nommer 3 exemples de maladies causées par des protozoaires
- toxoplasmose
- giardiase
- malaria
